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苹果园花期地表开花植物特征对野生蜂多样性的影响
编辑人员丨4天前
传粉服务是人类社会持续存在与发展所依赖的重要生态系统服务之一,野生蜂作为重要的传粉者易受到气候变化、农业集约化、景观转变导致的自然生境丧失等因素的影响.通过种植蜜源植物营建传粉昆虫栖息地是一项重要生态系统传粉服务调控手段.本研究于苹果花期调查北京市昌平区22个苹果园内野生蜂现状和地表开花植物及其特征,分析野生蜂多样性对果园内开花植物物种丰富度、花色丰富度、花序类型丰富度、开花植物盖度、草本层盖度、不同花色盖度的响应,以期为野生蜂栖息地营建的蜜源植物选择提供参考.结果表明:苹果花期共在研究区捕获野生蜂3517头,分属5科13属49种;调查到与苹果园花期重合的地表开花植物共21种,统计花色5种,花序类型9种;总野生蜂群落Shannon多样性指数、均匀度指数、社会性蜜蜂丰富度与开花植物物种数呈显著正相关关系;总野生蜂群落丰富度、社会性蜜蜂丰富度、地下筑巢蜜蜂丰富度与花色丰富度呈显著正相关关系;隧蜂科蜜蜂多度与花色丰富度呈显著负相关关系;总野生蜂群落Shannon多样性指数、均匀度指数与花序类型丰富度呈显著正相关关系;切叶蜂科蜜蜂丰富度与白色花盖度呈显著负相关关系;切叶蜂科蜜蜂丰富度、社会性蜜蜂多度、地上筑巢蜜蜂丰富度与紫色花盖度呈显著正相关关系.其余不同科、不同生活方式、不同筑巢类型野生蜂群落与果园内开花植物物种丰富度、花色丰富度、花序类型丰富度、开花植物盖度、草本层盖度、不同花色盖度暂未发现显著相关性.本研究表明,苹果园花期果园开花植物及其特征多样性的增加能够提升果园野生蜂多样性,增加紫色花盖度有利于促进切叶蜂科蜜蜂、社会性蜜蜂、地上筑巢蜜蜂的多样性.
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编辑人员丨4天前
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滇中高原半湿润常绿阔叶林斑块的鸟类多样性
编辑人员丨4天前
本研究选取半湿润常绿阔叶林的代表性分布区——滇中高原地区8处天然森林群落作为调查取样对象,定量评估半湿润常绿阔叶林现存斑块中的鸟类物种多样性及其组成与分布的特点.野外观测集中于2023年4-8月,采用样线-样点法,共布设3~4km长调查路线8条.结果表明:1)调查共记录鸟类1286只次,隶属7目30科102种.种类最丰富的前3科分别是鹟科(含14种)、噪鹛科(含9种)、柳莺科(含7种);2)东洋界物种占81.4%,古北界物种占4.9%,广布种占13.7%;3)森林斑块中调查到的平均鸟类物种数为32.0±3.5;鸟类Shannon指数在火后恢复的半湿润常绿阔叶林(1.536±0.110)中低于原生森林群落(2.037+0.100);4)不同斑块间存在共同的优势种(红头长尾山雀、蓝翅希鹛、灰腹绣眼鸟)和常见种(西南冠纹柳莺、蓝喉太阳鸟、棕头雀鹛),稀有种则各不相同,导致不同斑块中鸟类物种成分有很大不同;5)基于食性划分生态种组,食无脊椎动物和杂食的鸟类占84.3%,植食性鸟类占11.8%,肉食性鸟类占3.9%.食性相近的鸟类主要通过分割占用森林的垂直取食空间,稀释种间竞争,维持物种共存.对于鸟类物种多样性维持而言,现存的原生性半湿润常绿阔叶林斑块都具有重要的保护价值.
