目的:研究浙江省临床分离沙门菌的血清型分布、耐药状况和携带毒力基因的特征。方法:收集2010年至2017年浙江省9个地区临床分离的463株沙门菌，依据沙门菌属Kauffmann-White抗原表对比确定沙门菌属的血清型。采用K-B纸片扩散法进行药物敏感试验。采用聚合酶链反应检测菌株的11种毒力基因。结果:463株沙门菌共检出35种血清型，其中优势血清型为鼠伤寒沙门菌[41.90%(194/463)]和肠炎沙门菌[22.25%(103/463)]。对氨苄西林的耐药率[66.52%(308/463)]最高，其次为氨苄西林/舒巴坦[46.87%(217/463]；对哌拉西林/他唑巴坦的耐药率[3.24%(15/463)]较低；无亚胺培南和美罗培南耐药株；多重耐药菌株188株(40.60%)。毒力基因 hilA、 ssrB、 marT、 siiD、 sopB、 pagN在所有沙门菌株中都存在。毒力基因 vexA只在伤寒沙门菌和都柏林沙门菌中检出；毒力基因 icmF主要存在于肠炎沙门菌中；毒力质粒基因 spvB和 pefA表现为成对出现，且主要分布于猪霍乱沙门菌、肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌中；毒力基因 cdtB则主要分布于伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌中。 结论:浙江省临床分离的沙门菌以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主，多重耐药形势严峻，且携带多种毒力基因。

目的:应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）对常见沙门菌血清型进行鉴定，为临床早期精确治疗提供病原学依据。方法:收集不同地区来源的500株菌株，采用血清凝集及基因组测序方法确定5种临床常见的沙门菌（包括伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、印第安纳沙门菌）血清型，提取菌株的蛋白复合物，进行图谱采集，构建肽指纹图谱数据库，利用不同模块算法建立沙门菌血清分型方法，然后用155株测试菌株评价该分型方法的准确性。结果:建立了5种沙门菌血清型MALDI-TOF MS数据库，在此基础上建立基于匹配算法和基于神经元卷积网络机器学习方法的2种沙门菌血清型分型方法，通过测试菌株分别评价2种分型方法的鉴定效果，发现基于匹配算法的MALDI-TOF MS能够快速识别、鉴定5种临床常见的沙门菌血清型，对沙门菌血清型鉴定的准确率可达100.00%，分型的敏感性及特异性均达100.00%。而且，该分型方法用时短（15~20 min）、重复性好。而基于机器学习的方法不能准确区分不同的血清型，分型的敏感性及特异性分别为82.23%和95.81%。结论:本研究建立的基于MALDI-TOF MS技术的沙门菌血清分型方法能够简便、快速、准确地进行临床常见沙门菌血清分型。

伤寒和副伤寒均是世界范围内发病率和死亡率都较高的严重肠道疾病. 市场上有获得许可的伤寒疫苗,但目前还没有副伤寒疫苗. 本研究利用菌蜕平台开发了一种抗伤寒和甲型副伤寒沙门菌的二价疫苗. 菌蜕细胞(bacterial ghost cells,BGs)是一种细菌衍生的细胞膜,它虽无维持其细胞形态的细胞质内容物,但却包括了所有的细胞表面特征.

目的 依据《病原微生物菌(毒)种国家标准株评价技术标准》(WS/T812-2022),获得8种沙门菌主要血清型标准株,并建立标准株筛选主要流程.方法 分别对原代及传代沙门菌菌株进行形态学观察、生化试验及基因组测序分析,获得形态及生化典型、基因组稳定的标准菌株.结果 从24株沙门菌中筛选获得8株分属8种血清型(伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、乙型副伤寒沙门菌、丙型副伤寒沙门菌、鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、单相鼠伤寒沙门菌、猪霍乱沙门菌)的菌株,这8株菌在沙门菌推荐用选择性培养基上形态典型,生化反应典型,传代后基因组变异较小,血清凝集结果稳定,可以作为沙门菌检验的参比菌株.结论 本研究通过筛选获得具有相应血清型病原特征的8种沙门菌主要血清型标准株,可作为沙门菌检测、血清分型质控、基因组进化分析的参比菌株,并为后续核酸标准品的研制提供基础.

