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恶性胸膜间皮瘤中差异表达基因的预后意义及免疫细胞浸润分析
编辑人员丨4天前
目的:基于生物信息学方法挖掘分析恶性胸膜间皮瘤(MPM)的差异表达基因,研究其在MPM中的预后价值及其在免疫治疗中的潜在作用。方法:于2022年1月,从GEO数据库下载数据集GSE51024,获得MPM(55例)和正常组织(41例)样本。利用R软件结合HMDD和miRNet数据库筛选MPM相关差异基因并确定共表达基因。对共表达基因进行富集和功能注释,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并确定关键基因。利用TRRUST、GEPIA数据库预测关键基因的转录因子及预后生存分析。使用TIMER分析关键基因和免疫细胞浸润程度的相关性。结果:共获得435个共表达基因,主要富集于细胞外基质组织、细胞黏附分子信号通路。结合PPI和TRRUST数据库,确定7个MPM预后相关的关键基因,其中细胞周期蛋白20(CDC20)、细胞周期检测点激酶1(CHEK1)、Zeste基因增强子同源物2(EZH2)、核糖核苷酸还原酶亚基M2(RRM2)、拓扑异构酶2A(TOP2A)、泛素样含植物同源结构域和环指域1(UHRF1)在MPM中的表达上调,周期调节蛋白A1(CCNA1)表达下调;CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1基因表达与MPM总体生存率有明显关联( P<0.05)。CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A基因表达与B细胞、树突状细胞均呈正相关( P<0.05),与中性粒细胞均呈负相关( P<0.05)。 结论:CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1可能是MPM患者潜在的预后标志物,其表达可能与MPM肿瘤免疫相关。
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编辑人员丨4天前
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姜黄素结合三维生物打印的甲基丙烯酸酐化明胶水凝胶可减少活性氧诱导的脂肪干细胞凋亡并提高糖尿病创面移植物的存活率
编辑人员丨4天前
晚期糖基化终末产物(AGE)与AGE受体(AGER)相互作用,可产生活性氧,导致皮肤Fb和血管内皮细胞凋亡,从而阻碍糖尿病创面愈合。浙江大学医学院附属第二医院韩春茂教授和王新刚教授团队在《Burns & Trauma》杂志发文《Curcumin?incorporated 3D bioprinting gelatin methacryloyl hydrogel reduces reactive oxygen species?induced adipose?derived stem cell apoptosis and improves implanting survival in diabetic wound》。该团队制备了一种含有姜黄素的三维生物打印甲基丙烯酸酐化明胶(GelMA)水凝胶支架,将其植入脂肪干细胞(ADSC)并应用于小鼠糖尿病创面。通过结构表征、蛋白质印迹法、活性氧和细胞凋亡测定来评估其抗氧化和抗细胞凋亡活性,并通过创面愈合实验评估了姜黄素通过AGE/AGER/核因子κB p65途径对细胞凋亡的潜在调节作用。通过扫描电子显微镜观察到,质量分数10%的GelMA水凝胶支架具有较好的机械性能和生物相容性,其圆形网状结构使其具有可打印性;苏木精?伊红染色显示,应用姜黄素?GelMA?ADSC的全层皮肤缺损裸鼠在第14、21天创面再上皮化更好;原位末端标记检测显示,姜黄素可减轻皮肤组织的细胞凋亡;血管内皮标志物CD31和α平滑肌肌动蛋白检测提示,姜黄素?GelMA?ADSC可诱导血管生成,从而加速糖尿病创面愈合。该研究说明姜黄素?GelMA?ADSC水凝胶是一种可有效加速创面愈合的生物材料。
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编辑人员丨4天前
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lncRNA MIR210HG在子痫前期胎盘组织中的表达及其功能分析
编辑人员丨4天前
