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医院未处理污水中碳青霉烯类抗生素耐药细菌的流行情况和临床相关性分析
编辑人员丨4天前
探讨医院未处理污水中碳青霉烯类耐药菌的流行情况、基因组特征及临床相关性,为院内评估公共卫生情况、预防交叉感染提供参考依据。收集2023年3月苏州大学附属第二医院污水处理站内未处理污水和26个病区洗手池U型排污管内污水,离心稀释后涂布于含有美罗培南(2 μg/ml)的LB固体平板分离耐药细菌,进行菌种鉴定、药敏分析、碳青霉烯酶基因PCR检测和全基因组测序;对基因组序列进行耐药基因识别,并采用回顾性研究方法,结合多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析,比较其与同季度临床分离株的同源性。结果显示,从医院污水中分离出56株耐碳青霉烯类革兰阴性菌,来源于13个属,其中17株分离自医院总污水,气单胞菌属为最优势属(35.3%,6/17);39株分离自17个病区的污水,假单胞菌属为最优势属(30.8%,12/39)。本院常见污水分离株均为多重耐药细菌,对部分二、三代头孢菌素类药物耐药率可达100%。来源于污水分离株的碳青霉烯酶基因共8种,包括 blaKPC、 blaNDM、 blaIMP、 blaVIM、 blaIND、 blaOXA-58-like、 blaOXA-48-like和 blaOXA-427-like。共39株污水分离株携带碳青霉烯酶基因,医院总污水中携带 blaKPC-2细菌的分离率(35.3%,6/17)最高,病区污水中携带 blaIMP-8细菌的分离率(31.8%,7/22)最高。14株污水分离株同时携带两种碳青霉烯酶基因,共6种组合型。本院还发现了 blaIMP-101新亚型。筛选4株污水分离株和11株临床分离株纳入SNP分析,其中临床和污水来源的2株ST11型肺炎克雷伯菌仅有15个SNP差异,具有高度同源性。综上,医院未处理污水中存在多种多重耐药的条件致病菌,具有在环境中散播耐药基因的潜在风险;医院污水和临床分离的高度同源肺炎克雷伯菌表明医院污水与临床感染的紧密联系。医院需加强对污水环境中耐药细菌和耐药基因的监测,防止医院污水中耐药细菌和耐药基因的广泛传播,预防污水中耐药细菌引起的院内感染。
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编辑人员丨4天前
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2023年重庆市城市污水新冠病毒监测结果
编辑人员丨4天前
目的:为了弥补传统大规模人群监测的不足,在新冠疫情爆发初期提供预警信号,重庆市自2023年起开展城市污水新冠病毒监测工作。方法:新冠病毒"乙类乙管"后,选择了重庆主城4个区5个有自动样本采集设施的污水处理厂作为监测点,每周每个污水处理厂各采集2份污水,用铝盐沉淀法进行富集浓缩,应用多重实时荧光RT-PCR方法对新冠病毒进行检测和分析。结果:2023年1月16日至12月31日累计监测城市污水496份,其中新冠病毒核酸检测阳性285份,总检出率57.46%。第3~5周、18~21周、40~47周新冠病毒检出率均为100.00%。城市污水中新冠病毒核酸浓度在第18周达到高峰,随后开始下降,进入低水平、波动流行期,污水监测新冠病毒核酸日均浓度与传染病监测系统显示的每日新增新冠感染者数、发热门诊新冠阳性检出率的变化趋势基本吻合。结论:重庆市城市污水中新冠病毒的检出率较高,尤其是4~5月份,污水监测可以间接反映新冠病毒感染状况。
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编辑人员丨4天前
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天津市重点职业人群戊型肝炎病毒感染现状及影响因素
编辑人员丨4天前
目的:掌握天津市重点职业人群戊型肝炎病毒(HEV)感染状况并分析其感染危险因素,有助于职业人群开展HEV防控。方法:采用分层随机抽样与便利抽样相结合的方法,于2019年6月抽取天津市家畜(猪)和家禽类相关养殖、屠宰、贩售人员以及医护人员、农民、海鲜贩售人员、污水管道工人作为重点职业人群(1 036人),选择其他非上述职业作为对照人群(200人)进行横断面调查。采用酶联免疫吸附(ELISA)法检测其抗戊型肝炎病毒抗原抗体(抗-HEV)IgG和IgM,应用logistic回归模型分析HEV感染的影响因素。结果:天津市重点职业人群抗-HEV IgG阳性率(26.45%,274/1 036)高于对照人群(14.50%,29/200)(χ 2=13.41, P<0.01)。HEV阳性率较高的职业为家畜(猪)养殖及屠宰人员(33.96%,18/53),不同职业间阳性率差异有统计学意义(χ 2=22.57, P<0.01)。多因素logistic回归分析显示,工作年限越长、在外就餐频次高(3~5、≥6次/周)、喝生水、食用未充分烧熟的猪肉或猪肝、作业后不洗手是HEV感染的危险因素( P<0.05);大专及以上学历是保护因素( P<0.05)。 结论:天津市重点职业人群抗-HEV IgG阳性率高,应加强对重点职业人群的监测及宣传教育,注意个人及饮食卫生。
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编辑人员丨4天前
