患者1 男性，26岁，因“左足重度马蹄内翻畸形伴负重区皮肤溃疡10年”于2006年10月16日于清华大学附属北京垂杨柳医院就诊。患者腰骶椎裂继发双足畸形，大小便可部分控制，幼年时曾行腰脊膜膨出囊肿切除、脊膜修补术。右足轻度后足内翻，左足重度马蹄内翻畸形合并足背感觉障碍，以足背前外侧负重行走，负重区皮肤溃疡10余年未愈合。曾就诊于多家医院，均建议截肢后安装假肢，患者拒绝，为求进一步治疗于我院就诊。体检：左足呈重度马蹄内翻畸形，跟腱、胫后肌腱、跖筋膜挛缩，足部骨关节呈固定性内翻内收畸形，小腿三头肌肌力Ⅲ级，胫前、胫后、腓骨长短肌、屈踇屈趾及伸趾伸踇肌肌力0级，足背及足底外侧皮肤感觉缺失，足背前外侧负重区可见5 cm×3 cm大小火山口样溃疡，边缘角化。取溃疡区组织送病理学检查，结果回报为炎性改变。X线检查示第5跖骨缺失（合并骨髓炎清创时切除）（图1）。遵循秦泗河矫形外科理念（骨科自然重建理念+微创、简单、有效手术操作原则）于2006年10月21日在全身麻醉下行左足矫形手术（溃疡清创，跟腱、胫后肌腱、踇长屈肌腱延长，三关节截骨、Ilizarov足踝畸形牵伸术）。术中患肢使用气压止血带，先切除足部溃疡，刮除骨面肉芽组织。在切除溃疡的骨面，用骨刀行距跟关节、距舟关节和跟骰关节楔形截骨矫形，术中矫正大部分骨性畸形。然后穿针安装Ilizarov环式外固定器，维持足踝适当矫形位置（图2），部分缝合切口，残留的创面皮肤边缘以细钢针钉于骨面，防止回缩，无菌敷料包扎。

目的:基于生物信息学多种数据库，探讨半夏泻心汤(BXXXD)干预胃癌(GC)细胞焦亡(pyroptosis)的分子机制，为胃癌患者生存、预后提供新思路。方法:本研究使用到的生物信息学数据库包括中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional TCMSP)、有机小分子生物活性数据(Pubchem)、String、人类基因的综合数据库(Genecard)、基因表达综合数据库(GEO)、癌症基因组图谱(TCGA)等。首先利用中药复方网络药理学方法获取"半夏泻心汤→胃癌→细胞焦亡"共有靶点并对其进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析；其次利用GEO数据库对胃癌芯片进行差异分析，绘制其差异表达基因(DEGs)火山图及热图，并利用韦恩图获取"半夏泻心汤→胃癌DEGs"共有靶点。通过TCGA数据库获取临床胃癌患者信息，比较正常组、胃癌组相关靶点的表达水平差异，并分析各靶点的表达水平与胃癌患者临床病理特征的关系。结果:半夏泻心汤干预胃癌细胞焦亡共有29个靶点，多生物进程、多细胞组分、多分子功能、多条KEGG信号通路发挥作用，其中最主要的可能是：在细胞质中，分子靶点之间蛋白相互结合，通过神经活性配体－受体相互作用信号通路，正向调控转录途径的生物进程。进一步研究发现促胃泌素受体抗体(CCKBR)、ATPase H +/K +转运亚基Alpha(ATP4A)、ATPase H +/K +转运亚基Beta(ATP4B)为"半夏泻心汤→胃癌DEGs"的3个共有靶点。正常组与胃癌组分子靶点CCKBR、ATP4A、ATP4B的表达差异具有统计学意义(均 P<0.05)。胃癌患者的CCKBR表达水平与年龄、T分期、M分期有关(均 P<0.05)，ATP4A表达水平与年龄、T分期有关(均 P<0.05)，ATP4B表达水平与组织学分期、T分期、N分期有关(均 P<0.05)。 结论:利用生物信息学方法，通过多种数据库获取了半夏泻心汤干预胃癌细胞焦亡的相关靶点，并对该靶点与胃癌临床病理特征的关系进行了初步探讨，为中医药干预肿瘤疾病提供了新的研究方法。