目的:研究子痫前期(PE)产妇胎盘组织中长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达及其中之一MIR210HG对绒毛膜滋养层细胞系HTR8/SVneo细胞生物学特性的影响,并对MIR210HG进行功能分析。方法:选取2018年7月至2019年7月青岛大学附属医院收治的PE产妇39例(PE组)和同期正常妊娠产妇39例(对照组)。(1)采用转录组测序(RNA-seq)技术分析两组产妇胎盘组织中差异表达的lncRNA;实时荧光定量PCR技术方法检测两组产妇胎盘组织中差异表达的lncRNA之一MIR210HG的表达水平,并分析MIR210HG表达水平与收缩压、舒张压和新生儿出生体重的相关性。(2)构建小分子干扰RNA(siRNA),转染HTR8/SVneo细胞以敲低MIR210HG的表达,实验分为两组,即MIR210HG敲低(KD)组(HTR8/SVneo细胞转染siRNA敲低了MIR210HG的表达)和阴性对照(NC)组(HTR8/SVneo细胞转染NC siRNA),采用活细胞计数(CCK-8)法、穿膜小室(transwell小室)体外实验检测两组HTR8/SVneo细胞增殖和迁移能力的变化。(3)采用RNA相互作用百科全书(ENCORI)数据库预测与MIR210HG相互作用的RNA,并采用基因本体(GO)功能注释、京都基因和基因组百科全书(KEGG)和BioCarta通路富集方法对MIR210HG的功能进行分析。结果:(1)RNA-seq技术共检测出显著差异表达的lncRNA 26个,其中表达上调21个、下调5个。MIR210HG在PE组产妇胎盘组织中的表达水平显著高于对照组(分别为9.30 ±1.90、1.10 ±0.20; t=4.425, P<0.01);MIR210HG的表达水平与收缩压( r2=0.234, P<0.05)和舒张压( r2=0.190, P<0.05)均呈线性正相关关系,与新生儿出生体重呈线性负相关关系( r2=0.157, P<0.05)。(2)与NC组相比,KD组HTR8/SVneo细胞的增殖和迁移能力均显著增强( P均<0.05)。(3)ENCORI数据库分析共预测出可能与MIR210HG相互作用的RNA 38个。GO功能注释分析显示,MIR210HG可能参与免疫应答分子中介物产生的调控等27条通路的功能;KEGG通路富集显示,MIR210HG可能参与同种异体移植物排斥等8条通路的功能;BioCarta通路富集显示,MIR210HG可能参与翻译起始因子通路等8条通路的功能。 结论:lncRNA MIR210HG在PE产妇的胎盘组织中表达上调,降低MIR210HG的表达水平可促进HTR8/SVneo细胞的增殖和迁移,MIR210HG可能是滋养层细胞生物学行为的调节因子。
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编辑人员丨4天前
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白消安在儿童造血干细胞移植预处理中的研究进展
编辑人员丨4天前
白消安在造血干细胞移植(HSCT)预处理中发挥重要作用,但是其安全血药浓度范围狭窄,存在药物代谢动力学(PK)参数的高变异性,并且易受药物剂型、患者因素、药物间相互作用等多种因素影响。白消安PK参数变异性较高,可影响HSCT后移植物植入情况及相关并发症发生。由于儿童脏器发育不完善及体重不断变化等因素,白消安用药期间更加需要重视对其进行血药浓度监测。目前,关于儿童HSCT预处理方案中,白消安个体化用药及剂量调整的相关研究仍较少。笔者通过白消安PK参数的影响因素、白消安血药浓度与HSCT后移植物植入情况及相关并发症的关系,以及PK参数指导下的白消安剂量调整等,对白消安在儿童HSCT预处理中的研究进展进行综述,旨在为儿童HSCT预处理中白消安的临床应用提供参考。
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编辑人员丨4天前
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三维培养肿瘤模型在结直肠癌中的研究进展
编辑人员丨4天前
传统的肿瘤培养模型包括二维肿瘤细胞培养和异种移植物模型,前者存在缺乏肿瘤异质性、模型失真等问题,后者存在建模成功率偏低、耗时长、价格贵等缺点。近年出现的体外三维(3D)培养模型可以较好地模拟体内肿瘤的空间结构与生长环境,保留肿瘤细胞的病理与遗传学特征,并反映肿瘤细胞间、肿瘤与微环境间的复杂相互作用,逐渐成为肿瘤机制研究、药物筛选和肿瘤个体化治疗的有力工具。球状体、类器官、微流控装置等3D肿瘤模型技术日渐成熟,共培养、3D生物打印、气液界面等新技术的应用使模型的仿真性进一步提高,一些模型可重建肿瘤微环境,一些模型甚至具有内源性免疫成分与微脉管系统。近年来,有学者将异种移植物模型与类器官技术相结合,构建了体内/体外配对的生物模型库,发挥出两种技术的优势,并可针对具有特定分子学特征的肿瘤进行个体化精准疗法研发。至今,上述技术已广泛应用于结直肠癌研究领域。作者团队目前研究采用结直肠癌患者来源的3D微肿瘤模型指导术后化疗药物选择,建模成功率高、药物筛选实验结果理想。相信随着相关技术的进步,3D肿瘤模型将在结直肠癌研究、药物研发与转化、疗法筛选及个体化治疗等领域发挥巨大作用。
