目的 基于肠道菌群探究骨松益骨方(GusongYigu de-coction,GSYG)治疗绝经后骨质疏松症(postmenopausal oste-oporosis,PMOP)的机制.方法 SPF级SD大鼠60只随机分成假手术组(Control)、模型组(Model)、骨松益骨方低剂量组(GSYG-L,1.25 g·kg-1)、骨松益骨方中剂量组(GSYG-M,2.5 g·kg-1),骨松益骨方高剂量组(GSYG-H,5 g·kg-1)和阿仑膦酸钠组(Al,0.89 mg·kg-1),每组10只.HE染色观察骨组织形态变化,micro CT观察大鼠的股骨组织结构变化;取Control组、Model组、GSYG-H组大鼠结肠粪便样本,提取DNA,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序.结果 与Control组比较,Model组大鼠骨小梁稀疏;BV/TV、Tb.Th、Tb.N 及 BMD 均明显降低(P＜0.01),SMI、Tb.Sp 明显升高(P＜0.01);与 Model 组比较,GSYG-L、GSYG-M、GSYG-H组和Al组骨小梁数目增加,骨微结构得到改善,且BV/TV、Tb.Th、Tb.N 及 BMD 明显增加(P＜0.05),SMI、Tb.Sp 明显降低(P＜0.05).肠道菌群测序结果显示,与Control组比较,Model组大鼠肠道菌群多样性降低,厚壁菌门丰度降低,而拟杆菌门丰度增加;与Model组比较,GSYG-H组厚壁菌门丰度增加,拟杆菌门丰度减少.结论 GSYG能够改善PMOP患者的骨微结构,增加骨密度,其作用机制可能与增加肠道菌群的多样性、调节肠道菌群结构有关.

目的:探讨肠道菌群、叶酸及两者的关联性对首发未用药精神分裂症（SCZ）患者精神症状的影响。方法:选取2018年3月至2019年12月郑州大学第一附属医院首发未用药SCZ患者100例（SCZ组）和健康对照者90名（健康对照组），采用电化学发光法测定血清中叶酸水平，采用阳性和阴性症状量表（PANSS）评定SCZ组精神症状，采用认知功能成套测验（MCCB）评估认知功能。采集粪便样本提取细菌DNA，进行16S rRNA测序。探索SCZ患者肠道菌群和叶酸对精神症状和认知功能的影响。结果:SCZ组纳入男41例，女59例，年龄（22.6±8.2）岁；健康对照组纳入男32名，女58名，年龄（23.0±3.0）岁。SCZ组血清叶酸水平低于健康对照组［ M（ Q1， Q3）］［6.92（4.98，8.49）μg/L比8.93（7.13，13.37）μg/L］（ P<0.001）。SCZ组肠道菌群中双歧杆菌属［0.005（0.003，0.013）比0.014（0.004，0.031）］和拟杆菌属相对丰度［0.015（0.001，0.091）比0.083（0.029，0.193）］低于健康对照组（均 P<0.001）。与健康对照组相比，SCZ组在认知功能的七大维度的评分下降明显（均 P<0.05）。SCZ组血清叶酸水平与PANSS中阴性症状分呈负相关（ r=-0.378， P<0.001），与信息处理速度（ r=0.310， P=0.011）呈正相关。SCZ组双歧杆菌属相对丰度与血清叶酸水平呈正相关（ r=0.374， P<0.001），与一般精神病理分呈负相关（ r=-0.326， P=0.001），与信息处理速度呈正相关（ r=0.330， P=0.003）。多重线性回归分析结果显示SCZ患者叶酸×双歧杆菌属交互项与一般精神病理分相关（ F=8.655， P＝0.007），回归系数为-29.240。叶酸×双歧杆菌交互项与认知功能无相关性（均 P>0.05）。 结论:首发未用药SCZ患者中血清叶酸水平和双歧杆菌相对丰度下降，并且与其精神症状相关，提示菌群相对丰度和叶酸水平可作为精神症状的潜在客观评估指标。

