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基于生物信息学筛选结直肠癌关键长链非编码RNA及LINC00174的作用机制
编辑人员丨6天前
目的:应用生物信息学技术筛选结直肠癌(CRC)关键长链非编码RNA(lncRNA),并对筛选出的LINC00174在CRC中的作用机制进行初步分析。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中638例CRC和51例癌旁组织的RNA数据分析,应用Wilcoxon检验识别筛选差异表达明显的RNA;Pearson相关性检验确定lncRNA-mRNA关系对;在Starbase v3.0数据库中确定与lncRNA-mRNA关系对中RNA分子存在互作关系的微小RNA(miRNA,miR)。对TCGA数据库中CRC临床数据使用R软件包的"survival"和"survminer"方法进行生存分析,探讨lncRNA-mRNA关系对预测预后的价值。用STRING数据库及metascape平台对mRNA编码蛋白(ZNF692)的功能进行分析。收集40例新鲜的CRC及癌旁组织,应用荧光实时定量PCR(qRT-PCR)对筛选出的RNA检测,验证生物信息学结果。符合正态分布的计量资料采用均数±标准差( ± s)表示,各指标间关系采用 t检验及Person相关分析。 结果:与癌旁组织比较,CRC组织中上调的LncRNA为820,下调的为951;上调的mRNA为1 628,下调为3127。分析后确定2775对候选lncRNA-mRNA,其中501对与患者生存有关。进一步通过功能分析发现LINC00174-ZNF692对可能在CRC进展中有重要作用。结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC组织中表达水平(14.52±0.97、17.12±0.72)高于癌旁组织(13.50±0.60、15.53±0.44, W=26 747、31 438, P<0.01);LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.58, P<0.01)。生存分析结果显示,LINC00174-ZNF692对高表达是CRC患者预后差的标志( χ2=5.52, P<0.05),其风险比( HR)为1.51(1.05~2.20)( P<0.05)。对Starbase v3.0数据库分析显示,ZNF692通过海绵吸附miR-200b-3p与LINC00174形成内源性竞争RNA(ceRNA)机制发挥作用。富集分析显示,ZNF692蛋白在泛素介导的蛋白降解、mRNA监控、核苷酸切除修复等过程。组织验证结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC水平(2.65±1.23、1.19±0.33)明显高于癌旁组织(0.83±0.39、0.42±0.17, t=8.92、13.12, P<0.01);miR-200b-3p在CRC水平(0.35±0.13)明显低于癌旁组织(0.82±0.22, t=-11.63, P<0.01)。Pearson分析显示,CRC组织中LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.81, P<0.01);LINC00174与miR-200b-3p、ZNF692与miR-200b-3p均呈负相关( r=-0.75、-0.53, P<0.01)。 结论:LINC00174可能通过海绵吸附机制调控miR-200b-3p/ZNF692轴在CRC进展中发挥重要作用。
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编辑人员丨6天前
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CeRNA网络介导恶性肿瘤表型调控的机制研究
编辑人员丨6天前
竞争性内源RNA(CeRNA)是纵横交错的调控网络,该网络可介导恶性肿瘤细胞表型,包括增殖和抑制、自噬、无限生长、诱导血管生成和血管生成拟态、免疫逃逸等。了解CeRNA介导恶性肿瘤表型调控及其功能,有望为恶性肿瘤提供新的诊断标志物和治疗靶点。
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编辑人员丨6天前
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环状RNA的研究进展
编辑人员丨6天前
