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基于稳定同位素技术解析东山湾表层水体硝态氮污染
编辑人员丨28分钟前
识别和量化海湾水体硝态氮污染,对管理海湾水体环境至关重要.东山湾是福建省东南沿海重要的半封闭海湾,湾头漳江河口和湾口分别存在红树林和珊瑚礁生态系统,同时也伴随着海水养殖等人类活动影响.本研究通过测定海湾表层水体理化参数、稳定同位素(δ15N-NO3-、δ18O-NO3-和δ15N-NH4+),结合Mix-SIAR同位素混合模型等统计方法,定量化分析漳州东山湾表层水体硝态氮污染.结果表明:东山湾表层水体叶绿素a和溶解无机氮浓度呈现较为明显的梯度变化,表现为由漳江河口向东山湾湾口方向逐渐下降,叶绿素 a、NH4+、NO3-和 NO2-浓度的最大值分别为 45.2 μg·L-1、52.67 μmol·L-1、379.2 μmol·L-1 和 3.93μmol·L-1;表层水体NH4+和NO3-的氮、氧同位素值则表现为明显的空间异质性.MixSIAR模型结果显示,东山湾表层水体潜在氮源主要来源于漳江河口的淡水输入、养殖废水以及地下水等,其中漳江河口淡水输入的贡献最大,占25.2%,养殖废水、地下水以及城市污水分别占24.6%、19.0%和15.1%.可见,漳江河口淡水输入是东山湾表层水体硝酸盐最主要的来源.
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编辑人员丨28分钟前
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MYOT基因变异相关肌原纤维肌病3型的临床、肌肉病理和分子遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:对 MYOT基因突变致肌原纤维肌病3型的临床表型特点、肌肉病理、基因突变及相关蛋白进行分析,并对该病进行文献复习和综述。 方法:回顾分析2018年12月于山东大学齐鲁医院确诊的1例 MYOT基因突变致肌原纤维肌病3型患者的临床表型特点、肌肉病理和基因检测结果。应用全外显子测序对患者进行高通量致病基因筛查,发现候选致病突变后应用Sanger测序技术对患者及家系成员进行突变位点的验证,同时对发现的 MYOT的基因突变位点进行功能学验证并结合相关文献进行复习综述。 结果:该患者为47岁女性,因双下肢无力8年就诊。肌电图检查示肌源性损害;肌肉病理提示部分肌纤维内异常物质沉积及镶边空泡。外显子组测序和Sanger测序发现患者携带 MYOT基因c.170C>T(p.Thr57Ile)杂合突变,其儿子、女儿也存在着相同的突变位点。患者儿子肌酸激酶水平升高,肌电图偶见自发电位,患者女儿无异常;患者2名弟弟未检测到上述变异位点。蛋白功能研究提示 MYOT基因c.170C>T突变可导致myotilin的部分空间结构发生改变,且p62蛋白与myotilin的异常聚集参与疾病的致病过程。经文献复习发现 MYOT基因c.170C>T(p.Thr57Ile)突变在外国人群中已有报道,但中国人群未见报道。 结论:MYOT基因突变所致的肌原纤维肌病3型的临床表现具有异质性,主要表现为下肢远端或近端肌肉无力。肌肉病理发现部分肌纤维内相关蛋白的异常沉积及镶边空泡。该病的精准诊断主要依赖基因检测,p62蛋白和myotilin蛋白的共定位现象为该病的诊断和分子机制研究提供了新的思路。
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编辑人员丨6天前
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空间转录组技术在非小细胞肺癌研究中的应用及展望
编辑人员丨6天前
非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)是全球最常见的肿瘤之一,其组织中分子成分的复杂性以及细胞异质性使得临床治疗进展缓慢。近年来,单细胞测序技术在肿瘤异质性的研究中应用广泛,但其技术本身有着无法忽视的缺陷。区别于单细胞测序对组织的机械分离或酶解消化成单细胞悬液的实验过程,空间转录组(spatial transcriptome,ST)技术对组织进行原位转录组测序,实现对组织细胞进行高通量转录组分析的同时,保留细胞的原始位置信息,从而在不破坏细胞间通讯网络的基础上获得组织中不同区域的细胞构成和基因表达状态。本文对应用于肿瘤样本分析的ST技术及其在NSCLC领域的最新进展进行综述,旨在获得对NSCLC空间异质性的新见解。
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编辑人员丨6天前
