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污水中新型冠状病毒富集浓缩和核酸检测方法标准(WS/T 799-2022)
编辑人员丨5天前
新型冠状病毒肺炎疫情暴发以来,全球多个国家已建立基于污水流行病学的污水新冠病毒监测,而我国尚未建立污水中新型冠状病毒的标准检测方法。本标准给出了聚乙二醇沉淀法、铝盐混凝沉淀法和离心超滤法三种污水中新型冠状病毒富集浓缩方法,以用于生活污水、医疗机构污水中新型冠状病毒富集浓缩和核酸检测。本标准的制定对规范污水中新型冠状病毒检测、对保证污水中新型冠状病毒检测的科学性、有效性具有重要意义。
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编辑人员丨5天前
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基于污水流行病学的北京市四种毒品消费水平的估算研究
编辑人员丨5天前
目的:基于污水流行病学估算北京市四种毒品的消费水平。方法:于2020年7月至2021年2月,采集北京市某大型污水处理厂初级污泥,采用固相萃取-液相色谱-串联质谱法检测污泥中可待因、美沙酮、氯胺酮和吗啡的浓度,通过污水流行病学方法估算四种毒品的消费量、流行率和消费人数。结果:416份污泥样品中,可待因检出率最高(82.93%, n=345),检出浓度 M( Q1, Q3)为0.40(0.22,0.8)ng·g -1;吗啡检出率最低(28.37%, n=118),检出浓度 M( Q1, Q3)为0.13(0.09,0.17)ng·g -1。四种毒品在工作日和休息日的消费量差异无统计学意义( P值均>0.05);季节差异存在统计学意义,冬季消费量较高( P值均<0.05),冬季可待因、美沙酮、氯胺酮、吗啡的消费量 M( Q1, Q3)分别为24.9(15.58,38.6)、9.39(4.57,26.72)、9.84(5.18,19.45)、5.67(3.57,13.77)μg·人 -1·d -1。可待因、美沙酮、氯胺酮、吗啡在夏、秋、冬三季的消费量均呈上升趋势(趋势检验 Z值分别为3.23、3.16、2.19、3.32, P值均<0.05)。可待因、美沙酮、氯胺酮和吗啡流行率 M( Q1, Q3)分别为0.005 6%(0.003 4%,0.009 2%)、0.014 8%(0.009 6%,0.026 7%)、0.033 3%(0.021 0%,0.071 0%)和0.007 2%(0.003 8%,0.011 7%);消费人数 M( Q1, Q3)分别为918(549,1 511)、2 429(1 578,4 383)、5 451(3 444,11 642)和1 173(626,1 925)人。 结论:北京市污水处理厂污泥中可待因、美沙酮、氯胺酮和吗啡均被检出,且人群消费量具有季节性差异。
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编辑人员丨5天前
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河北省保定市一起水源性诺如病毒暴发疫情的流行特征及病原学研究
编辑人员丨5天前
目的:对河北省保定市一起水源性诺如病毒感染性腹泻暴发疫情进行调查分析,了解其流行特征,确定致病原。方法:开展现场流行病学调查,采集患者呕吐物、肛拭子或粪便标本,居民末梢水以及污水井井水标本,采用荧光定量PCR(real-time PCR)检测诺如病毒核酸,对阳性标本进行扩增并测序分析。结果:该小区发现病例70例,罹患率为2.33%。17份患者样本和6份水样经荧光定量PCR法检测均出现GI和/或GII核酸阳性。测序分析显示患者样本和污水井井水的诺如病毒都为GI.6和GII.2这两种基因型,序列同源性均高于98.8%。结论:本次疫情为一起由水源水污染导致的诺如病毒感染性胃肠炎暴发疫情,需加强对水源水的日常管理,定期消毒,广泛宣传,预防此类事件的发生。
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编辑人员丨5天前
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2016—2018年济南市生活污水轮状病毒A组分子流行病学特征分析
编辑人员丨5天前
目的:了解生活污水中的A组轮状病毒(RVA)的检出情况及分子流行病学特征。方法:本研究于2016—2018年3年期间,在济南市每月采集生活污水,获得的36份污水样本通过阴离子膜吸附洗脱法浓缩后,进行核酸提取,RT-PCR扩增RVA VP7和VP4基因片段,再经纯化、TA克隆和测序后,对所获得的序列进行基因定型、同源性分析和系统发生学分析。结果:36份污水样本中有31份检测出RVA G基因(检出率为86.1%),33份样本检测出RVA P基因型(检出率为91.7%)。共获得RVA序列536条,其中G基因型序列225条,分属于6个基因型,G9型别占比最多为92.4%(208条);获得P基因型序列311条,分属于4个基因型,优势型P[8]占50.1%(156条),P[4]次之为41.8%(130条)。系统发生学分析显示优势型别G9、P[8]在当地均存在多个传播链共循环。结论:本研究通过对济南市生活污水所获得的RVA相关序列进行型别、同源性、系统发生学特征的分析,进一步证实RVA环境监测可行且必要。
