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基于rbcL序列的辽宁省苍术药材DNA条形码研究
编辑人员丨4天前
目的:采用rbcL序列对辽宁采集北苍术根茎进行鉴定,为保证辽宁省道地药材栽培可行性提供依据。方法:收集辽宁省10个地区栽培的北苍术根茎共30份,提取总DNA,采用PCR筛选DNA条形码,并对样本的rbcL序列进行扩增、测序,计算扩增成功率和测序成功率;使用MEGA 7.0软件进行序列比对;使用邻接法(NJ)构建系统聚类树。结果:北苍术根茎DNA提取成功率均为93.3%,PCR扩增和测序成功率均为100%。辽宁省30个北苍术样本中,2个样本存在种内变异,其余北苍术的碱基序列均完全相同。北苍术与菊科近缘种苍术属药材距离较近,与菊科其他属植物之间遗传距离较远。NJ树可区分北苍术及其近缘种药材。结论:辽宁省北苍术栽培品质量基本相似,rbcL序列可作为北苍术DNA条形码鉴定的有效序列片段。
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编辑人员丨4天前
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覆盆子与其相似品种鉴别的分子标记筛选与评价研究
编辑人员丨4天前
目的:利用ITS2和 matK分子标记对覆盆子及其相似品种进行鉴别,规范覆盆子的基源。 方法:收集覆盆子及其相似品山莓、蓬蘽、茅莓、寒莓、高粱泡的ITS和 matK序列,经隐马尔可夫模型去除两端的5.8S和28S序列,共得到ITS2序列25条,经Clustal校对共获得 matK序列22条。运用MEGA软件分析各分类群的ITS2和 matK序列,计算种内和种间遗传距离,构建邻接系统进化树(NJ);通过ITS2 database预测各分类群的ITS2二级结构,采用4Sale软件比对二级结构,通过ProfDistS软件构建基于联合ITS2一级序列及其二级结构的剖面邻接(PNJ)系统发育树。 结果:分别基于ITS2和 matK标记的不同物种种间具有显著的遗传间隔。NJ树和PNJ树拓扑关系一致,各分类群表现出单系性。覆盆子ITS2二级结构与其相似品种均具有显著差异。 结论:建议ITS2和 matK序列均可作为鉴别覆盆子与其相似品种的DNA条形码,ITS2二级结构信息可丰富鉴定结果,可为覆盆子及悬钩子属植物的资源研究及品种选育提供依据。
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编辑人员丨4天前
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基于DNA条形码序列的辽宁省龙胆药材鉴定研究
编辑人员丨4天前
目的:基于内转录间隔区(ITS)碱基序列,运用DNA条形码技术对辽宁省9个地区道地药用植物龙胆 Gentiana scabra Bge.药材进行鉴别分析。 方法:利用DNA试剂盒提取法提取26批龙胆样本药用部位DNA,对ITS序列部分进行PCR扩增并双向测序,从Genbank下载药用植物龙胆的其他来源和外群序列,运用SeqMan 7.1.0软件对测序结果进行拼接,使用MEGA 7.0软件分析数据,计算K2P遗传距离,并利用邻接(NJ)法建立系统发育树进行分析。结果:根据NJ聚类树结果可知,不同来源的龙胆样品可聚为一大支,其中坚龙胆和三花龙胆分别聚为一支,区别较明显;龙胆与条叶龙胆聚为一支,亲缘关系较近,且结合变异位点与遗传距离可知,龙胆与条叶龙胆的碱基序列相似,种间差异较小。26批样本中仅1个样品出现种内变异,其余样本碱基序列均相同,“清原龙胆”与辽宁省其他地区龙胆样品无明显差异。结论:使用ITS序列的DNA条形码技术可用于龙胆药材及其不同来源的基原植物的种内和种间鉴别,且成功率较高。
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编辑人员丨4天前
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乳白香青的生药学研究
编辑人员丨1个月前
目的 采用生药学方法鉴别藏药乳白香青.方法 采用原植物鉴定、性状鉴定、显微鉴定、薄层色谱分析及DNA条形码鉴定方法进行鉴别.结果 乳白香青的药材断面和粉末显微特征明显;薄层色谱斑点清晰、分离效果好;经对ITS序列进行PCR扩增并测序,首次获得其ITS序列,GenBank注册号为:OQ096626,确定了乳白香青的DNA鉴定条形码.结论 所用方法可为乳白香青药材的鉴定、控制质量及资源开发提供参考.
