目的:分析青海省人间布鲁氏菌病（布病）流行规律与趋势，对2005-2019年布鲁氏菌分离株进行分子分型，为制定青海省布病预防控制策略提供依据。方法:收集中国疾病预防控制信息系统青海省2005-2019年布病报告数据，描述和分析其时间、地区和人群三间分布。采用BCSP31聚合酶链式反应（BCSP31-PCR）、AMOS聚合酶链式反应（AMOS-PCR）和多位点串联重复序列分析（MLVA-16）方法鉴定布鲁氏菌分离株，进行聚类分析。结果:2005-2019年青海省累计报告病例577例，平均发病率为0.07/10万，不同年份差异有统计学意义。一年四季均可发病，集中在每年的3-10月。577例病例分布在6个自治州（市）的31个县（市、区）中，病例数位居前5位的是门源回族自治县（22.88 %，132/577）、天峻县（10.57 %，61/577）、西宁市（10.57 %，61/577）、河南蒙古族自治县（10.51 %，58/577）和海晏县（9.53 %，55/577）。年龄范围8~82岁，男女性别比为1.8∶1（374/203），职业分布以牧民为主（47.83 %，276/577）。从人全血中分离的10株菌株均为羊种Ⅲ型布鲁氏菌，分为5种基因型（2种基因型为单基因型，3种基因型为相同基因型），MLVA-16分型和聚类分析结果显示，同青海省已发表文献的26株羊种Ⅲ型布鲁氏菌的遗传关系较近。 结论:青海省布病疫情呈回升趋势，应加强人群监测和疫情通报，MLVA-16分型呈基因多态性，提示MLVA-16可用于遗传多样性分析和分子流行病学溯源调查，以提高布病监测能力。

目的:明确浙江省一起非婚非商业异性性行为传播模式HIV感染者之间的传播关系。方法:对2020年1月至2022年1月浙江省浦江县新确证的疑似非婚非商业异性性传播HIV聚集性疫情相关HIV感染者及其性伴开展流行病学调查（流调），收集社会人口学特征、流动信息、HIV既往检测史、高危性行为史及性伴侣情况等信息。结合HIV分子传播网络监测进行传播关系分析，采集新确证HIV感染者在抗病毒治疗前的全血样本6~8 ml，分离出血浆。通过核酸提取、PCR扩增 pol基因，通过Sequencher 5.0软件拼接整理测序结果，使用Cytoscape 3.6.0软件构建HIV分子传播网络进行分析。 结果:2020年1月至2022年1月，浦江县共发现HIV感染者88例，其中异性性传播74例，有31例为非婚非商业性行为感染。初步个案调查发现，其中3例女性均与1例男性发生过无保护的非婚非商业异性性行为。4例感染者中，有2例的配偶HIV抗体检测阳性。对新确证感染者开展分子传播网络分析，共获得异性性传播序列65例，形成9个传播簇，最大传播簇中包含10例HIV感染者。HIV聚集性疫情共涉及HIV感染者11例，男性3例，女性8例；年龄均≥50岁，职业类型为农民或农村家庭妇女；追踪溯源到7例性伴，其中6例HIV阴性，1例未检测。18例调查对象的性社会网络关系中，夫妻关系6对，固定性伴关系8对，临时性伴关系3对。11例HIV感染者中，非婚非商业异性性传播9例，婚内传播2例。7例非婚非商业异性性伴与病例2（56岁男性农民）的流行病学关联，3例有流调和分子传播簇结果证实，3例有分子传播簇和流调结果证实，另有1例流调结果证实。结论:本起HIV聚集性疫情的传播模式是以病例2为核心，通过非婚非商业异性性行为传播HIV，继而引起婚内和固定性伴间的传播。流调与分子传播网络相结合的溯源调查支持本结论。