目的:探索宫颈癌及子宫内膜癌患者肠道微生物与放疗期间放射性肠炎的严重程度的关系。方法:收集37例宫颈癌和子宫内膜癌接受放射治疗的患者粪便样本。包括根治性放疗(RR)和术后放疗(PR)患者。根据CTCAE 5.0中腹泻和直肠炎的级别记录症状，任何症状2级及以上记为高症状级别(HG)，否则记为低症状级别(LG)。用16S rRNA测序方法对粪便样本的DNA进行测序及生物统计分析，分析指标包括α多样性、β多样性、线性判别分析效应量(LEfSe)和MetagenomeSeq分析。结果:放疗前LG患者的肠道微生物α多样性高于HG患者( P<0.05)。两组的β多样性也存在差异(stress<0.2)。放疗前HG组患者样本中的 Ruminococcus gnavus明显高于LG组患者( P<0.05)。这种微生物有可能成为放疗前预测放射性肠炎的标志物种。另外，根治性放疗(RR)患者与术后放疗(PR)患者相比，放疗前肠道微生物群多样性更高，且放疗后放射性肠炎的发生率更低。 Faecalibacterium prausnitzii在放疗前根治组中较高( P<0.05)，可能与放疗不良反应呈负相关。 结论:宫颈癌及子宫内膜癌患者的肠道微生物群特征与放疗期间放射性肠炎的严重程度密切相关。手术等治疗可能会改变宫颈癌及子宫内膜癌患者的肠道微生物群状态，降低患者的辐射耐受性，使其更容易发生更为严重的放射性肠炎。

我国结直肠癌的发病率和死亡率逐年升高，目前缺乏有效无创、依从性高的结直肠癌筛查方法。粪便DNA和RNA检测是近年新兴的非侵入性结直肠癌筛查手段，尤其是粪便多靶点DNA和微小RNA（miRNA）检测具有无创无痛、敏感性高、安全方便等特点，能在很大程度上弥补传统筛查方法的不足。国外已将粪便多靶点DNA检测纳入结直肠癌的筛查指南，但其也存在特异性低、价格昂贵、癌前病变检出率低等不足。粪便miRNA检测具有敏感性和特异性较高（miR-451）、癌前病变检出率高（miR-92a）等优势，但缺乏大样本、多中心的循证医学证据支持。本文对粪便标志物DNA和RNA筛查结直肠癌进展进行综述，重点介绍粪便多靶点DNA和miRNA检测的特性。

中国慢性病前瞻性研究（CKB）项目于2004年6月至2008年8月在5个省（浙江、湖南、甘肃、四川、河南）的农村地区和5个省（自治区）（黑龙江、山东、江苏、广西、海南）的城市地区开展基线调查，共入选512 891名30~79岁调查对象，完成问卷调查、体格检查及生物样本收集工作。项目于2008年6-10月开展了19 786人的第一次重复调查，2013年8月至2014年9月开展了25 239人的第二次重复调查。2016年，在国家重点研发计划“精准医学研究”重点专项支持下，CKB基于多年工作基础开展了大型自然人群队列示范研究。CKB项目在2020年8月至2021年12月开展了第三次调查，完成25 087人的调查工作，包括问卷调查（在基线调查内容上增加了老龄化相关问题）、体格检查以及血液、尿液、唾液、粪便等生物样本采集。截至2022年6月，项目对全部队列人群平均开展随访已达15年，累计观察770万人年，收集死亡事件7.4万人，医保结局事件37.1万人（累计279.5万人次），主动随访事件1.1万人（累计1.2万人次），发病监测事件10.0万人（累计14.7万人次）。CKB队列生物样本库共储存血液样本129.2万管，尿液样本15.0万管，DNA样本78.0万管，唾液样本2.5万管，粪便样本2.0万管。CKB项目组已组织撰写长期随访、样本库建设与管理、数据库及数据共享平台建设与管理等技术规范，集结整理成册并出版《大型人群队列研究技术规范》，并撰写了大型自然人群队列现场调查、长期随访、生物样本库建设、数据处理、数据安全等团体标准。项目组利用CKB队列数据开展高质量的科学研究，其中健康行为生活方式与主要慢性病的关联研究提供了中国人本土化的研究证据。