环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子,大量存在于真核转录组中。环状RNA在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。由于环状RNA对核酸酶不敏感,故比线性RNA更稳定。环状RNA具有竞争性内源RNA机制(competing endogenous RNAs,ceRNA),调控可变剪切和转录过程,以及与功能蛋白结合等功能。基于环状RNA的特征和生物功能,其在疾病中发挥着重要的调控作用。随着研究发展,环状RNA在组织和疾病的表达机制和功能机制也取得了进步。本综述旨在总结环状RNA的起源、特征、生物功能以及在疾病中的最新作用。
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编辑人员丨6天前
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长非编码RNA 00467基于竞争性内源RNA调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因参与胶质瘤细胞免疫及耐药的机制
编辑人员丨6天前
目的:探讨胶质瘤细胞中长非编码RNA 00467(LINC00467)通过竞争性内源RNA(ceRNA)机制调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因(RIPK3)与肿瘤微环境(TME)及药敏性的关系及其机制。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因型-组织表达(GTEx)数据库胶质瘤及正常脑组织基因表达进行分析,筛选差异表达基因(DEGs)( P<0.01且表达变化大于2倍的基因),确定有意义的长链非编码RNA(lncRNA)-mRNA关系对,进行生存分析。在Starbase v3.0数据库中筛选微小RNA(miRNA,miR)-lncRNA关系对,确定ceRNA。在metascape、TISCH、CancerSEA数据库进行分析。取25例新鲜胶质瘤组织及25例正常脑组织,应用荧光实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测基因表达。应用R软件包及SPSS统计分析软件对结果进行处理。 结果:对TCGA和GTEx表达谱进行差异表达分析,发现6 095个差异表达的lncRNA(3 083上调,3 012下调)和10 164个差异表达的mRNA(6 803上调,3 361下调)。对胶质瘤中的319 795对候选lncRNA-mRNA对进行筛选,确定LINC00467-RIPK3为研究对象,发现LINC00467、RIPK3在胶质瘤组织高表达,且呈正相关( r=0.66, P<0.01)。数据库分析发现RIPK3可能通过海绵吸附miR-3612与LINC00467形成ceRNA。生存分析显示LINC00467-RIPK3高表达的患者预后较差( P<0.05)。胶质瘤单细胞数据集分析发现RIPK3在巨噬细胞中高表达,bulk数据集分析发现RIPK3与巨噬细胞表面分子表达正相关( P<0.01)。应用使用表达数据估计恶性肿瘤中的间质和免疫细胞算法计算胶质瘤患者的免疫得分,分析发现RIPK3与Estimate、基质计分、免疫计分以及肿瘤纯度显著相关( P<0.01)。药敏数据分析显示,RIPK3的表达与多种药物的半数抑制浓度(IC 50)值有关( P<0.01)。qRT-PCR结果显示,胶质瘤组织中LINC00467、RIPK3的表达水平高于正常组织(0.74±0.28、0.34±0.20, t=8.94、9.38, P<0.01),而胶质瘤组织miR-3612的表达水平(0.57±0.27)低于正常组织(0.79±0.33, t=-2.17, P<0.01)。 结论:LINC00467可能通过ceRNA机制促进RIPK3表达而参与胶质瘤TME和药敏性调控。
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编辑人员丨6天前
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子痫前期孕妇胎盘组织中circRNA表达谱及circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络分析
编辑人员丨6天前