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编辑人员丨1个月前
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基于DNA条形码技术的神农架国家公园川金丝猴食性研究
编辑人员丨1个月前
川金丝猴湖北亚种(Rhinopithecus roxellana hubeiensis)是种群数量最少的川金丝猴(R.roxellana)亚种,评估其食物组成及季节变化有助于了解其觅食策略和同域分布物种间的竞争关系,对物种保护及栖息地恢复等具有重要意义.分别于2023年冬季(2月)、春季(5月)和秋季(10月)在神农架国家公园采集金丝猴新鲜粪便样品,利用DNA宏条形码技术分析了粪便中的食源植物及其季节变化.研究共鉴别出127种金丝猴食源植物,分属于110个属62个科,科水平上相对序列丰度最高的为蔷薇科(Rosaceae),属水平上相对序列丰度最高的为花楸属(Sorbus),种水平上相对序列丰度最高的是地海椒(Archiphysalis sinensis).在不同季节食物组成中,冬季有56种,春季有76种,秋季有70种,其中春季偏好的食物为花楸属植物(Sorbus sp.)(27.34%)植物和藤山柳(Clematoclethra scandens)(16.56%);秋季偏好的食物为委陵菜(Potentilla chinensis)(22.12%)和花楸属植物(16.52%);冬季偏好的食物为地海椒(33.49%)和花楸属植物(28.13%).,3个季节的共有食物有20种,冬季的特有食物有16种,春季有29种,秋季有27种.冬季特有食物有地海椒等,春季特有食物有菱叶茴芹(Pimpinella rhomboidea)等,秋季特有食物有构树(Broussonetia papyrifera)等.春季和秋季之间的重叠食物种类最多有35种,春季和冬季的重叠食物种类有32种而冬季和秋季重叠食物种类最少仅有28种.不同季节食物多样性指数存在差异,冬季食物多样性指数最低,秋季较高,春季最高.食物多样性的季节变化与神农架植被物候特性一致.研究结果揭示了神农架川金丝猴的食物组成和季节变化,以及DNA条形码技术在食性研究中的优势和存在的问题,为川金丝猴的种群繁育和保护管理等提供了重要参考价值.
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编辑人员丨1个月前
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鄱阳湖白鹤越冬期不同阶段食物组成
编辑人员丨1个月前
鄱阳湖是IUCN极危鸟类白鹤(Leucogeranus leucogeranus)极为重要的越冬地.以前白鹤在鄱阳湖主要以沉水植物苦草(Vallisneria spp.)冬芽为食.课题组前期研究表明,近年来鄱阳湖苦草冬芽锐减导致白鹤的食物组成发生了变化,稻谷(Oryza sativa)、莲藕(Nelumbo nucifera)、蓼子草(Persicaria criopolitana)等已成为白鹤的主要食物.由于鄱阳湖食物资源丰富度存在较大的年内波动,白鹤的食物组成也可能随之变化,目前对于白鹤的食物组成随越冬期的变化情况尚不清楚.为此,基于2020/2021和2021/2022年越冬季采集的45份白鹤粪便样品,采用DNA宏条形码方法,对越冬期不同阶段白鹤的食物组成进行了分析,并对白鹤的生境利用情况进行了调查.结果表明,越冬期不同阶段白鹤的食物组成存在较大差异,在越冬前期(10月-11月),白鹤主要以莲藕((47.93±45.15)%SD)和蓼属(Persicaria;(47.63±43.43)%)为食;在越冬中期(12月-翌年1月),白鹤主要以蓼属((49.22±33.83)%)、莲藕((26.20±32.58)%)和水稻((19.08±35.18)%)为食;在越冬后期(翌年2月-3月),白鹤主要以蓼子草((23.94±16.75)%)、水稻((20.82±17.09)%)、莲藕((19.08±37.42)%)和禾本科((13.07±15.18)%)为食.NMDS和ANOSIM分析结果表明越冬期不同阶段的食物组成存在显著差异.白鹤的食性生态位宽度在越冬后期最宽(4.72±0.78),在越冬前期最窄(1.18±0.04).白鹤食物组成的变化与生境利用的变化趋势基本一致.白鹤在越冬前期主要利用藕塘,在越冬中期主要利用稻田和藕塘,在越冬后期对自然湿地的利用程度增加.越冬期不同阶段食物资源丰富度的变化可能导致了白鹤食物组成的变化.本研究有助于深入解析白鹤的食物组成及其影响因素,为白鹤保护政策的制定提供科学依据.
