伤寒和副伤寒均是世界范围内发病率和死亡率都较高的严重肠道疾病. 市场上有获得许可的伤寒疫苗,但目前还没有副伤寒疫苗. 本研究利用菌蜕平台开发了一种抗伤寒和甲型副伤寒沙门菌的二价疫苗. 菌蜕细胞(bacterial ghost cells,BGs)是一种细菌衍生的细胞膜,它虽无维持其细胞形态的细胞质内容物,但却包括了所有的细胞表面特征.

目的:对发热伴出疹症候群（RFS）监测预警研究进行系统综述，为我国RFS监测与防控提供参考。方法:以“发热”“出疹”“监测”以及 “fever” “rash” “surveillance”为中英文检索词并补充其自由词，系统检索中国知网、万方数据知识服务平台、PubMed、Web of Science数据库，语种限定为中文及英文，对纳入文献信息进行摘录整理及汇总描述。结果:共纳入36篇文献，中英文分别为21篇和15篇。RFS病原学监测共19篇，病原体主要包括麻疹病毒、水痘-带状疱疹病毒、风疹病毒、肠道病毒、人类B19病毒、登革病毒、A组链球菌、伤寒/副伤寒沙门菌、人疱疹病毒、腮腺炎病毒和腺病毒；重大活动/突发自然灾害监测8篇，监测时段集中在2010-2015年，包括运动会、世界博览会、地震、热带风暴和宗教集会等；异常病例/聚集性疫情监测预警8篇，以国外研究为主，监测症候群范围广，监测场所为医疗机构，主要依靠《国际疾病分类》第九版（ICD-9）编码或患者主诉中诊断及症状进行自动判别预警；仅1篇针对预测研究，为蒙古国开展的基于传染病监测数据预测研究。36篇文献的分析方法包括描述性分析法、基于时间的预警模型（如回归分析法、固定阈值法、休哈特控制图法及累积和控制图法）和时间序列分析方法。结论:未来RFS监测体系方向应聚焦已知病原和可能的未知病原监测预警相结合的模式，可进一步完善预警系统设计，实现无感化病例监测与早期预警，应用当下的信息抓取技术和智能建模方法，提高RFS监测预警的敏感度和特异性。

目的:研究浙江省临床分离沙门菌的血清型分布、耐药状况和携带毒力基因的特征。方法:收集2010年至2017年浙江省9个地区临床分离的463株沙门菌，依据沙门菌属Kauffmann-White抗原表对比确定沙门菌属的血清型。采用K-B纸片扩散法进行药物敏感试验。采用聚合酶链反应检测菌株的11种毒力基因。结果:463株沙门菌共检出35种血清型，其中优势血清型为鼠伤寒沙门菌[41.90%(194/463)]和肠炎沙门菌[22.25%(103/463)]。对氨苄西林的耐药率[66.52%(308/463)]最高，其次为氨苄西林/舒巴坦[46.87%(217/463]；对哌拉西林/他唑巴坦的耐药率[3.24%(15/463)]较低；无亚胺培南和美罗培南耐药株；多重耐药菌株188株(40.60%)。毒力基因 hilA、 ssrB、 marT、 siiD、 sopB、 pagN在所有沙门菌株中都存在。毒力基因 vexA只在伤寒沙门菌和都柏林沙门菌中检出；毒力基因 icmF主要存在于肠炎沙门菌中；毒力质粒基因 spvB和 pefA表现为成对出现，且主要分布于猪霍乱沙门菌、肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌中；毒力基因 cdtB则主要分布于伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌中。 结论:浙江省临床分离的沙门菌以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主，多重耐药形势严峻，且携带多种毒力基因。