目的:通过高通量测序鉴定子痫前期(PE)孕妇胎盘组织中环状RNA(circRNA)的表达谱,构建circRNA-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)相互作用网络,揭示PE发病的相关通路及调控机制。方法:收集2019年11月至2021年6月在四川大学华西第二医院分娩的42例PE孕妇(PE组)和30例正常妊娠孕妇(对照组)的临床资料并采集其胎盘组织。(1)采用高通量测序技术建立其中5对PE组和对照组孕妇胎盘组织中的差异表达circRNA谱。(2)实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证其中6个差异表达circRNA在PE组和对照组胎盘组织中的表达水平。(3)使用生物信息学方法预测靶miRNA和分析共表达mRNA,构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络;并对差异表达circRNA进行基因本体(GO)功能注释分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。(4)采用logistic回归分析、Pearson相关、Kendall tau-b相关分析检验3个差异表达circRNA与PE发生风险、临床特征的相关性。(5)选择circRNA_05393进行后续功能研究,使用小分子干扰RNA、过表达质粒分别敲低或提高滋养细胞系HTR-8/SVneo细胞中circRNA_05393的表达水平,采用穿膜小室(transwell小室)体外实验检测细胞的迁移、侵袭能力,活细胞计数法检测细胞的增殖能力,细胞成管实验检测细胞的成管能力。结果:(1)高通量测序发现了72个差异表达circRNA,其中35个上调,37个下调。(2)qRT-PCR技术检测显示,与对照组比较,PE组孕妇胎盘组织中circRNA_00673(分别为1.306±0.168、2.059±0.242; t=2.356, P=0.021)和circRNA_07796(分别为1.275±0.232、1.954±0.230; t=2.018, P=0.047)的表达水平显著升高,而circRNA_05393(分别为1.846±0.377、0.790±0.094; t=3.138, P=0.002)的表达水平显著降低。(3)circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络中包含3个circRNA、8个miRNA和53个mRNA。GO分析显示,生物过程方面主要富集于铁离子稳态、动作电位膜去极化和神经元动作电位等通路,细胞组分方面主要富集于皮质细胞骨架,质膜成分等,分子功能方面主要富集于电压门控钠通道活性、碱性氨基酸跨膜转运蛋白活性等。KEGG信号通路富集分析显示,相互作用网络中的mRNA主要富集于补体和凝血级联反应、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,p53信号通路,过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路。(4)logistic回归分析结果显示,circRNA_05393表达下调是PE发生的危险因素( OR=0.044,95% CI为0.003~0.596; P=0.019);相关性分析结果显示,circRNA_05393与PE孕妇的收缩压、舒张压显著相关( P均<0.05)。(5)敲低或过表达circRNA_05393显著降低或增加HTR-8/SVneo细胞的迁移、侵袭能力( P均<0.05),但对细胞成管能力、增殖能力无显著影响( P均>0.05)。 结论:胎盘组织中circRNA表达谱的构建、circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络的探索为揭示特定circRNA在PE发生中参与的调控机制提供了可能。抑制circRNA_05393可能通过减少滋养细胞的迁移和侵袭来参与PE的进展。
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编辑人员丨6天前
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长非编码RNA作为竞争性内源RNA在黑色素瘤中的研究进展
编辑人员丨6天前
近年来,长非编码RNA(lncRNA)作为竞争性内源RNA(ceRNA)在黑色素瘤中的研究日益增多。lncRNA在黑色素瘤中呈现高表达或低表达,并通过ceRNA机制竞争性地与miRNA结合,影响miRNA下游靶基因mRNA的表达,从而发挥癌基因或抑癌基因的作用。了解lncRNA作为ceRNA在黑色素瘤中的作用,可为未来黑色素瘤的诊断及治疗靶点研究提供新思路。
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编辑人员丨6天前
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环状RNA与肝脏疾病的关系
编辑人员丨6天前