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编辑人员丨4天前
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HPV16阳性子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群构成及特征
编辑人员丨1周前
目的:探讨人乳头瘤病毒(HPV)16亚型感染的子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群的分布及特征。方法:前瞻性横断面研究。选取2019年8月至2020年6月就诊于中国医学科学院肿瘤医院的6例HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者(子宫颈癌组),选取同期体检人群中液基薄层细胞学检查未见异常且HPV阴性6名健康女性为健康对照组。患者抗肿瘤治疗前、健康对照者体检时用无菌棉拭子采集子宫颈后穹窿处分泌物,采用高通量测序技术扩增细菌16S rRNA基因V1-V2高变区,分析菌群分布及特征。结果:子宫颈癌组和健康对照组年龄分别为(51±8)岁、(48±3)岁,差异无统计学意义( t=0.63, P=0.540),两组均有孕产史,无吸烟史。α多样性分析结果显示,与健康对照组比较,子宫颈癌组sobs指数( t=3.25, P=0.009)及chao指数( t=2.91, P=0.016)均高,差异均有统计学意义;子宫颈癌组shannon指数高( t=2.07, P=0.065),simpson指数低( t=1.74, P=0.113),但差异均无统计学意义。采用基于bray-curtis距离的主坐标分析(PCoA)进行数据降维分析显示,子宫颈癌组与健康对照组间β多样性差异具有统计学意义( R2=0.154, P=0.018)。门水平上,与健康对照组相比,子宫颈癌组厚壁菌门占比低(30.21%比68.28%),拟杆菌门占比略低(6.87%比8.11%),而放线菌门(26.91%比14.42%)及变形菌门(27.33%比0.67%)占比高。属水平上,与健康对照组相比,子宫颈癌组乳杆菌属及棒状菌属占比低,失去优势菌群,而红球菌属、克雷伯菌属、气球菌属等占比明显高,且子宫颈癌组菌群种类较健康对照组多。线性判别分析(LDA)显示,属水平上,红球菌属(LDA=5.04)、克雷伯菌属(LDA=4.71)、肠杆菌属(LDA=4.29)、罗尔斯通菌属(LDA=4.28)、苍白杆菌属(LDA=4.23)、韦荣球菌属(LDA=4.14)为子宫颈癌组特征菌群;门水平上,健康对照组厚壁菌门(LDA=5.23)可为标志性物种;种水平上,子宫颈癌组红球菌( P=0.025)、罗尔斯通菌( P=0.045)、韦荣氏球菌( P=0.044)、卡氏伯克霍尔德菌( P=0.045)、假单胞菌( P=0.043)等均较健康对照组多,差异均有统计学意义。 结论:HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群多样性、丰富度较健康女性增加,乳杆菌属丰度下降;红球菌属、克雷伯菌属可作为其标志性下生殖道菌群,但仍需进一步验证。
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编辑人员丨1周前
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加味补中益气汤对COPD模型大鼠肠道菌群的影响
编辑人员丨1周前
目的:分析加味补中益气汤对慢性阻塞性肺疾病(COPD)模型大鼠肠道菌群的影响。方法:2021年4-6月,选取SPF级Wistar大鼠60只,采用随机数字表法分为空白对照(BC)组、模型(Model)组、中药(CM)组、西药(WM)组,每组15只。除BC组外均以烟熏法建立肺脾两虚型COPD模型,造模后CM组、WM组分别以加味补中益气汤、合生元灌胃干预,Model组、BC组则以0.9%氯化钠注射液灌胃干预。7 d后收集各组大鼠粪便进行肠道菌群16S rRNA测序,对有效序列进行聚类,获得操作分类单元(OTU),用于主坐标分析(PCoA)、物种组成分析、Alpha多样性分析,分析加味补中益气汤对肠道菌群结构、多样性和丰度变化的影响。结果:CM组和WM组以厚壁菌门为主,BC组和Model组以拟杆菌属为主。各组中优势菌群主要为乳杆菌、拟杆菌属。Alpha多样性分析显示,CM组、WM组、BC组群落丰富度指数中Shannon指数分别为(3.65±0.35)、(3.65±0.36)、(3.59±0.20),均高于Mode组的(3.37±0.26)( t=2.49、2.44、2.60,均 P < 0.05),CM组、WM组、BC组Shannon指数差异无统计学意义( P > 0.05);CM组、WM组、BC组Sobs指数分别为(458.67±73.11)、(454.80±95.13)、(525.93±101.88),均高于Mode组的(337.40±37.49)( t=5.72、4.45、6.73,均 P < 0.05),且BC组Sobs指数高于WM组,BC组与CM组、WM组与CM组Sobs指数比较,差异均无统计学意义(均 P > 0.05)。PCoA分析显示,与BC组比较,门水平上Model组放线菌门下降、变形菌门和脱硫菌门上升,属水平上Model组拟杆菌属、罗姆布茨菌属、毛螺杆菌属及副拟杆菌属上升,普雷沃菌属、梭菌属、布氏菌属和瘤胃球菌下降;与WM组相比,CM组杆菌属、普雷沃菌属、布氏菌属和拟普雷沃菌属上升,梭菌属、嗜果胶拟杆菌属、克里斯滕森菌属和毛螺杆菌属下降,各组菌群组成差异均有统计学意义(均 P < 0.05)。 结论:COPD模型大鼠存在肠道微生态失衡,加味补中益气汤可调节肠道微生态环境,改善肠道菌群结构,提高肠道菌群多样性和丰富度。
