2018年2月，Gupta等 [ 1] 建议将分枝杆菌属( Mycobacterium)成员重新分类。分枝杆菌属最高水平中存在5个不同的单系分组(monophyletic groups)，分别为Tuberculosis-Simiae(结核-猿猴，TS)、Terrae(土地，Te)、Triviale(次要，Tr)、Fortuitum-Vaccae(偶发-母牛，FV)、Abscessus-Chelonae(脓肿-龟，AC)。Gupta等由此建议分枝杆菌属( Mycobacterium)重新分类为5个属，并依次对科和5个属进行了描述。

目的:近年来菌群成为研究热点，而口腔菌群的一些背景状况，如年龄的差异化表现尚有待澄清。本研究拟对少年期与成年期的唾液菌群差异开展前瞻性研究。方法:本研究为前瞻性研究，纳入来自北京大学口腔医院的52例门诊患者，在平衡了性别、民族、地区、症状、压力、口腔伴随疾病等因素后，组成少年组26例，年龄的中位数(上下四分位数距)为14(1)岁，男性比例26.9%；成年组26例，年龄的中位数(上下四分位数距)为35(7)岁，男性比例15.4%。两组研究对象均除外深龋、有窦型慢性根尖周炎、重度牙周炎、严重牙列拥挤、明显腺样体或扁桃体肥大、口腔黏膜疾病，颞下颌关节紊乱病诊断情况、关节调查Fonseca记忆指数(Fonseca anamnestic index, FAI)、压力状态水平、睡眠质量即匹兹堡睡眠质量指数(Pittsburgh sleep quality index, PSQI)在两组间无统计学差异。在清晨非刺激条件下采集口腔唾液，进行16S rRNA基因测序分析，对两个年龄组的结果分析比较。结果:少年组和成年组的唾液菌群 α多样性差异没有统计学意义，然而 β多样性呈现明显区别(Bray-Curtis距离 F值＝3.044， P＝0.001；Jaccard距离 F值＝1.670， P＝0.001)，菌群构成上的丰度差异比较明显，差异具有统计学意义。属水平的显著富集菌群，在少年组是普雷沃菌属、放线菌属、奇异菌属、乏养菌属、乳杆菌属，在成年组是嗜血杆菌属、卟啉单胞菌属、隐蔽菌_(SR1)_[G-1]、密螺旋体属、小单胞菌属、土地杆菌属、坦纳菌属、毛螺菌科_[G-8]、厌氧球形菌属、毛螺菌科_[G-3]。功能预测在两组间亦有区别，少年组涉及半胱氨酸与蛋氨酸代谢、半乳糖代谢、磷酸肌醇代谢、淀粉和蔗糖代谢以及光合作用通路，成年组涉及生物素代谢、丁酸代谢、硫辛酸代谢、甲烷代谢、蛋白质外排、RNA降解以及霍乱肠毒素致病循环。 结论:少年组的特异菌群含有常驻菌、益生菌，成年组与感染相关致病菌的种类增加。今后在进行口腔菌群分析时须区分少年与成年。

目的 分析被生食蔬菜模拟污染的米饭样本中蜡样芽胞杆菌(Be)和呕吐毒素基因(ces)的分布状况,为Be食物中毒科学防控提供基础数据.方法 采集生食蔬菜样本50件,每件样本用0.85％生理盐水盥洗后污染"新煮熟米饭",置于30 ℃、70％RH培养箱中放置24h.对生食蔬菜和"污染米饭"进行Be的定量计数、荧光PCR检测和数字PCR检测.对基于不同采集地点、不同蔬菜类型分组的生食蔬菜样本和及被其污染的"污染米饭"的各项检出率指标进行统计学分析.结果 生食蔬菜样本中Be检出率为80.00％(40/50),ces基因和Bac16s RNA基因检出率分别为0(0/50)和10.00％(5/50);"污染米饭"样本Be检出率为94.00％(47/50),ces基因和Bacl 6s RNA基因检出率分别为14.00％(7/50)和90.00％(45/50).采集自农贸市场和农户土地的2组生食蔬菜中Be检出率差异有统计学意义(x2=11.063,P=0.000 88校正),被上述2组生食蔬菜类污染的"污染米饭"Bacl6s RNA基因检出率和ces基因检出率差异均有统计学意义(x2=3.926,P=0.047 5校正;x2=5.444,P=0.019 6校正).7件"污染米饭"基于荧光PCR检测 ces基因阳性,Ct值介于24.12～37.73,数字PCR结果介于6.8 copes/μL～6.2×106 copes/μL.结论 被生食蔬菜模拟污染的米饭样本可具有导致Be食物中毒风险的病原学特征.