目的:通过16S rDNA基因测序检测复杂性肛瘘患者的肠道菌群分布，探讨其与健康人的菌群分布是否存在差异。方法:采用病例对照研究方法，回顾性收集2020年6月至12月期间杭州市第三人民医院接受手术治疗的30例复杂性肛瘘患者临床资料（复杂性肛瘘组），并按1∶1配比选择本院健康体检人群30例作为对照组（健康对照组）。病例纳入标准：（1）符合腺源性肛瘘诊断的标准，且症状持续3个月以上；（2）术前已行电子结肠镜检查排除肠道炎性反应、炎性肠病等；（3）复杂性肛瘘的定义为符合下面情况之一者：瘘管跨越2/3及以上的肛门括约肌；包含两个以上的外口或瘘管；既往已行肛瘘手术后确认复发者。排除标准：（1）合并有炎性肠病、慢性腹泻或便秘、糖尿病、消化道恶性肿瘤、肝肾功能障碍等；（2）克罗恩病、外伤、特殊感染（如放线菌病和结核病）等引起的肛瘘；（3）近1个月内使用过抗生素、益生元、益生菌等可能影响肠道微生态制剂者；（4）认知缺陷不能配合者。提取研究对象的粪便样本总DNA，扩增细菌16S rDNA基因序列的V4高变区，利用Illumina Miseq平台进行高通量测序，最后进行操作分类单元（OTU）聚类、进行Alpha多样性和LEfSE数据分析，其中Chao指数或ACE指数越大，表明微生物区系的预期物种丰度越高，Simpson指数越小或Shannon指数越大，表明微生物区系多样性越高。两组间性别、年龄、体质指数（BMI）、饮酒吸烟史基线资料比较差异均无统计学意义（均 P>0.05），说明两组具有可比性。本研究观察指标包括两组的测序和质量控制、Alpha多样性分析和物种及其丰度分析以及LEfSE分析。 结果:复杂性肛瘘组与健康对照组的主要优势菌都是厚壁菌门和拟杆菌门，分别占93.4%±32.0%和87.4%±41.2%；在属水平上，复杂性肛瘘组的普雷沃菌属（4.9%±7.4%比0.1%±1.1%， P<0.001）、巨细胞菌属（3.9%±8.2%比0.5%±4.2%， P<0.05）和毛螺菌属（2.6%±5.7%比0.1%±3.4%， P<0.05）的丰度明显更高，而变形菌属（0.02%±4.2%比9.3%±14.4%， P<0.01）、肠球菌属（0.02%±2.3%比9.3%±19.6%， P<0.05）、拟杆菌属（24.7%±9.9%比29.8%±9.1%， P<0.05）和克雷伯菌属（0.4%±4.2%比3.9%±7.3%， P<0.05）相对更低。与健康对照组相比，复杂性肛瘘组肠道菌群多样性更丰富，表现为ACE指数更高［（293.30±44.00）比（218.75±33.83）， t=102.069， P<0.001］，Chao指数也更高［（318.40±41.99）比（250.00±46.38）， t=77.818， P=0.028］，Shannon指数更高［（3.36±0.29）比（2.43±0.34）， t=9.657， P=0.001］；而Simpson指数更低［（0.103±0.013）比（0.131±0.013）， t=5.551， P=0.046］，差异均有统计学意义（均 P<0.05）。韦荣菌科、Selenemondales 及厌氧菌纲（均属于厚壁菌门）的菌株总体上对两组样本肠道菌群差异的影响最大（LDA 值均>4）。 结论:与健康对照组相比，复杂性肛瘘患者肠道菌群多样性更丰富，提示某些肠道菌群及其代谢产物可能在肛瘘发病中发挥了一定的作用。

目的:通过高通量测序技术比较晚发型败血症(LOS)及肺炎的早产儿肠道菌群的特点及差异，探讨肠道菌群与LOS之间的关系。方法:通过病例对照的方法，选择2018年8月至2019年10月在湖南省儿童医院新生儿科住院诊断为LOS的早产儿作为病例组( n＝8)，同时选取诊断为肺炎的早产儿作为对照组( n＝8)。收集16例早产儿入院第1次的粪便样本并提取DNA，利用PCR技术扩增目标区域DNA，使用NovaSeq 6000平台进行高通量测序，分析两组间肠道菌群的组成和多样性。 结果:(1)Alpha多样性分析显示两组间肠道菌群丰度及多样性差异无统计学意义(均 P>0.05)。(2)LOS组和对照组早产儿肠道菌群在门水平上均以厚壁菌门和变形菌门为主，在属水平上以肠球菌属、埃希菌-志贺菌属等兼性厌氧菌为优势菌群。进行Metastas统计分析，两组在门水平上菌群组成差异无统计学意义( P>0.05)。(3)在目、科、属、种水平进行Metastas统计分析，LOS组放线菌目、消化链球菌科、梭菌属相对丰度高于肺炎组，差异有统计学意义(均 P<0.05)。(4)LOS组葡萄球菌相对丰度大于对照组，但Metastas统计分析显示两组葡萄球菌相对丰度差异无统计学意义( P>0.05)。(5)8例LOS中有3例早产儿血培养阳性，分别为无乳链球菌、缓症链球菌、粪肠球菌。粪肠球菌属于肠球菌属，而肠球菌属在LOS组属于优势菌属。 结论:不同部位感染对早产儿肠道微生态存在影响。LOS与肺炎早产儿肠道菌群构成有差异。

