目的:以拥有不同抗菌药物耐药性的幽门螺杆菌( H. pylori)临床菌株为研究对象，基于全基因组测序探索 H. pylori对克拉霉素和左氧氟沙星(LVX)耐药相关新基因。 方法:纳入2016年9月1日至2019年8月31日在香港大学深圳医院消化及肝脏科因上消化道相关症状就诊且 13C尿素呼气试验阳性的1 749例患者，在行胃黏膜活体组织检查后进行胃黏膜组织 H. pylori分离培养，成功保存 H. pylori菌株90株。依据体外药敏试验结果，分别筛选克拉霉素单耐药(克拉霉素组)10株，LVX单耐药(LVX组)10株，克拉霉素和LVX双重耐药(双重耐药组)10株，克拉霉素、LVX、阿莫西林、呋喃唑酮、四环素、甲硝唑全敏感(全敏感组)10株，总计40株 H. pylori菌株。通过全基因组测序，与综合抗性基因数据库(CARD)进行比对，分析单核苷酸变异(SNV)和插入缺失突变情况，筛选 H. pylori对克拉霉素和LVX耐药相关基因并分析耐药相关新基因在4组间的表达差异。统计学方法采用独立样本 t检验、单因素方差分析、最小显著差数法和卡方检验。 结果:克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组SNV位点数[(74 952.00±8 755.21)、(77 128.10±3 191.35)、(78 639.90±601.23)、(77 474.60±2 421.05)个]和插入缺失突变数[(2 582.20±265.45)、(2 653.60±108.37)、(2 667.10±43.82)、(2 641.10±80.25)个]比较差异均无统计学意义(均 P>0.05)。与CARD进行比对，共检出223个耐药相关基因，其中克拉霉素组克拉霉素单耐药相关基因19个，LVX组LVX单耐药相关基因24个，双重耐药组中有克拉霉素单耐药相关基因16个，LVX单耐药相关基因14个，双重耐药相关基因12个；全敏感组中有克拉霉素单耐药相关基因11个，LVX单耐药相关基因17个，双重耐药相关基因13个。克拉霉素单耐药相关基因中，红霉素酯酶基因( ere)B在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组的检出率(0/10、0/10、3/10、0/10)比较差异有统计学意义( χ2＝5.79， P＝0.049)；红霉素核糖体甲基化酶基因( erm)家族在克拉霉素组和双重耐药组中的检出率高于LVX组和全敏感组[45.0%(9/20)比10.0%(2/20)]，差异有统计学意义( χ2＝6.14， P＝0.013)，游离甲硫氨酸-(R)-亚砜还原酶基因( msrC)在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(10/10、7/10、6/10、4/10)比较差异有统计学意义( χ2＝8.97， P＝0.030)。LVX单耐药相关基因中，喹诺酮抗性五肽重复蛋白基因( qnr)家族在LVX组和双重耐药组的检出率高于克拉霉素组和全敏感组[60.0%(12/20)比25.0%(5/20)]，差异有统计学意义( χ2＝5.01， P＝0.025)； qnrB4在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(1/10、3/10、7/10、1/10)比较差异有统计学意义( χ2＝10.17， P＝0.010)。4组中克拉霉素单耐药相关外排转运的基因个数少于LVX单耐药和双重耐药相关基因个数(11个比29个，11个比23个)，差异有统计学意义( χ2＝11.87、5.80， P＝0.001、0.016)。LVX相关外排转运基因在克拉霉素、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出个数(28、40、24、27个)比较差异有统计学意义( χ2＝10.26， P＝0.016)。 结论:erm家族和 msrC可能是介导 H. pylori对克拉霉素耐药的重要基因， qnr家族与介导 H. pylori对LVX耐药相关。外排转运基因可能在药物外排过程中有协同作用，其更倾向介导 H. pylori对LVX耐药。