目的:了解浙江省MSM HIV/AIDS与性伴之间分子传播关系和相关危险因素。方法:采用横断面调查的方法，对浙江省2015-2017年新确证的MSM HIV/AIDS及参与性伴驱动检测的阳性性伴开展分子流行病学研究。收集血浆并提取RNA，运用RT-PCR和巢式PCR扩增并获得HIV-1的 pol区基因序列，构建系统进化树，分析分子传播簇，判定性伴间的传播关系。 结果:共937例MSM HIV/AIDS参与性伴驱动检测，检出173名阳性性伴。有61例性伴间（31对）形成传播簇，成簇比例为50.8%（61/120），其中7对性伴结合新发感染结果初步判定传播方向。在性伴分子传播网络的相关因素分析中，性伴之间确证年份为相同年份（与不同年份相比， OR=12.190，95% CI：1.563~95.054），现住址所在地为不同区（县）［与相同区（县）相比， OR=17.054，95% CI：1.742~166.982］更可能存在分子传播关系。 结论:MSM HIV/AIDS的性伴驱动检测，结合分子传播网络分析技术，可以提高HIV/AIDS精准溯源，同时根据新发感染结果，初步判定传播方向。建议对MSM HIV/AIDS确证后，应尽早进行性伴驱动检测，包括跨区域的性伴追踪检测，有利于传染源追踪。

新型冠状病毒肺炎疫情的暴发流行，使全社会重新认识了传染病发生、流行及防控所面临的巨大挑战，即便是当前对传染病防范的认知、应对技术和社会经济条件已有历史上最好的基础。在传染病的监测预警中，研究和利用各类传染病发生与传播相关因素的数据，以期在传染病发生的早期甚至发生前识别疫情信号，成为传染病防控研究的重要命题。病原体是传染病发生的原因，所以以病原学为核心的实验室监测是传染病预警体系的重要组成部分。我国目前已经初步建成了基于国家致病菌识别网的细菌性传染病实验室监测预警系统，其核心是识别病原、识别暴发、识别来源，在鼠疫、霍乱、流脑等细菌性传染病的早期发现、溯源和精准防控中起到重要作用。本期重点号围绕实验室监测在细菌性传染病预警和防控中的作用，从流行和暴发菌株特征分析、与流行病学调查的联合应用、与常规病例监测体系的融合等方面开展研究，体现了实验室监测在传染病风险评估和疫情调查中的作用，同时对实验室监测预警技术及应用场景进行了综述和展望，以期为推动我国传染病监测预警体系的跨越发展提供新思维。

目的:对一起在北京市顺义区局部地区发生的新冠肺炎本地聚集性疫情进行调查，分析其感染来源。方法:应用流行病学调查和大数据技术核查病例的活动轨迹，对活动轨迹涉及的点位进行密切接触者追踪、人员和环境采样检测，对溯源重点人群采集血清标本进行抗体检测，对疫情早期报告的病例和环境核酸阳性标本进行全基因组测序、比对分析，分析感染来源和传播链。结果:2020年12月23日至2021年1月16日，顺义区局部地区聚集性疫情报告42例新型冠状病毒感染者。感染来源为1例从印度尼西亚入境的境外输入无症状感染者，2020年11月26日从印度尼西亚入境，11月26日至12月10日在集中观察期间5次新冠病毒核酸检测、1次血清抗体检测，结果均为阴性。12月10日隔离期满后到京，12月28日诊断为无症状感染者。在入京后传播给合租房屋的租户1人，在A商场购物期间传播给该商场服装售货员1人，同时传播给在A商场购物的同一家庭3人。随后在顺义区多个点位发生续发病例，并在顺义区某工业园区引发局部暴发疫情。结论:此次疫情为入境人员集中隔离期满、解除隔离后导致的聚集性疫情，提示应适当延长入境人员集中隔离时间，并加强对入境人员的样本采集检测。

目的:对北京市一起冷链相关新型冠状病毒（新冠病毒）Delta变异株聚集性疫情进行溯源调查，分析其感染来源和传播链。方法:应用流行病学调查方法核查病例的活动轨迹，对活动轨迹涉及的风险点位进行密切接触者追踪、人员和环境采样核酸检测，对核酸阳性标本进行基因测序分析。结果:2022年1月18日至2月6日，共报告112例新冠病毒感染者，除1例待查外，其余111例存在明确的流行病学关联。感染来源为进口冷冻货品外包装，2021年1月进口冷冻货品捕捞后储存于东南亚地区某国冷库，2021年6月包装后发送到我国北京市A区A冷库存储，随后分批次于2022年1月起在B区B冷库贴标销售，首发病例在搬运阳性冷冻货品期间发生感染，继而造成共同工作、就餐和居住在B冷库及其毗邻的C冷库和D餐厅（两库一店）所在区域的人员感染，涉及77例两库一店直接相关病例。在两库一店区域外还造成16个传播支链，涉及35例病例。结论:本起疫情提示进口冷链货品外包装污染输入疫情的风险，应继续加强冷链行业管理。

