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宏基因组二代测序辅助诊断创伤弧菌感染1例
编辑人员丨22小时前
创伤弧菌是一种嗜盐嗜温的革兰阴性杆菌,感染后导致的创伤弧菌脓毒症病情进展迅速,短期内即可发展为脓毒性休克甚至多脏器功能衰竭 [1]。因此,早期明确感染病原体,对患者预后至关重要。现将南京医科大学附属南京医院通过血及创口分泌物经宏基因二代测序(metagenomics next-generation sequencing, mNGS)确诊的1例创伤弧菌导致的脓毒性休克病例报告如下。本研究病例均均获得患者/家属同意(伦理审批号:KY20201102-03)。
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编辑人员丨22小时前
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平潭东岸近岸海水中细菌群落特征分析
编辑人员丨22小时前
目的:探究平潭东岸近岸海水中的主要细菌种类、分布及其与人类健康的关系。方法:采用基因测序和细菌培养的方法,对平潭东岸近岸提取的7个海水样本进行微生物学分析。结果:采样时,平潭沿岸海水的气温为28.00 ℃,水温为24.30 ℃,溶解氧浓度为8.76 mg/L;码头水温为26.60 ℃,溶解氧浓度为7.12 mg/L。海水细菌培养后,共分离出29株弧菌科细菌,包括溶藻弧菌、副溶血弧菌和沙鱼弧菌等,以及20种其他科细菌,包括大肠埃希菌、阴沟杆菌和粪肠球菌等致病菌。海水细菌基因测序显示,变形菌门在平潭东岸近岸海水中约占70%;弧菌属在平潭东北区域海水中占26.08%~31.14%。结论:平潭东岸近岸海水中的细菌主要是革兰阴性菌,以弧菌为主。在进行海水浸泡伤的救治时,应优先考虑针对革兰阴性菌的抗生素。
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编辑人员丨22小时前
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基于16S核糖体RNA高通量测序的严重烧伤患者早期肠道菌群变化分析及代谢功能预测的前瞻性研究
编辑人员丨23小时前
目的:基于16S核糖体RNA(16S rRNA)高通量测序分析严重烧伤患者早期肠道菌群变化并进行代谢功能预测。方法:本前瞻性观察性研究将2018年1月—2019年12月江苏大学附属医院烧伤整形科收治的48例符合入选标准的严重烧伤患者纳入烧伤组,将同时期于江苏大学附属医院体检中心进行健康检查的符合入选标准的40名健康志愿者纳入健康组。收集烧伤组患者入院后1周左右的粪便标本及健康组志愿者体检当天粪便标本,进行16S rRNA V4区基因测序,分析各类菌属的相对丰度;应用Mothur软件进行操作分类单元(OTU)划分,分析优势菌群;通过QIIME1.9.0软件分析粪便菌群OTU数目、Chao1指数、Ace指数、Shannon指数;采用Canoco Software 5.0对粪便菌群相对丰度做主成分分析;采用京都基因和基因组数据库预测粪便菌群代谢功能。对数据行独立样本 t检验、Mann-Whitney U检验。 结果:烧伤组患者粪便中拟杆菌属、肠球菌属、不动杆菌属、巨球型菌属、葡萄球菌属相对丰度明显高于健康组志愿者( Z=-5.20、-2.37、-5.17、-4.41、-6.03, P<0.05或 P<0.01),而健康组志愿者粪便中未分类的毛螺杆菌科、普氏菌属、盲杆菌属、未分类的瘤胃球菌科、假丁酸弧菌属、布劳特菌属、未分类的消化链球菌科( Z=-8.03、-3.21、-7.63、-5.88、-8.05、-8.05、-6.77, P<0.01)等19种菌属的相对丰度明显高于烧伤组患者。健康组志愿者粪便菌群多样性优于烧伤组患者,其主要优势菌群为拟杆菌属、未分类的毛螺杆菌科、普氏菌属、未分类的肠杆菌科、布劳特菌属、副拟杆菌属和大肠志贺杆菌属等,而烧伤组患者粪便主要优势菌群为拟杆菌属、普氏菌属、未分类的肠杆菌科和副拟杆菌属。烧伤组患者粪便菌群OTU数目、Ace指数、Chao1指数、Shannon指数分别为(149±47)个、199±45、190±45、2.0±0.9,显著少/低于健康组志愿者的(266±57)个、323±51、318±51、3.8±0.5( t=10.325、11.972、12.224、11.662, P<0.01)。