本研究以福建三明森林生态系统国家野外观测研究站的青冈、格氏栲、马尾松、闽楠、香樟林5种人工林为研究对象,分析了 0～10 cm表层土壤微生物呼吸对葡萄糖添加的代谢响应.结果表明:与对照相比,葡萄糖添加使土壤微生物呼吸提高了 82.4％～349.5％,不同树种间差异显著.对照中,土壤微生物呼吸与微生物生物量、土壤有机碳及真菌/细菌有显著的相关关系,表明在没有活性碳供应时,微生物代谢受土壤有机碳含量的调控,且与土壤微生物生物量和群落结构有关.在葡萄糖添加处理中,土壤微生物呼吸与土壤总氮、溶解性有机氮和矿质氮呈显著正相关,表明当活性碳供应充足时,微生物代谢主要受土壤氮含量及其有效性制约.微生物呼吸的代谢响应,即葡萄糖添加处理与对照土壤微生物呼吸的比值,主要受土壤碳氮比的影响,呈现出微生物代谢响应随土壤碳氮比的下降而升高.此外,土壤pH也是影响微生物代谢响应的重要因素.土壤碳、氮含量及有效性对微生物呼吸的影响依赖于微生物是否受碳限制,土壤碳含量调控了碳限制时的微生物呼吸,而土壤氮含量及有效性调控了碳限制解除后的微生物呼吸.

近年来,微生物在眼部的作用日益受到重视.传统的眼部微生物鉴定主要集中于涂片、细菌培养等检查手段,但受到培养条件等各种因素限制导致阳性率低.随着人类宏基因组计划的启动实施,高通量测序技术因其通量高、灵敏度及特异性高、信息量丰富、成本低的特点可将微生物群落定义到属、种水平,有助于更好的理解眼部疾病的病因、诊断、治疗及预防,推动眼科实现精准化医疗进程.由于眼部与鼻部在解剖结构上相通,本文旨在探讨眼部和鼻部微生物菌群策略的研究进展及眼-鼻区系微生物可能的传播途径,为眼鼻相关疾病的研究提供基础.

目的:创伤和危重症可能影响微生物群。许多关于危重症微生物群的研究局限于单一身体部位或时间点，并受先前存在疾病的影响。本研究报道既往体健儿童发生严重创伤性脑损伤(traumatic brain injury，TBI)后微生物群的时间和空间变化。设计:研究人员于入院72 h内收集患儿口腔、直肠和皮肤拭子标本，之后每周采集两次至患儿离开PICU。采用16S rRNA基因扩增测序法分析样本。择期门诊手术患儿为对照组。采用Phyloseq进行α和β多样性比较，采用微生物组组成分析法预测群落丰度差异。场所:5家4级监护PICU。对象:因严重TBI需要放置颅内压监测装置的18岁以下患儿。干预措施:无。测量方法与主要结果:共分析来自23例TBI患儿和35例对照组儿童的327份样本。TBI组和对照组患儿初始口腔( F＝3.275 6， R2＝0.053 5， P＝0.012)和直肠( F＝3.070 2， R2＝0.064 9， P＝0.007)微生物群落组成不同。TBI患儿直肠标本中瘤胃球菌科、拟杆菌科和毛螺菌科的共生菌减少，葡萄球菌科菌增多( P<0.05)。探索性分析发现，抗生素暴露、气管插管和感染与TBI组和对照组患儿组间直肠和口腔微生物群差异增大有关，而肠内营养则与差异缩小有关( P<0.05)。 结论:严重TBI患儿微生物群变化特点为共生细菌早期减少、位置特异性丧失，以及潜在致病菌增多。需要更多研究来确定这些变化对临床预后的影响。