目的:研究慢性牙周炎（CP）的差异表达基因，探讨其与牙周炎程度的相关性。方法:在高通量基因表达（GEO）数据库中筛选与CP相关的基因表达谱数据并用GEO2R在线软件进行分析，绘制火山图。对筛选出的CP相关差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书（KEEG）、基因本体论（GO）分析，预测其可能功能及信号通路。采用蛋白-蛋白相互作用数据库（STRING）分析筛选出的CP相关差异表达基因的编码蛋白之间的相互作用关系。并用Cytohubba软件鉴定信号通路关键基因。选取120例CP患者和40名健康对照。采用实时聚合酶链锁反应（q-PCR）法对筛选出的CP相关基因进行验证。结果:共筛选出符合要求的CP差异表达基因1 151个。这些基因在GO通路上主要富集于粒细胞分化的正调控、辅助性T细胞分化、白细胞聚集、急性炎症反应调节、趋化因子介导和内质网未折叠蛋白反应等；在KEGG路上主要富集于NFB通路、趋化因子通路、细胞因子受体相互作用、白细胞跨内皮迁移通路、B细胞受体通路、Toll样受体通路等。使用筛选到的CP相关差异表达基因构建蛋白质间相互作用网络，共包括78个节点和496个链接，平均聚集系数和平均连接度分别为0.69和12.7。Cytohubba分析结果显示，Sell为信号通路的关键基因，其在不同程度的3个CP组中齿龈液的相对表达水平（1.14±0.46、0.86±0.41、0.52±0.46）显著低于对照组（1.50±0.65）（ P<0.05）。用齿龈液中Sell表达水平诊断CP的受试者工作特征曲线下面积（AUC）为0.79（95% CI：0.71~0.86）。将Sell作为评价CP严重程度的生物学标志物时，95% CI条件下的AUC值均大于0.65。 结论:CP相关差异表达基因主要富集于牙周炎炎症反应相关的信号通路上。Sell基因在CP患者的齿龈沟液中的表达水平明显减低，并与病情严重程度有关。Sell基因有望成为CP分级的生物标志物。

目的:构建胃癌相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络，探索胃癌发生、发展的分子机制。方法:应用生物芯片技术测定胃癌及对应癌旁组织的信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)表达谱，应用R软件中的edgeR包筛选差异表达基因并绘制火山图，基于miRNA－lncRNA在线预测工具lncBase数据库和miRNA靶基因预测数据库预测mRNA、miRNA和lncRNA的相互作用关系，采用Cytoscape软件构建胃癌lncRNA－miRNA－mRNA ceRNA网络，根据cytohubba计算各节点degree得分筛选关键基因(hub基因)。运用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)，对差异表达的mRNA进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。在OncoLnc数据库中，选择肿瘤基因组计划(TCGA)数据集的胃癌项目，输入hub基因，以标准化后基因表达量中位数为界值，将样本分为高表达组和低表达组，并进行生存分析。结果:共筛出差异表达的mRNA 766个，miRNA 10个，lncRNA 110个，其中90个mRNA、6个miRNA和4个lncRNA构成ceRNA网络，20个hub基因中有2个与患者预后有关。经TCGA胃癌数据库验证，LncRNA MAP3K20的反义RNA 1(MLK7－AS1)、分泌性磷酸化糖蛋白(SPP1)、硫酸酯酶1(SULF1)hsa－miR－1307－3p等基因在胃癌组织生物芯片中高表达，金属硫蛋白2A(MT2A)、金属硫蛋白1X(MT1X)等基因低表达，与TCGA胃癌数据库一致。生物学功能和通路分析显示，差异表达的mRNA主要在生物学过程(BP)和矿物吸收的通路中显著富集。在TCGA胃癌数据中，碳水化合物磺基转移酶1(CHST1)和miR－183－5p均与患者生存时间有关，CHST1表达量越高患者生存时间越短，而miR－183－5p表达量越高患者生存时间越长。结论:胃癌ceRNA网络的构建有助于深入了解胃癌的分子生物学机制，CHST1和mi－183－5p可作为胃癌预后的预测指标。