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编辑人员丨1周前
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脓毒症模型小鼠的肠道菌群组成与变化
编辑人员丨1周前
目的:探讨脓毒症小鼠肠道菌群动态变化。方法:选择雄性SPF级C57BL/6小鼠42只,采用盲肠结扎穿孔术(CLP)构建脓毒症模型,按制模后时间分为CLP 6~12 h组( n=9)及1、2、3 d组(均 n=10),并设假手术(Sham)组( n=3)。取小鼠结肠腔内粪便进行肠道菌群16S rRNA测序,并对有效序列进行聚类,获得操作分类单元(OTU),用于Alpha多样性分析、物种组成分析、主坐标分析(PCoA分析)和物种差异分析(LEfSe分析),观察CLP后肠道菌群动态变化。 结果:与Sham组比较,随CLP后时间延长,小鼠肠道菌群Alpha多样性呈下降趋势,表现为群落丰富程度指数降低(CLP后3 d Chao1指数:367.9±162.6比508.3±105.9,Ace指数:372.5±151.9比498.8±104.2),群落多样性指数中Shannon指数降低(CLP后3 d:2.57±1.06比4.30±0.57),Simpson指数升高(CLP后3 d:0.26±0.19比0.04±0.03),提示随CLP后时间延长,肠道菌群丰富程度和多样性均下降。物种组成分析显示,在OTU水平,OTU 633在CLP后1 d时占比最高(24.79%),OTU 1016在CLP后2 d、3 d时占明显优势,CLP后3 d占比最高(61.75%);在属水平,未标记鼠杆菌的丰度随CLP后时间延长呈先轻度升高后明显下降的趋势,大肠杆菌-志贺菌丰度在CLP后2 d、3 d显著升高,乳杆菌丰度随CLP后时间延长呈先增长后下降趋势,拟杆菌属丰度则随CLP后时间延长呈逐渐升高趋势,提示随CLP后时间延长,小鼠肠道菌群结构发生变化。PCoA分析显示,CLP 6~12 h组菌群结构与Sham组相似度较高,随CLP后时间延长,菌群结构发生变化,CLP 3 d组变化显著。LEfSe分析显示,引起组间差异的主要成分为鼠杆菌科未标记属、普雷沃菌科UCG-001、鼠杆菌科未标记属拟杆菌未定义种、副杆菌、大肠杆菌-志贺菌和OTU 1016。大肠杆菌-志贺菌和OTU 1016在5组样本丰度差异性排名中分别居属水平及OTU水平首位;大肠杆菌-志贺菌丰度从CLP 6~12 h的0.01%(0%,0.02%)随CLP后时间延长而逐渐升高到3 d的44.79%(3.71%,53.75%),OTU 1016的丰度从CLP 6~12 h的0.01%(0%,0.02%)随CLP后时间延长而逐渐升高到3 d的44.69%(3.66%,53.64%)。结论:CLP小鼠存在肠道菌群紊乱,且随着CLP后时间延长,菌群多样性逐渐下降,大肠杆菌-志贺菌逐渐成为绝对优势菌。
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编辑人员丨1周前
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基于16S rRNA基因测序的寻常型银屑病患者肠道菌群差异研究
编辑人员丨1周前
目的:研究成年寻常型银屑病患者和健康人群之间肠道微生物的差异。方法:采集2017年9月至2018年2月于中国医学科学院皮肤病医院确诊的22例寻常型银屑病患者和23例健康对照者粪便样本,提取肠道菌群总DNA扩增,并采用二代16S rRNA基因靶向测序技术测序,分析菌群多样性及菌群分布。对照Silva数据库进行物种注释及分类,采用秩和检验分析各层级样本物种差异;采用QIIME软件(Version 1.9.1)计算OTU数目及α多样性主要指数(Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数), t检验分析指数差异;PCoA分析反映样本β多样性差异,置换多元方差分析两组群落组成结构差异;秩和检验及LEfSe分析评估物种差异。 结果:银屑病组OTU数目(147.55 ± 57.07)与健康对照组(148.96 ± 50.45)比较,差异无统计学意义( t = 0.088, P = 0.930)。银屑病组Shannon指数(4.08 ± 0.80)、Chao1指数(169.52 ± 63.17)、Simpson指数(0.87 ± 0.07)与健康对照组(分别为4.11 ± 0.94、175.36 ± 53.59、0.86 ± 0.90)比较,差异均无统计学意义( t = 0.12、0.34、0.27,均 P > 0.05)。PCoA分析银屑病组与健康对照组的第一主成分差异为49.8%,第二主成分差异为15.62%,置换多元方差分析显示两组间β多样性差异有统计学意义( P = 0.011)。银屑病组与健康对照组有差异的菌群包括在银屑病组中显著升高的厚壁菌门、梭菌纲、梭菌目,丹毒丝菌目、丹毒丝菌科,健康对照组中显著升高的艾普西隆变形杆菌纲、弯曲杆菌目、弯曲杆菌科、弯曲杆菌属,拟杆菌目、拟杆菌科。 结论:寻常型银屑病患者与健康人的肠道菌群存在一定差异,肠道菌群有可能成为寻常型银屑病的潜在生物标志物。