目的 了解我国5岁以下儿童发热伴出疹症候群(RFS)的病原构成及流行特征,为儿童出疹性传染病的诊疗和和科学防控提供参考.方法 基于国家传染病监测技术平台RFS监测数据,监测病原包括肠道病毒、麻疹病毒、风疹病毒、水痘-带状庖疹病毒、登革病毒、人细小病毒B19、埃博拉病毒、寨卡病毒、人疱疹病毒6型、EB病毒、A组链球菌、伤寒、副伤寒沙门菌、伯氏疏螺旋体和立克次体.采用描述性流行病学方法分析2009-2021年全国5岁以下儿童RFS病原构成及流行特征.结果 我国5岁以下儿童RFS患者以病毒感染为主,主要是肠道病毒(85.78％)、麻疹病毒(10.03％)和水痘-带状疱疹病毒(1.45％),合计占比为97.26％,风疹病毒等其余病原在2018-2021年占比有所增加.2009-2021年肠道病毒优势血清型从肠道病毒A组71型(EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(CV-A16)转换为柯萨奇病毒A组6型(CV-A6)和柯萨奇病毒A组10型(CV-A10).RFS总体病原检出率在1～2岁年龄组(70.53％)高于其他年龄组(x2=292.336,P＜0.001),南方地区(71.12％)高于北方地区(65.35％)(x2=305.946,P＜0.001);肠道病毒在1～2岁年龄组患儿、南方地区检出率较高,麻疹病毒在＜1岁患儿、北方地区检出率较高,水痘-带状疱疹病毒在北方地区检出率较高.RFS总体病原在春夏季检出率高于秋冬季(x2=295.060,P＜0.001),其中肠道病毒夏秋季高发,麻疹病毒冬春季高发,水痘-带状疱疹病毒冬季高发,3种病毒南、北方地区季节性分布峰有所差异.结论 2009-2021年全国5岁以下儿童RFS患儿以病毒感染为主,尤其以肠道病毒、麻疹病毒和水痘-带状疱疹病毒感染较为常见,RFS患儿病原体感染呈现多样化趋势,肠道病毒优势血清型发生转变,应持续加强对儿童RFS病原谱的监测.

目的 依据《病原微生物菌(毒)种国家标准株评价技术标准》(WS/T812-2022),获得8种沙门菌主要血清型标准株,并建立标准株筛选主要流程.方法 分别对原代及传代沙门菌菌株进行形态学观察、生化试验及基因组测序分析,获得形态及生化典型、基因组稳定的标准菌株.结果 从24株沙门菌中筛选获得8株分属8种血清型(伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、乙型副伤寒沙门菌、丙型副伤寒沙门菌、鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、单相鼠伤寒沙门菌、猪霍乱沙门菌)的菌株,这8株菌在沙门菌推荐用选择性培养基上形态典型,生化反应典型,传代后基因组变异较小,血清凝集结果稳定,可以作为沙门菌检验的参比菌株.结论 本研究通过筛选获得具有相应血清型病原特征的8种沙门菌主要血清型标准株,可作为沙门菌检测、血清分型质控、基因组进化分析的参比菌株,并为后续核酸标准品的研制提供基础.

目的 通过分析一起甲型和乙型副伤寒同时暴发流行事件中患者临床特征及分离的甲型和乙型副伤寒沙门菌株对药物的敏感性,为不同血清型副伤寒同时暴发流行的合理治疗提供依据.方法 回顾性分析2018年9-11月乌鲁木齐市某中学发生的甲型和乙型副伤寒同时暴发流行事件中所有患者的临床特征、细菌耐药性.结果 66例患者确诊副伤寒31例,35例为疑似病例,包含1例甲型和乙型副伤寒沙门菌共感染者;共分离32株副伤寒沙门菌,其中19株为甲型副伤寒沙门菌,13株为乙型副伤寒沙门菌.分离菌株的耐药性分析显示,甲型副伤寒沙门菌对氨苄西林、左氧氟沙星、复方磺胺甲噁唑、头孢他啶、头孢曲松、氯霉素的敏感率为100％,乙型副伤寒沙门菌对氨苄西林、左氧氟沙星、复方磺胺甲噁唑的敏感率为100％,所有分离菌株对环丙沙星中介率为100％.结论 该轮甲型和乙型副伤寒同时暴发流行事件中存在甲型和乙型副伤寒沙门菌共感染的情况,且存在对环丙沙星耐药率高的特点,应引起实验室及临床的高度关注.

肠道传染病肠道传染病是病原体经口侵入肠道并引起腹泻和/或其他脏器及全身性感染的一类疾病.灾区常见肠道传染病主要有细菌性痢疾、霍乱、伤寒和副伤寒、其他如沙门菌、副溶血性弧菌、空肠弯曲菌、致病性大肠杆菌、耶尔森氏菌等细菌引起的细菌性腹泻,轮状病毒、杯状病毒、肠道腺病毒和星状病毒等病毒引起的病毒性腹泻,以及隐孢子虫等寄生虫引起的寄生虫腹泻.其他肠道传染病还包括甲型肝炎、戊型肝炎、手足口病等.

