肠道菌群是由许多细菌及其代谢产物组成的复杂生态系统,对人体消化、营养吸收、能量供应、脂肪代谢、免疫调节等诸多方面发挥着不可替代的作用.探索肠道菌群的结构与功能、关键基因与代谢产物,将有助于实现疾病的早期诊断与辅助诊断,发现新的治疗靶点与药物治疗效果评价,更好地指导抗生素的使用.肠道菌群的鉴定在临床诊疗及药物研发等领域都具有重要作用,因此,有必要对这一迅速发展的领域进行全面回顾.传统的鉴定方法无法全面捕捉肠道微生物多样性.随着分子生物学的快速发展,肠道菌群的分类鉴定也从最初的表型鉴定和化学鉴定演变到了分子水平鉴定.本综述整合了肠道菌群的主要鉴定方法及其应用评价,特别关注于分子生物学方法的研究进展,并重点介绍了高通量测序技术在肠道菌群鉴定中的应用,这种革命性的肠道菌群鉴定方法预示着人类对微生物世界认识的全新篇章.

人类肠道拥有复杂而丰富的菌群,肠道菌群参与营养吸收、免疫防御、调节代谢等生理功能.肠道微生物群落的变化涉及许多疾病如缺血性卒中、帕金森病的发生发展,甚至与疾病的严重程度相关.而针刺作为中国传统医学中重要的组成部分,被证实对肠道菌群具有调节作用.针刺可以通过调节肠道菌群的群落多样性、丰度调控宿主代谢、免疫应答,影响相关疾病的发展.肠道微生物群靶向治疗相关疾病的机制和模式仍需继续探索.

目的:探讨妊娠期外阴阴道假丝酵母菌病(vulvovaginal candidiasis,VVC)患者烯醇化酶(enolase,Eno)含量、阴道微生态与妊娠结局的相关性.方法:选取2021年4月—2022年4月在中国人民解放军联勤保障部队第九八○医院产科住院并分娩的77例妊娠期VVC患者为研究对象,根据妊娠结局分为不良妊娠结局组49例、正常妊娠结局组28例.比较2组患者一般资料、阴道微生态指标、(1,3)-β-D-葡聚糖和Eno水平.Logistic回归分析妊娠期VVC患者发生不良妊娠结局的影响因素.受试者工作特征(receiver operator characteristic,ROC)曲线分析(1,3)-β-D-葡聚糖、Eno对妊娠期VVC患者不良妊娠结局的诊断价值.结果:不良妊娠结局组抗感染治疗患者比例低于正常妊娠结局组(x2=4.270,P=0.039).不良妊娠结局组阴道菌群密集度Ⅱ～Ⅲ级、菌群多样性Ⅱ～Ⅲ级、清洁度Ⅰ～Ⅱ度、pH值3.8～4.5、过氧化氢阳性和白细胞酯酶阴性患者的比例均低于正常妊娠结局组(均P＜0.05).不良妊娠结局组(1,3)-β-D-葡聚糖和Eno水平均高于正常妊娠结局组,差异有统计学意义(均P＜0.001).(1,3)-β-D-葡聚糖和Eno升高均是妊娠期VVC患者发生不良妊娠结局的危险因素(P＜0.05),阴道菌群密集度为Ⅱ～Ⅲ级是保护因素(P＜0.05).(1,3)-β-D-葡聚糖、Eno两者联合诊断妊娠期VVC患者不良妊娠结局的曲线下面积(area under the curve,AUC)高于单一指标,联合诊断的敏感度为 95.92％,特异度为 82.14％,二者联合优于(1,3)-β-D-葡聚糖(Z=2.092,P=0.036)、Eno(Z=2.703,P=0.007)各自单独诊断.结论:(1,3)-β-D-葡聚糖和Eno水平升高、阴道微生态发生异常均可增加妊娠期VVC患者发生不良妊娠结局的风险,可利用(1,3)-β-D-葡聚糖和Eno联合对妊娠期VVC患者进行不良妊娠结局的风险筛查.