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编辑人员丨1周前
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孕期慢性应激对雌鼠和子代肠道菌群组成及多样性的影响
编辑人员丨1周前
目的:观察孕期慢性应激雌鼠及子代肠道菌群的变化,探索肠道菌群在孕期慢性应激中发挥的作用。方法:于2019年11月,选择SPF级健康成年SD大鼠,16只雌鼠随机分为对照组和模型组,每组8只;12只雄鼠随机分为对照交配组(4只)和模型交配组(8只)。建立孕期慢性不可预知温和应激(CUMS)模型,雌鼠在应激前1天和应激第1、7、14、21天进行眼内眦静脉采血,利用放射免疫法测定血浆皮质酮含量;应激完成后,收集雌鼠新鲜粪便待测。两组子鼠在出生后20 d(PND20)收集新鲜粪便待测,分为对照子鼠组和模型子鼠组样品。采用Illumina Miseq测序技术,测定大鼠粪便中微生物16S rRNA V3-V4区序列,并对群落结构和多样性进行分析。结果:模型组雌鼠在应激第7、14天血浆皮质酮含量均高于同期对照组雌鼠( P<0.05);与对照组比较,模型组Sobs指数、Chao指数、Ace指数、Shannon指数均降低( P<0.05);对照组所特有的物种丰度(OTU)数目为130种,模型组91种;对照组雌鼠厚壁菌门的相对丰度(64.87%)高于模型组(50.83%),而拟杆菌门的相对丰度(31.72%)低于模型组(46.35%);对照子鼠组Sobs指数、Chao指数、Ace指数、Shannon指数和Simpson指数均高于模型子鼠组( P<0.05);模型子鼠组所特有的OTU数目为75种,对照子鼠组93种;对照子鼠组厚壁菌门相对丰度(60.24%)高于模型子鼠组(52.95%)。 结论:孕期慢性应激不仅会引起雌鼠肠道菌群紊乱,而且可能会导致宫内环境改变,进而对子代肠道菌群的群落多样性产生影响。
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编辑人员丨1周前
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特应性皮炎患者面部、上肢和背部皮损真菌群落多样性分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨特应性皮炎(AD)患者面部、上肢和背部皮损真菌群落多样性和结构特征。方法:对2015年9 - 10月来自成都医学院第一附属医院皮肤科门诊的10例AD患者面部、上肢和背部皮损区和10例健康对照相应部位皮肤采样,提取样品DNA行MiSeq高通量测序,进行多样性指数分析、物种组成分析及主成分分析。两组间比较采用独立样本 t检验,多组间均数比较采用单因素方差分析,两两组间多重比较采用LSD- t检验。 结果:多样性指数分析显示,AD患者组面部、上肢、背部皮损区样本Shannon指数均显著高于健康对照组相应区域( t值分别为2.67、2.37、3.34,均 P < 0.05)。物种组成分析显示,马拉色菌属在AD患者组面部、上肢、背部皮损区和健康对照组相应区域样本中均占主要地位,其中球形马拉色菌和限制马拉色菌丰度合计约为80%。AD患者组总样本念珠菌属、曲霉属丰度显著高于健康对照组( t值分别为3.515、2.137,均 P < 0.05)。AD患者组与健康对照组面部各主要真菌属丰度差异均无统计学意义(均 P > 0.05);AD患者组上肢念珠菌属丰度显著高于健康对照组( t = 3.186, P < 0.05),背部曲霉属丰度显著高于健康对照组( t = 2.736, P < 0.05)。AD患者组、健康对照组面部、上肢、背部样本间主要真菌属丰度差异均无统计学意义( P > 0.05)。轻中重度AD患者组样本间各主要真菌属丰度比较,差异均无统计学意义(均 P > 0.05)。主成分分析显示,AD患者组面部、上肢、背部皮损样本真菌群落未按病情严重程度聚类。 结论:AD患者面部、上肢、背部皮损区真菌群落多样性明显高于健康对照相应区域,马拉色菌为AD患者上述部位皮损和健康对照相应区域的优势菌种,AD患者皮损区样本中真菌群落组成与疾病严重程度可能无相关性。
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编辑人员丨1周前
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基于16S rDNA及ITS高通量测序分析甲真菌病病甲微生物群落的变化
编辑人员丨1周前