目的:了解江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌的分布特点及分子特征。方法:2017-2021年，在小肠结肠炎耶尔森菌国家级主动监测点江苏省徐州市铜山区和盐城市东台市，采集腹泻患者粪便标本，进行耶尔森菌菌株分离；同时，收集全省哨点医院疑似耶尔森菌菌株。提取分离菌株DNA进行全基因组重测序，并上传至EnteroBase数据库进行耶尔森菌种型鉴定，原始数据经清洁和处理后进行16S核糖体RNA（16S rRNA）基因多态性分析；通过美国国家生物技术信息中心（NCBI）和病原菌毒力因子数据库（VFDB）扫描5种毒力基因（ail、ystA、ystB、yadA、virF）携带情况，同时构建K-mer树并进行基因组特征分析。结果:2017-2021年，共采集腹泻患者粪便标本2 058份，经分离鉴定，得到57株耶尔森菌；同时，通过哨点医院收集到2株耶尔森菌。经EnteroBase数据库比对，51株菌为小肠结肠炎耶尔森菌，4株菌为 Yersinia proxima，阿利克西奇耶尔森菌、马赛耶尔森菌、中间耶尔森菌及 Yersinia canariae各1株。16S rRNA基因多态性分析显示，全部菌株被聚类为3个大组，可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。51株小肠结肠炎耶尔森菌中，49株为毒力基因Ⅲ型（ail-、ystA-、ystB+、yadA-、virF-），2株为毒力基因Ⅱ型（ail+、ystA+、ystB-、yadA-、 virF-）；8株其他耶尔森菌均为毒力基因Ⅳ型（ail-、ystA-、ystB-、yadA-、virF-）。K-mer分析可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌，JS-XZ-2020001菌株与其他小肠结肠炎耶尔森菌距离较远，血清型为O8的小肠结肠炎耶尔森菌分布较集中。 结论:江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌以小肠结肠炎耶尔森菌为主，其他耶尔森菌少量并存，同时发现了 Yersinia proxima和 Yersinia canariae两个耶尔森菌新种型。小肠结肠炎耶尔森菌的毒力基因携带以Ⅲ型为主。16S rRNA基因多态性分析和K-mer分析均可有效区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。

