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粪便标志物DNA和RNA筛查结直肠癌特性分析
编辑人员丨5天前
我国结直肠癌的发病率和死亡率逐年升高,目前缺乏有效无创、依从性高的结直肠癌筛查方法。粪便DNA和RNA检测是近年新兴的非侵入性结直肠癌筛查手段,尤其是粪便多靶点DNA和微小RNA(miRNA)检测具有无创无痛、敏感性高、安全方便等特点,能在很大程度上弥补传统筛查方法的不足。国外已将粪便多靶点DNA检测纳入结直肠癌的筛查指南,但其也存在特异性低、价格昂贵、癌前病变检出率低等不足。粪便miRNA检测具有敏感性和特异性较高(miR-451)、癌前病变检出率高(miR-92a)等优势,但缺乏大样本、多中心的循证医学证据支持。本文对粪便标志物DNA和RNA筛查结直肠癌进展进行综述,重点介绍粪便多靶点DNA和miRNA检测的特性。
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编辑人员丨5天前
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CRL4B复合物抑制分泌型卷曲相关蛋白1促进胰腺癌的发生发展
编辑人员丨5天前
目的:探讨CRL4B复合物在胰腺癌发生发展中的作用及其分子机制。方法:将胰腺癌细胞分为对照组(转染阴性对照慢病毒)、shCUL4B组(转染CUL4B慢病毒)、shDDB1组[转染DNA损伤结合蛋白1(DDB1)慢病毒]和shCUL4B+siSFRP1组[转染CUL4B慢病毒+分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)-siRNA]。对敲低CUL4B和DDB1的胰腺癌细胞系进行RNA测序(RNA-seq),寻找CRL4B复合物调控的靶基因,采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测靶基因mRNA的表达,染色质免疫共沉淀(ChIP)-PCR实验鉴定CRL4B复合物直接调控的靶基因,Western blot法检测上皮-间充质转化(EMT)标志物蛋白的表达水平,EdU细胞增殖实验检测细胞增殖能力,划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力。采用GEO、TCGA和GTEx数据库中胰腺癌相关肿瘤样本和正常组织样本的测序数据,分析CUL4B、DDB1和其下游靶基因的表达相关性。结果:RNA-seq结果显示,CRL4B复合物调控的靶基因涉及多种恶性肿瘤相关信号通路。qRT-PCR检测结果显示,shCUL4B和shDDB1组待验证靶基因的mRNA表达水平均高于对照组,差异有统计学意义(均 P<0.05)。ChIP-PCR实验结果显示,CRL4B复合物直接结合在NME1和SFRP1靶基因启动子区,敲低CUL4B的表达后,靶基因启动子区域组蛋白H2A第119位赖氨酸单泛素化富集减少。对照组PANC-1细胞增殖率为(32.10±3.58)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(13.95±1.66)%和(22.38±0.77)%,均 P<0.05];对照组AsPC-1细胞增殖率为(35.47±7.80)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(19.60±3.58)%和(30.09±0.81)%,均 P<0.05]。细胞划痕实验显示,对照组PANC-1细胞迁移率为(53.18±3.70)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(17.46±2.62)%和(44.99±9.18)%,均 P<0.05]。Western blot结果显示,对照组细胞上皮标志物α-catenin和γ-catenin的表达分别为1.00±0.03和1.01±0.11),低于shCUL4B组(分别为1.44±0.01和1.21±0.06,均 P<0.05),对照组细胞间充质标志物Fibronectin和Vimentin表达水平分别为1.01±0.14和1.02±0.18,高于shCUL4B+siSFRP1组(分别为1.53±0.13和1.22±0.07,均 P<0.05)。对照组细胞的迁移率为(100.00±3.96)%,与shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(35.49±0.34)%和(107.06±2.77)%]比较,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。CUL4B和DDB1在胰腺癌中表达升高,且与SFRP1的表达呈负相关( r分别为-0.342和-0.264)。 结论:胰腺癌中CRL4B复合物转录抑制靶基因SFRP1进而促进胰腺癌的发生发展,且CRL4B复合物在胰腺癌中的高表达支持了其作为胰腺癌治疗的潜在靶点。