目的:比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法:收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本,提取甲屑菌群总DNA,以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区(ITS)作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序,对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析,采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析,采用相似性分析(Anosim)进行β多样性分析,采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果:入组甲真菌病患者31例,男16例,女15例,按年龄分青年组(18 ~ 35岁)10例,中年组(36 ~ 60岁)11例,老年组(大于60岁)10例。α多样性分析显示,病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组( W = 290, P = 0.007),而Simpson指数明显高于健康甲组( W = 663, P = 0.010),病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组,病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示,基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果,病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义(细菌菌群: R = 0.0052, P = 0.331;真菌菌群: R = 0.0036, P = 0.337);基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果,病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义(均 P = 0.001)。在物种组成上,病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属,而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌,而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。 结论:甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异,真菌菌群仅丰度存在一定的差异,其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。
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编辑人员丨1周前
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大气PM 2.5暴露对60~69岁健康老年人肠道菌群影响的定群研究
编辑人员丨1周前
目的:分析短期大气PM 2.5个体暴露对山东济南健康老年人肠道菌群的多样性、肠型及群落结构的影响。 方法:采用定群研究设计,在山东省济南市历下区甸柳街道招募76名60~69岁的健康老年人,于2018年9月至2019年1月开展五次随访调查。采用问卷调查、体格检查、个体PM 2.5暴露精准监测、粪便样本采集及肠道菌群16S rDNA测序等方法收集相关信息,基于狄利克雷多项混合(DMM)模型进行肠型分析,使用线性混合效应模型和广义线性混合效应模型分析PM 2.5暴露对四种肠道菌群α多样性指标(Shannon、Simpson、Chao1和ACE指数)、肠型和核心菌群物种丰度的影响。 结果:76名研究对象中每人均至少参与了两次随访,最终共纳入352人次。76名研究对象年龄为(65.0±2.8)岁;BMI为(25.0±2.4)kg/m 2;男性38名(50%);小学及以下、中学、大专及以上分别占10.5%、71.1%和18.4%。研究期间76名对象的PM 2.5个体暴露浓度为(58.7±53.7)μg/m 3。DMM模型显示,研究对象可分为四种肠型,主要由拟杆菌、粪杆菌、毛螺菌、普雷沃菌和瘤胃球菌等菌群驱动。线性混合效应模型显示:不同滞后期PM 2.5个体暴露水平与肠道α多样性指数下降有关联[校正后的错误发现率(FDR)均<0.05];进一步分析发现PM 2.5暴露主要与厚壁菌门(如巨单胞菌属、经黏液真杆菌属和链球菌属等)和拟杆菌门(另枝菌属)的丰度改变有关联(校正后FDR<0.05)。 结论:短期PM 2.5个体暴露与健康老年人肠道菌群多样性指数下降有关联,并与厚壁菌门和拟杆菌门多个物种的丰度变化存在关联。
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编辑人员丨1周前
