目的 为分析云南省生食蔬菜中沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、致泻性大肠埃希菌污染情况及菌株的耐药性和致病性,通过各污染菌的抗生素敏感性特征图谱及全基因组测序数据对菌株进行耐药和致病基因分析.方法 采用食品安全国家标准GB 4789.4-2016、GB 4789.30-2016、GB 4789.6-2016对180份生食蔬菜样品中的沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、致泻大肠埃希菌进行检测和鉴定;采用肉汤稀释法对分离到的菌株进行药敏测定;同时对菌株进行全基因组测序,基因组序列经组装后通过相应的生物信息学流程进行数据分析.结果 180份生食蔬菜中共有12份样品检出了致病菌,包括生菜、香菜、折耳根等.共检出了致病菌13株,其中沙门菌7株,共7种血清型,4株存在多重耐药,耐药表型与耐药基因关联性良好,5株携带有与多重耐药相关的IncHI和IncF型质粒;单核细胞增生李斯特菌4株,1株存在多重耐药,2株携带毒力岛LIPI-3;肠聚集黏附性大肠埃希菌2株,1株存在多重耐药.结论 折耳根等具有地域特色的生食蔬菜种类致病菌检出率较高,应该持续关注,部分单核细胞增生李斯特菌菌株因含有更多的毒力基因,而具有更高的致病性;沙门菌和致泻大肠埃希氏菌多重耐药情况较为严重.

目的 对重庆市某高校一起鼠伤寒沙门菌引起的食源性疾病暴发事件进行实验室病原学分析.方法 按照食品安全国家标准(GB 4789.4-2016)对11株沙门菌分离株进行生化和血清型鉴定;使用微量肉汤稀释法进行药敏测试;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因测序(WGS)进行分子分型、毒力和耐药基因分析.结果 11株沙门菌全部为鼠伤寒沙门菌;在测试的15种抗生素中,所有菌株仅对四环素耐药;所有菌株的PFGE带型一致;WGS鉴定与血清学表型实验结果一致,所有菌株均携带2个四环素类耐药基因和10个毒力岛;溯源分析结果显示所有菌株的ST型相同,wgSNP进化树显示所有菌株可聚为一簇.结论 11株鼠伤寒沙门菌序列高度同源,说明患者、环境和食品分离株来源相同,结合流行病学调查结果判定此次食源性疾病暴发事件是由食品加工人员使用器皿生熟不分引起食品污染所致.

目的 对贵阳市某学校由产气荚膜梭菌引起发的食源性疾病暴发事件开展流行病学调查和病因食品和病原的溯源分析,探讨全基因组测序新技术在食源性疾病暴发溯源中的应用.方法 采用现场流行病学分析,采集可疑生物样本,食品样本和外环境样本进行常规的实验室病原分离及沙门菌、致泻大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽胞杆菌和产气荚膜梭菌的病原鉴定.对分离的病原菌进行毒素基因检测和全基因组测序溯源分析.结果 22名病例症状以腹痛(95.45％,21/22)、腹泻(95.45％,21/22)为主;流行曲线为点源暴露模式,潜伏期为6-15 h.在5份肛拭子样本、3份粪便样本和1份留样早餐肉末食品样本中分离出产气荚膜梭菌,且均检出肠毒素cpe基因,所有样本均未检出沙门菌、致泻大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌.其中早餐肉末食品样品中经全基因组测序分析对比发现产气荚膜梭菌为3.5×105 CFU/g,经全基因组测序分析比对发现,来源于早餐肉末食品和肛拭子样本的产气荚膜梭菌,其分子分型为ST 139型,菌株均携带cpe毒力基因.结论 通过现场调查和溯源分析,判定产气荚膜梭菌污染早餐肉末是导致此次食源性疾病暴发的原因.全基因组测序新技术在食源性疾病暴发中可起到精准溯源作用.

目的:研究浙江省临床分离沙门菌的血清型分布、耐药状况和携带毒力基因的特征。方法:收集2010年至2017年浙江省9个地区临床分离的463株沙门菌，依据沙门菌属Kauffmann-White抗原表对比确定沙门菌属的血清型。采用K-B纸片扩散法进行药物敏感试验。采用聚合酶链反应检测菌株的11种毒力基因。结果:463株沙门菌共检出35种血清型，其中优势血清型为鼠伤寒沙门菌[41.90%(194/463)]和肠炎沙门菌[22.25%(103/463)]。对氨苄西林的耐药率[66.52%(308/463)]最高，其次为氨苄西林/舒巴坦[46.87%(217/463]；对哌拉西林/他唑巴坦的耐药率[3.24%(15/463)]较低；无亚胺培南和美罗培南耐药株；多重耐药菌株188株(40.60%)。毒力基因 hilA、 ssrB、 marT、 siiD、 sopB、 pagN在所有沙门菌株中都存在。毒力基因 vexA只在伤寒沙门菌和都柏林沙门菌中检出；毒力基因 icmF主要存在于肠炎沙门菌中；毒力质粒基因 spvB和 pefA表现为成对出现，且主要分布于猪霍乱沙门菌、肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌中；毒力基因 cdtB则主要分布于伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌中。 结论:浙江省临床分离的沙门菌以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主，多重耐药形势严峻，且携带多种毒力基因。