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污水中新型冠状病毒富集浓缩和核酸检测方法标准(WS/T 799-2022)
编辑人员丨4天前
新型冠状病毒肺炎疫情暴发以来,全球多个国家已建立基于污水流行病学的污水新冠病毒监测,而我国尚未建立污水中新型冠状病毒的标准检测方法。本标准给出了聚乙二醇沉淀法、铝盐混凝沉淀法和离心超滤法三种污水中新型冠状病毒富集浓缩方法,以用于生活污水、医疗机构污水中新型冠状病毒富集浓缩和核酸检测。本标准的制定对规范污水中新型冠状病毒检测、对保证污水中新型冠状病毒检测的科学性、有效性具有重要意义。
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编辑人员丨4天前
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污水中诺如病毒检测及其与人胃肠炎的相关性:系统性评价和Meta分析
编辑人员丨4天前
诺如病毒(norovirus,NoV)是导致急性胃肠炎(acute gastroenteritis,AGE)散发和暴发主要原因,对全球健康构成威胁。目前尚不清楚污水中NoV载量如何反映人AGE发病率;因此,我们对已发表的NoV污水监测研究进行了系统性评价和Meta分析。我们进行了文献检索,并确定了所有关于NoV污水监测的研究,对定量结果进行评价。结果表明:污水中NoV的总检出率为82.10%(95% CI: 74.22%~89.92%);不同季节间NoV浓度差异有统计学意义( P<0.001),冬春季较高。污水中NoV GII浓度与GII相关的AGE病例数( rs=0.51,95% CI: 0.18~0.74, I2=0%)、总AGE病例数( rs=0.40,95% CI: 0.15~0.61, I2=23%)和NoV暴发起数( rs=0.47,95% CI: 0.30~0.62, I2=0%)均呈正相关关系。对于部分数据进行交叉相关分析结果表明,GII浓度的变化与AGE病例数的变化一致或早于AGE病例数的变化。文章还指出污水中NoV其基因型具多样性,其优势毒株与导致人AGE的毒株具有一致的时间分布特征。我们的研究证明了污水中检测到的NoV与AGE感染具潜在关联,但仍需要进一步的研究来证实这一结论。
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编辑人员丨4天前
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上海市环境污水监测埃可病毒11型基因特征和循环动态
编辑人员丨4天前
目的:探讨基于上海市环境污水监测中埃可病毒11型(echovirus 11, Echo11)的基因特征和循环动态变化。方法:本研究对上海市2012—2019年环境污水监测获得的Echo11分离株进行了VP1区核酸扩增和序列测定,结合上海市急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis, AFP)监测系统和健康儿童肠道病毒监测中Echo11分离株以及Echo11参考株进行序列同源性分析和系统发生学分析。结果:上海市3个监测系统来源Echo11分离株共有156株,其中2012—2019年环境污水共分离到136株,其流行高峰主要集中在夏秋季。上海市不同来源Echo11分离株进化速度较快,有40.3%存在第54位氨基酸位点突变。上海市不同来源Echo11共有5个基因亚型传播链,即A1、A2、C1、C3和D5基因亚型。2012年,环境污水、AFP病例和健康儿童之间存在A1基因亚型Echo11共循环现象。2012—2015年的优势传播链为A1基因亚型,从2016年开始,优势传播链逐渐变为D5基因亚型。结论:环境污水监测真实反映人类肠道病毒(human enterovirus, HEV)的循环状况,对于HEV相关疾病预测预警具有实际意义。
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编辑人员丨4天前
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2019年南昌市生活污水中脊髓灰质炎病毒监测研究
编辑人员丨4天前
目的:持续监测2019年生活污水中的脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV),了解脊灰病毒在外环境中的流行变化趋势,为维持无脊灰状态提供实验室环境监测数据支持。方法:选择南昌市某区污水处理厂作为长期固定监测点,每月在污水处理厂入水口采集1 L污水作为样本。膜浓缩后在L20B、RD、Hep-2三种细胞上进行病毒分离培养,对阳性分离物进行VP1全长基因的测序分析。结果:共分离出脊灰病毒25株,分离率为91.67%(11/12),包括PV Ⅰ型3株,PV Ⅲ型22株,PVⅡ型0株。3株PVⅠ型毒株均为疫苗相似株,在全基因组的2749位点处均由腺嘌呤A突变为鸟嘌呤G,导致异亮氨酸突变成甲硫氨酸;2株PVⅢ(JX2019JHH037L、JX2019JHH042R)在2636位点处发生了由鸟嘌呤G突变为腺嘌呤A变异,导致了亲水氨基酸丙氨酸替代了疏水氨基酸苏氨酸。结论:在生活污水监测中分离到的脊灰病毒株均为疫苗株和疫苗相似株,未发现脊灰野毒株、脊灰疫苗衍生株及PVⅡ毒株。因此为维持无脊灰状态,需要持续对污水等外环境标本加强监测。
