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基于综合抗性基因数据库研究介导幽门螺杆菌对克拉霉素和左氧氟沙星耐药的易感基因
编辑人员丨1周前
目的:以拥有不同抗菌药物耐药性的幽门螺杆菌( H. pylori)临床菌株为研究对象,基于全基因组测序探索 H. pylori对克拉霉素和左氧氟沙星(LVX)耐药相关新基因。 方法:纳入2016年9月1日至2019年8月31日在香港大学深圳医院消化及肝脏科因上消化道相关症状就诊且 13C尿素呼气试验阳性的1 749例患者,在行胃黏膜活体组织检查后进行胃黏膜组织 H. pylori分离培养,成功保存 H. pylori菌株90株。依据体外药敏试验结果,分别筛选克拉霉素单耐药(克拉霉素组)10株,LVX单耐药(LVX组)10株,克拉霉素和LVX双重耐药(双重耐药组)10株,克拉霉素、LVX、阿莫西林、呋喃唑酮、四环素、甲硝唑全敏感(全敏感组)10株,总计40株 H. pylori菌株。通过全基因组测序,与综合抗性基因数据库(CARD)进行比对,分析单核苷酸变异(SNV)和插入缺失突变情况,筛选 H. pylori对克拉霉素和LVX耐药相关基因并分析耐药相关新基因在4组间的表达差异。统计学方法采用独立样本 t检验、单因素方差分析、最小显著差数法和卡方检验。 结果:克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组SNV位点数[(74 952.00±8 755.21)、(77 128.10±3 191.35)、(78 639.90±601.23)、(77 474.60±2 421.05)个]和插入缺失突变数[(2 582.20±265.45)、(2 653.60±108.37)、(2 667.10±43.82)、(2 641.10±80.25)个]比较差异均无统计学意义(均 P>0.05)。与CARD进行比对,共检出223个耐药相关基因,其中克拉霉素组克拉霉素单耐药相关基因19个,LVX组LVX单耐药相关基因24个,双重耐药组中有克拉霉素单耐药相关基因16个,LVX单耐药相关基因14个,双重耐药相关基因12个;全敏感组中有克拉霉素单耐药相关基因11个,LVX单耐药相关基因17个,双重耐药相关基因13个。克拉霉素单耐药相关基因中,红霉素酯酶基因( ere)B在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组的检出率(0/10、0/10、3/10、0/10)比较差异有统计学意义( χ2=5.79, P=0.049);红霉素核糖体甲基化酶基因( erm)家族在克拉霉素组和双重耐药组中的检出率高于LVX组和全敏感组[45.0%(9/20)比10.0%(2/20)],差异有统计学意义( χ2=6.14, P=0.013),游离甲硫氨酸-(R)-亚砜还原酶基因( msrC)在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(10/10、7/10、6/10、4/10)比较差异有统计学意义( χ2=8.97, P=0.030)。LVX单耐药相关基因中,喹诺酮抗性五肽重复蛋白基因( qnr)家族在LVX组和双重耐药组的检出率高于克拉霉素组和全敏感组[60.0%(12/20)比25.0%(5/20)],差异有统计学意义( χ2=5.01, P=0.025); qnrB4在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(1/10、3/10、7/10、1/10)比较差异有统计学意义( χ2=10.17, P=0.010)。4组中克拉霉素单耐药相关外排转运的基因个数少于LVX单耐药和双重耐药相关基因个数(11个比29个,11个比23个),差异有统计学意义( χ2=11.87、5.80, P=0.001、0.016)。LVX相关外排转运基因在克拉霉素、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出个数(28、40、24、27个)比较差异有统计学意义( χ2=10.26, P=0.016)。 结论:erm家族和 msrC可能是介导 H. pylori对克拉霉素耐药的重要基因, qnr家族与介导 H. pylori对LVX耐药相关。外排转运基因可能在药物外排过程中有协同作用,其更倾向介导 H. pylori对LVX耐药。
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编辑人员丨1周前
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pmMsrA的生物信息学及底物对接分析
编辑人员丨2023/8/6
[目的]预测假单胞菌甲硫氨酸亚砜还原酶A(缩写:pmMsrA)的结构中与催化活性相关的结合位点与活性基团.[方法]采用生物信息分析软件对筛选出的pmMsrA的基因和蛋白序列进行分析,用SWISS-MODEL软件构建pmMsrA蛋白的三维结构,使用AutoDock软件实现pmMsrA与底物分子的模拟对接.[结果]pmMsrA的基因开放阅读框669bp,编码222个氨基酸,理论等电点为4.87,分子量为24.6 kDa.pmMsrA属于高度保守的甲硫氨酸亚砜还原酶(PMSR)超家族.多重序列比对得出pmMsrA和模板1 FVA具有58%的相似性,可构建一个高质量的pmMsrA蛋白三维结构模型.pmMsrA蛋白的催化活性位点位于“GCFWG”模体结构的Cys-60,C-末端的Cys-206和Cys-214对pmMsrA的再生循环起重要的作用.分子对接结果显示底物与酶的可能结合位点是136位天冬酰胺(136N),137位天冬氨酸(137D)和204位酪氨酸(204Y).[结论]获得pmMsrA的生物信息相关预测参数,成功构建pmMsrA的三维结构,并实现与底物S-苯甲亚砜的空间模拟对接.