环状RNA(circRNA)是一种新兴的内源性非编码RNA(ncRNA),同时也是竞争性内源RNA(ceRNA)家族中的成员,有研究发现circRNA广泛存在于生物体内,与微RNA(miRNA)相互作用,对肝脏疾病的发生、发展起重要作用。现就circRNA及其生物学功能、以及circRNA与肝脏疾病关系的研究进展进行综述,以期更好地阐述circRNA在肝脏疾病中的作用,更好地指导临床。
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编辑人员丨6天前
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自噬对糖尿病视网膜病变的神经血管单元组成细胞双向作用的研究进展
编辑人员丨6天前
糖尿病视网膜病变(DR)是糖尿病的眼部并发症,其病理机制复杂。视网膜神经血管单元(NVU)损伤及耦连机制失衡是其重要的病理基础。自噬在DR发生和发展中有重要的作用。氧化应激、内质网应激、缺氧、竞争性内源RNA调控网络等均可影响自噬的发生,自噬所诱导的细胞死亡在NVU功能障碍中至关重要。视网膜神经细胞为不可再生细胞,靶向神经元细胞适应性自噬为DR早期挽救患者视力提供了新的方向。探讨神经元细胞、胶质细胞和血管组成细胞之间可能存在的自噬相互关系,寻找有针对性的特定细胞自噬抑制或激活剂,同时从整体水平上更加全面地探究自噬对NVU综合体的影响,在DR的不同时期采取不同的自噬干预手段,可能是未来DR极具前景的研究方向。
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编辑人员丨6天前
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ceRNAs在甲状腺癌中的研究进展及展望
编辑人员丨6天前
甲状腺癌是世界上最为常见的内分泌恶性肿瘤之一,虽甲状腺癌患者总体生存率较佳,但发病率增速位列首位,故需深入了解甲状腺癌的发生发展机制,竞争内源性RNA(ceRNA)概念的提出进一步阐明了肿瘤发生的机制。目前研究表明环状RNA、长链非编码RNA、假基因转录本、mRNA均可作为ceRNAs参与ceRNA网络构建,它们拥有与编码蛋白(mRNA)相同的微小RNA反应元件(MRE),从而竞争结合微小RNA的结合位点,进而影响mRNA的表达来发挥促癌或抑癌的作用。近年来大量研究表明ceRNAs在甲状腺癌恶性行为中发挥重要作用,但少有学者对这些研究进行归纳梳理。本文旨在将这些与甲状腺癌相关的ceRNA分子进行总结,并阐明这些分子在甲状腺癌发生发展中的作用。
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编辑人员丨6天前
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雷公藤红素减轻肝脏炎性损伤网络靶标预测及实验验证
编辑人员丨6天前
目的:运用网络药理学方法探讨雷公藤红素减轻肝脏炎症性损伤的作用靶点及机制,并采用缺血再灌注致肝脏炎症小鼠模型对预测靶点进行实验验证。方法:检索SymMap、BATMAN-TCM、TCMSP、HIT 2.0、LigTMap、SEA、SwissTarget、Super-PRED、STITCH数据库获得雷公藤红素靶点,检索GeneCards、DisGeNET数据库获得肝脏炎症性疾病靶点。通过绘制Venn图对药物靶点和疾病靶点取交集,获取雷公藤红素减轻肝脏炎症性损伤的可能靶点。利用STRING数据库构建PPI网络,并利用Cytoscape 3.9.1软件分析关键靶点,通过DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析;基于关键靶点,检索starBase数据库并绘制竞争性内源RNA(ceRNA)网络。对雷公藤红素与核心治疗靶点进行分子对接。将小鼠按体重分为假手术溶剂组,假手术给药组,模型组,雷公藤红素低(0.1 mg/kg)、中(0.3 mg/kg)、高(1 mg/kg)剂量组,每组3~4只。相应药物干预7 d后,除假手术溶剂组、假手术给药组外,其余各组制备缺血再灌注致肝脏炎症小鼠模型。检测小鼠血清转氨酶水平,采用HE染色观察小鼠肝组织病理学形态,采用免疫组化染色检测肝组织IL-6、TNF-α表达。结果:雷公藤红素减轻肝脏炎症关键靶点为IL6、TNF等炎症因子,功能富集结果分析显示,雷公藤红素减轻肝脏炎性损伤关键信号通路包含炎症反应、细胞凋亡和增殖、HIF1等通路。雷公藤红素预处理可降低肝缺血再灌注致肝脏炎症小鼠血清转氨酶水平( P<0.01),下调肝组织IL-6、TNF-α炎症因子表达( P<0.05或 P<0.01)。 结论:雷公藤红素可减轻肝缺血再灌注损伤,其作用机制与降低IL-6、TNF-α等炎症因子水平、减轻肝脏炎性损伤密切相关。
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编辑人员丨6天前
