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人类白细胞抗原Ⅰ、Ⅱ类等位基因及单倍体多态性与中国南方汉族白血病的相关性
编辑人员丨5天前
目的:探讨人类白细胞抗原(HLA)Ⅰ类(A、B、C)、Ⅱ类(DRB1、DQB1、DPB1)等位基因和单倍体多态性与中国南方汉族急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓系白血病(AML)以及慢性粒细胞白血病(CML)的相关性。方法:收集深圳市血液中心845例中国南方汉族白血病患者(323例ALL、350例AML及172例CML)和745名中国南方汉族健康献血者的外周血样本。应用聚合酶链反应反向序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-rSSO)及测序分型(PCR-SBT)方法对HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1进行基因分型,鉴定HLA等位基因前4位数。采用Arlequin 3.5软件分析HLA单倍体;从HLA低分辨水平(等位基因前2位数)及高分辨水平(等位基因前4位数)分别统计分析HLA等位基因和单倍体多态性与3种白血病的相关性。结果:经Bonferroni校正,ALL组A*02(36.22%比28.26%, χ2=13.41, PC<0.01)及其单倍体A*02-B*46-C*01(15.35%比10.23%, χ2=10.90, PC=0.02)、DRB1*12(15.79%比11.10%, χ2=9.02, PC=0.03)、A*02:03(9.75%比5.32%, χ2=14.25, PC=0.002)及其单倍体A*02:03-B*38:02-C*07:02(3.80%比1.51%, χ2=10.41, PC=0.02)的频率均高于对照组,是ALL易感因素;AML组A*11-B*15-C*08-DRB1*15-DQB1*06-DPB1*02的频率高于对照组(1.34%比0.07%, χ2=12.54, PC=0.003),是AML易感单倍体;CML组A*02(36.63%比28.26%, χ2=9.33, PC=0.02)及其单倍体A*02-B*15-C*04(2.17%比0.29%, χ2=11.74, PC=0.02)、DRB1*03:01-DQB1*02:01-DPB1*02:01(1.86%比0.14%, χ2=13.10, PC=0.01)的频率均高于对照组,是CML易感因素;CML组DRB1*13的频率低于对照组(1.45%比5.25%, χ2=9.29, PC=0.03),是CML拮抗基因。 结论:在HLA低分辨及高分辨水平发现了白血病易感或拮抗HLA等位基因和单倍体,可为探究中国南方汉族白血病发病机制并制订有效治疗策略提供参考。
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编辑人员丨5天前
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应用下一代测序技术检测BRCA1/2及同源重组修复通路多基因胚系突变及相关性分析
编辑人员丨5天前
目的:应用下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术检测乳腺癌患者及高风险个体胚系基因突变,分析同源重组修复(homologous recombination repair,HR)通路基因突变状态与乳腺癌临床病理特征的相关性,以补充中国乳腺癌相关基因突变数据库。方法:本研究为横断面研究,收集2020年10月至2021年9月就诊于北京大学人民医院并自愿接受基因检测的350例乳腺癌患者和49例乳腺癌高风险个体的全血样本。应用NGS检测32个乳腺癌相关基因的胚系突变情况,统计乳腺癌患者发病年龄、肿瘤家族史、单/双侧肿瘤、Luminal分型(Luminal A型、Luminal B型、HER2过表达型和三阴性乳腺癌)、肿瘤大小、肿瘤转移情况等临床病理特征,采用χ2检验和Fisher精确概率检验分析HR通路基因突变与临床病理特征的相关性。结果:在350例乳腺癌患者中,64例(18.3%)携带基因致病突变(包括致病和疑似致病两类突变),包括47例(13.4%)BRCA1/2突变,16例(4.6%)非BRCA1/2基因突变,1例(0.3%)BRCA2和FANCL突变。在49例乳腺癌高风险个体中,7例(14.3%)携带基因致病突变,包括6例(12.3%)BRCA1/2突变,1例(2%)ATM突变。BRCA1/2致病突变与乳腺癌发病年龄相关(18%,8.7%,χ2=6.346, P=0.012),发病年龄≤45岁的乳腺癌患者突变频率较高。HR通路基因突变(包括致病、疑似致病和临床意义不明确的三类突变)与单/双侧肿瘤(49.5%,68.4%,χ2=4.841, P=0.028)和Luminal分型(45.7%,62.2%,32%,60%,χ2=12.004, P=0.007)具有相关性,双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者突变频率较高。 结论:乳腺癌高风险个体BRCA1/2致病突变频率与乳腺癌患者相近,对高风险个体进行BRCA1/2检测有利于指导乳腺癌的筛查和预防。早发性乳腺癌、双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者HR通路基因突变频率较高,应及早进行HR通路基因检测,为乳腺癌的诊疗预后和风险评估提供实验室依据。