目的:分析北京批发市场肉类食品中沙门菌的表型和基因组特征。方法:对分离自北京市批发市场的336株肉类食品来源沙门菌，采用微量肉汤稀释法对25种抗菌药物进行耐药性测试，开展全基因组测序并使用SeqSero2、SISTR软件分析血清型和ST型，使用Abricate软件的CARD、VFDB模块预测菌株的耐药基因和毒力因子，使用沙门菌分子血清分型试剂盒和血清凝集法验证部分疑难菌株血清型。结果:336株沙门菌菌株对萘啶酸、氨苄西林的耐药率分别为62.5%（210/336）和55.1%（185/336），对替加环素、头孢西丁和碳青霉烯类抗菌药物均敏感；207株（61.6%，207/336）为多重耐药株，最高可同时耐受10类药物，最常见耐药谱为NAL-AMP-SAM。共检出24种血清型，主要型别为肠炎（34.5%，116/336）、德尔卑（17.3%，58/336）和印第安纳（10.4%，35/336）；共检出27种ST型，主要型别为ST11，ST型与血清型较为相符。氨基糖苷类、氟喹诺酮类、β-内酰胺类、磺胺类、四环素类耐药基因的携带率均超过48%，耐药基因预测与耐药表型结果一致性较高；共预测出122种毒力基因，其中74种携带率达100%。结论:北京市批发市场肉类食品中沙门菌中多重耐药比例较高、耐药谱复杂，血清型和ST型种类多样，耐药基因和毒力基因携带率较高，耐药表型和基因型较为一致。

目的:分析烟台市5起伤寒病原学特征及分子流行病学关联。方法:2018年自烟台市5例伤寒确诊病例样本和流行病调查样本分离获得6株伤寒沙门菌菌株，病例发病时间自2018年5月26日至7月24日，分别分布于烟台牟平区水道镇、烟台蓬莱区登州街道、烟台龙口东莱街道、烟台牟平区文化街道、烟台芝罘区福莱山街道。采用常规细菌分离方法和XbaⅠ/BlnⅠ双酶切脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对伤寒杆菌进行溯源分析，同时开展viaB毒力基因检测和27种临床常用抗生素敏感试验对伤寒杆菌进行病原学研究。结果:6株伤寒杆菌经PFGE-XbaⅠ和PFGE-BlnⅠ电泳分为4个PFGE模式，其中3株菌同源性100%；1株多耐药菌（外籍患者），1株单耐药菌（外省滞留史患者），1株完全敏感菌，同一PFGE模式的3株菌药敏表型一致，除对氨基糖甙类和喹诺酮类部分抗生素中介外，对其他抗生素均敏感； 除外籍患者标本分离株viaB基因阴性外，其他菌viaB基因均阳性。结论:烟台寒杆菌对临床常用抗生素敏感性良好，仍需重视伤寒散发病例发生和伤寒输入感染。

目的:探讨肠炎沙门菌 spvD基因对人克隆结肠腺癌Caco-2细胞侵袭力及胞内增殖力的影响。 方法:利用自杀质粒介导的同源重组技术构建 spvD基因缺失株，PCR扩增并克隆 spvD基因于pBAD33表达载体获得回补质粒，导入相应缺失株得到回补株，并将pBAD33导入野生株及缺失株作为空载对照。荧光定量反转录聚合酶链式反应检测 spvD mRNA表达水平。以Caco-2细胞作为体外模拟人肠上皮细胞模型，分别将野生株、缺失株及回补株与其共培养，探究 spvD基因对Caco-2细胞的毒力。使用LSD- t检验进行3组间 spvD mRNA表达水平比较及胞内活菌数比较，使用χ2检验进行3组间侵袭率的比较。 结果:以野生株 spvD mRNA表达量作为单位“1”，缺失株为“0.00”、回补株为“2.60”（LSD- t野生株，缺失株=1.11， P=0.31；LSD- t野生株，回补株=-1.77， P=0.13；LSD- t缺失株，回补株=-2.88， P=0.03），该结果证实了缺失株及回补株的成功构建。上述3组肠炎沙门菌对Caco-2细胞的侵袭实验结果显示，野生株侵袭率为0.23%，缺失株侵袭率为0.16%，回补株侵袭率为0.16%，差异无统计学意义（χ 2=1.13， P=0.570）。通过比较细菌干预Caco-2细胞后不同时间点胞内活菌数，发现在干预16 h时，野生株（6.50×10 6 CFU/ml）、回补株（7.25×10 6 CFU/ml）胞内活菌数明显增多，均高于缺失株（1.90×10 6 CFU/ml）（LSD- t野生株，缺失株=7.95， P=0.00；LSD- t野生株，回补株=-1.27， P=0.25；LSD- t缺失株，回补株=-9.22， P=0.00）。 结论:尚不能认为 spvD基因影响肠炎沙门菌对Caco-2细胞的侵袭力，但该基因可促进肠炎沙门菌在Caco-2细胞内增殖。