目的 建立树鼩粪便沙门氏菌的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,并对此方法进行初步应用.方法 根据沙门氏菌种属特异性基因invA(侵袭蛋白基因A)的保守序列,设计合成特异性LAMP引物.分别设定十个反应温度即57℃ ~66℃和十个反应时间即24~42 min进行优化,并测定本方法的特异性和灵敏度;同时进行普通PCR实验,作为本方法的验证和比较.用建立的LAMP法对91份野生来源的树鼩稀便样品进行检测.结果优化反应条件选出反应温度为62℃,反应时间34 min;该方法对沙门氏菌的灵敏度可达3.36×101CFU/mL,比普通PCR方法高10~100倍;对10种树鼩来源的肠道细菌进行LAMP检测,只有沙门氏菌属的肠炎沙门氏菌和乙型副伤寒沙门氏菌检测为阳性,其余为阴性;对91份野生树鼩粪便样品进行LAMP检测,阳性检出率为20.88%;LAMP法的所有反应可在40 min内完成.结果 可通过肉眼观察颜色变化直接判定.结论 所建立的LAMP方法具有便捷、快速、灵敏、特异等特点,可用于树鼩粪便中沙门氏菌的大规模快速检测.

目的 分析2005-2012年我国云贵高原(广西壮族自治区、贵州省、云南省)临床甲型副伤寒沙门菌分离株分子分型和群体结构.方法 收集2005-2012年我国三个伤寒副伤寒高发省份分离自临床的甲型副伤寒沙门菌分离株145株.采用两种酶切(XbaI和SpeI)进行脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electro phoresis,PFGE)分型分析.分析描述我国云贵高原近8年来的甲型副伤寒沙门菌优势克隆群及克隆群变迁.结果 145株甲型副伤寒沙门菌采用XbaI酶切可以得到38个PFGE型;采用SpeI酶切可以得到42个PFGE型;利用两种酶切结果联合分析,可以得到71个型别,其中2个型别所含菌数均超过10株.结论 有些型别仅分布于某个省份某一年份,有些型别却可以在某一省份长期存在并逐年传播,成为优势型别.不同省份间优势型别有所不同,呈现一定的地域差异.

目的 了解近年来杭州地区甲型副伤寒沙门菌的基因组流行病学特征.方法 采用二代测序技术(NGS)对2002—2013年杭州地区分离的60株甲型副伤寒沙门菌代表株进行测序并下载公共数据库中的391株甲型副伤寒沙门菌基因组数据.以ATCC9150基因组为参考序列,鉴定所有基因组的单核苷酸多态性(SNP)位点并去除重组,构建基于SNP位点的系统发育树.用SRST2和多位点序列分型(MLST)工具扫描获得MLST型别,用SISTR扫描获得核心基因组多位点序列分型(cgMLST)型别,用SRST2和BLASTN扫描获得耐药基因.选择7种抗生素对60株杭州菌株进行药物敏感试验.结果 451株甲型副伤寒沙门菌基因组序列去重组后共鉴定得到19258个SNP位点,菌株平均距离为0.0070,距离小于0.05的占96.73%,提示451株甲型副伤寒沙门菌基因组差异较小.58株杭州ST85型分离株基因组序列高度相似,提示2002—2013年杭州地区甲型副伤寒疫情主要由ST85型菌株克隆传播引起.杭州菌株与5株国内5省菌株遗传距离较远(平均距离为0.057),与15株云南菌株距离较近(平均距离为0.0032),与柬埔寨菌株的距离最近(平均距离为0.0018),提示ST85型菌株存在跨国传播的可能性.2株杭州ST129型分离株中,HZ333与分离自江苏的两株菌近源(平均距离为0.0097),提示ST129型部分菌株存在国内传播的可能性.60株杭州菌株除2株未分型外,其余58株菌被分为9个cgMLST型别;公共数据库中391株菌除57株未分型外,其余334株菌被分为165个cgMLST型别.60株杭州菌株均携带耐药基因,其中56株菌携带aac6-Iy耐药基因,4株菌携带aac6-Iaa耐药基因;公共数据库中的391株甲型副伤寒沙门菌除了13株菌未携带耐药基因,其他378株菌均携带aac6-Iy耐药基因.60株杭州菌株中56株菌对7种抗生素均敏感;3株菌对复方新诺明耐药;1株菌对氨苄西林、四环素耐药.结论 2002—2013年杭州地区甲型副伤寒疫情主要由ST85型菌株克隆传播引起,该型菌株存在跨国传播的可能性;ST129型部分菌株存在国内传播的可能性.SNP位点分析技术分辨力高于脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术,能够帮助我们更为精准的对疫情进行溯源.aac6-Iy是全球范围内甲型副伤寒沙门菌普遍携带的一种耐药基因.二代测序技术在传染病防控中有着良好的应用前景.