目的:探讨多发型角化棘皮瘤恶变为鳞状细胞癌患者的临床表现及治疗方法。方法:回顾性分析济宁医学院附属医院2022年3月收治的1例多发型角化棘皮瘤恶变为鳞状细胞癌患者的临床资料，并进行文献复习。结果:患者为73岁女性，发现左手背结节1年，手术切除后2周复发，扩大切除后组织病理诊断符合角化棘皮瘤型高分化鳞状细胞癌。术后3 d唇部相继发现数个圆形结节，部分皮损中央可见火山口样凹陷，组织病理学示角化棘皮瘤。给予阿维A胶囊口服3个月，皮损消退。随访6个月无复发。结论:多发型角化棘皮瘤恶变为鳞状细胞癌临床较少见，目前缺乏标准治疗方案，手术是主要治疗方式，口服阿维A为一种可供选择的治疗手段。

目的:探索转录因子（transcription factors, TFs）和结肠癌预后的联系，通过TCGA和GEO双数据库构建预后模型，从而量化患者的风险并指导临床治疗决策。方法:本研究运用TCGA和GEO数据库中结肠癌的转录组和临床数据，先将转录组数据进行基因注释并计算基因表达量，对TCGA和GEO中TFs行差异性分析（| log2FC| >1，P-Value（Fdr）<0.05）。取双数据交集的差异TFs行相关预后分析（ P<0.01）。利用COX多因素分析计算出预后相关TFs的风险系数和其风险值，应用"survival"和"glmnet"包进行COX模型构建TFs预后模型。绘制出序列集和验证集的生存曲线（ P<0.001）及ROC曲线（AUC>0.75），对风险值的分布进行可视化。按风险值分组后计算GSEA富集分析，构建基因集网格，进行靶基因预测，最后进行GO和KEGG的通路富集分析。 结果:取TCGA和GEO数据库两者交集的387个表达差异的TFs绘制热图，火山图及TFs相关的森林图，按照COX多因素分析构建出结肠癌预后模型=0.310×HSF4+0.137×IRX3-0.127× ATOH1+0.290×OVOL3+0.137×HOXC6+0.155×SIX2+0.092×ZNF556-0.444×CXXC5+0.429×TIGD1+0.413×TCF7L1。通过富集分析，结果显示这些预后因子可能直接或间接作用于癌通路，如基础细胞癌与癌症信号通路、局部组织与细胞黏附及细胞外基质等。结论:构建的TFs对结肠癌预后模型可量化结肠癌预后风险，其高风险组是结肠癌预后的独立风险因素，该模型是一种评估结肠癌预后的新方式。

转录组学作为生物表型和功能研究的重要手段，已经成为目前的热点之一。转录组学研究伴随着海量数据的产生，数据量的增加使得隐藏在其中的规律和特征不易被发现，将大数据转换为可视化图形无疑是展示数据中隐藏信息的最直观的方法。本文将对转录组学研究中韦恩图、热图、火山图、主成分分析散点图、富集分析图、时间序列分析图等常用图形进行介绍解读，以帮助读者在研究中合理运用。