健康组志愿者和烧伤组患者粪便菌群相对丰度在主成分1 被清晰地区分为2个群体,主成分1贡献率为32.50%, P<0.01;健康组志愿者粪便菌群在主成分2上较为集中,烧伤组患者粪便菌群在主成分2上散布较大,主成分2贡献率为13.44%, P>0.05。烧伤组患者粪便菌群氨基酸中丙氨酸-天冬氨酸-谷氨酸、精氨酸-脯氨酸、半胱氨酸-蛋氨酸、甘氨酸-丝氨酸-苏氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、酪氨酸以及碳水化合物中三羧酸循环、果糖和甘露糖、半乳糖、酵解/糖异生、淀粉和蔗糖代谢水平显著低于健康组志愿者( Z=-4.75、-4.54、-4.75、-4.62、-3.71、-3.28、-4.19,-3.82、-4.72、-4.35、-4.75、-4.71, P<0.01),硫辛酸代谢和辅酶Q合成水平明显高于健康组志愿者( Z= -6.07、-4.51, P<0.01),花生四烯酸代谢水平与健康组志愿者相近( P>0.05)。 结论:基于16S rRNA高通量测序得出,严重烧伤患者早期肠道菌群和健康人群存在明显差异,烧伤患者肠道菌群种类减少,多样性降低,营养代谢水平降低。
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编辑人员丨23小时前
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头孢噻肟联合左氧氟沙星治疗对社区获得性肺炎患者肠道菌群的影响
编辑人员丨23小时前
目的:探讨头孢噻肟联合左氧氟沙星治疗社区获得性肺炎(CAP)对患者肠道菌群结构和多样性的影响。方法:选择2018年10月至12月浙江省立同德医院感染科收治的CAP住院患者6例,予头孢噻肟注射液2.0 g(1次/8 h)联合左氧氟沙星注射液0.5 g(1次/d)静脉给药治疗,留取患者抗菌药物治疗前和经7 d治疗后粪便样本共12份,采用自身配对设计研究,对治疗前后的粪便样本进行16S核糖体RNA(16S rRNA)测序分析。结果:⑴治疗前和治疗后患者肠道菌群的组成结构:在门水平:厚壁菌门59.2% vs 40.8%,变形菌门18.6% vs 35.5%,拟杆菌门14.8% vs 20.8%,放线菌门5.6% vs 1.2%;在科水平:瘤胃菌科34.5% vs 13.0%、毛螺菌科15.9% vs 9.7%、韦荣球菌科1.8% vs 3.3%、乳杆菌科0.3% vs 8.0%、肠球菌科0.02% vs 5.2%、链球菌科2.9% vs 1.1%、肠杆菌科16.4% vs 34.6%、拟杆菌科13.3% vs 16.8%、紫单胞菌科0.3% vs 3.4%、红蝽杆菌科4.4% vs 0.5%。治疗前后患者肠道菌群的组成结构比较差异无统计学意义( P>0.05)。⑵治疗前和治疗后患者肠道菌群的多样性:OTU值(150.5±59.0) vs (93.2±34.1), t=2.72, P=0.04;Chao1指数(169.25±49.61) vs (117.92±35.06), t=3.22, P=0.02;shannon指数(3.61±0.83) vs (2.31±0.73), t=4.54, P=0.01;simpson指数(0.80±0.10) vs (0.61±0.20), t=2.76, P=0.04。治疗前后患者肠道菌群的多样性比较差异均有统计学意义( P<0.05)。⑶脱硫弧菌为治疗前和治疗后组间差异有统计学意义的菌群,LDA值=2.03, P=0.02。 结论:头孢噻肟联合左氧氟沙星治疗一周对CAP患者肠道菌群的多样性有显著影响,治疗后肠道菌群的多样性明显减少,脱硫弧菌是治疗前和治疗后差异有统计学意义的菌种。
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编辑人员丨23小时前
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创伤弧菌感染18例临床特征与外科干预对预后的影响
编辑人员丨23小时前