[背景]生物表面活性剂具有毒性低、生物兼容性好和可降解等优点,是化学表面活性剂的优良替代物.目前产生物表面活性剂的微生物多为常温菌,从低温环境中挖掘高产新型生物表面活性剂的生产菌株具有重要的意义.[目的]从南极土壤中筛选产表面活性剂的低温微生物,对其表面活性剂进行纯化和结构解析并评估其性能.[方法]采用排油圈法对分离自南极菲尔德斯半岛土壤样品中的细菌菌株进行筛选,获得一株在菌苔表面产白色固体颗粒的菌株,对菌株进行形态观察和 16S rRNA 基因序列分析以确定该菌株系统发育地位.利用高效液相色谱法(high performance liquid chromatography,HPLC)分离产物,并用核磁共振波谱(nuclear magnetic resonance,NMR)技术对产物的化学结构进行鉴定.采用单因素试验和响应面设计方法对发酵培养基进行优化.此外,对产物的乳化性能及其对柴油的降解能力进行评估.[结果]得到了一株高产生物表面活性剂的耐冷土地杆菌属(Pedobacter)GW9-17,其最优发酵培养基(g/L)组成为:可溶性淀粉18.0、胰蛋白胨 9.0、C3H3NaO34.4、K2HPO43.6、MgSO41.2,pH 7.0±0.2.在此条件下,按 10%(体积分数)接种量、28℃、180 r/min培养 7 d后表面活性剂的浓度可达到(3.0±0.5)g/L.利用HPLC和 NMR 技术发现菌株 GW9-17 表面活性剂主要成分为 flavolipid-9U,9U,表面活性剂粗提物的甲醇-水溶液(体积比 1:1)对液体石蜡油有良好的乳化能力,菌株GW9-17 在柴油含量为 5%时,在 4℃和 28℃条件下对柴油的降解率分别达到 40.1%和 57.3%.[结论]从南极土壤中获得了一株高产低分子量表面活性剂的低温Pedobacter sp.GW9-17,其产物flavolipids具有对烷烃类污染物质增溶分解的潜力,对石油污染的低温生态修复有重要的利用潜能.