目的:探讨中青年脑卒中伴与不伴高同型半胱氨酸(Hey)血症患者肠道菌群特征的差异及临床意义.方法:选取2022年1月至2023年12月110例中青年脑卒中患者作为研究组,根据伴与不伴高Hey血症分为高Hey亚组与正常Hey亚组,另选取同期健康体检志愿者55例作为对照组.对比研究组与对照组、研究组不同亚组肠道菌群失调发生率、Alpha多样及相对丰度,分析肠道菌群与高Hey血症、脑卒中的关系,评价肠道菌群对脑卒中伴高Hey血症的预测价值.结果:研究组肠道菌群失调发生率 52.73％高于对照组 18.18％,Simpson 指数(417.61±66.51)高于对照组(668.39±91.08),Chaol 指数(0.96±0.06)、Shannon 指数(2.13±0.52)低于对照组(0.90±0.03)、(4.67±0.45)(x2=18.061,t=20.103、6.985、30.891,P均＜0.001);研究组厚壁菌门低于对照组,拟杆菌门、变形菌门相对丰度高于对照组(P＜0.05);研究组拟杆菌属相对丰度高于对照组,双歧杆菌属、粪杆菌属、柯林斯菌属相对丰度低于对照组(P＜0.05);高Hey亚组肠道菌群失调发生率80.00％高于正常Hey亚组33.85％,Simpson 指数(383.43±53.18)高于正常 Hey 亚组(441.27±65.39),Chaol 指数(0.99±0.05)、Shannon 指数(2.02±0.18)低于正常 Hey 亚组(0.94±0.03)、(2.21±0.25),(x2=22.725,t=4.913、6.545、4.371,P均＜0.001);高Hey亚组厚壁菌门低于正常Hey亚组,拟杆菌门、变形菌门相对丰度高于正常Hey亚组(P＜0.05);高Hey亚组拟杆菌属相对丰度高于正常Hey亚组,双歧杆菌属、粪杆菌属、柯林斯菌属相对丰度低于正常Hey亚组(P＜0.05);肠道菌群失调、Simpson指数与高Hcy血症、脑卒中及脑卒中伴高Hey血症呈正相关,Chaol指数、Shannon指数与高Hey血症、脑卒中及脑卒 中伴高Hey血症呈负相关(P＜0.05);肠道菌群失调、Simpson指数、Chaol指数、Shannon指数预测中青年脑卒中伴高Hey血症的AUC 为 0.731(95％CI:0.638～0.811)、0.809(95％CI:0.723～0.878)、0.782(95％CI:0.693～0.855)、0.822(95％CI:0.738～0.889),敏感度分别为 80.00％、86.67％、82.22％、75.56％,特异度为 66.15％、69.23％、61.54％、75.38％.结论:中青年脑卒中伴高Hey血症患者肠道菌群失调发生率较高,多样性下降,丰度也发生明显改变,可作为预测脑卒中伴高Hey血症的辅助指标,能为临床提供新的角度.

目的 基于肠道菌群探究骨松益骨方(GusongYigu de-coction,GSYG)治疗绝经后骨质疏松症(postmenopausal oste-oporosis,PMOP)的机制.方法 SPF级SD大鼠60只随机分成假手术组(Control)、模型组(Model)、骨松益骨方低剂量组(GSYG-L,1.25 g·kg-1)、骨松益骨方中剂量组(GSYG-M,2.5 g·kg-1),骨松益骨方高剂量组(GSYG-H,5 g·kg-1)和阿仑膦酸钠组(Al,0.89 mg·kg-1),每组10只.HE染色观察骨组织形态变化,micro CT观察大鼠的股骨组织结构变化;取Control组、Model组、GSYG-H组大鼠结肠粪便样本,提取DNA,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序.结果 与Control组比较,Model组大鼠骨小梁稀疏;BV/TV、Tb.Th、Tb.N 及 BMD 均明显降低(P＜0.01),SMI、Tb.Sp 明显升高(P＜0.01);与 Model 组比较,GSYG-L、GSYG-M、GSYG-H组和Al组骨小梁数目增加,骨微结构得到改善,且BV/TV、Tb.Th、Tb.N 及 BMD 明显增加(P＜0.05),SMI、Tb.Sp 明显降低(P＜0.05).肠道菌群测序结果显示,与Control组比较,Model组大鼠肠道菌群多样性降低,厚壁菌门丰度降低,而拟杆菌门丰度增加;与Model组比较,GSYG-H组厚壁菌门丰度增加,拟杆菌门丰度减少.结论 GSYG能够改善PMOP患者的骨微结构,增加骨密度,其作用机制可能与增加肠道菌群的多样性、调节肠道菌群结构有关.

