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多模态组学数据整合方法的性能评测
编辑人员丨1天前
多模态组学数据的联合运用在揭示细胞异质性和解析细胞命运调控机制方面具有重要意义,目前已有多种方法被开发,用于处理不同组学模态数据的整合.本研究通过对应用于不同整合任务的多种数据整合方法进行性能评测,为相关领域的研究提供有益参考.使用6个联合测序数据集对16种单细胞多模态配对数据整合方法在2类整合任务上的性能进行测试,再通过4个模拟数据集和1个真实数据集对6种空间转录组反卷积方法的性能进行评估.在RNA和ATAC配对数据整合任务中,MOFA+、SCOIT、Cobolt分别在PBMC、BMMC、SNARE数据集上取得最优表现,SCOIT在3个数据集的汇总得分中均排名前3,MMDVAE、DAE在基于AE的融合算法中表现突出.在RNA和蛋白质配对数据整合任务中,Cobolt、MOFA+、Seurat分别在P5_CITE、BM_CITE、COVID中取得最优表现,totalVI在3个数据集的汇总得分中排名靠前,基于AE的融合算法中以efMMDVAE、lfMMDVAE的表现最好.在空间转录组反卷积方法评测中,Cell21ocation和SPACEL在模拟数据和真实数据中的性能表现均优于其他方法的,其中Cell21ocation在真实数据集中表现最佳,正确地推断了两类心肌细胞在心室的比例.此外,本研究发现在配对数据整合任务中,不同方法对数据的适应性不同.SCOIT和totalVI分别是RNA与ATAC、RNA与蛋白质数据整合中表现稳定优异的方法.Seurat、MOFA+易受数据影响.
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编辑人员丨1天前
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pH响应型药物递送系统在肿瘤免疫治疗领域的研究进展
编辑人员丨1天前
肿瘤免疫疗法是激活宿主自身免疫系统对抗肿瘤的治疗方式,已广泛应用于临床,然而存在响应率低、免疫相关不良事件等缺陷.有别于传统的化学治疗,免疫治疗的靶标表现出更为广泛的空间异质性,分布在不同细胞类型及二级细胞器中,药物分子易产生脱靶与在靶毒性,极大地影响了治疗的有效性与安全性.由于代谢水平的改变,肿瘤微环境较正常组织显微酸性,而细胞内吞途径伴随着质子的进一步泵入,因此pH可以作为理想的选择性刺激条件,以实现"门控"式的药物精准递释.近年来,pH响应型材料在肿瘤免疫治疗中被广泛研究,如高分子聚合物、生物大分子、脂质纳米粒、生物膜、无机纳米粒、金属-有机框架等.本文从不同的载体类型出发,综述了pH响应型肿瘤免疫治疗的研究策略,为新一代靶向制剂研发提供参考.
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编辑人员丨1天前
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胶质瘤氨基酸PET/MR多模态影像的肿瘤体积及空间分布研究进展
编辑人员丨1天前
脑胶质瘤是成人最常见的原发恶性脑肿瘤,基于结构磁共振(magnetic resonance,MR)成像导航肿瘤手术切除是常规治疗方案.然而结构MR成像难以精准显示肿瘤的体积及空间分布,导致的肿瘤术后残留会缩短患者生存期.氨基酸正电子发射断层/磁共振(positron emission tomography/magnetic resonance,PET/MR)多模态影像显示的胶质瘤体积及空间分布存在重叠及差异,本文通过综述氨基酸PET与MR的结构、血流灌注及分子成像显示的胶质瘤体积及空间分布差异,探讨了多模态影像的肿瘤空间分布异质性,比较不同模态影像显示肿瘤空间分布的准确性,辅助临床制订PET/MR导航胶质瘤手术的最佳多模态影像组合,实现肿瘤最大化安全切除,提高患者预后生存质量,并且为未来进一步研究胶质瘤的分子生物学机制介导PET/MR影像空间分布表征提供思路.