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编辑人员丨5天前
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Delta样典型Notch配体3基因在脑胶质瘤中的表达及其临床意义
编辑人员丨5天前
目的:研究Delta样典型Notch配体3(DLL3)基因在脑胶质瘤中的表达特征及其临床意义,进而探索其在脑胶质瘤中的生物学功能。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库(CGGA)的两套mRNA测序数据集及其匹配的临床数据,其中数据集1包含325例样本,数据集2包含693例样本。应用R软件分析DLL3在不同世界卫生组织(WHO)分级、不同分子分型脑胶质瘤的表达模式,并应用免疫组织化学染色检测方法验证DLL3蛋白在不同WHO级别脑胶质瘤中的表达水平。通过Kaplan-Meier生存曲线评价DLL3不同表达水平的脑胶质瘤患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析法分析影响脑胶质瘤患者总体生存期的因素。通过Pearson相关性检验分析与DLL3表达相关的基因。采用功能富集分析方法分析与DLL3表达相关基因的生物学功能。结果:在数据集1中,DLL3的表达随着WHO级别的升高而下调,差异有统计学意义( P<0.001);DLL3在异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变型患者中的表达量高于IDH野生型患者( P<0.001);DLL3在IDH野生型患者中的表达量低于IDH突变型且染色体1p/19q共缺失患者和IDH突变型且染色体1p/19q非共缺失患者( P<0.001);DLL3在O 6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化患者中的表达量高于非甲基化患者( P<0.001);通过免疫组织化学染色方法验证DLL3表达随着WHO级别的升高而下调( P<0.01);DLL3的上述结果在数据集2中得到相似结果。在两个数据集中,DLL3高表达组患者的总体生存期均长于低表达组患者(均 P<0.01)。多因素Cox回归分析结果显示,WHO分级(WHO Ⅲ级: HR=2.861,95% CI:1.910~4.287;Ⅳ级: HR=4.655,95% CI:3.010~7.199)、染色体1p/19q共缺失( HR=0.439,95% CI:0.293~0.657)以及DLL3高表达( HR=0.593,95% CI:0.427~0.823)均为脑胶质瘤患者预后的独立影响因素(均 P<0.001)。与DLL3表达相关的基因有661个(| r|≥0.4, P<0.05);生物信息学分析提示,DLL3可能与脑胶质瘤患者的轴突发生、突触组织、负向调控神经系统发育等功能相关。 结论:随着脑胶质瘤病理学级别的升高,DLL3的表达水平下调;DLL3表达水平与脑胶质瘤患者的生存期密切相关,可作为判断脑胶质瘤患者预后的潜在指标和治疗靶点。
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编辑人员丨5天前
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药物相关性分子靶标检测在儿童恶性实体肿瘤个体化治疗中的初步应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨药物相关性分子靶标检测对儿童恶性实体肿瘤个体化治疗的指导作用。方法:回顾性分析2017年6月至2019年3月首都医科大学附属北京同仁医院40例恶性实体肿瘤患儿的临床资料。应用免疫组织化学、聚合酶链反应及测序方法对相关的肿瘤药物分子靶标的表达量及突变进行测定,比较不同靶标所对应的抗肿瘤药物对实体肿瘤的化疗有效率及毒副反应发生率。结果:40份肿瘤组织样本中,共检测出4个肿瘤药物相关靶点,分别为DNA拓扑异构酶-ⅡA(TOPOⅡA)、β 3-微管蛋白(Tubulinβ 3)、DNA拓扑异构酶-Ⅰ(TOPOⅠ)和二氢叶酸还原酶基因位点多态性[DHFR (C829T)]。铂类、甲氨喋呤、伊立替康、长春碱类和蒽环类化疗药物对儿童恶性实体肿瘤的化疗有效率分别为90.0% (36/40)、85.0% (34/40)、70.0% (28/40)、67.5% (27/40)、62.5% (25/40)。