目的:了解2018-2022年广东省侵袭性非伤寒沙门菌（iNTS）的血清型分布、耐药性以及分子流行情况，为沙门菌侵袭性感染的防治提供科学依据。方法:对2018-2022年广东省分离自血液和粪便样本的沙门菌进行血清学鉴定、药敏试验、多位点序列分型（MLST）和全基因组测序。同时利用微生物基因注释系统对测序结果开展耐药基因与毒力因子注释。结果:136株iNTS分为25种血清型，肠炎沙门菌占38.24%（52/136）。以鼠伤寒变种沙门菌作为对照计算其余iNTS血清型的 OR值，奥雷宁堡、里森和波摩那3种沙门菌血清型的 OR值较高，分别为423.50、352.92和211.75。iNTS耐药率在0.74%~66.91%之间，普遍低于非iNTS株（3.90%~77.21%）。iNTS耐药以氨苄西林和四环素为主，耐药率分别为66.91%（91/136）和50.00%（68/136），而对环丙沙星（5.88%，8/136）、头孢他啶（5.88%，8/136）、庆大霉素（5.13%，7/136）和头孢西丁（0.74%，1/136）耐药率较低。iNTS携带多种耐药基因与毒力因子，但尚未发现共同毒力因子分布特征。MLST聚类分析显示，iNTS分为26种序列型别，ST11型占38.24%（52/136）。 结论:2018-2022年广东省iNTS以肠炎沙门菌为主，其中奥雷宁堡、里森和波摩那3种血清型可能与更高的侵袭性感染风险有关。iNTS对临床一线治疗药物（头孢类和氟喹诺酮类抗生素）敏感，序列呈现高度多样性且具有明确的系统发育分支，以ST11型为本地优势克隆群。

目的:分析肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株的耐药性、分子流行病学和毒力基因分布情况，以明确其流行特点，为临床诊疗提供流行病学依据。方法:针对浙江大学医学院附属儿童医院2017—2020年收集的11株肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株，进行血清分型及抗菌药物敏感性试验，并进行全基因组测序，进而对测序结果进行血清型、多位点序列分型和毒力基因分析。结果:本院肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株检出率较低，占比1.13%。11株菌株中，包含长湾尼血清型3株，非丁伏斯血清型2株，汪兹沃思、波摩那、凯杜古、厄班那、浦那、库马西血清型各1株。11株非A~F群肠道沙门菌肠道亚种分离株中除2株多重耐药株外，其余菌株对绝大多数抗菌药物均敏感，且最低抑菌浓度（MIC）均处于较低水平。11株菌共检测出9种ST型，3株长湾尼血清型菌株均为ST3918，其他分离株分别为不同的ST型。通过核心基因组构建进化树显示3株长湾尼血清型菌株亲缘关系紧密。11株菌株共检测出毒力基因103种，包含分泌系统相关基因78种，黏附相关基因21种，镁吸收相关基因2种，抗菌肽耐药性相关基因1种，伤寒毒素相关基因1种。结论:本院肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株的检出率较低，对常见抗菌药物敏感性较高，ST型及亲缘关系呈多样性分布。临床实验室应关注肠道沙门菌肠道亚种非A~F群血清型分离株的检出，并持续关注其耐药性和毒力基因变化。

目的:建立转座子突变文库，筛选高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae, hvKp)的新毒力基因。 方法:构建转座子突变文库，血清处理，通过转座子测序(transposon sequencing, Tn-seq)比较分析血清处理前后各基因突变株在文库中丰度变化，并对筛选出的基因进行KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)注释和富集分析。结果:以处理后丰度低于初始丰度20%为界，共筛选出405个基因，其中351个基因在HS11286、NJST258_1、NTUH-K2044和RJF293等4株参考菌株中保守存在，占86.7%，10个基因为NTUH-K2044和RJF293两株高毒力株共有而低毒力株HS11286和NJST258_1缺失；荚膜多糖基因簇中基因如糖基转移酶基因 wzy、聚集蛋白基因 wzi、荚膜转运蛋白基因 wza等突变株在血清处理后不能检出，气杆菌素、沙门氏菌素等铁载体基因簇在各文库中的丰度变化不超过1倍；KEGG注释结果显示，注释最多的基因为参与氨基酸代谢、辅助因子和维生素代谢、碳水化合物代谢等。 结论:Tn-seq是功能基因筛选的可靠方法，本研究成功筛选出405个hvKp的候选新毒力基因，为后续深入研究hvKp的新毒力基因功能和调控机制提供实验依据。