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编辑人员丨5天前
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淮安市H3N2亚型流感病毒全基因组序列的遗传特征分析
编辑人员丨5天前
目的:了解江苏省淮安市H3N2亚型流感病毒的生物学特性和变异情况,为流感疫情防控与疫苗研发提供参考依据。方法:选取4株2022年淮安市流感监测网络实验室分离的流感毒株,通过全基因组核酸提取、文库构建,应用Nanopore三代测序平台对H3N2亚型毒株进行全基因组序列测定,利用生物信息学软件比对基因组序列相似性、构建系统发育树,解析氨基酸变异特征。结果:8个基因节段之间的核苷酸相似性为97.1%~100.0%,相似性差异最大的是HA基因(97.1%~99.9%),差异最小的是MP基因(98.6%~99.9%)。核苷酸位点变异频率最高和最低的节段分别是HA基因(3.06%)和MP基因(1.43%),不同基因节段核苷酸变异率有统计学意义( χ2=14.293, P=0.046)。HA和NA基因发育树拓扑结构基本一致,3株隶属3C.2a1b.2a.1a进化簇,1株独立属于3C.2a1b.1b进化分支且糖基化位点相较于另外3株在HA1蛋白142NWT、149NGT和NA蛋白436NLS位点发生丢失。4株淮安株均对NA抑制剂和金刚烷胺类药物敏感。 结论:1株淮安株抗原性发生了改变,与当年疫苗株匹配性较低,建议持续加强H3N2流感病毒的基因监测,为流感防控及流感疫苗筛选提供科学依据。
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编辑人员丨5天前
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RFC5在子宫颈癌中的表达及其对预后、免疫调控的影响和相关机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨复制因子C5(RFC5)在子宫颈癌中的表达及其对预后、免疫调控的影响和相关机制。方法:2023年5月从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载280例子宫颈癌患者RFC5 mRNA表达数据及临床数据。比较子宫颈癌组织和癌旁正常组织中RFC5 mRNA表达水平差异,分析不同临床病理特征患者RFC5 mRNA表达水平;根据子宫颈癌组织RFC5 mRNA中位表达水平将280例患者分为高表达组和低表达组,采用Kaplan-Meier法对两组进行生存分析,比较采用log-rank检验;利用基因表达谱交互分析(GEPIA)2在线工具验证子宫颈癌RFC5基因表达情况及与预后的关系。采用单因素、多因素Cox比例风险模型分析TCGA数据库子宫颈癌患者总生存(OS)的影响因素。利用LinkedOmics数据库筛选子宫颈癌中RFC5相关的共同差异表达基因(DEG),基于DAVID数据库对RFC5相关DEG进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。基于肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库,通过Spearman法分析RFC5表达与子宫颈癌肿瘤浸润免疫细胞的关系;基于肿瘤免疫系统相互作用数据库(TISIDB)分析子宫颈癌RFC5表达与免疫调节因子的关系。基于人类蛋白图谱(HPA)数据库分析子宫颈癌组织中RFC5蛋白表达情况。基于GEPIA2在线工具分析RFC5在泛癌中的表达及其与OS的关系。结果:TCGA数据库中RFC5 mRNA在子宫颈癌组织(277例)中相对表达水平高于癌旁正常组织(3例),差异有统计学意义( P<0.001);不同年龄、病理类型、临床分期子宫颈癌患者间癌组织中RFC5 mRNA相对表达水平差异均无统计学意义(均 P>0.05);RFC5高表达组(139例)子宫颈癌患者OS优于RFC5低表达患者(138例),差异有统计学意义( P=0.027)。GEPIA工具验证RFC5在子宫颈癌中的表达及其与OS的关系,得到相同结果。GO和KEGG富集分析显示,RFC5相关基因主要参与DNA复制、细胞周期、范可尼贫血、错配修复、碱基切除修复、核苷酸切除修复等信号通路。