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安徽省2020年柯萨奇病毒A组4型分离株全基因组序列分析
编辑人员丨1周前
目的:了解安徽省柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株全基因组序列变异及分子进化情况,为今后手足口病的病原学监测和科学防治提供理论依据。方法:采用一代测序法对2020年5株CV-A4分离株进行全基因组测序。运用MEGA11.0对5株CV-A4分离株,32株CV-A4代表株和肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)原型株BrCr基于VP1区构建系统进化树,对分离株以及肠道病毒A组(enterovirus A,EV-A)原型代表株基于P1、P2、P3区分别构建系统进化树;选用DNAStar进行毒株VP1区氨基酸序列比对,使用BioEdit7.2进行氨基酸置换熵分析并作氨基酸位点熵值图,使用SimPlot3.5和RDP4对CV-A4分离株和EV-A原型代表株进行重组分析,使用DnaSP6软件进行分离株和参考代表株的选择压力分析。结果:系统进化树显示:分离株属于C2亚型,与中国大陆地区流行的CV-A4毒株属于同一分支,C2亚型分支的毒株氨基酸序列同源性为97.30%~100%,分离株同原型相比,均有6个氨基酸变异位点。选择压力分析表明C2亚型的CV-A4毒株受负选择压力的影响,置换熵分析编码区氨基酸序列有25个易突变位点,占比1.14%,毒株进化主要依赖重组。重组分析表明分离株在P2、P3区域与多种EV-A原型株发生不同区段的重组,与CV-A5原型株重组区段较长,尤其在3A-3C区段,P1是相对保守的区段。结论:安徽省CV-A4在P2、P3区与其他EV-A原型株发生频繁重组事件,应对安徽省CV-A4的分子进化研究继续保持密切关注。
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编辑人员丨1周前
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全球柯萨奇病毒A组6型VP1区进化与正向选择位点分析
编辑人员丨1周前
目的:基于柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6,CV-A6)VP1编码区寻找与其流行强度增加有关的关键氨基酸位点。方法:对GenBank数据库中全部CV-A6 VP1编码区核苷酸序列进行筛选,获得其中的1 533条序列进行比对。使用RAxML软件构建最大似然树。使用Shannon Entropy在线分析工具计算序列的氨基酸置换熵值,并用Datamonkey在线分析平台通过MEME,SLAC和FUBAR三种方法来分析正向选择位点。结果:目前全球流行的CV-A6以D3基因亚型为主。在VP1编码区存在三个高度可变的氨基酸位点,分别是VP1-5、VP1-30、VP1-137。三种方法均发现VP1-5、VP1-90、VP1-137三个位点在流行中受到过正向选择的作用。结论:应继续加强对D3基因亚型CV-A6的监测,D3基因亚型的CV-A6在位于DE环中的VP1-137高度可变且受到了正向选择的作用,需要加以重视,并通过进一步研究来确定它与D3亚型广泛流行的关系。
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编辑人员丨1周前
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表现为肌无力伴肝衰竭的迟发型戊二酸血症Ⅱ型1例
编辑人员丨1周前
回顾分析深圳市儿童医院儿童重症医学科(PICU)收治的1例迟发型戊二酸血症Ⅱ型患儿的临床资料和治疗经过。患儿,女,以进行性近端肌无力加重为主要表现,伴呕吐、腹痛、肝大,血清转氨酶、胆红素和肌酸激酶增高,高血氨,低血糖,代谢性酸中毒。血液氨基酸及酰基肉碱谱分析见多种酰基肉碱升高,肌肉活检为脂质沉积性肌病,全外显子组测序显示电子转运黄素蛋白脱氢酶( ETFDH)基因纯合突变。经过维生素B 2、左卡尼汀、辅酶Q10及血浆置换治疗,患儿肌力恢复,各项生化指标恢复正常。对临床上出现迅速进展的肌病,伴肝损害、血清肌酸激酶增高的患儿,应警惕迟发型戊二酸血症Ⅱ型。提高认识是早期诊断和治疗的关键。