伊立替康、甲氨蝶呤、长春碱类对间叶源性肿瘤的化疗有效率分别为68.9%(20/29)、62.1%(18/29)、68.9%(20/29),显著高于非间叶源性肿瘤的18.2%(2/11)、36.4%(4/11)、36.4%(4/11),差异均有统计学意义(χ 2=5.487、15.345、17.278,均 P<0.05),铂类药物对非间叶源性肿瘤的化疗有效率为72.3%(8/11),显著高于间叶源性肿瘤的58.6%(17/29),差异有统计学意义(χ 2=11.231, P<0.05)。毒副反应强度从大到小依次为蒽环类>铂类>甲氨喋呤>长春碱>伊立替康。 结论:对不同肿瘤药物相关分子靶标、不同源性肿瘤对同一抗肿瘤药物的敏感性及毒副反应进行了预测,为个体化治疗儿童恶性肿瘤提供了一定的理论基础与临床依据。
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编辑人员丨5天前
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恶性孤立性纤维性肿瘤临床病理及分子遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨恶性孤立性纤维性肿瘤(malignant solitary fibrous tumor,MSFT)的临床病理、免疫表型及分子遗传学特征。方法:收集2018年7月至2020年12月郑州大学第一附属医院诊断的MSFT病例7例,并行免疫组织化学及RNA-based和DNA-based二代测序检测。结果:7例患者中,男性5例,女性2例;中位年龄53岁(37~69岁);肿瘤原发于颅底2例,原发于小脑幕、顶枕叶、枕部、胸腔、臀部各1例;肿瘤最大径2.5~20.0 cm。镜下可见典型血管外皮瘤样结构,细胞密度丰富,呈梭形或卵圆形,异型性大,可见坏死和核分裂象(>4个/10 HPF),2例可见经典孤立性纤维性肿瘤形态与去分化区域并存。免疫组织化学结果显示CD34(6/7)、STAT6(7/7)、bcl-2(7/7)阳性表达,S-100蛋白(7/7)阴性表达,广谱细胞角蛋白或上皮细胞膜抗原均有不同程度的阳性表达,p53表现为突变型(3/7),Ki-67阳性指数均大于10%;7例均检测到NAB2-STAT6基因融合,其中4例还分别检测到ZNF415-FGFR1、COPG1-MET、IPO11-LRRC70_ncRNA-PLAG1和Clorf198-CD274(PD-L1)基因融合,同时发现7例均存在NOTCH1基因突变,其中4例也存在TP53基因突变;7例TERT启动子突变结果均为阴性。结论:MSFT较罕见,需与多种梭形细胞肿瘤鉴别,尤其当肿瘤表达上皮标志物时,易误诊为肉瘤样癌、滑膜肉瘤等,免疫组织化学及NAB2-STAT6融合基因分子检测具有重要的诊断价值;NOTCH1突变和TP53突变与MSFT的进展可能有关;部分病例存在FGFR1基因融合和MET基因融合,可能成为其潜在的治疗靶点。
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编辑人员丨5天前
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基于生物信息学研究CXCL13在非小细胞肺癌中的作用
编辑人员丨5天前
目的:利用生物信息学,研究CXCL13在非小细胞肺癌(NSCLC)中的作用。方法:利用Gepia数据库分析CXCL13在NSCLC患者中mRNA表达。利用Proteinatlas数据库分析CXCL13在NSCLC患者肺中蛋白表达水平并对肺腺癌(LUAD)与肺鳞癌(LUSC)中检测进行比较。通过网页工具TIMER研究CXCL13在NSCLC患者免疫浸润中的作用。CancerSEA分析CXCL13在不同GEO数据集中表达。利用Ualcan数据库分析CXCL13在NSCLC中启动子甲基化情况。结果:Gepia结果显示CXCL13在NSCLC中mRNA的表达明显高于正常组。Proteinatlas结果显示NSCLC癌组织中CXCL13蛋白表达高于正常肺组织。TIMER分析结果显示CXCL13的表达在NSCLC患者中肿瘤纯度呈负相关,与NSCLC患者的B细胞、T细胞CD8 +细胞、Tregs细胞浸润呈正相关( P<0.05),但相关程度比较低( Rho<0.7)。经多因素Cox回归分析,CXCL13高表达合并高水平T细胞CD8 +细胞浸润组LUSC患者预后好于CXCL13高表达合并低水平T细胞CD8 +细胞浸润组( P<0.05),CXCL13高表达合并低水平Tregs细胞浸润组LUSC患者预后好于CXCL13高表达合并高水平Tregs细胞浸润组( P<0.05)。CancerSEA分析显示CXCL13表达在NSCLC与转移和侵袭呈正相关,与DNA修复呈负相关。Ualcan分析显示CXCL13在LUAD患者中启动子甲基化呈高甲基化状态,在LUSC患者中呈低甲基化状态。 结论:CXCL13参与NSCLC免疫细胞浸润和肿瘤细胞功能,CXCL13也许可以作为NSCLC免疫治疗的靶点之一。