目的:探讨后部多形性角膜营养不良（PPCD）在共聚焦显微镜下的影像学特征。方法:回顾性病例系列研究。收集2013年1月至2019年12月期间在北京大学第三医院眼科诊断为PPCD的18例（27只眼）患者资料，其中男性10例，女性8例。年龄（23.61±14.81）岁。单眼和双眼发病的患者各9例。所有患者均行裂隙灯显微镜和共聚焦显微镜检查，分析视力、角膜内皮细胞密度及不同分型PPCD在共聚焦显微镜下的影像学特征。结果:患眼最佳矫正视力为0.76±0.33，角膜内皮细胞密度为（1 723.6±698.3）个/mm 2。1型PPCD的主要共聚焦显微镜下影像学表现：Descemet膜可见鳞片状或同心圆状高反光区及圆形或椭圆形低反光暗区，角膜内皮层可见“弹坑状”或“火山口状”暗区；2型PPCD主要表现：Descemet膜条带状、片状高反光，可伴纤维条索样改变以及囊泡状低反光暗区，角膜内皮层可见脊状结构和沟槽状暗区；3型PPCD表现：角膜内皮细胞失去正常六边形的形态，呈上皮细胞样化生。 结论:PPCD主要累及Descemet膜和角膜内皮层，使用共聚焦显微镜可观察到Descemet膜高反光增厚、角膜内皮层暗区及角膜内皮细胞的上皮样化生等独特的影像学特征，是临床诊断及动态监测PPCD的重要方法。

目的:探讨HOXC8在食管癌中的表达情况及其可能参与的信号通路。方法:从癌症和肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载并预处理食管癌数据集的mRNA表达RNA-Seq数据及临床预后相关数据，进行差异表达基因分析，并绘制火山图和热图，对筛选出的差异表达基因进行可视化。以HOXC8表达量的中位数为界将食管癌患者分为高表达组和低表达组，使用Kaplan-Meier法进行生存分析。然后使用GSEA 4.0.1软件进行基因集富集分析，同时进行多GSEA富集分析的图形绘制。结果:对161例食管癌组织和11例癌旁组织的mRNA表达数据进行差异表达分析后，共筛选出3 454个差异表达基因，其中有2 317个上调的基因和1 137个下调的基因，聚类分析结果显示，差异表达可以把食管癌与癌旁组织有效区分开，说明上述差异表达结果具有很好的准确性。差异分析和配对差异分析结果显示，HOXC8在食管癌中显著高表达，与癌旁组织的差异具有统计学意义( t＝5.333， P<0.001； t＝3.101， P＝0.007)。删除生存时间<30 d的样本后，共有107例样本，HOXC8高表达患者( n＝54)的预后更差，中位生存时间为553 d(95% CI为396～710)，HOXC8低表达患者( n＝53)的中位生存时间为784 d(95% CI为62～1 506)，差异有统计学意义( χ2＝4.153， P＝0.042)，提示HOXC8为癌基因。GSEA分析结果显示，HOXC8高表达样本富集了细胞周期、剪接体等相关基因集，而HOXC8低表达样本则富集了磷脂酰肌醇信号通路等相关基因集。 结论:HOXC8在食管癌中显著高表达，且HOXC8高表达的患者预后更差，其可能通过参与细胞周期、剪接体、磷脂酰肌醇信号通路等调节食管癌的发生发展。

目的:采用长链非编码RNA(lncRNA)芯片检测在骨肉瘤与瘤旁组织中lncRNA表达谱，分析差异表达的lncRNA，探讨其功能。方法:利用lncRNA芯片筛查2010年至2012年期间广州市第一人民医院和南部战区总医院7对骨肉瘤组织与瘤旁组织中lncRNA表达谱，实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)验证芯片结果；分层聚类和火山图分析特征性表达lncRNA，结合基因本体论数据库(GO)分析和通路分析探讨lncRNA参与肿瘤细胞的生物过程。使用Agilent Array平台对样品进行微阵列分析。Agilent Feature Extraction软件分析采集阵列图像。GeneSpring GX v11.5.1软件包进行分子标准化和随后数据处理。采用重复测量设计的方差分析评价各组之间的变化，多组间比较采用单因素方差分析。结果:筛选得到7组瘤组织中差异lncRNA总数为4 221个，其中上调的1 995个，下调的2 226个；RT-qPCR验证结果与lncRNA结果基本一致；分层聚类分析显示骨肉瘤组织(T)和瘤旁组织(C)中的lncRNA表达差异有统计学意义；GO分析显示lncRNA广泛参与细胞的生物过程，还参与细胞的细胞器组成。结论:lncRNA芯片能有效检测骨肉瘤组织差异性表达的lncRNA，结合分子生物学分析技术发现lncRNA参与骨肉瘤细胞多种生物活性过程。