多因素Cox回归分析显示,年龄≥65岁、临床分期Ⅳ期、RFC5表达低水平是子宫颈癌患者OS不良的独立危险因素(均 P<0.05)。TIMER数据库分析显示,RFC5的表达与肿瘤纯度呈正相关( rho=0.198, P<0.001),而与B细胞( rho=0.062, P=0.306)、CD8 + T细胞( rho=0.168, P=0.005)、CD4 + T细胞( rho=-0.049, P=0.418)、巨噬细胞( rho=0.034, P=0.577)、中性粒细胞( rho=0.169, P=0.005)、骨髓树突细胞( rho=0.026, P=0.667)的浸润水平呈弱相关性或无相关性。对TISIDB数据分析显示,RFC5表达与免疫抑制因子和免疫刺激因子大多呈负相关性。HPA数据库分析显示,子宫颈癌组织RFC5蛋白的表达水平高于正常子宫颈组织。GEPIA在线工具分析显示,RFC5在多种恶性肿瘤中表达上调,RFC5高表达胸腺瘤患者OS优于其低表达患者,而RFC5高表达急性髓系白血病患者OS较其低表达患者差,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:RFC5在子宫颈癌组织中高表达,且其水平与子宫颈癌患者预后相关。RFC5过表达可能抑制子宫颈癌免疫调节因子的表达,可能是通过DNA复制、细胞周期、错配修复、碱基切除修复等相关通路调控子宫颈癌的发生与发展的。
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编辑人员丨5天前
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七例16p12.2微缺失或微重复胎儿的产前诊断和遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨16p12.2拷贝数变异的产前超声和遗传学诊断。方法:回顾性分析2017年1月至2021年12月在福建医科大学附属福州市第一医院行产前诊断的7例16p12.2微缺失/重复胎儿的产前诊断指征、产前超声表现、染色体核型、遗传学分析、变异溯源、妊娠结局及出生后随访情况等。对数据进行描述性统计分析。结果:3例为产前超声结构异常,包括多发畸形、室间隔缺损及唇腭裂各1例;其余4例为涉及心脏和肾脏的软指标异常。7例胎儿染色体核型分析均未见异常。单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP array)检测结果显示,4例16p12.2(远端)微缺失病例缺失的片段大小为381.7~542.4 kb,均包含 OTOA、 METTL9和 IGSF6等3个在线人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)基因;另3例16p12.2(近端)微缺失/重复的片段大小为484.0~701.7 kb,均包含 UQCRC2、 CDR2、 EEF2K和 POLR3E等4个OMIM基因。7例16p12.2微缺失/重复病例中,5例(例1、2、4、5、6)变异遗传自表型正常的母亲/父亲,其中3例(例2、4、5)足月分娩,出生情况正常;2例(例3、7)拒绝行家系验证。例3足月分娩,3个月行室间隔缺损修补术,随访至18个月未见明显异常。 结论:16p12.2区域微缺失/重复胎儿产前缺乏特异性表型。 OTOA基因是16p12.2远端区域异常关键基因。家系比对有助于减少不必要的主动终止妊娠。
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编辑人员丨5天前
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免疫遗传因素在慢性HBV感染中的作用
编辑人员丨5天前
乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染宿主后并不会直接导致肝细胞病变,而是通过与宿主免疫系统之间的相互作用引起细胞病变,使疾病进展。HBV感染宿主后有着不同的结局,这与感染HBV的宿主年龄、性别、种族等有关。然而,当同种族、性别及年龄相当的宿主经同方式感染相同的HBV亚型后,亦会出现不同的预后。这提示宿主免疫遗传因素在其中起到决定性的作用。固有免疫、适应性免疫和细胞因子通路中相关遗传因素的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与不同的临床预后情况密切相关。本文主要针对与慢性HBV感染相关的免疫遗传因素的最新研究进展进行综述,总结这些研究中发现的慢性HBV感染宿主免疫遗传决定因素的潜在作用及其临床意义,期望为临床实践提供帮助。
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编辑人员丨5天前