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编辑人员丨5天前
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2017—2021年福建省外环境禽流感病毒监测
编辑人员丨5天前
目的:分析2017—2021年福建省外环境禽流感病毒流行特点,为禽流感防控、预测工作提供参考。方法:在福建省6地市监测点的4类禽类相关不同场所进行6类不同类型标本的采样,采用荧光定量PCR法对环境标本进行A型、H5、H7和H9亚型核酸检测,并采用流行病学方法对检测结果进行分析。结果:2017—2021年共采集6个监测点标本4 214份,其中A型禽流感病毒阳性率为41.53%(1 750份),H5、H7和H9亚型阳性率分别为2.33%(98份)、1.16%(49份)和23.16%(976份),H5+H7亚型阳性率为0.05%(2份),H5+H9亚型阳性率为1.83%(77份),H7+H9亚型阳性率为0.83%(35份),H5+H7+H9亚型阳性率为0.09%(4份),A型阳性未分型的阳性率为12.08%(509份)。不同检测场所和不同类型标本A型阳性率的差异具有统计学意义( χ2=517.57, P<0.001; χ2=51.58, P<0.001):城乡活禽市场的禽流感病毒阳性率最高(49.72%);不同类型标本中笼具表面擦拭标本(48.09%)、清洗禽类的污水(47.34%)和宰杀或摆放禽肉案板表面(45.66%)的阳性率较高。不同地区监测点的A型阳性率差异具有统计学意义( χ2=458.34, P<0.001):A型阳性率最高和最低的地市分别是三明市(56.00%)和漳州市(3.34%)。在时间分布方面,冬春季(11月至次年2月)和夏季(6~8月)的阳性率较高。 结论:福建省禽流感病毒总体阳性率较高,以H9亚型为主,应重点加强冬春季和夏季禽流感病毒的监测,加强对城乡活禽市场的监管力度。
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编辑人员丨5天前
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基于社区健康水平的新型冠状病毒污水流行病学监测与预警研究进展
编辑人员丨5天前
新型冠状病毒的广泛流行,对人类健康构成了严重威胁,对社会经济各方面造成了巨大的损失。目前的公共卫生防护措施耗资大,且存在潜在的健康风险,因此启用高效经济的公共卫生预警监测手段迫在眉睫。本文综述了目前COVID-19流行病学监测方法及基于污水流行病学(WBE)监测的高效、经济、领先性等优越性,同时对基于社区WBE监测以预警新冠肺炎疫情的流行起点、常规监测、预测流行病传播规模参数等三个方面进行阐述,提出WBE监测作为公共卫生早期预警和监测系统的潜在应用价值,探讨其存在问题及未来发展方向,试图为我国建立和完善WBE新冠病毒监测系统提供理论依据。
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编辑人员丨5天前
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深圳市基于污水流行病学的新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者来源追踪案例分析
编辑人员丨5天前
污水流行病学(WBE)是一门新兴学科,已被应用于药物滥用追踪和传染病病原体监测。在新型冠状病毒(简称新冠病毒)感染疫情期间,WBE被应用于监测疫情流行趋势和提供早期预警。为了及时发现隐匿的新冠病毒感染者,防止其在社区的传播,深圳市于2022年7月26日至11月30日在福田、南山、罗湖和盐田区的口岸地带、城中村、居民小区等重点场所布设369个污水采样点位,覆盖193万人口,开展污水监测新冠病毒的工作。每日在用水高峰时段进行3 h连续采样,采用聚乙二醇沉淀法和RT-qPCR进行污水病毒富集浓缩及新冠病毒核酸检测,并形成了阳性水样处置流程。本文旨在介绍深圳市基于城市污水开展新冠病毒感染者来源追踪的相关案例,在罗湖区洪湖水质净化厂污水监测有效发挥了早期预警作用并实现感染者来源追踪;在福田区福田南路阳性水样处置中获得监测点位布设的重要经验;在南山区南山村污水监测中揭示了隐匿感染者的存在。分享基于WBE的新冠病毒监测和感染者追踪,避免新冠病毒感染者在社区传播的经验,总结污水监测的优势和应用前景,为未来具有肠道排毒的新发或再发传染病病原体监测提供新的研究思路。
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编辑人员丨5天前
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2013-2022年湖南省人感染H9N2禽流感病例及外环境H9亚型禽流感病毒监测分析
编辑人员丨1周前