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编辑人员丨1个月前
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凤眼果的生药学研究
编辑人员丨2024/8/10
凤眼果具有温胃、杀虫等功效,其名称和性状易与苹婆属其他物种混淆,然而其相关研究基础比较薄弱.该研究对凤眼果性状、微性状、种子横切面及粉末显微特征进行观察;利用双向测序获取凤眼果DNA条形码序列ITS2、psb A-trn H、mat K、rbc L,计算Kimura 2-Parameter(K2P)遗传距离,建立邻接系统进化树并进行聚类分析.结果表明:(1)凤眼果性状特征为外被深红色果皮,种子表面红褐色或暗栗色,质硬,内含浅黄色肥厚胚乳 2 片.(2)微性状特征为外种皮红褐色,极薄,质脆;中种皮黑褐色,较厚,质硬;内种皮浅黄色,质软.(3)显微特征为外种皮石细胞结构和排列方式、中种皮栅状细胞结构、内种皮细胞壁呈连珠状增厚、草酸钙簇晶.(4)基于ITS2 序列可将凤眼果与苹婆属其他植物有效区分,mat K序列可将假苹婆与苹婆属其他植物有效区分.该研究获取的凤眼果性状、微性状及显微特征数据,结合ITS2 条形码序列可有效鉴别凤眼果,为其资源开发及质量标准制定提供了科学依据.
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编辑人员丨2024/8/10
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胡颓子科叶绿体基因组系统发育分析与演化趋势推断
编辑人员丨2024/7/27
[目的]探索胡颓子科叶绿体基因组演化趋势,为胡颓子科植物物种鉴定以及资源开发利用提供理论依据.[方法]该研究从头组装并注释了沙棘属和野牛果属共4个类群的叶绿体基因组,结合已发表的叶绿体基因组序列,比较了胡颓子科各类群叶绿体基因组的基因构成、重复序列和结构特征,建立了系统发育树,并通过高分化区定位了该科叶绿体基因组的潜在DNA条形码区域.[结果]胡颓子科各属叶绿体基因组在四分体结构、基因数量和排列上高度相似;沙棘属和野牛果属的反向重复区(IR)和整个基因组重复序列数目较胡颓子属有扩张和增加的趋势.胡颓子科18个类群的叶绿体全基因组序列的系统发育树中,胡颓子属个体聚为一支,最先分化出来,沙棘属和野牛果属各自聚为一支,具有最近的共同祖先;从长单拷贝区(LSC)和短单拷贝区(SSC)筛选出3个DNA条形码候选区,其中ycfI基因的鉴定效果最佳.[结论]胡颓子科的叶绿体基因组结构保守,但其非编码区序列在各属间存在明显差异,且IR区序列与重复序列在演化过程中分别有扩张和增多的趋势.研究选定的DNA条形码序列能很好区分胡颓子科各属之间以及胡颓子属内物种间关系.
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编辑人员丨2024/7/27
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药用植物虎耳草的DNA条形码鉴定及基因组大小评估
编辑人员丨2024/7/20
目的:通过对虎耳草(Saxifraga stolonifera)进行物种鉴定和基因组大小测定,以更全面地开发其植物资源的遗传信息.方法:通过对虎耳草DNA条形码引物的筛选,发现ITS2+matK条形码可确认待测的植物样本为虎耳草.进一步利用虎耳草及其近似物种的ITS2 和matK条形码序列构建系统发育树.进化分析结果表明虎耳草与其同属物种的亲缘关系较远.结果:流式细胞术估测虎耳草基因组大小约为 949.4 Mb.结论:本研究基于条形码序列对十堰武当山本地的虎耳草物种进行了鉴定,为虎耳草的基因组提供了特征信息,为后续虎耳草全基因组测序研究的物种选择和测序策略规划提供了参考.
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编辑人员丨2024/7/20
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药用植物DNA条形码与分子标记技术的研究进展
编辑人员丨2024/6/15
目的 对药用植物DNA条形码技术和分子标记技术的研究进展进行综述,为药用植物鉴定、遗传育种及种质资源保护的进一步研究奠定基础.方法 查阅总结近年来国内外文献,对DNA条形码技术和分子标记技术的特征、种类及在药用植物中的应用情况进行总结.结果 DNA条形码和分子标记技术已经被广泛应用于药用植物中.DNA条形码技术能够迅速且精确地对药用植物进行鉴定,克服了传统鉴别方式的缺陷;分子标记技术则以其操作简便、敏感度高、结果精确等优势,在促进药用植物的科学研究中获得了广泛的应用.结论 DNA条形码和分子标记技术的出现对药用植物的鉴定产生了积极的影响,为种质资源的保护、鉴定、亲缘关系分析和遗传进化提供了依据,随着科技的不断进步,DNA条形码和分子标记技术也将不断精确,并对中医药现代化产生更加深远的影响.
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编辑人员丨2024/6/15