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编辑人员丨1天前
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基于腹壁张力和筋膜锁定缝合的肠造口技术
编辑人员丨1天前
肠造口手术技术细节尚无统一标准,外科学教材中的手术原则存在较大异质性。在回顾腹壁结构和腱膜的精细解剖基础上,结合作者们的实践经验,尝试提出一种基于腹壁张力和筋膜锁定缝合的肠造口技术。技术操作细节为:(1)临时性造口选择右腹直肌外缘,永久性造口选择左侧腹直肌内促进粘连;(2)皮肤行适合尺寸的圆形开孔(临时性也可一字型),皮下组织和深筋膜行钝性分离;(3)沿腹外斜肌腱膜纤维方向切开筋膜层,钝性扩开肌肉组织,腹横筋膜层水平切开小口后,扩张腹壁隧道至适合尺寸,临时性造口肠袢能恰好无阻力地提出腹壁为适宜,永久性造口稍有阻力为适宜,但均不要预留运针空间以免致死腔形成;(4)永久性造口可考虑在筋膜切线两端单纯或8字锁定缝合,避免慢性筋膜撕裂;(5)肠壁提出后,与皮肤简单固定4~8针;通常临时性回肠造口黏膜可自行翻出,无需外翻缝合;永久性造口可视情况黏膜外翻缝合。理论上讲,该技术可降低术后短期并发症和远期造口疝的发生率。期待能够在未来的研究中,验证该技术的安全性和有效性。
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编辑人员丨1天前
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空间转录组学在肿瘤学研究中的应用与进展
编辑人员丨1天前
恶性肿瘤是全球人群发病和死亡的主要原因,其发生、发展过程中肿瘤的异质性起了关键作用,而探究肿瘤异质性成为提高恶性肿瘤诊断治疗以及预后等的关键所在,新兴崛起的空间转录组技术为此提供了可能。本文将介绍空间转录组学在肿瘤研究尤其是肿瘤诊断中的应用和进展。
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编辑人员丨1天前
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乳腺癌类器官放射生物学模型初步研究
编辑人员丨1天前
目的:构建乳腺癌类器官培养体系并对其进行组织学表征与初步放射生物学特征研究。方法:体外培养不同分子分型乳腺癌细胞系和肿瘤组织细胞形成乳腺癌类器官,对其进行组织结构表征并利用Ki-67、ER、PR、Her2指标进行免疫组化染色;对三阴性乳腺癌患者组织及乳腺癌细胞系形成的类器官进行4、8 Gy照射处理,观测照射后0、24、48、96 h的乳腺癌类器官个数以及直径变化来评估放射对类器官的杀伤情况。结果:乳腺癌细胞系和患者来源组织在6 d左右形成类器官结构;HE染色显示微结构,标志物表达具有空间异质性,肿瘤来源类器官与原组织的标志物表达具有相似性;照射处理MCF-7乳腺癌类器官后,生长停滞,部分形成的类器官崩解消失,48~96 h,逐渐恢复增殖趋势;MDA-MB-231乳腺癌类器官呈现辐射耐受和生长停滞,但结构没有明显改变,96 h仍未观察到恢复趋势;选取的三阴性患者组织来源的类器官也呈现辐射耐受,照射后类器官仍持续生长且结构没有明显改变,但生长趋势明显小于未照射组。结论:不同来源与不同分子分型的乳腺癌细胞经体外培养形成的乳腺癌类器官具有微结构与异质性,可以反映来源组织标志物表达情况并展现不同的放射抵抗能力,三阴性乳腺癌来源的类器官更加耐照射。
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编辑人员丨1天前
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中性粒细胞生理与病理生理作用再认识
编辑人员丨1天前
中性粒细胞一直被认为是先天免疫系统中一种短寿命的、同质的细胞类型,具有有限的促/抗炎作用。然而最近10年,随着研究的深入,对中性粒细胞的了解正在经历着某种复兴。对中性粒细胞的异质性及其与其他免疫细胞相互作用机制的研究促进了研究者对中性粒细胞生理与病理生理作用的再认识。在接下来的数十年中,随着单细胞测序技术、空间转录组测序技术以及多组学联合测序技术的发展,研究者将对中性粒细胞的生物学行为认识得更为透彻。本文对近年来中性粒细胞的多种生物学行为及其在多种疾病中的作用进行简要评述。
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编辑人员丨1天前
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MYOT基因变异相关肌原纤维肌病3型的临床、肌肉病理和分子遗传学分析