目的 通过分析2013-2022年湖南省人感染H9N2禽流感病例的流行病学和临床特征,以及外环境H9亚型禽流感病毒污染情况,为人感染H9N2禽流感防控提供科学依据.方法 通过中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统或突发公共卫生事件信息报告管理系统收集2013-2022年湖南省人感染H9N2禽流感病例、病例报告卡和疫情现场调查处置报告,收集病例临床资料和流行病学信息;2013-2022年分别对采集湖南省城乡活禽市场、规模养殖场(户)、家禽散养户、家禽屠宰加工厂和野生禽鸟栖息地5类场所外环境标本,运用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-PCR)进行禽流感病毒检测,对病例信息、外环境标本禽流感病毒核酸检测等数据进行统计分析.结果 2013-2022年湖南省累计报告人感染H9N2禽流感14例,均为散发轻症病例,病例均通过流感样病例(ILI)常规监测发现.病例主要为儿童,中位年龄3.5岁(P25=1.4,P75=9.8),涉及湖南省9个市(自治州)的11个县(区);13例病例出现发热,最高体温中位数为39.0(P25=38.0,P75=39.5)℃;57.00%的病例有禽类或活禽市场、加工烹饪宰杀禽类暴露史(8/14).2013-2022年湖南省共采集并检测外环境禽流感标本39 225份,A型禽流感病毒阳性率为40.79%(15 998/39 225),其中H9阳性率为23.46%(9 201/39 225).H9阳性率呈现逐年上升趋势(趋势x2=231.460,P<0.001).不同监测场所H9阳性率差异具有统计学意义(x2=1142.460,P<0.001),活禽市场H9阳性率最高(26.28%);不同标本类型H9阳性率差异有统计学意义(x2=1241.060,P<0.001),清洗禽类污水标本H9阳性率最高(31.06%).结论 湖南省人感染H9N2禽流感疫情全省散发,局部地区较为集中.活禽交易市场和禽类污水中H9亚型污染较严重,禽类和活禽市场是人感染禽流感病毒的主要来源.因此,需做好人群和外环境禽流感的监测和防控,加强各类涉禽场所的外环境消毒,烹饪宰杀禽类相关工作人员需做好个人防护.
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编辑人员丨1周前
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2022-2023年深圳污水中诺如病毒的监测分析
编辑人员丨1个月前
目的 为了探索诺如病毒的分布和时间动态变化特征,初步量化污水中诺如病毒基因Ⅰ型和Ⅱ型(GⅠ和GⅡ)RNA浓度,以构建污水中诺如病毒定量检测数据库,为进一步开展基于污水流行病学诺如病毒监测预测人群感染的研究提供基本资料与数据支撑.方法 在深圳市设立5个污水采样点,进行为期一年的定性定量监测.从2022年8月-2023年8月,每周规律采样.采用逆转录PCR(reverse transcription-PCR,RT-PCR)方法,对诺如病毒(GⅠ和GⅡ)进行检测和定性分析;采用圆盘电泳过滤器和聚乙二醇沉淀法,提取核酸;采用定量逆转录-聚合酶链反应(quantitative re-verse transcription-polymerase chain reaction,RT-qPCR)进行定量分析.诺如病毒RNA载量进行log10转化,数值归一化处理;率的比较采用x2检验或Fisher确切概率法;对定量数据(不符合正态分布)比较采用Wilcoxon符号秩和检验.结果 在5个污水处理厂采集的260份污水中,诺如病毒GⅠ型、GⅡ型的总检出率分别为88.85%、91.15%,其中,96.5%样品同时检测出GⅠ、GⅡ型.研究期间,诺如病毒在2月和3月达到高峰,GⅠ、GⅡ型最高值达到108.67 GC/L和108.06 GC/L.诺如病毒在原始废水样品中广泛分布,GⅠ、GⅡ型分别为83.3%~100%和91.6%~100%,其中,诺如病毒GⅠ、GⅡ型RNA载量范围分别为3.8~6.66 log10 GC/L、3.8~7.3 log10 GC/L,均值为106.11 GC/L、106.15 GC/L.结论 通过污水中诺如病毒的监测,证实诺如病毒常年存在,全年四季的病毒浓度差异及其趋势特征符合诺如病毒季节性流行病学特征.探索利用污水流行病学方法来提示诺如病毒在人群中的流行病学特征,是对目前主要基于确诊病例被动监测的重要补充.
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编辑人员丨1个月前
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基于下一代测序的污水中人星状病毒分子流行病学研究
编辑人员丨2024/3/16
目的 了解生活污水中人星状病毒(HAstV)的型别分布及遗传多样性.方法 2018年1月—2019年6月在山东省济宁市按季度采集6份生活污水样本,通过阴离子膜吸附洗脱法进行浓缩后,提取核酸,进行ORF2完整编码区的RT-PCR扩增及扩增产物下一代测序,对产生的干净数据使用CLC Genomics Workbench 12.0软件de novo组装后,进行基因定型、同源性比较和系统发生学分析.结果 检测地区生活污水中HAstV的检出率为100%,共获得HAstV序列43条,分属9种基因型,分别为HAstV-1、HAstV-2、HAstV-3、HAstV-4、HAstV-5 等经典型和 MLB1、VA1、VA2、VA3 等新型 HAstV,其中 HAstV-5(47.53%)占比最高;基于 ORF2完整编码区的系统发生学显示山东株与国内外其他参考株在一些分支上聚集在一起,表明不同型别在世界不同地区的传播.结论 本研究证实了基于NGS的环境监测有助于提高对HAstV遗传多样性的认识.
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编辑人员丨2024/3/16