背景:肠道微生态紊乱是腹泻型肠易激综合征(IBS-D)发病的重要因素,合生元可有效调节人体肠道微生态.目的:探讨合生元制剂对IBS-D患者临床症状和肠道菌群的影响.方法:纳入2022年7月—2023年5月云南省第一人民医院收治的75例IBS-D患者,随机分为试验组和对照组.除常规治疗外,试验组给予含有益生元和多种益生菌的合生元制剂,对照组给予安慰剂.比较两组治疗前后消化道症状评分、生活质量(QOL)评分、精神症状评分和肠道菌群组成.结果:治疗4周后,试验组腹部疼痛评分、自主排便次数、IBS评分、焦虑评分和抑郁评分明显降低(P<0.05),IBS-QOL评分明显升高(P<0.05),而粪便性状评分无明显差异(P>0.05).与对照组相比,治疗后试验组肠道菌群组成、菌群多样性无明显差异(P>0.05),螺杆菌、志贺菌、紫单孢菌、瘤胃球菌科UCG-009丰度明显降低(P<0.05),双歧杆菌和乳杆菌丰度明显升高(P<0.05).结论:合生元对IBS-D患者有良好的治疗效果,可改善肠道菌群,减轻消化道症状,同时可提高患者的生活质量,减轻焦虑、抑郁等精神症状.

目的 探讨发声和多种运动联合抽动障碍(又称抽动症)患儿肠道菌群分布情况与其神经递质、神经功能及T细胞亚群的相关性.方法 以2020年5月-2023年5月南京中医药大学附属南京市中西医结合医院收治的97例抽动症患儿作为研究对象,通过耶鲁抽动症整体严重度量表(YGTSS)将所有患儿分为轻度组23例、中度组42例和重度组32例.采集所有患儿粪便样本,采用16S rRNA测序技术和Qiime软件进行肠道菌群α多样性分析[Chao1 指数、observed species(Sobs)指数、Shannon 指数、Simpson 指数];测定 T 淋巴细胞亚群(CD4+、CD8+、CD4+/CD8+)和神经递质[5-羟色胺(5-HT)、多巴胺(DA)、γ-氨基丁酸(GABA)、去甲肾上腺素(NE)]水平;评估两组儿童神经功能;采用Pearson相关性分析探讨患儿肠道菌群与神经递质、神经功能及T细胞亚群的关系.结果 与轻度组相比,中度组和重度组的YGTSS评分的运动性抽动、发声性抽动、总分更高(P＜0.05);轻度组、中度组和重度组患儿的Chao1、Sobs、Shannon和Simpson指数比较,经方差分析,差异均有统计学意义(P＜0.05);与轻度组相比,中度组和重度组的α多样性更低(P＜0.05);轻度组、中度组和重度组患儿的CD4+、CD8+和CD4+/CD8+比较,经方差分析,差异均有统计学意义(P＜0.05);与轻度组相比,中度组和重度组的CD4+和CD4+/CD8+更低,CD8+更高(P＜0.05);与轻度组相比,中度组和重度组的5-HT和DA更高,GABA、NE、神经功能评分更低(P＜0.05).根据Pearson相关性分析结果,患儿Chao1、Sobs、Shannon和Simpson指数与5-HT、DA呈负相关(P＜0.05),与CD4+、GABA、NE和神经功能评分呈正相关(P＜0.05).结论 肠道菌群与抽动症患儿的神经递质、神经功能和T细胞亚群密切相关.