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编辑人员丨5天前
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粪便多靶点DNA与粪便潜血联合检测技术对结直肠癌早诊早筛的诊断价值分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨多靶点粪便DNA与粪便潜血(FIT-DNA)联合检测技术对结直肠癌及进展期腺瘤的临床诊断价值。方法:纳入中国医学科学院肿瘤医院2021年4月至2022年1月拟行肠镜检查的门诊筛查患者及结直肠外科待手术的肠癌患者235例,其中男141例,女94例,年龄22~86(55±13)岁。包括初诊未治疗组215例(结直肠癌患者86例、进展期腺瘤患者12例、非进展期腺瘤患者25例、一般性息肉患者8例、表观健康人84名)和干扰组20例(既往行结直肠癌根治术患者2例、既往行内镜黏膜剥离术患者6例、非肠癌的特殊疾病患者4例以及行新辅助放化疗的肠癌患者8例)。取肠道准备前的新鲜粪便样本进行FIT-DNA联合检测,样本处理和核酸纯化采用FIT-DNA 检测试剂盒;采用荧光探针法检测KRAS突变和BMP3、NDRG4基因甲基化;采用免疫法检测便潜血。以结直肠镜或病理活检结果为金标准,采用受试者工作特征(ROC)曲线评估FIT-DNA联合检测技术对结直肠癌及进展期腺瘤的筛查及诊断效能。结果:FIT-DNA联合检测技术对早期结直肠癌和进展期腺瘤的筛查灵敏度分别为7/7和8/12,阴性预测值分别为98.1%(104/106)和93.7%(104/111);对早期结直肠癌和进展期腺瘤的总体筛查灵敏度为15/19,阴性预测值为96.3%(104/108);曲线下面积(AUC)分别为0.982(95% CI:0.960~1.000, P<0.05)、0.758(95% CI:0.592~0.924, P<0.05)和0.841(95% CI:0.724~0.957, P<0.05)。FIT-DNA联合检测技术对结直肠癌的诊断灵敏度为98.8%(85/86),对进展期腺瘤的诊断灵敏度为8/12,对结直肠癌和进展期腺瘤的总体诊断灵敏度为94.9%(93/98),特异度为88.9%(104/117);AUC分别为0.968(95% CI:0.937~0.997, P<0.05)、0.758(95% CI:0.592~0.924, P<0.05)和0.942(95% CI:0.905~0.979, P<0.05)。纳入干扰组后,FIT-DNA 联合检测技术的总体诊断灵敏度为91.6%(98/107),特异度为89.1%(114/128)。 结论:FIT-DNA 联合检测技术对结直肠癌具有较高的早期筛查效能和诊断效能。
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编辑人员丨5天前
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晚期结直肠癌西妥昔单抗治疗前后循环肿瘤DNA、循环B细胞特异性莫洛尼白血病病毒插入位点1 mRNA和微小RNA-21水平变化
编辑人员丨5天前
目的:探讨晚期结直肠癌表皮生长因子受体(EGFR)单克隆抗体治疗前后循环肿瘤DNA(ctDNA)、循环B细胞特异性莫洛尼白血病病毒插入位点1 mRNA(Bmi-1mRNA)、微小RNA-21(miR-21)变化及与治疗反应性的关联性。方法:回顾性分析2019年3月至2021年3月烟台毓璜顶医院98例晚期结直肠癌患者的临床资料。西妥昔单抗治疗后完全缓解4例,部分缓解26例,疾病稳定39例,疾病进展29例。将完全缓解和部分缓解作为缓解组(30例),疾病稳定和疾病进展作为未缓解组(68例)。治疗前和治疗2个周期后采用高通量测序方法检测血浆ctDNA水平,采用实时荧光定量聚合酶链反应法检测Bmi-1mRNA和miR-21水平。采用Spearman相关性分析治疗2个周期后ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21与治疗反应性的关系;采用多因素Logistic回归分析影响治疗反应性的独立危险因素;绘制受试者工作特征(ROC)曲线,评估治疗2个周期后ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21预测缓解的价值。