编辑人员丨1天前
目的:对 MYOT基因突变致肌原纤维肌病3型的临床表型特点、肌肉病理、基因突变及相关蛋白进行分析,并对该病进行文献复习和综述。 方法:回顾分析2018年12月于山东大学齐鲁医院确诊的1例 MYOT基因突变致肌原纤维肌病3型患者的临床表型特点、肌肉病理和基因检测结果。应用全外显子测序对患者进行高通量致病基因筛查,发现候选致病突变后应用Sanger测序技术对患者及家系成员进行突变位点的验证,同时对发现的 MYOT的基因突变位点进行功能学验证并结合相关文献进行复习综述。 结果:该患者为47岁女性,因双下肢无力8年就诊。肌电图检查示肌源性损害;肌肉病理提示部分肌纤维内异常物质沉积及镶边空泡。外显子组测序和Sanger测序发现患者携带 MYOT基因c.170C>T(p.Thr57Ile)杂合突变,其儿子、女儿也存在着相同的突变位点。患者儿子肌酸激酶水平升高,肌电图偶见自发电位,患者女儿无异常;患者2名弟弟未检测到上述变异位点。蛋白功能研究提示 MYOT基因c.170C>T突变可导致myotilin的部分空间结构发生改变,且p62蛋白与myotilin的异常聚集参与疾病的致病过程。经文献复习发现 MYOT基因c.170C>T(p.Thr57Ile)突变在外国人群中已有报道,但中国人群未见报道。 结论:MYOT基因突变所致的肌原纤维肌病3型的临床表现具有异质性,主要表现为下肢远端或近端肌肉无力。肌肉病理发现部分肌纤维内相关蛋白的异常沉积及镶边空泡。该病的精准诊断主要依赖基因检测,p62蛋白和myotilin蛋白的共定位现象为该病的诊断和分子机制研究提供了新的思路。
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编辑人员丨1天前
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肿瘤免疫治疗相关PD-(L)1 PET靶向核素探针应用研究进展
编辑人员丨1天前
免疫治疗已经进入多种肿瘤的临床治疗。程序性细胞死亡分子-1/配体-1(PD-1/PD-L1)免疫检查点的阻断治疗是目前最重要的肿瘤免疫治疗方法。目前临床上通过免疫组织化学方法(IHC)检测肿瘤患者PD-L1表达情况并筛选适应证,但PD-L1表达异质性、动态变化性以及样本取材受限等因素限制了经此法对肿瘤患者体内PD-L1表达情况的评估价值。PD-(L)1 PET成像利用放射性标记分子在空间和时间上非侵入性地评估PD-(L)1的表达,和免疫组织化学互补使用,理论上存在不可比拟的优势。本文就PD-(L)1探针分子成像原理、临床研究及存在问题等最新进展做一综述。
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编辑人员丨1天前
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68Ga-DOTA-TATE与 64Cu-DOTA-TATE PET/CT在神经内分泌肿瘤诊断中的价值
编辑人员丨1天前
神经内分泌肿瘤(NEN)是一类侵袭性和预后差异很大的异质性肿瘤,近年来其发病率和患病率均逐年上升。NEN的早期诊断存在困难,生长抑素受体显像一直是NEN患者诊断和分期的主要手段。金属放射性核素 64Cu、 68Ga标记的生长抑素类似物 64Cu-1,4,7,10-四氮杂环十二烷-1,4,7,10-四乙酸-D-苯丙氨酸1-酪氨酸3-苏氨酸8-奥曲肽( 64Cu-DOTA-TATE)和 68Ga-DOTA-TATE已被美国食品药品监督管理局批准用于NEN和其他生长抑素受体阳性肿瘤的显像。虽然 68Ga-DOTA-TATE目前已广泛应用于临床,但由于 68Ga较高的β能量限制了PET的空间分辨率,短暂的半衰期也给其运输带来了挑战,为了克服 68Ga-DOTA-TATE的不足, 64Cu标记的生长抑素类似物的研究发展迅速。较长的半衰期使 64Cu-DOTA-TATE的可及性高于 68Ga-DOTA-TATE,其对现场回旋加速器的依赖程度降低, 64Cu及其标记的示踪剂可被运输至距离较远的PET中心,非常适合集中生产和分销。笔者对比了 64Cu和 68Ga 2种金属放射性核素的性质和来源,以及 68Ga-DOTA-TATE和 64Cu-DOTA-TATE PET/CT在NEN诊断中的优缺点,得出从显像性能和供应链的角度来看, 64Cu-DOTA-TATE较 68Ga-DOTA-TATE可能更具有临床应用价值和广阔的发展前景。
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编辑人员丨1天前