土壤细菌能够有效促进土壤中物质循环和能量流动,其群落组成、数量及多样性能够反映土壤质量状况.研究不同植被对土壤细菌群落结构和多样性的影响,有助于深入了解土壤健康状况,对实现植被管理和土地可持续利用具有重要意义.以甘肃小陇山移栽至耕地(耕地前期种植柴胡)后生长4年的人工油松苗(Pinus tabulaeformis Carr)土地和长期种植柴胡(Bupleurum chinense)土地的表层土壤(0-30 cm)为对象,采用Illumina Miseq高通量测序技术对2种人工植被下土壤细菌群落进行测定,分析了土壤细菌的Alpha多样性、群落组成和丰富度,并研究土壤化学性质对细菌群落结构的影响.结果表明:1)两种不同植被的土壤细菌群落丰度和多样性无明显差异,但油松地土壤细菌群落均匀度明显小于柴胡地土壤.2)所测土壤样品中共检测到细菌的37个门,84个纲,168个目;其中,主要的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria),酸杆菌门(Acidobacteria),绿弯菌门(Chloroflexi),浮霉菌门(Planctomycetes),放线菌门(Actinobacteria),且油松地土壤中的变形菌门(Proteobacteria)的丰富度显著低于柴胡地土壤(P＜0.05),绿弯菌门(Chloroflexi)丰富度却显著高于柴胡地(P＜0.05);主要的优势菌纲为酸杆菌纲(Acidobacteria),β-变形菌纲(Betaproteobacteria),放线菌纲(Actinobacteria),变形菌纲(Alphaproteobacteria)和芽单胞菌纲(Gemmatimonadetes),但各优势菌纲的丰度在两个植被土壤之间差异不显著(P＞0.05).3)变形菌门(Proteobacteria)丰富度与土壤的碱解氮含量呈显著负相关(P＜0.05),酸杆菌门(Acidobacteria)丰富度与全氮含量显著负相关(P＜0.01);通过RDA分析发现,碱解氮和全氮是影响细菌群落结构的最主要因子.可见,油松和柴胡植被土壤细菌群落结构及多样性差异不大,但油松地土壤细菌群落的物种分配较柴胡地集中,且优势细菌门中的变形菌门和绿弯菌门在两者之间的差异显著,同时,碱解氮和全氮含量是影响2种植被土壤细菌群落的主要因子.这些结论为了解小陇山不同植被土壤微生物群落组成及多样性提供理论,也为当地进行人工油松苗的种植、经营及土壤管理提供参考.

采用均匀网格布点法采集沈阳市沈北新区不同土地利用类型101个表层(0—20 cm)土壤样品,测定了土壤脲酶活性、土壤理化性质和土壤细菌群落组成,分析了不同利用类型土壤脲酶活性变化特征及其与土壤理化性质、土壤细菌优势菌群之间的关系.土壤酶活力测定结果表明,沈北新区不同利用类型土壤脲酶活性由高到低依次为:旱田>天然林地>城市绿地>水田;相关分析与通径分析结果表明,土壤脲酶活性与土壤含水量呈极显著负相关关系,与总磷呈显著正相关关系,含水量和总磷对土壤脲酶活性的影响除了直接效应外,还存在较强的通过其它因素的间接效应,说明它们是影响土壤脲酶活性的两个主要因素;冗余分析结果表明,放线菌门(Actinomycetes)、泉古菌门(Crenarchaeota)和酸杆菌门(Acidobacteria)对土壤脲酶影响较大,其菌群丰度主要受土壤含水量的调控,且其随土壤含水量的变化特征与土壤脲酶活性变化趋势相一致,提示这些菌群可能是土壤脲酶的重要来源.

为阐明连续深松措施对黑土水热酶活性动态变化及细菌群落多样性的影响,于 2016—2017 年设置旋耕( CK) 、浅松1 年( QS1) 、浅松2 年( QS2) 、深松1 年( SS1) 、深松2 年 ( SS2) 、超深松1 年( CS1) 、超深松2 年( CS2) 7 个处理,研究土壤水分、温度、过氧化氢酶、蔗糖酶、脲酶活性及细菌群落结构变化.结果表明: 深松可显著降低0～20 cm 土壤含水量,以SS1、SS2 降幅最小,提高各处理20～40 cm 土壤含水量,以QS2 效果最佳,深松2 年土壤含水量高于深松1 年; 各深松处理开花期土壤温度显著低于CK,而小喇叭口期、抽雄期、成熟期则显著高于CK.随着深松深度增加,0 ～ 20 cm 土壤温度显著降低; 深松可维持0 ～ 20 cm 土壤酶活性长效性,提高20～40 cm 土壤酶活性; 深松较CK 提高0 ～ 20 cm 土层玉米根际土壤细菌群落丰富度与多样性,深松2 年各处理细菌群落丰富度高于深松1 年,各深松处理以SS2 效果最优.深松可提高酸杆菌门、芽单胞菌门、浮霉菌门、奇古菌门等相对丰度,降低放线菌门、厚壁菌门等具有致病菌种菌门相对丰度.深松可优化土壤水热环境,维持土壤酶活性高效、稳定,协调细菌群落结构构建,促进黑土地可持续利用.