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编辑人员丨4天前
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2022—2023年福建省监测点环境污水中诺如病毒的检测和型别分布特征分析
编辑人员丨4天前
目的:了解福建省3个监测点环境污水中诺如病毒(norovirus, NoV)检出情况及型别分布特征,探索其应用于NoV监测的意义。方法:每月在代表性监测地区5个采样点采集污水,富集浓缩后,用逆转录半巢式-聚合酶链反应(reverse transcription-semi nested polymerase chain reaction, RT-snPCR)扩增NoV VP1部分基因片段,TA克隆后测序进行基因型别分析。结果:2022年7月至2023年6月共收集污水标本56份,GⅠ和GⅡ检出率分别为89.29%(50/56)和94.64%(53/56)。检出GⅠ组7种基因型和GⅡ组13种基因型,其中GⅠ.1、GⅠ.4、GⅡ.4和GⅡ.17为优势基因型。不同采样点检出基因型别不完全一致;2022年8~11月NoV检出率较低,且不同季节流行优势基因型不同,GⅠ.1和GⅡ.4在2022年8~11月呈高流行,但2022年12月到2023年6月分别被GⅠ.4和GⅡ.17取代。2023年1~6月相较2022年7~12月检出型别丰度更高。优势基因型GII.17具有多进化分支,发现了不同于2014/2015年流行株的新变异株。结论:环境污水NoV检出率高且基因型别多样,具备发现新变异病毒株的能力,环境污水监测可做为NoV病例监测的重要补充手段。
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编辑人员丨4天前
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2016—2018年济南市生活污水轮状病毒A组分子流行病学特征分析
编辑人员丨4天前
目的:了解生活污水中的A组轮状病毒(RVA)的检出情况及分子流行病学特征。方法:本研究于2016—2018年3年期间,在济南市每月采集生活污水,获得的36份污水样本通过阴离子膜吸附洗脱法浓缩后,进行核酸提取,RT-PCR扩增RVA VP7和VP4基因片段,再经纯化、TA克隆和测序后,对所获得的序列进行基因定型、同源性分析和系统发生学分析。结果:36份污水样本中有31份检测出RVA G基因(检出率为86.1%),33份样本检测出RVA P基因型(检出率为91.7%)。共获得RVA序列536条,其中G基因型序列225条,分属于6个基因型,G9型别占比最多为92.4%(208条);获得P基因型序列311条,分属于4个基因型,优势型P[8]占50.1%(156条),P[4]次之为41.8%(130条)。系统发生学分析显示优势型别G9、P[8]在当地均存在多个传播链共循环。结论:本研究通过对济南市生活污水所获得的RVA相关序列进行型别、同源性、系统发生学特征的分析,进一步证实RVA环境监测可行且必要。
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编辑人员丨4天前
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2017—2021年福建省外环境禽流感病毒监测
编辑人员丨4天前
目的:分析2017—2021年福建省外环境禽流感病毒流行特点,为禽流感防控、预测工作提供参考。方法:在福建省6地市监测点的4类禽类相关不同场所进行6类不同类型标本的采样,采用荧光定量PCR法对环境标本进行A型、H5、H7和H9亚型核酸检测,并采用流行病学方法对检测结果进行分析。结果:2017—2021年共采集6个监测点标本4 214份,其中A型禽流感病毒阳性率为41.53%(1 750份),H5、H7和H9亚型阳性率分别为2.33%(98份)、1.16%(49份)和23.16%(976份),H5+H7亚型阳性率为0.05%(2份),H5+H9亚型阳性率为1.83%(77份),H7+H9亚型阳性率为0.83%(35份),H5+H7+H9亚型阳性率为0.09%(4份),A型阳性未分型的阳性率为12.08%(509份)。不同检测场所和不同类型标本A型阳性率的差异具有统计学意义( χ2=517.57, P<0.001; χ2=51.58, P<0.001):城乡活禽市场的禽流感病毒阳性率最高(49.72%);不同类型标本中笼具表面擦拭标本(48.09%)、清洗禽类的污水(47.34%)和宰杀或摆放禽肉案板表面(45.66%)的阳性率较高。不同地区监测点的A型阳性率差异具有统计学意义( χ2=458.34, P<0.001):A型阳性率最高和最低的地市分别是三明市(56.00%)和漳州市(3.34%)。在时间分布方面,冬春季(11月至次年2月)和夏季(6~8月)的阳性率较高。 结论:福建省禽流感病毒总体阳性率较高,以H9亚型为主,应重点加强冬春季和夏季禽流感病毒的监测,加强对城乡活禽市场的监管力度。
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编辑人员丨4天前