[目的]预测假单胞菌甲硫氨酸亚砜还原酶A(缩写:pmMsrA)的结构中与催化活性相关的结合位点与活性基团.[方法]采用生物信息分析软件对筛选出的pmMsrA的基因和蛋白序列进行分析,用SWISS-MODEL软件构建pmMsrA蛋白的三维结构,使用AutoDock软件实现pmMsrA与底物分子的模拟对接.[结果]pmMsrA的基因开放阅读框669bp,编码222个氨基酸,理论等电点为4.87,分子量为24.6 kDa.pmMsrA属于高度保守的甲硫氨酸亚砜还原酶(PMSR)超家族.多重序列比对得出pmMsrA和模板1 FVA具有58％的相似性,可构建一个高质量的pmMsrA蛋白三维结构模型.pmMsrA蛋白的催化活性位点位于“GCFWG”模体结构的Cys-60,C-末端的Cys-206和Cys-214对pmMsrA的再生循环起重要的作用.分子对接结果显示底物与酶的可能结合位点是136位天冬酰胺(136N),137位天冬氨酸(137D)和204位酪氨酸(204Y).[结论]获得pmMsrA的生物信息相关预测参数,成功构建pmMsrA的三维结构,并实现与底物S-苯甲亚砜的空间模拟对接.

目的 分析探讨甲硫氨酸亚砜还原酶A(MsrA)在肾透明细胞癌和癌旁组织中的表达及其临床意义.方法 利用免疫组织化学染色方法检测并观察比较MsrA在5对肾透明细胞癌及其癌旁组织中的蛋白表达差异,并结合癌症基因组图谱(TCGA)数据库,分析MsrA的表达量与肾透明细胞癌患者临床数据特征之间的关系,应用Kaplan-Meier和Cox回归研究其表达水平与临床预后之间的关系,利用列线图构建一预测肾透明细胞癌患者的生存预后模型.结果 MsrA主要表达在肾小管上皮细胞质中且在癌旁组织的蛋白表达量更高.TCGA数据库结果显示,MsrA在总样本和配对样本中肾透明细胞癌组织的mRNA表达量明显低于癌旁组织,且MsrA在女性、低级别、低临床分期中的表达量更高.生存分析显示,MsrA高表达组患者生存率更高;Cox比例风险回归分析表明MsrA表达、年龄、分级和临床分期是影响肾透明细胞癌患者预后的独立生存因子.结论 MsrA表达是肾透明细胞癌患者预后的独立预测因子,可成为其潜在诊断和治疗的生物标志物.

目的 探索抗氧化酶甲硫氨酸亚砜还原酶A(methionine sulfoxide reductase A,MSRA)基因rs4840463多态性对中国汉族成年双相障碍Ⅰ型(bipolarⅠdisorder,BD-Ⅰ)患者眶额叶皮质(orbitofrontal cortex,OFC)体积的影响.方法 纳入87例BD-Ⅰ患者和82名性别、年龄相匹配的健康对照(healthy control,HC),进行磁共振扫描和MSRA基因rs4840463多态性检测,采用一般线性模型分析rs4840463多态性与疾病诊断对OFC各亚区体积的交互作用.结果 MSRA基因rs4840463多态性和BD-Ⅰ诊断对左右外侧OFC体积的交互作用均有统计学意义(左外侧P=0.030,右外侧P=0.002).即在BD-Ⅰ患者中,与非风险A等位基因携带者相比,风险A等位基因携带者右外侧OFC体积更小[(7367.52±809.88)mm3 vs.(7576.48±906.38)mm3,P=0.014];在MSRA基因rs4840463风险A等位基因携带者中,与HC组相比,BD-Ⅰ组左右外侧OFC体积更小[左外侧,(7535.67±809.39)mm3 vs.(8012.69±838.59)mm3,P=0.014;右外侧,(7367.52±809.88)mm3 vs.(8024.04±915.31)mm3,P=0.004)].结论 MSRA基因作为BD风险基因,其rs4840463位点的风险A等位基因与BD-Ⅰ患者OFC体积减小相关.