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编辑人员丨4天前
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单细胞测序技术在肠道相关基础研究中的应用
编辑人员丨4天前
近年来,随着单细胞技术的不断更新和发展,以单细胞转录组测序为代表的测序技术在世界范围内快速普及,该技术极大促进了我们对生物体内细胞异质性的理解。单细胞测序则是指在单个细胞水平上对其携带的遗传信息进行测序,旨在深层次了解同类细胞的不同亚群的分布及状态、相互作用等。单细胞测序技术的研究成果涉及肿瘤分型、靶向用药、免疫治疗,动植物胚胎发育,心血管疾病的发生发展机制等众多研究领域。同时,单细胞测序在微量检测技术方面的优势,包括新物种鉴定、病原筛查、病原进化、耐药监测和临床诊断等;还包括宿主层面的免疫应答,靶点评估及抗体筛查等。本文从单细胞测序技术在肠道研究中的应用现状进行详细综述,以期为后续研究提供参考。
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编辑人员丨4天前
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植物同源结构域锌指蛋白5A在肝细胞癌中的表达及其临床意义
编辑人员丨4天前
目的:基于生物信息学方法分析植物同源结构域锌指蛋白5A(PHF5A)在肝细胞癌(肝癌)中的表达及临床意义。方法:肿瘤免疫估计资源(TIMER)、UALCAN及临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)数据库分析PHF5A在肝癌中的表达。UALCAN数据库分析PHF5A表达与肝癌临床病理学特征的相关性,并利用癌症基因组图谱(TCGA)肝癌数据进行二元Logistics回归验证。基因表达谱交互分析(GEPIA)、Kaplan-Meier Plotter数据库分析PHF5A表达与肝癌患者预后的相关性,通过Cox回归模型评估PHF5A的预后价值并构建列线图预测患者的预后。LinkedOmics数据库分析肝癌中PHF5A的共表达基因,并进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,预测其生物学功能。基因集富集分析(GSEA)探讨PHF5A在肝癌中作用的机制。通过STRING数据库进一步构建PHF5A的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。单样本基因集富集分析(ssGSEA)研究PHF5A表达与肿瘤免疫浸润的关系,TIMER数据库分析PHF5A与免疫检查点基因的相关性。两组PHF5A表达比较采用 t检验或秩和检验,生存分析采用Kaplan-Meier法及Log-rank检验,采用Cox比例风险回归模型确定PHF5A对预后的价值。 结果:UALCAN数据库显示肝癌组织中PHF5A mRNA表达水平升高[癌比癌旁为23.761(18.367,30.691)比12.462(10.650,14.983), P<0.001]。CPTAC数据库进一步验证,肝癌中PHF5A蛋白表达量亦显著高于癌旁[0.006(-0.680,0.577)比-1.990(-2.582,-1.477), P<0.001]。PHF5A与肝癌患者临床分期(Ⅰ期比Ⅲ期)、组织学分级(G1比G3,G1比G4,G2比G3)显著正相关( P<0.05);Logistics回归分析显示,PHF5A与临床分期、组织学分级、T分期以及甲胎蛋白(AFP)水平显著相关[比值比( OR)=1.426、2.279、1.409、2.335, P<0.05]。GEPIA数据库显示PHF5A高表达组总生存期(OS)及无病生存期(DFS)更短[风险比( HR)=1.700,1.400, P<0.05];Kaplan-Meier Plotter数据库显示PHF5A高表达组OS、无进展生存期(PFS)、无复发生存期(RFS)、疾病特异性生存期(DSS)更短( HR=1.720、1.480、1.460、2.280, P<0.05)。多因素Cox分析结果显示,PHF5A是肝癌患者OS及PFS较短的独立危险因素( HR=1.928、2.272, P<0.01)。GO、KEGG富集分析结果显示PHF5A与RNA的剪接及加工、细胞周期、细胞分裂、正调控转录等显著相关( P<0.05)。GSEA富集分析结果显示PHF5A基因显著富集于剪接体、RNA降解、G2M检查点、细胞周期等信号通路( P<0.001)。ssGSEA分析表明PHF5A表达与肝癌组织中包括辅助型T细胞2、浆细胞样树突状细胞、细胞毒性细胞在内的多种免疫细胞浸润相关[相关系数(cor)=0.367,-0.278,-0.289, P<0.001]。PHF5A表达与常见的免疫检查点分子标志物PD1、PDL1、CTLA4、LAG3显著正相关(cor=0.246、0.267、0.273、0.168, P<0.01)。 结论:PHF5A在肝癌中高表达并提示预后不良,可能与异常的选择性剪接及抑制性免疫微环境相关。