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编辑人员丨2023/8/6
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MsrA在肾透明细胞癌中的表达及其临床意义
编辑人员丨2023/8/5
目的 分析探讨甲硫氨酸亚砜还原酶A(MsrA)在肾透明细胞癌和癌旁组织中的表达及其临床意义.方法 利用免疫组织化学染色方法检测并观察比较MsrA在5对肾透明细胞癌及其癌旁组织中的蛋白表达差异,并结合癌症基因组图谱(TCGA)数据库,分析MsrA的表达量与肾透明细胞癌患者临床数据特征之间的关系,应用Kaplan-Meier和Cox回归研究其表达水平与临床预后之间的关系,利用列线图构建一预测肾透明细胞癌患者的生存预后模型.结果 MsrA主要表达在肾小管上皮细胞质中且在癌旁组织的蛋白表达量更高.TCGA数据库结果显示,MsrA在总样本和配对样本中肾透明细胞癌组织的mRNA表达量明显低于癌旁组织,且MsrA在女性、低级别、低临床分期中的表达量更高.生存分析显示,MsrA高表达组患者生存率更高;Cox比例风险回归分析表明MsrA表达、年龄、分级和临床分期是影响肾透明细胞癌患者预后的独立生存因子.结论 MsrA表达是肾透明细胞癌患者预后的独立预测因子,可成为其潜在诊断和治疗的生物标志物.
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编辑人员丨2023/8/5
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MSRA基因rs4840463多态性对双相障碍Ⅰ型眶额叶皮质体积的影响☆
编辑人员丨2023/8/5
目的 探索抗氧化酶甲硫氨酸亚砜还原酶A(methionine sulfoxide reductase A,MSRA)基因rs4840463多态性对中国汉族成年双相障碍Ⅰ型(bipolarⅠdisorder,BD-Ⅰ)患者眶额叶皮质(orbitofrontal cortex,OFC)体积的影响.方法 纳入87例BD-Ⅰ患者和82名性别、年龄相匹配的健康对照(healthy control,HC),进行磁共振扫描和MSRA基因rs4840463多态性检测,采用一般线性模型分析rs4840463多态性与疾病诊断对OFC各亚区体积的交互作用.结果 MSRA基因rs4840463多态性和BD-Ⅰ诊断对左右外侧OFC体积的交互作用均有统计学意义(左外侧P=0.030,右外侧P=0.002).即在BD-Ⅰ患者中,与非风险A等位基因携带者相比,风险A等位基因携带者右外侧OFC体积更小[(7367.52±809.88)mm3 vs.(7576.48±906.38)mm3,P=0.014];在MSRA基因rs4840463风险A等位基因携带者中,与HC组相比,BD-Ⅰ组左右外侧OFC体积更小[左外侧,(7535.67±809.39)mm3 vs.(8012.69±838.59)mm3,P=0.014;右外侧,(7367.52±809.88)mm3 vs.(8024.04±915.31)mm3,P=0.004)].结论 MSRA基因作为BD风险基因,其rs4840463位点的风险A等位基因与BD-Ⅰ患者OFC体积减小相关.
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编辑人员丨2023/8/5