目的:探讨人乳头瘤病毒（HPV）16亚型感染的子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群的分布及特征。方法:前瞻性横断面研究。选取2019年8月至2020年6月就诊于中国医学科学院肿瘤医院的6例HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者（子宫颈癌组），选取同期体检人群中液基薄层细胞学检查未见异常且HPV阴性6名健康女性为健康对照组。患者抗肿瘤治疗前、健康对照者体检时用无菌棉拭子采集子宫颈后穹窿处分泌物，采用高通量测序技术扩增细菌16S rRNA基因V1-V2高变区，分析菌群分布及特征。结果:子宫颈癌组和健康对照组年龄分别为（51±8）岁、（48±3）岁，差异无统计学意义（ t=0.63， P=0.540），两组均有孕产史，无吸烟史。α多样性分析结果显示，与健康对照组比较，子宫颈癌组sobs指数（ t=3.25， P=0.009）及chao指数（ t=2.91， P=0.016）均高，差异均有统计学意义；子宫颈癌组shannon指数高（ t=2.07， P=0.065），simpson指数低（ t=1.74， P=0.113），但差异均无统计学意义。采用基于bray-curtis距离的主坐标分析（PCoA）进行数据降维分析显示，子宫颈癌组与健康对照组间β多样性差异具有统计学意义（ R2=0.154， P=0.018）。门水平上，与健康对照组相比，子宫颈癌组厚壁菌门占比低（30.21%比68.28%），拟杆菌门占比略低（6.87%比8.11%），而放线菌门（26.91%比14.42%）及变形菌门（27.33%比0.67%）占比高。属水平上，与健康对照组相比，子宫颈癌组乳杆菌属及棒状菌属占比低，失去优势菌群，而红球菌属、克雷伯菌属、气球菌属等占比明显高，且子宫颈癌组菌群种类较健康对照组多。线性判别分析（LDA）显示，属水平上，红球菌属（LDA=5.04）、克雷伯菌属（LDA=4.71）、肠杆菌属（LDA=4.29）、罗尔斯通菌属（LDA=4.28）、苍白杆菌属（LDA=4.23）、韦荣球菌属（LDA=4.14）为子宫颈癌组特征菌群；门水平上，健康对照组厚壁菌门（LDA=5.23）可为标志性物种；种水平上，子宫颈癌组红球菌（ P=0.025）、罗尔斯通菌（ P=0.045）、韦荣氏球菌（ P=0.044）、卡氏伯克霍尔德菌（ P=0.045）、假单胞菌（ P=0.043）等均较健康对照组多，差异均有统计学意义。 结论:HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群多样性、丰富度较健康女性增加，乳杆菌属丰度下降；红球菌属、克雷伯菌属可作为其标志性下生殖道菌群，但仍需进一步验证。

目的:探讨慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者鼻腔微生物多样性，以及术后复发者鼻腔微生物组学特征和炎性细胞及因子特点，以了解微生物组学因素对CRSwNP手术预后的影响。方法:2017年12月至2018年12月期间，招募于四川大学华西医院耳鼻咽喉科接受手术治疗的77例CRSwNP患者，其中男34例，女43例，年龄29~76岁。收集患者的鼻腔分泌物和鼻息肉组织。于分泌物中提取鼻腔微生物DNA，基于16S核糖体RNA（16S rRNA）进行高通量测序，检测细菌群落组成。使用Luminex分析鼻息肉组织中白细胞介素（IL）-5、IL-8、IL-17A、IL-17E、IL-18、IL-27和干扰素γ（IFN-γ）等细胞因子。计数外周血和鼻息肉组织中嗜酸粒细胞和中性粒细胞含量。术后随访1年，记录鼻息肉的复发情况，分析鼻息肉复发与炎性因子、炎性细胞计数及鼻腔微生物多样性特征的相关性。对二分类变量采用卡方检验，对连续变量采用Mann-Whitney U检验，两组之间平均相对丰度的差异比较采用Wilcoxon秩和检验。结果:随访1年时复发患者12例，其中男5例，女7例。复发组与未复发组患者在年龄、性别、哮喘、变应性鼻炎、湿疹等方面的差异无统计学意义。复发组的鼻部症状总分［42.3（30.2，67.1）， M（ Q1， Q3），后同］明显高于未复发组［37.8（29.4，50.3）］， Z=-4.930， P<0.001。鼻息肉组织中，复发组患者嗜酸粒细胞［40.83（22.33，102.00）个/HP，HP为高倍视野，后同］和中性粒细胞［30.83（20.33，56.44）个/HP］数量显著高于未复发组［13.72（13.50，48.33）个/HP和18.50（12.00，26.08）个/HP， Z值分别为-6.997、-8.243， P值均<0.001］。复发组IFN-γ、IL-17A、IL-17E、IL-18的表达量明显高于未复发组，但阳性率差异无统计学意义。属水平上，未复发组患者鼻腔棒状杆菌属的平均相对丰度为（11.90±20.31）%，高于复发组的（0.15±0.20）%，但校正后差异无统计学意义（FDR P=0.638）。未复发组葡萄球菌属平均相对丰度为（8.17±27.70）%，低于复发组的（8.99±15.89）%，但校正后差异无统计学意义（FDR P=0.638）。 结论:CRSwNP患者中性粒细胞介导的炎性反应与鼻息肉复发密切相关。鼻内镜术后鼻息肉的复发可能与保护性微生物丰度的减少和致病微生物数量的增加有关。