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编辑人员丨1周前
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ABO基因c.398T>C新变异导致Bweak表型的分子特性研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨1例Bweak亚型个体的分子机制。方法:选取2016年12月5日于浙江省血液中心献血的1例受试者为研究对象。利用血清学方法鉴定受试者的ABO表型,用体外酶活性试验测定其血清中B糖基转移酶(GTB)的活性。用PCR扩增 ABO基因第5 ~ 7外显子及侧翼序列并确定其基因型,采用T-A克隆技术分离单倍体并进行测序验证。用ProtParam和PSIPRED软件分析蛋白的一级理化性质和二级结构。用PolyPhen-2、SIFT、PROVEAN三种软件分析错义变异对蛋白的作用效应。 结果:受试者血清学检测为Bweak亚型,血清中存在抗B抗体。体外酶活性试验显示其GTB活性显著降低。单倍体克隆测序分析发现B等位基因上存在c.398T>C错义变异,为一个新的B等位基因,可导致GTB第133位的苯丙氨酸替换为丝氨酸(p.Phe133Ser)。生物信息学分析提示上述替换对蛋白的一级和二级结构影响不明显,但变异蛋白的热力学能量增加6.07 kcal/mol,严重降低了热稳定性,生物信息学预测该变异对蛋白功能有害。结论:新等位基因 ABO* B.01-398C是引起Bweak亚型抗原弱表达的机制,生物信息学分析有助于评估其结构和功能的变化。
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编辑人员丨1周前
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一例Bw亚型的糖基转移酶等位基因鉴定及蛋白结构分析
编辑人员丨1周前
目的:对1例Bw亚型个体进行分子遗传学及蛋白结构分析。方法:采用血清学技术进行红细胞表面抗原和血清中抗体的测定,并用PCR-基于序列的分型(PCR-sequence-based typing,PCR-SBT)方法进行 ABO基因的全编码区序列和第1内含子区红系特异性调控元件的分析。进一步对存在突变位点的第5~7外显子扩增片段进行T-A克隆分离单倍体和序列验证分析。应用Pymol软件对突变蛋白进行3D结构的模拟,分析氨基酸残基的变化对蛋白结构稳定性的影响。 结果:该样本血清学表现为B抗原减弱,血清中含有抗-B抗体。 ABO基因全编码区测序初步确定其基因型为ABO*B.01/ABO*O.01.01伴有c.734C/T的杂合突变。第1内含子红系特异性调控元件区碱基序列无异常。通过单倍体克隆分离,确定突变位点c.734T位于ABO*B.01等位基因链,另一个等位基因为ABO*O.01.01。该突变将B糖基转移酶活性中心245位Thr置换为Ile。蛋白3D结构的模拟分析发现氨基酸置换后,与之结合的残基未发生改变而连接的氢键距离发生变化,同时增加了与远距离水分子之间的连接。 结论:B糖基转移酶基因c.734C>T突变导致酶活性中心氨基酸置换,影响了突变B糖基转移酶蛋白稳定性,引起酶活性减弱,从而产生了Bw变异型。
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编辑人员丨1周前
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瑞芬太尼联合右美托咪定用于老年患者骨科手术中的临床研究
编辑人员丨2024/3/16