目的 通过分析一起甲型和乙型副伤寒同时暴发流行事件中患者临床特征及分离的甲型和乙型副伤寒沙门菌株对药物的敏感性,为不同血清型副伤寒同时暴发流行的合理治疗提供依据.方法 回顾性分析2018年9-11月乌鲁木齐市某中学发生的甲型和乙型副伤寒同时暴发流行事件中所有患者的临床特征、细菌耐药性.结果 66例患者确诊副伤寒31例,35例为疑似病例,包含1例甲型和乙型副伤寒沙门菌共感染者;共分离32株副伤寒沙门菌,其中19株为甲型副伤寒沙门菌,13株为乙型副伤寒沙门菌.分离菌株的耐药性分析显示,甲型副伤寒沙门菌对氨苄西林、左氧氟沙星、复方磺胺甲噁唑、头孢他啶、头孢曲松、氯霉素的敏感率为100％,乙型副伤寒沙门菌对氨苄西林、左氧氟沙星、复方磺胺甲噁唑的敏感率为100％,所有分离菌株对环丙沙星中介率为100％.结论 该轮甲型和乙型副伤寒同时暴发流行事件中存在甲型和乙型副伤寒沙门菌共感染的情况,且存在对环丙沙星耐药率高的特点,应引起实验室及临床的高度关注.

肠道传染病肠道传染病是病原体经口侵入肠道并引起腹泻和/或其他脏器及全身性感染的一类疾病.灾区常见肠道传染病主要有细菌性痢疾、霍乱、伤寒和副伤寒、其他如沙门菌、副溶血性弧菌、空肠弯曲菌、致病性大肠杆菌、耶尔森氏菌等细菌引起的细菌性腹泻,轮状病毒、杯状病毒、肠道腺病毒和星状病毒等病毒引起的病毒性腹泻,以及隐孢子虫等寄生虫引起的寄生虫腹泻.其他肠道传染病还包括甲型肝炎、戊型肝炎、手足口病等.

目的 分析2005-2012年我国云贵高原(广西壮族自治区、贵州省、云南省)临床甲型副伤寒沙门菌分离株分子分型和群体结构.方法 收集2005-2012年我国三个伤寒副伤寒高发省份分离自临床的甲型副伤寒沙门菌分离株145株.采用两种酶切(XbaI和SpeI)进行脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electro phoresis,PFGE)分型分析.分析描述我国云贵高原近8年来的甲型副伤寒沙门菌优势克隆群及克隆群变迁.结果 145株甲型副伤寒沙门菌采用XbaI酶切可以得到38个PFGE型;采用SpeI酶切可以得到42个PFGE型;利用两种酶切结果联合分析,可以得到71个型别,其中2个型别所含菌数均超过10株.结论 有些型别仅分布于某个省份某一年份,有些型别却可以在某一省份长期存在并逐年传播,成为优势型别.不同省份间优势型别有所不同,呈现一定的地域差异.

目的 了解近年来杭州地区甲型副伤寒沙门菌的基因组流行病学特征.方法 采用二代测序技术(NGS)对2002—2013年杭州地区分离的60株甲型副伤寒沙门菌代表株进行测序并下载公共数据库中的391株甲型副伤寒沙门菌基因组数据.以ATCC9150基因组为参考序列,鉴定所有基因组的单核苷酸多态性(SNP)位点并去除重组,构建基于SNP位点的系统发育树.用SRST2和多位点序列分型(MLST)工具扫描获得MLST型别,用SISTR扫描获得核心基因组多位点序列分型(cgMLST)型别,用SRST2和BLASTN扫描获得耐药基因.选择7种抗生素对60株杭州菌株进行药物敏感试验.结果 451株甲型副伤寒沙门菌基因组序列去重组后共鉴定得到19258个SNP位点,菌株平均距离为0.0070,距离小于0.05的占96.73%,提示451株甲型副伤寒沙门菌基因组差异较小.58株杭州ST85型分离株基因组序列高度相似,提示2002—2013年杭州地区甲型副伤寒疫情主要由ST85型菌株克隆传播引起.杭州菌株与5株国内5省菌株遗传距离较远(平均距离为0.057),与15株云南菌株距离较近(平均距离为0.0032),与柬埔寨菌株的距离最近(平均距离为0.0018),提示ST85型菌株存在跨国传播的可能性.2株杭州ST129型分离株中,HZ333与分离自江苏的两株菌近源(平均距离为0.0097),提示ST129型部分菌株存在国内传播的可能性.60株杭州菌株除2株未分型外,其余58株菌被分为9个cgMLST型别;公共数据库中391株菌除57株未分型外,其余334株菌被分为165个cgMLST型别.60株杭州菌株均携带耐药基因,其中56株菌携带aac6-Iy耐药基因,4株菌携带aac6-Iaa耐药基因;公共数据库中的391株甲型副伤寒沙门菌除了13株菌未携带耐药基因,其他378株菌均携带aac6-Iy耐药基因.60株杭州菌株中56株菌对7种抗生素均敏感;3株菌对复方新诺明耐药;1株菌对氨苄西林、四环素耐药.结论 2002—2013年杭州地区甲型副伤寒疫情主要由ST85型菌株克隆传播引起,该型菌株存在跨国传播的可能性;ST129型部分菌株存在国内传播的可能性.SNP位点分析技术分辨力高于脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术,能够帮助我们更为精准的对疫情进行溯源.aac6-Iy是全球范围内甲型副伤寒沙门菌普遍携带的一种耐药基因.二代测序技术在传染病防控中有着良好的应用前景.