目的 探讨抑郁症患者与健康对照者之间肠道菌群的差异性,为抑郁诊断及治疗提供参考.方法 选取2020年11月—2022年11月于株洲市三医院精神科就诊的53例抑郁症患者为抑郁症组,同期于株洲市公开招募55名性别、年龄与抑郁症组患者匹配的健康志愿者为健康对照组.收集受试者的一般资料,采集受试者新鲜粪便,采用16S rDNA宏基因测序定性、定量分析肠道菌群多样性、丰度、结构等差异以及与临床症状的相关性.结果 共收集到27 237 978个16S rDNA.两组受试者肠道菌群的整体丰度α多样性比较,差异无统计学意义(P＞0.05).物种及结构方面,两组受试者的四种距离(Jaccard距离、Bray-Curtis距离、非加权UniFrac距离、加权UniFrac距离)β多样性比较,差异均有统计学意义(均P＜0.05).相较于健康对照组,抑郁症组拟杆菌门占比高(12.4%比44.1%),厚壁菌门/拟杆菌门(F/B)值低(6.35比1.04).线性判别分析效应量(LEfSe)分析显示,两组受试者肠道菌群多达30个物种差异有统计学意义(P＜0.05,LDA值＞2).结论 抑郁症患者与健康对照者之间肠道菌群具有差异性,而具有差异性的肠道菌群物种可能是潜在客观标志物及干预靶标.

目的:筛选与结直肠癌肝转移以奥沙利铂为基础的新辅助化疗患者疗效相关的特征性肠道菌群及粪便代谢物，分析肠道菌群与粪便代谢物之间的关系，评估相关标志物在结直肠癌新辅助化疗中的疗效预测价值。方法:病例对照研究。选取2021年10月—2022年7月在山东大学齐鲁医院就诊的34例结直肠癌肝转移患者为研究对象，根据疗效评价标准，分为化疗有效组（20例）和化疗无效组（14例），患者粪便样本进行宏基因组测序和非靶向代谢组学分析，获得与结直肠癌肝转移化疗疗效相关的菌群及代谢物特征，采用Logistic回归构建预测模型筛选可预测化疗效果的菌群及代谢标志物，绘制受试者工作特征（ROC）曲线以及生存分析曲线评价相关菌种和代谢物对新辅助化疗疗效的预测效果。结果:化疗有效组与无效组患者的肠道菌群的α和β多样性差异无统计学意义（ P均>0.05）。在菌种方面，与化疗无效组比较，化疗有效组有5种菌种相对丰度上调，10种菌种相对丰度下调，差异有统计学意义（ P均<0.05），其中唾液普雷沃菌能有效预测化疗效果（ROC曲线下面积为0.750， P=0.007），敏感度为80.0%，特异度为71.4%，且其丰度高水平患者（17例）总生存率低于丰度低水平患者（17例）（ χ2=5.239， P=0.022）。在代谢物方面，与化疗无效组比较，化疗有效组有20种代谢物上调，4种代谢物下调，差异有统计学意义（ P均<0.05），其中苏氨酸和前列腺素F2α-1-乙醇酰胺可区分化疗有效与无效患者（AUC=0.743、0.707， P均<0.05），并且两者相对丰度高水平患者（17例）总生存率高于低水平患者（17例）（ χ 2=4.748、5.407， P均<0.05）。通过筛选分析获得唾液普雷沃菌和前列腺素F2α-1-乙醇酰胺的Logistic回归模型，ROC曲线结果显示，该模型对患者的疗效具有较好的预测价值（AUC=0.836， P<0.05），敏感度为90.0%，特异度为78.6%，且模型预测生存概率高水平患者（17例）总生存率高于低水平患者（17例）（ χ2=9.260， P=0.002）。 结论:唾液普雷沃菌和前列腺素F2α-1-乙醇酰胺可作为结直肠癌肝转移新辅助化疗效果的预测标志物，对患者预后判断具有较好的临床参考价值。

婴儿期是肠道菌群形成和发展最为关键的时期，作为肠道菌群演替速度较快的重要阶段，稳定的肠道菌群定植对机体健康、免疫系统的建立及完善有着重大且长远的意义。母乳中富含人乳低聚糖(HMOs)，能够有效促进婴儿肠道中有益细菌的生长，抑制病原菌的侵袭，改善肠道菌群组成，提高菌种多样性，促进婴儿生长发育。现就HMOs的研究现状及其对婴儿肠道菌群的影响进行综述。