目的 探究瑞芬太尼、右美托咪定控制性降压对老年骨科手术患者凝血功能、脑氧代谢和氨基酸类神经递质水平的影响.方法 入选行下肢骨科手术的老年患者为研究对象,根据麻醉药物不同分为A组(给予右美托咪定降压)、B组(给予瑞芬太尼降压)、C组(给予瑞芬太尼联合右美托咪定降压).比较3组患者收缩压(SBP)、舒张压(DBP)、心率(HR),脑氧代谢[颈内动脉血氧含量(CaO2)、颈静脉球部血氧饱和度(SjvO2)、颈内静脉血氧含量(CjvO2)]、凝血功能[活化部分凝血活酶时间(APTT)、凝血酶原时间(PT)、凝血酶时间(TT)、血浆纤维蛋白原(FIB)]、氨基酸类神经递质[谷氨酸(Glu)、天冬氨酸(Asp)、γ-氨基丁酸(GABA)],并记录试验期间药物不良反应发生情况.结果 麻醉后12 h,A 组、B 组和 C 组的 APTT 分别为(17.26±2.77)、(17.37±2.92)和(31.11±4.74)s,GABA 分别为(18.74±2.71)、(19.22±2.60)和(23.37±2.59)mmol·L-1;停药后 3 min,A 组、B 组和 C 组的 CaO2 分别为(139.31±9.03)、(140.90±8.70)和(131.75±10.11)mL·L-1,SjvO2 分别为(63.59±2.23)%、(63.40±2.44)%和(68.82±3.36)%;C 组的上述指标与 A组、B组比较,差异均有统计学意义(均P<0.05).A组、B组和C组的药物不良反应发生率分别为12.82%、27.50%和7.32%,C组药物不良反应发生率低于A组和B组(均P<0.05).结论 瑞芬太尼联合右美托咪定控制性降压应用于老年骨科手术,有较好的血压控制效果,可改善患者术后凝血功能,维持脑氧代谢平衡,减少认知功能损伤以及麻醉不良反应的发生.
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编辑人员丨2024/3/16
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右美托咪定对老年患者术后早期认知功能障碍保护机制的代谢组学研究
编辑人员丨2023/11/25
目的 通过对右美托咪定干预后老年患者术后早期认知功能相关代谢物测定,探讨右美托咪定保护术后早期认知功能的作用机理.方法 采用随机、单盲、安慰剂对照研究设计方案,选择2022年1-5月陆军特色医学中心关节外科收治关节炎并接受关节置换手术(含髋关节置换术和膝关节置换术)的老年患者48例,其中男性10例,女性38例,平均年龄71.38(65~89)岁.按2∶1比例随机分为右美托咪定组(DEX组)32例和对照组(CON组,以相同的方法等容等速持续泵注0.9%生理盐水)16例.分别在术前、后1天采用简易智力状态检查量表(mini-mental state examination,MMSE)对患者认知功能进行评估.使用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱联用(ultra-high performance liquid chromatography coupled with Q Exactive mass spectrometry,UHPLC-QE-MS)对患者血清样本进行代谢组学分析,筛选差异代谢物及其通路.结果 以术后MMSE评分低于术前≥2分判定为POCD,DEX组、CON组发生率分别6.25%、37.5%,2组差异有统计学意义(x2=5.419,P=0.02).代谢组学检测出70种差异代谢物,DEX组十二酸乙酯、前列腺素D2、硫酸吲哚氧基、表油菜素内酯、二酰基甘油(18∶4/15∶0/0∶0)、甘油三酯H等明显下调;L-异亮氨酸、正亮氨酸、甜菜碱、3,3,5-三碘-L-酪氨酸-β-D-葡萄糖醛酸苷、磷脂酰胆碱(22∶6/16∶1)、磷脂酰胆碱(22∶5/14∶0)、磷脂酰胆碱(18∶4/18∶1)、脑磷脂(20∶3/14∶1)、甘油磷酸胆碱、L-丝氨酸、γ-氨基丁酸等显著上调;涉及的主要通路有甘油磷脂代谢,氨酰-tRNA生物合成,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢通路,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢通路等.结论 右美托咪定能通过参与脂质代谢、氨基酸代谢等多种生物途径,抑制炎症反应、减轻氧化应激、改善突触结构和功能、调控细胞能量代谢等来保护术后早期认知功能.