目的 分析2014-2017年深圳地区腹泻患者沙门菌的感染特征和耐药性情况,为沙门菌感染的防控提供科学依据.方法 从深圳市3家哨点医院腹泻门诊收集患者粪便标本,进行沙门菌的分离鉴定、血清分型及药敏试验;对7家医院上送的住院病人分离的沙门菌进行血清分型和药敏试验.结果 4847份门诊患者的粪便标本中,分离出192株沙门菌,检出率为4.0％.5-10月是沙门菌检出的高峰,5岁以下儿童和6-17岁是感染的主要人群,检出率分别为6.2％和5.3％.192株沙门菌中鉴定出18种血清型,其中鼠伤寒沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌变种和肠炎沙门氏菌是最常见的3种血清型,另有19株未能分型.77株住院病人分离的沙门菌中鉴定出20种血清型,其中肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌变种、甲型副伤寒沙门氏菌占比分别为33.8％、13.0％和11.7％,另有3株未能分型.45株沙门菌对氨苄西林、环丙沙星和左旋氧氯沙星的耐药最为严重,自2015年开始出现对喹诺酮类药物的耐药和多重耐药菌株,10株鼠伤寒沙门氏菌中多重耐药率为50.0％.结论 深圳市腹泻患者的沙门菌感染以17岁以下儿童为主,5-10月份为感染的高峰期,沙门菌的血清型分散,其中肠炎沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌变种是主要的血清型,多重耐药自2015年开始日趋严重,临床上应合理规范用药并且加强耐药监测.

目的 探讨艾滋病(AIDS)患者机会性感染的病原体种类及其药敏结果.方法 采用BeeT/Alert3D血培养仪进行血液标本的细菌和真菌培养;绝大部分菌株采用VITEK2 COMPACT微生物分析仪进行鉴定和药敏,部分菌株用手工方法鉴定,真菌药敏采用ATB药敏条.结果 164例艾滋病患者血液标本培养阳性34例,共分离34株病原菌,总阳性率为20.73％.其中真菌16株(47.06％),主要为新生隐球酵母菌12株(75.00％),马尼菲青霉菌2株(12.50％),2株因患者死亡未进一步鉴定(12.50％);革兰阳性球菌10株(29.41％),均为凝固酶阴性葡萄球菌,8株为耐甲氧西林菌株;革兰阳性杆菌6株(17.65％),均为星形诺卡菌;革兰阴性杆菌2株(5.88％),为甲型副伤寒沙门菌.12株新生隐球酵母菌对5-氟胞嘧啶、两性霉素B、氟康唑、伊曲康唑和伏立康唑敏感率均为100％;10株葡萄球菌对万古霉素、奎诺普叮-达福普叮、利奈唑胺、庆大霉素敏感率均为100％,对红霉素、青霉素G、克林霉素耐药率100％.6株星形诺卡菌对复方新诺明和庆大霉素敏感.结论 艾滋病患者发生机会性感染的病原体以真菌占优势,尤其以新生隐球酵母菌为主.