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脓毒症内表型——随时间和空间变化
编辑人员丨6天前
脓毒症异质性是影响其临床疗效和预后的关键因素。多组学技术和整合功能生物学发展促进了机器学习和智能算法在脓毒症异质性内在分子机制的研究,经转录组、蛋白质组、表观遗传组以及外泌体特征谱等多角度分析,提出了脓毒症内表型概念,使脓毒症可以分为临床亚型、代谢亚型、免疫亚型等。脓毒症内表型认知逐步拓展至诊断、危重度评估、临床研究患者筛选、个体化诊疗等多个层面,为脓毒症精准干预带来新思路。
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编辑人员丨6天前
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生境分析在恶性肿瘤影像组学中的研究进展
编辑人员丨6天前
目前,针对传统影像组学的研究已逐渐成熟,但是它通常将肿瘤视为一个整体,高通量数据往往产生于整个肿瘤区域,无法表达明确的空间异质性。为挖掘肿瘤内部潜在的生物学信息,实现个体化精准诊疗,生境分析技术应运而生。该新技术提供了一种识别肿瘤微环境的新思路,其在传统影像组学的基础上,将具有相似表征的肿瘤细胞群进行聚类,并据此将肿瘤分割为多个亚区域,让肿瘤研究不再受限于观察者对影像特征描述的主观差异,最理想化地得到肿瘤空间异质性信息。
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编辑人员丨6天前
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乳腺癌HER2荧光原位杂交基因扩增与HER2免疫组织化学膜完整性表达模式的相关性
编辑人员丨6天前
目的:探讨乳腺癌HER2荧光原位杂交(FISH)基因扩增的病例与免疫组织化学(IHC)HER2完整膜表达模式的相关性,以提高HER2 IHC判读的准确性和可重复性。方法:收集湖南省岳阳市中心医院2019年12月至2022年7月140例按照《乳腺癌HER2检测指南(2014版)》IHC判读为HER2 2+的浸润性乳腺癌病例,对其按照《乳腺癌HER2检测指南(2019版)》IHC判读标准(是否存在膜完整表达模式)进行重新分组,分析FISH检测结果与IHC中HER2膜表达完整程度之间的相关性。结果:140例病例中HER2 IHC具有连续膜完整性且FISH检测阳性41例;具有连续膜完整性但FISH检测阴性20例;不具有连续膜完整性而FISH检测阳性2例;不具有连续膜完整性且FISH检测阴性77例。HER2 FISH阳性病例与HER2 IHC连续膜完整表达模式具有相关性(κ=0.669, P<0.001)。HER2 IHC具有异质性且FISH阳性病例10例,此10例中IHC肿瘤细胞膜完整表达区HER2均扩增,而肿瘤细胞膜无完整表达区仅有1例HER2扩增。细胞膜完整表达区HER2平均拷贝数(8.1±1.9)高于细胞膜无完整表达区HER2平均拷贝数(4.0±1.2),差异具有统计学意义( P<0.001)。 结论:HER2 FISH阳性病例与HER2 IHC肿瘤细胞膜完整表达模式具有相关性。《乳腺癌HER2检测指南(2019版)》操作性更强,但指南中HER2 2+判读仍有进一步探讨空间。
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编辑人员丨6天前
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空间转录组测序技术在肿瘤发生发展机制中的应用及前景
编辑人员丨6天前
恶性肿瘤是一类死亡率较高的疾病,其发生、发展机制较为复杂,基因组测序技术对揭示肿瘤作用机制有一定意义。肿瘤组织中的细胞具有异质性,而细胞的空间位置分布对其异质性及组织生物功能有一定的影响。近几年,空间转录组测序技术发展迅速,可以对组织中细胞进行高通量、高分辨率的空间转录分析,从空间层面上展示转录组信息,揭示生物组织的细胞构成以及细胞间的相互作用关系。本文将对空间转录组测序技术在肿瘤中的应用进行阐述、前景进行展望。
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编辑人员丨6天前
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广东省、安徽省和吉林省体感温度与手足口病发病的关系及其空间异质性分析
编辑人员丨6天前