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超氧化物歧化酶1基因参与肌萎缩侧索硬化发病机制及相关治疗的研究进展
编辑人员丨5天前
肌萎缩侧索硬化(ALS),又称运动神经元病和“渐冻症”,是一种罕见的致死性神经退行性疾病,全球发病率不到1/10万人·年,我国2010年发病率为1.62/10万人·年。患者常在发病3~5年内因呼吸衰竭而死亡。发病机制复杂,至今仍无有效治疗。超氧化物歧化酶1(SOD1)基因是人们发现的第1个ALS致病基因,约占家族性ALS的18.9%和散发性ALS的1.2%,是亚洲人群,尤其东亚人群中最常见的ALS致病基因。我国ALS患者SOD1突变分布多位于2号和4号外显子,不同于北美ALS患者多突变于1号和4号外显子。SOD1突变将导致抗氧化酶作用减弱和线粒体功能障碍,以及谷氨酸介导的兴奋性毒性;除此之外,近年研究者们逐步发现SOD1突变亦会导致神经元内蛋白稳态失衡、SOD1蛋白类似朊蛋白样增殖和传播、转录因子功能失调和RNA代谢失调。临床上,携带SOD1突变的患者发病年龄较年轻,平均为48~52岁,绝大多数(95%)以肢体起病,生存时间中位数约为6年;我国SOD1突变患者发病更为年轻,约为44岁;平均生存时间更长,约为8年。但不同位点的突变对应的临床表型和进展速度差异显著。目前已有数项针对SOD1突变的2期临床试验,作用机制涉及反义寡核苷酸(tofersen)、RNA干扰(AAV-miRNA)以及促进错误折叠蛋白清除(arimoclomol)。但对结果需谨慎解读,同时仍需更大规模的临床试验进一步验证。
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编辑人员丨5天前
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microRNA调控小胶质细胞激活极化的研究进展
编辑人员丨5天前
微小RNA(microRNA,miRNA)是一类长约22个核苷酸的内源性非编码RNA,参与调控细胞增殖、分化、代谢、凋亡的各个方面。小胶质细胞是中枢神经系统的固有免疫细胞,参与介导免疫炎症反应,在众多神经系统疾病的发生、发展及康复过程中扮演重要角色。激活的小胶质细胞能够极化为M1和M2两种类型。M1型主要促进炎症反应的发生,M2型则具有抗炎和促进神经修复的功能。近年来研究发现,miRNA可以调控小胶质细胞的激活极化过程,影响多种神经系统疾病的进程。该文对miRNA的生物学作用及对小胶质细胞激活极化的调控进行综述。
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编辑人员丨5天前
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长链非编码RNA与哮喘中气道平滑肌细胞关系的研究进展
编辑人员丨5天前
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是长度大于200个核苷酸,无编码蛋白质功能的RNA分子。lncRNA主要在转录、转录后、翻译以及表观遗传学水平参与基因表达调控,广泛地参与细胞的增殖、分化、凋亡、迁移、衰老及代谢等各种生命过程,其表达与机体的正常发育及人类的很多疾病的发生密切相关。哮喘是一种以气道炎症、气道高反应性和气道重塑为特征的慢性疾病。研究发现,lncRNA在哮喘的发生发展过程中起重要作用。该文对lncRNA与哮喘中气道平滑肌细胞关系的研究进展作一综述。
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编辑人员丨5天前
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干扰素诱导跨膜蛋白3基因rs12252多态性与新型冠状病毒肺炎关联性研究
编辑人员丨5天前
目的:了解干扰素诱导跨膜蛋白3(IFITM3)基因rs12252多态性与新型冠状病毒感染之间的关联。方法:选择2020年1月至2021年1月北京市监测发现的新型冠状病毒肺炎病例及无症状感染者446例和健康对照人群65例。提取呼吸道样本基因组DNA,使用Sanger测序法检测IFITM3基因rs12252多态性。结果:无症状感染者、轻型病例、普通型病例中rs12252基因型分布频率与对照组无显著性差异( P值均>0.05),但重型病例中基因型分布具有显著差异( P<0.05)。60%的重型病例为CC基因型,明显高于其他类型病例、无症状感染者或健康人群。隐性遗传模型显示CC基因型个体比TT基因型和CT基因型个体有更高的风险发展为新冠肺炎重型或危重型( OR=3.546,95% CI:1.084~11.595)。 结论:IFITM3 rs12252CC基因型会导致较高的新冠肺炎重症感染风险。
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编辑人员丨5天前