目的:探讨先天性巨结肠（Hirschsprung disease，HD）与巨结肠小肠结肠炎（Hirschsprung-associated enterocolitis, HAEC）患儿肠道微生物群的差异及口服益生菌对肠道菌群的优化和预防HAEC的作用。方法:收集2017年10月至2020年10月在上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心住院的35例患儿共62份肠道内容物样本。将具有便秘、腹胀等症状、钡剂灌肠检查提示并通过病理诊断为HD的27例患儿作为HD术前组，其中男24例，女3例，年龄为（13.0±19.6）个月。将已诊断为HD且术前已出现发热、腹泻、腹胀、粪便奇臭等临床表现被确诊为HAEC的8例患儿作为HAEC术前组，其中男6例，女2例，年龄为（6.8±4.5 ）个月。将HD术前组患儿根据术后是否摄入益生菌分为HD术后益生菌组（15例）和HD术后对照组（12例）。利用宏基因组学技术进行DNA测序以评价各组样本肠道微生物的多样性及构成分布，并分析HD术后益生菌组和HD术后对照组的HAEC发病率、复发率等。结果:HAEC术前组患儿肠道菌群多样性明显低于无HAEC的HD术前组患儿，HD术前组的shannon指数明显高于HAEC术前组（2.049比1.226），差异具有统计学意义（ P= 0.047），simpson指数在两组之间的差异无统计学意义（0.320比0.527， P=0.07）。在菌群门水平上，变形菌门丰度在HAEC术前组比HD术前组高（45.3%比31.3%），但差异无统计学意义（ P=0.76）；放线菌门丰度在HAEC术前组比HD术前组更少（8.7%比14.1%），差异具体统计学意义（ P= 0.047 ）；拟杆菌门丰度在两组的差异无统计学意义（ P=0.100 ）。在HD术后对照组及HD术后益生菌组中，变形菌门丰度在HD术后对照组较多（39.1%比10.3%），差异无统计学意义（ P=0.085 ）；放线菌门丰度HD术后益生菌组显著高于HD术后对照组（50.4%比11.8%），差异具有统计学意义（ P= 0.003 ）。在菌群属水平上，HD术前组患儿其肠道菌群中双歧杆菌属的丰度明显较HAEC术前组高（4.3%比0.3%），差异具有统计学意义（ P=0.004），HD术后益生菌组与HD术后对照组相比双歧杆菌属的优势更加明显（48.2%比11.1%），差异具有统计学意义（ P=0.004 ）。克雷伯菌属在HAEC术前组中的丰度显著高于HD术前组，且在菌群中占较大优势（0.2%比37.5%），差异具有统计学意义（ P=0.013）。在术后HAEC的发病率方面，HD术后对照组高于HD术后益生菌组（41.7%比13.3%），益生菌的摄入可能会减少HAEC的发病率，差异无统计学意义（ P=0.185）。 结论:HD、HAEC患儿的菌群存在差异，益生菌制剂的使用可能是一种保护因素，能够减少HAEC的发生。

目的:探讨不同分娩及喂养方式对特应性皮炎（AD）婴儿肠道菌群的影响。方法:收集2019年7月至2020年12月在武汉市第一医院皮肤科就诊的33例1 ~ 12月龄AD婴儿，以30例健康婴儿为对照，AD患儿与健康对照根据不同的分娩方式和喂养方式分组。取婴儿粪便提取总DNA，PCR扩增细菌的16S rRNA基因V1 ~ V9区，应用PacBio Sequel测序仪进行高通量测序，采用Wilcoxon秩和检验比较各组菌群在属、种水平上的构成差异，选择差异菌群相对丰度与嗜酸性粒细胞计数及AD皮疹严重程度（SCORAD）评分做相关性分析。结果:顺产对照组（11例）、剖宫产对照组（19例）、顺产AD组（11例）、剖宫产AD组（22例）中相对丰度较高的5个菌属分别为双歧杆菌属、拟杆菌属、韦荣球菌属、链球菌属、大肠杆菌属。配方奶粉喂养对照组（7例）、母乳喂养对照组（12例）、混合喂养对照组（11例）、配方奶粉喂养AD组（12例）、母乳喂养AD组（8例）、混合喂养AD组（13例）中相对丰度较高的5个菌属分为双歧杆菌属、拟杆菌属、梭状芽孢杆菌属、韦荣球菌属、大肠杆菌属。线性判别分析（LEfSe）显示，不同分娩方式对照组和AD组间未见显著差异性菌群；而在不同喂养方式AD组和对照组中，配方奶粉喂养AD组阿克曼菌属、嗜黏蛋白阿克曼菌分别为属水平（LDA值= 4.78）和种水平（LDA值= 4.91）差异性最大的菌群。配方奶粉喂养AD组婴儿肠道阿克曼菌属和嗜黏蛋白阿克曼菌相对丰度（数值相等，均为9.60% ± 0.72%）均高于配方奶粉喂养对照组（均为2.50% ± 0.83%， Z = 1.66， P = 0.048）、混合喂养AD组（丰度值均为0， Z = 2.26， P = 0.012）及母乳喂养AD组（丰度值均为0， Z = 1.85， P = 0.032）。AD患儿中肠道阿克曼菌属及嗜黏蛋白阿克曼菌的相对丰度与SCORAD评分均呈正相关（ ρ = 0.384、0.387，均 P < 0.05）。 结论:不同分娩方式对AD及健康婴儿肠道菌群影响无显著差异，配方奶粉喂养AD患儿肠道阿克曼菌属和嗜黏蛋白阿克曼菌相对丰度升高，可能参与AD的发病。