目的:分析广东省、安徽省和吉林省(3个省份)共46个城市体感温度与手足口病发病的关系、空间异质性及其影响因素,为手足口病早期预警提供科学依据。方法:收集广东省2009- 2018年、安徽省2009-2015年和吉林省2013-2018年的手足口病发病资料及同期气象数据。构建分布滞后非线性模型,分析46个城市体感温度与手足口病发病的关系,通过Meta分析合并不同城市的结果,采用Meta回归方法分析空间异质性的影响因素。结果:3个省份46个城市的每日体感温度与手足口病发病总体上呈非线性关系,广东省和吉林省的发病风险关系相似,即随体感温度升高而增加,而安徽省的发病风险随体感温度上升先增加,在18.1 ℃达峰值后下降。不同体感温度的滞后作用不同,较高体感温度的影响更大、持续时间更久。经纬度、平均气温和平均日照时数可能是体感温度与手足口病关系存在空间异质性的原因。结论:体感温度是一个同时评估气温、相对湿度和风速3种气象因素与手足口病发病关系的综合指标,其升高会增加手足口病的发病风险,体感温度与手足口病关系的空间异质性与所处地理位置和当地气象因素有关。
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编辑人员丨6天前
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单细胞RNA测序和空间转录组技术在常见血管外科疾病中的应用
编辑人员丨1周前
血管外科疾病是指除心脑血管之外的全身性血管疾病,随着社会进步和人口老龄化加剧,发病率逐年增加。腹主动脉瘤、主动脉夹层、动脉硬化闭塞症、血栓形成和血管畸形是血管外科疾病中最为常见的几种类型,其发生发展的分子机制尚不十分清楚。单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)联合空间转录组技术(spatial transcriptomics,ST)可以在单细胞水平上识别新型或罕见细胞类型、研究细胞异质性和分析空间位置信息,有助于探究其基因表达水平和三维重建,为研究常见血管外科疾病发生发展机制开辟了一条新途径,对生物医学研究产生了变革性影响。
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编辑人员丨1周前
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有氧运动改善精神分裂症患者认知功能的Meta分析
编辑人员丨1周前
目的:通过Meta分析探究有氧运动对精神分裂症患者认知功能的改善效果。方法:检索PubMed、EMBASE、Cochrane Library和中国知网、万方、维普、中国生物医学文献数据库以及谷歌学术网,检索时限设定为建库至2020年9月14日。通过检索词搜集相关随机对照试验。提取文献中基本人口学特征、干预方案、结局指标,以及认知评估的平均改变值,对没有直接报道改变值的研究,通过提取基线、干预终点和随访终点的信息计算改变值。利用Stata 14分析软件,采用Q检验衡量异质性后进行固定效应模型的Meta分析,采用GRADE分级系统评价证据质量。结果:共纳入7篇文献,共355例患者。Meta分析结果显示:有氧运动可改善精神分裂症患者的言语学习与记忆( SMD=0.42,95% CI 0.13~0.70, P<0.05)、工作记忆( SMD=0.40,95% CI 0.19~0.61, P<0.05)、处理速度( SMD=0.45,95% CI 0.10~0.80, P<0.05)、注意力/警觉( SMD=0.40,95% CI 0.04~0.76, P<0.05)和推理与解决问题的能力( SMD=0.43,95% CI 0.06~0.80, P<0.05),但对视觉空间记忆( SMD=-0.18,95% CI -0.70~0.33, P>0.05)的改善效果不明显。随访终点相对基线的分析中,停止有氧运动干预后2~3个月,试验组言语学习与记忆( SMD=0.52, P<0.05)、工作记忆( SMD=0.39, P<0.05)、处理速度( SMD=0.44, P<0.05)评分高于对照组,而2组注意力/警觉和推理与解决问题的能力评分差异无统计学意义。随访终点相对有氧运动干预终点的分析中,停止有氧运动干预后2~3个月,试验组与对照组的各认知功能评分差异均无统计学意义。GRADE评价结果显示,工作记忆的证据水平为高质量,言语学习与记忆、注意力/警觉的水平为中等,处理速度、推理与解决问题的能力、视觉空间记忆的水平为低质量。 结论:有氧运动可改善精神分裂症患者的认知功能,但对视觉空间记忆的改善效果不明显,停止有氧运动后认知功能逐渐下降。
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编辑人员丨1周前