目的:探究平潭东岸近岸海水中的主要细菌种类、分布及其与人类健康的关系。方法:采用基因测序和细菌培养的方法，对平潭东岸近岸提取的7个海水样本进行微生物学分析。结果:采样时，平潭沿岸海水的气温为28.00 ℃，水温为24.30 ℃，溶解氧浓度为8.76 mg/L；码头水温为26.60 ℃，溶解氧浓度为7.12 mg/L。海水细菌培养后，共分离出29株弧菌科细菌，包括溶藻弧菌、副溶血弧菌和沙鱼弧菌等，以及20种其他科细菌，包括大肠埃希菌、阴沟杆菌和粪肠球菌等致病菌。海水细菌基因测序显示，变形菌门在平潭东岸近岸海水中约占70%；弧菌属在平潭东北区域海水中占26.08%～31.14%。结论:平潭东岸近岸海水中的细菌主要是革兰阴性菌，以弧菌为主。在进行海水浸泡伤的救治时，应优先考虑针对革兰阴性菌的抗生素。

目的:探讨白癜风患者肠道微生物菌群特点，分析肠道菌群变化与白癜风发病的关系，为临床治疗提供新思路。方法:2017年4－12月，杭州市第三人民医院皮肤科收集30例白癜风患者及30例健康对照粪便标本，通过Roche/45高通量测序平台对其16S rRNA V3区进行定性分析；用宏基因组学对5例白癜风患者粪便及5例健康对照者粪便进行分析，明确其潜在调控通路。结果:与健康对照比较，白癜风患者粪便中细菌物种相似，但白癜风患者肠道微生物多样性富集明显减少( P<0.05)；在门水平上，变形杆菌和梭杆菌丰度明显降低；在属水平上，7个种属(拟杆菌、大肠杆菌志贺菌、罗氏囊菌、相炭疽杆菌、梭杆菌、柔膜细菌-RF9、普氏菌-7)丰度明显降低( P<0.05)，4个种属(瘤胃球菌-1、瘤胃球菌科UCG、毛螺菌科、链球菌)明显增加( P<0.05)；链球菌属及相炭疽杆菌在白癜风患者表达差异尤为明显，前者增加10.8倍，后者减少6.517倍。通过构建一个基于11个白癜风相关属的肠道微生物菌群的随机森林模型，显示该判别模型在ROC中AUC为0.89；宏基因组分析显示，白癜风相关菌群失调主要与免疫相关通路(如WNT通路、Notch通路等)、能量代谢、线粒体功能、氨基酸代谢(如苯丙氨酸代谢)通路相关。 结论:白癜风患者肠道微生态环境中细菌群落多样性与健康对照存在明显差异，其菌群失调可能参与白癜风的发病发展，补充益生菌可能有益于白癜风治疗。