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编辑人员丨2023/11/25
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乙型肝炎病毒“a”决定簇的变异对HBsAg定量的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的 为了明确乙型肝炎病毒“a”决定簇的变异对乙肝表面抗原(hepatitis B virus surface antigen,HBsAg)定量的影响.方法 收集广州血液中心无偿献血者的乙肝HBsAg阳性血清标本,共41例;采用时间分辨免疫荧光法对乙肝HBsAg进行定量,根据HBsAg定量结果将标本分为两组:低HBsAg组(0.05~100 IU/mL)和高HBsAg组(>100IU/mL);提取乙型肝炎病毒DNA,采用高灵敏度巢式PCR扩增病毒DNA的S区,对S区“a”决定簇氨基酸序列进行比对.结果 41例乙肝HBsAg阳性标本中,以B基因型为主,占75.6%;C基因型占24.4%;对HBV病毒S区“a”决定簇氨基酸置换位点和置换率进行分析,没有发现低HBsAg组(0.05~100 IU/mL)和高HBsAg组(>100IU/mL)存在特异性的氨基酸置换位点.低HBsAg组与高HBsAg组S区中“a”决定簇的氨基酸置换率相比差异无统计学意义(P>0.05).结论 乙肝病毒“a”决定簇的变异并不是影响HBsAg定量的主要因素.
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编辑人员丨2023/8/6
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上海市柯萨奇病毒A6型流行株基因进化与选择压力分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 对上海市柯萨奇病毒A6型(CVA6)流行株的基因进化和选择压力进行分析,为今后手足口病的防治提供理论依据.方法 选取美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中的CVA6参考序列,与2011-2015年上海地区CVA6流行株的VP1基因序列进行比对,采用MEGA软件构建进化树;扩增2014-2015年上海地区CVA6流行株的全长基因序列,采用Bioedit软件计算氨基酸置换熵值,用Datamonkey在线软件预测正向选择位点.结果 基于VP1基因序列的进化树显示2011-2015年上海地区的CVA6流行株为D3、D6和D7亚型,2014年后为D7亚型.氨基酸置换熵值计算共获得39个熵值>0.6的位点.选取FEL和IFEL模型分析分别发现3个和4个正向选择位点,VP1的595位和3D区的1 999位为分析获得的共同氨基酸变异位点.结论 2014-2015年,上海地区流行的CVA6属于D7亚型,VP1区未出现显著的基因变异,应继续保持对上海地区CVA6的基因进化趋势研究并密切关注基因变异情况.
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编辑人员丨2023/8/6
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骨质疏松对非骨水泥型人工全髋关节置换术患者近远期疗效的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨骨质疏松对非骨水泥型人工全髋关节置换术患者术中、术后临床疗效的影响.方法 选取榆林市第二医院2014年3月至2017年3月行非骨水泥型人工全髋关节置换术的髋部骨折患者136例,依据骨质疏松发生情况分为疏松组(51例)和对照组(85例),其中疏松组患者依据术后药物治疗分为替勃龙组(26例)和钙剂组(复方氨基酸螯合钙胶囊,25例),随访12周,统计分析所有患者术中失血量、引流量、手术时间和采用酶联免疫吸附试验测定血清骨碱性磷酸酶(sBAP)、骨钙素(sOC)、Ⅰ型胶原交联C端肽(sCTx),应用髋关节Harris评分评估髋关节功能,采用双能X线吸收法检测治疗前后腰椎骨密度(BMD).结果 所有患者术中失血量、引流量、手术时间比较,差异无统计意义(P >0.05);在血清sBAP、sOC、sCTx水平方面,替勃龙组患者明显优于对照组,钙剂组患者明显优于对照组,差异具有统计学意义(P <0.05);替勃龙组患者髋关节功能优良率为57.69%,钙剂组患者髋关节功能优良率为44.00%,对照组患者髋关节功能优良率为71.76%,对照组>替勃龙组>钙剂组,差异具有统计学意义(P <0.05);对照组患者12周内腰椎BMD高于替勃龙组,但差异无统计学意义(P >0.05),替勃龙组和对照组患者腰椎BMD明显高于钙剂组,差异具有统计学意义(P <0.05).结论 非骨水泥型人工全髋关节置换术后骨质疏松患者骨代谢和骨密度均差于非骨质疏松患者,髋关节功能恢复较差,术后给予替勃龙抗骨质疏松治疗可有效避免骨量的进一步丢失,值得临床作进一步推广.
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编辑人员丨2023/8/6