土地戈登菌(Gordonia terrae)是一种需氧、无动力、生长缓慢的革兰阳性杆菌,弱抗酸染色阳性,其广泛存在于自然界及医院环境中[1].随着检测技术的提高,国内外有关土地戈登菌引起人类感染的报道逐渐增多,可引起脓肿、腹膜炎、血流感染和导管相关性血流感染等疾病[2].本文报道1例白血病化疗期间发热的患者,其血培养中分离出土地戈登菌.

采用均匀网格布点法采集沈阳市沈北新区不同土地利用类型101个表层(0—20 cm)土壤样品,测定了土壤磷酸酶活性、土壤理化性质和土壤细菌群落组成,分析了不同利用类型土壤磷酸酶活性变化特征及其与土壤理化性质、土壤细菌优势菌群之间的关系.土壤酶活力测定结果表明,沈北新区不同利用类型土壤磷酸酶活性由高到低依次为:城市绿地>旱田>天然林地>水田;相关分析结果表明,土壤磷酸酶活性与土壤pH值、含水量、粘粒、粉粒、总磷呈极显著负相关关系,与砂粒呈极显著正相关关系,上述土壤理化性质是影响土壤磷酸酶活性的主要因素;冗余分析结果表明,疣微菌门(Verrucomicrobia)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)对土壤磷酸酶活性影响较大,其菌群丰度主要受土壤pH、含水量和总磷的调控,且其随土壤pH、含水量和总磷的变化特征与土壤磷酸酶活性变化趋势相一致,提示这些菌群可能是土壤磷酸酶的重要来源.

晋西北丘陵区受干旱大风气候以及人为活动的影响,土壤肥力较低,土壤质量退化严重,不同的土地利用和管理方式,因植被覆被、人为活动等不同,对土壤质量产生影响不同.为了更好地了解晋西北地区不同土地管理方式对土壤质量的影响,于山西省北部忻州市五寨县,研究不同管理方式对土壤肥力、土壤酶活性、微生物群落结构及多样性的影响,以及微生物与土壤环境因子的关系,为晋西北地区土地管理和生态建设提供参考.研究中设置4种土地管理方式:苜蓿样地(MX)、免耕样地(MG)、翻耕样地(FG)和荒地(HD),采用野外采集土壤样品、室内测定和分析的研究方法,其中土壤pH值利用电位法测定,土壤有机碳(OC)采用重铬酸钾氧化-分光光度法测定;土壤硝态氮、铵态氮利用全自动间断化学分析仪测定,其原理为紫外分光光度和靛酚蓝比色法.土壤过氧化氢酶、蔗糖酶、脲酶和磷酸酶活性分别采用KMnO4滴定法、3,5-二硝基水杨酸法、苯酚钠-次氯酸钠比色法、磷酸苯二钠比色法测定,采用高通量测序测定土壤细菌和真菌的群落组成,利用统计分析软件SPSS和Canoco以及QIIME、USEARCH和Uclust生物信息软件分析不同土地管理方式对土壤质量的影响.结果 表明,不同土地管理方式对土壤化学性质、土壤酶活性、细菌和真菌的群落结构及多样性均有影响.苜蓿和免耕2种土地管理方式可显著提高表层土壤养分并增加土壤酶活性;4种土地管理方式共有9个细菌门和11个真菌门,细菌相对丰度较大的为变形菌门、放线菌门和酸杆菌门,真菌的子囊菌门相对丰度最大;苜蓿和免耕样地土壤细菌和真菌群落丰富度和多样性都较高,荒地土壤细菌和真菌群落丰富度较低,但多样性较高;RDA分析结果表明,土壤pH、NH4-N和NO3-N含量和过氧化氢酶活性对细菌群落影响较大,pH、有机碳含量、蔗糖酶、脲酶和过氧化氢酶活性对真菌群落影响最大.苜蓿和免耕2种土地管理方式能够提高土壤质量,是晋西北地区较为适宜的管理措施.