目的:探讨肺炎型肺癌患者支气管肺泡灌洗液(BALF)中微生物菌群的多样性和群落差异等特征及其临床意义。方法:以回顾性研究方法采集9例肺炎型肺癌、11例结节型(最大径≤3 cm)早期肺癌患者与7例健康人的BALF，提取BALF菌群的总DNA，经通用引物扩增16s rRNA基因，利用高通量测序平台进行细菌16S rRNA基因(V3-V4)区高通量二代测序(NGS)分析后，分析微生物菌群分数量及分布特征，并比较肺炎型、结节型肺癌患者及对照组3组间BALF中微生物菌群差异。采用受试者工作特征曲线(ROC)检测肺炎型肺癌诊断预测价值。结果:肺炎型组患者BALF中中位细菌序列数量为9 235(3 498，30 743)，高于对照组[382(98，2 508)]及结节型组[486(96，780)]( P值均＝0.001)；中位细菌菌种种类肺炎型组[9(6.5，10.5)]高于对照组[2(2，6)]及结节型组[4(2，7)]，肺炎型组较对照组和结节型组细菌菌种增多( P＝0.015及 P＝0.021)；肺炎型组中肺炎链球菌属、普雷沃菌属的检出阳性率(9/9，100.0%)、(8/9，88.9%)，均高于对照组(3/7，42.9%)、(2/7，28.6%)及结节型组(4/11，36.4%)、(4/11，36.4%)( P值均<0.05)；肺炎型组检出占优势菌黑普雷沃菌8例(8/9，88.9%)，较结节型组3例(3/11，27.3%)及对照组1例(1/7，14.3%)优势患者占比增高，差异有统计学意义( P值均<0.01)；产黑普雷沃菌序列数为2 392(521.3，11 715)高于对照组(219)及结节型组[48(9，498)]( P值均<0.05)。以普雷沃菌属序列数占比为37.3%或产黑普雷沃菌序列数263为临界值，预测肺炎型肺癌诊断的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.84(0.663，1.000， P＝0.004 7)和0.92(0.785，1.000， P＝0.000 5)。 结论:肺炎型肺癌患者下呼吸道微生物菌属菌种、数量较健康人复杂，微生物菌群种群分布与局部早期肺癌患者及健康对照组存在差异，其中以普雷沃菌属及产黑普雷沃细菌分布较为普遍，占明显优势，普雷沃菌属占比及产黑普雷沃细菌序列数对肺炎型肺癌可能具有一定的诊断预测价值。

眼表直接暴露在外部环境中，容易受到各种抗原和病原体的影响，眼表微生物群参与免疫耐受、代谢和上皮屏障功能的调节。微生物组成在维持健康和疾病发生中都起着重要作用，微生物分布失衡可能导致某些疾病的发生。体内微生物的组成主要是细菌。在微生物组学研究中，最初主要集中在胃肠道、口腔、鼻腔、皮肤和泌尿生殖道5个部位。随着16S核糖体核糖核酸基因(16SrRNA)高通量测序及宏基因测序分子生物学检测技术的发展，眼表细菌群落与疾病的关系成为研究热点。眼表不同部位细菌群落的分布有一定差异，菌群存在也具有垂直分布的特点。年龄、性别、地理环境等因素对眼表菌群的组成和功能有一定影响，眼局部重复使用抗生素可增加眼表的耐药菌群。不同类型的干眼、角膜炎、睑缘炎等眼表疾病与眼表菌群的改变有一定关系。本文主要就正常眼表菌群的组成、分布、影响因素及眼表菌群与干眼、角膜炎、睑缘炎等眼表疾病的关系进行综述，以期为眼表疾病发生机制的研究提供新的认识，同时为眼表疾病的治疗提供指导依据。

人类肠道中复杂的微生物群落与宿主共存以维持体内平衡。通过宏基因组学、代谢组学分析，肠道菌群结构、多样性失衡，某些细菌的成分、代谢产物以及其介导的信号通路参与了多种疾病的发生和发展，尤其是在多病共存的老年人群中，肠道微生物是影响衰老相关疾病的重要因素之一，为老年人治疗模式提供了新的思路。现从老年人群的肠道菌群组成、与宿主的相互作用、常见老年人疾病菌群特征、致病机制方面进行综述。