结果:两组治疗前ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21比较差异无统计学意义( P>0.05);缓解组治疗2个周期后ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21明显低于未缓解组[(10.03 ± 3.32)μg/L比(15.33 ± 5.14)μg/L、0.13 ± 0.04比0.19 ± 0.05和0.81 ± 0.26比1.08 ± 0.24],差异有统计学意义( P<0.01)。Spearman相关性分析结果显示,ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21与治疗反应性呈负相关( r= -0.500、-0.506和-0.531, P<0.01)。多因素Logistic回归分析结果显示,控制远处转移器官数量和临床分期后,ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21仍是影响晚期结直肠癌患者治疗反应性的独立危险因素( OR = 3.342、2.725和1.838,95% CI 3.116~3.584、2.647~2.805和1.768~1.911, P<0.01)。ROC曲线分析结果显示,治疗2个周期后ctDNA、Bmi-1mRNA联合miR-21预测治疗反应性的曲线下面积最大为0.922。 结论:晚期结直肠癌患者EGFR单克隆抗体治疗前后ctDNA、Bmi-1mRNA和miR-21变化与治疗反应性有关,联合检测有利于筛查EGFR靶向治疗的敏感患者,并能为寻找晚期结直肠癌分子干预新靶点提供参考。
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编辑人员丨5天前
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靶向测序技术检测成人型胶质瘤多靶点拷贝数变异的研究
编辑人员丨5天前
目的:建立一种成人型胶质瘤临床样本多靶点(1号、19号、7号、10号染色体,EGFR、CDKN2A/B基因)拷贝数变异并行的检测方法。方法:基于二代测序技术建立拷贝数靶向测序方法,采用5个经全外显子测序已明确拷贝数变异信息的临床样本为标准样本,通过检测1号、19号、7号、10号染色体,EGFR、CDKN2A/B基因拷贝数的多种变异情况,评估拷贝数靶向测序方法的准确性;通过原位荧光杂交方法评估这一检测方法对CDKN2A/B基因杂合性和纯合性缺失的鉴别能力;通过回顾性收集中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库中的77例临床样本,对这一方法的临床实用性进行评估。结果:所建立的拷贝数靶向测序方法可以准确检测出5个标准样本中1号、19号、7号、10号染色体,EGFR、CDKN2A/B基因拷贝数的变异情况。通过与原位荧光杂交检测结果进行比对,发现拷贝数靶向测序方法可准确鉴别CDKN2A/B基因的纯合性缺失和杂合性缺失。针对CGGA数据库中临床样本的检测结果显示,采用拷贝数靶向测序方法可完成对77例临床样本的1号、19号、7号、10号染色体,EGFR、CDKN2A/B基因的检测需求,根据检测结果可将77例样本按照2021版世界卫生组织中枢神经系统肿瘤分类方法进行精准分类和分级。结论:基于二代测序技术建立的拷贝数靶向测序方法可以同时检测胶质瘤样本多靶点(1号、19号、7号、10号染色体,EGFR、CDKN2A/B基因)拷贝数的变异,适合作为临床分子病理学常规检测技术。
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编辑人员丨5天前
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淋巴瘤表观遗传学研究进展
编辑人员丨5天前
随着对包括淋巴瘤在内的各种肿瘤发病机制研究的不断深入,发现除染色体数目异常、基因易位、突变外,表观遗传学的重要作用也日益凸显。基于二代测序技术衍生的多种表观遗传修饰相关的高通量检测技术使得人们可以更全面地检测和研究淋巴瘤中存在的表观遗传(DNA、组蛋白、微RNA等)修饰异常。研究成果显示,表观遗传学修饰广泛影响淋巴瘤的发病、复发进展、耐药等,最终可为淋巴瘤的治疗提供新思路和新靶点。文章结合第61届美国血液学会(ASH)年会报道对淋巴瘤表观遗传学的相关研究进展进行介绍。
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编辑人员丨5天前