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编辑人员丨4天前
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西方蜜蜂对秦岭及其周边地区传粉蜂的群落组成及其传粉网络的影响
编辑人员丨1周前
秦岭山脉以其丰富的植被和多样的传粉昆虫闻名,然而在过去的几十年里,由于意大利蜜蜂(Apis mellifera)的引入和扩散,蜂类物种的丰富度和数量显著下降.这一下降对该地区的群落结构和生态系统稳定性产生了连锁反应.为了改善秦岭山脉及其周边地区自然和农业景观中本土蜂类的保护,我们在三类栖息地(森林、森林-农业交错带和农田)的33个采样点进行了调查.我们使用广义线性混合模型、t检验等数据分析方法,探讨了意大利蜜蜂对不同栖息地中本地传粉蜂类的丰富度、数量以及传粉网络的影响.结果表明:①意大利蜜蜂显著负面影响了野生传粉蜂类的丰富度和数量,而中华蜜蜂(Apis cerana)的数量也受养蜂条件的影响.②意大利蜜蜂对秦岭山脉及其周边地区传粉蜂类的群落结构产生了显著的负面影响:在受意大利蜜蜂影响的地点,蜜蜂群落的香农-维纳多样性指数、皮尔洛均匀度指数和Margalef丰富度指数显著低于未受其影响的地点.③这种影响的根本原因是意大利蜜蜂对花卉资源的垄断.意大利蜜蜂倾向于访问具有大量蜜源的开花植物,这些植物在当地植物群落中占有重要比例.通过在蜂-植物传粉网络中保持主导地位,意大利蜜蜂竞争性地取代了本地传粉蜂类对花卉资源的访问权,最终导致本地蜂-植物互动的减少,降低了传粉网络的复杂性和稳定性.这些发现表明,需要采取有针对性的保护措施来保护本土传粉物种,维持秦岭山脉的生态平衡.
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编辑人员丨1周前
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VOZ转录因子在植物开花调控及胁迫响应中的研究进展
编辑人员丨1个月前
在植物生长发育过程中,开花和应激反应是至关重要的事件.VOZ(vascular plant one-zinc finger)转录因子是存在于维管植物及苔藓植物中的一类植物转录因子.它于2004年在拟南芥(Arabidopsis thaliana)中被鉴定出来,并已被证明在成花和逆境胁迫响应中发挥着重要作用.本文在介绍VOZ转录因子的结构特征及VOZ基因成员在不同物种中的分布情况的基础上,总结了VOZ基因在不同物种中的表达模式及其在植物生长发育过程中发挥的功能,包括促进植物成花诱导和果实发育、提高植物对生物胁迫的耐受力、降低植物对非生物胁迫的抵抗能力以及调控种子萌发等方面,并阐述了VOZ转录因子在不同调控途径中与相关蛋白发生相互作用,从而发挥功能的分子机制.本文总结了VOZ转录因子发挥不同功能时的分子机制,旨在为植物开花和逆境胁迫领域的研究人员提供帮助,为进一步研究奠定理论基础.
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编辑人员丨1个月前
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基于病原菌效应蛋白的甘蔗抗病育种新策略
编辑人员丨1个月前
甘蔗(Saccharum officinarum L.)病害是制约甘蔗生长和甘蔗产业发展的重要因素,而选育和推广甘蔗抗病品种是甘蔗产业高质量可持续发展的有效手段,但传统的甘蔗病害抗病育种具有优质基因挖掘和功能验证困难等局限性.效应蛋白是病原菌分泌以协助其定植宿主的小分子蛋白,解析病原菌效应蛋白与植物免疫系统的相互作用关系对于甘蔗抗病品种改良具有重要的指导意义.本综述讨论了宿主免疫系统的响应网络以及病原体通过分泌效应蛋白来逃避或破坏宿主免疫系统以成功定植感染的相关策略,并基于此提出了设计和改造甘蔗抗病新品种的相关思路.
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编辑人员丨1个月前