冠状病毒基因组资源库(Coronavirus Tracing，CoVTrac)是通过2019新型冠状病毒信息库(2019 novel coronavirus resource, 2019nCoVR)、全球流行性感冒病毒数据库(Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID)和美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)等多个数据平台及自测方式收集冠状病毒基因组序列(包括2019新型冠状病毒)，利用Java、Spring、Angular和MySQL等技术搭建的在线数据平台。CoVTrac数据库整合了包含α、β、γ、δ 4个冠状病毒属共456条基因组序列，实现了数据提交、数据展示、进化溯源分析、基因功能注释和辅助分子实验设计等功能。CoVTrac数据平台可为包括新型冠状病毒在内的冠状病毒基因组的科学研究、流行病学调查和快速检测、药物研发等行业应用提供支持。

目的:通过对2012—2021年四川省输入性登革病毒(dengue virus, DENV)E基因序列的分析，掌握四川省输入性DENV的血清型、基因型等分子特征，为溯源提供依据。方法:对2012—2021年四川省经Real time RT-qPCR检测DENV阳性的28份血清标本采用RT-PCR方法进行DENV E基因扩增及测序。利用Mega Align5.0软件对核苷酸序列和推导氨基酸序列进行比对分析，利用Mega 7.0软件绘制系统发育树。结果:经RT-PCR和序列测定获得了28株DENV的E基因序列，系统进化和同源性分析表明，20株属于DENV血清型1型(DENV-1)，其中16株为基因I型(Genotype-I, G-I)，4株为基因V型(Genotype-V, G-V)；7株属于DENV血清型2型(DENV-2)，其中4株为G-I，3株为基因II型(Genotype-II, G-II)；1株属于DENV血清型3型(DENV-3)，为G-I。四川株与东南亚国家以及我国广东等地的DENV病毒株同源性最高，与病例的流行病学调查资料完全吻合。结论:从分子水平证明了2012—2021年四川省输入性DENV存在3种血清型及其多种基因型，输入病例主要来源于东南亚国家。

目的:对中国首例猕猴α疱疹病毒1型感染病例的感染来源开展调查，探索其感染因素和防控策略。方法:运用现场流行病学调查方法收集病例信息，采集职业暴露人群、猕猴和环境样本，并应用实时荧光PCR方法进行猕猴α疱疹病毒1型核酸检测，分析可能的感染源。结果:采集共同暴露职业人员样本84件，猕猴生物样品89件，环境样本370件，经检测，其中猕猴猴舍2件环境涂抹样本猕猴α疱疹病毒1型核酸阳性，其它样本均为阴性，病例的感染来源于该研究所日常职业暴露可能性大。通过封闭涉疫研究所、隔离职业暴露人员和排查风险人员等一系列防控措施，在一个最长潜伏期内未发生续发病例。结论:该病例属于北京市本地感染偶发病例，感染来源与日常职业暴露有关。猕猴职业暴露人员在日常工作中，应科学的选择和使用防护用品，从而有效降低职业暴露感染风险。

目的:对北京市大兴区局部地区发生的全国首起新型冠状病毒Alpha变异毒株本地聚集性疫情进行调查，分析其流行特征和传播链。方法:应用流行病学调查和大数据技术核查病例的活动轨迹，对活动轨迹涉及的点位进行密切接触者追踪、人员和环境采样检测，对溯源重点人群采集血清标本进行抗体检测，分析流行特征和传播链。结果:2021年1月17至29日，大兴区局部地区聚集性疫情报告33例新型冠状病毒感染者，32例病例存在明确的流行病学关联，其中除1例在工作场所感染外，其他病例均在社区及家庭内感染。所有病例共涉及14个家庭，其中6个家庭全部发病，所有家庭成员罹患率为69%（33/48），续发率为56%（19/34）。通过入境人员和货品排查，未发现明确的感染来源。结论:该起新型冠状病毒Alpha变异毒株相关聚集性疫情发现和处置及时，影响范围局限，但家庭聚集性特征较以往疫情更明显。