目的:分析创伤弧菌感染的临床特征与外科干预对预后的影响。方法:收集2012年8月至2020年9月温州医科大学附属舟山医院、舟山市妇女儿童医院和舟山市中医院经病原学确诊的18例创伤弧菌感染患者临床资料,根据临床转归将患者分为存活组(n=7)和死亡组(n=11)。使用坏死性筋膜炎实验室危险指标(LRINCE)评分预测坏死性筋膜炎:<6分可能性小,6~8分可疑,>8分强烈提示。结果:18例患者平均年龄(62±9)岁,其中男性14例,女性4例。发病月份为6~10月份。LRINCE评分:<6分7例(死亡3例),6~8分8例(死亡5例),>8分3例(死亡3例)。死亡组与存活组患者年龄分别为(60±12)和(61±7)岁,发病到就诊时间分别为(2.3±1.0)和(3.1±2.4)d,差异均无统计学意义( t=0.055、1.006, P均>0.05)。两组患者ALT、AST、肌酸激酶、白蛋白和D-二聚体差异均有统计学意义( Z/t=6.209、10.348、4.926、11.198和5.952, P均<0.05)。18例患者中有3例接受筋膜切开减压+负压封闭引流(VSD)干预治疗,存活2例,死亡1例。15例未行外科干预治疗患者中死亡10例。 结论:创伤弧菌在舟山地区散发流行,近年来有增多趋势,发病具有季节性。早期筋膜切开减压+VSD等手术干预是降低病死率的关键。
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编辑人员丨23小时前
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创伤弧菌脓毒症患者的预后影响因素分析
编辑人员丨23小时前
目的:探讨创伤弧菌脓毒症患者的预后影响因素。方法:回顾性分析温州医科大学附属第一医院2008年1月至2019年12月67例创伤弧菌脓毒症患者的病例资料,采用单因素分析比较死亡组和治愈组在一般资料、临床表现、入院实验室指标、抗菌药物和外科手术的差异。然后将单因素分析差异有统计学意义的指标纳入多因素分析,最终得出影响患者预后的因素。结果:单因素分析显示死亡组和治愈组患者是否有肝病、入院休克、多处肢体损伤、入院白细胞、血小板、pH值、白蛋白、乳酸、谷草转氨酶、肌酐、降钙素原、肌酸激酶、活化部分凝血活酶时间、凝血酶原时间差异有统计学意义 ( P<0.05)。多因素分析表明患者入院乳酸( OR=0.628,95% CI:0.461~0.855, P=0.003)、白蛋白( OR=1.330,95% CI:1.062~1.667, P=0.013)、肌酸激酶( OR=0.999,95% CI:0.998~1.000, P=0.016)、入院至行外科手术时间( OR=0.118,95% CI:0.015~0.938, P=0.043)是影响患者预后的重要因素。患者入院乳酸和肌酸激酶水平高、白蛋白水平低提示患者预后较差;入院至行外科手术时间≤12 h的患者预后较好。 结论:对于创伤弧菌脓毒症患者的救治,医护人员需在早期动态评估这些预后因素,并早期采用外科手术治疗以改善患者的预后。
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编辑人员丨23小时前
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四肢开放性白猪海水浸泡伤的致病菌特征研究
编辑人员丨23小时前
目的:建立现场海水浸泡伤动物感染模型,研究致病菌种类,为海水浸泡伤的诊疗提供依据。方法:于舟山某码头设立9个海水取水点,用无菌海水采样器取水。采用宏基因组测序法检测实验海域海水中所有的细菌种类,并作为海水对照组(SW组)。选取健康白猪16只,均通过手术造成左胫骨开放性骨折,按照实验设计分为实验组( n=10)和对照组( n=6)。实验组白猪创面于海水中浸泡2 h,而对照组白猪旷置于无菌手术室。2 h后所有实验动物包扎伤口,定期换药。术后7 d取伤口深部软组织、骨组织行病理学检查并观察感染情况,采用微生物多样性分析法检测致病菌种类并进行差异性分析。 结果:实验组10只白猪皆感染,对照组6只白猪中2只感染;与SW组比较,实验组菌群数量明显减少;与对照组比较,实验组菌群数量明显增多( P<0.05或 P<0.01)。所有感染的白猪均检出坏死性梭杆菌、孔氏创伤球菌、猪链球菌、大肠埃希菌等机会致病菌,实验组除检出海水中专有的狭义梭状杆菌、脱硫弧菌、哈维氏弧菌外,还检出大芬戈尔德菌、化脓性拟杆菌等多种厌氧菌。 结论:开放性创伤经海水浸泡后具有较高的感染率,且为机会致病菌、海水细菌和厌氧菌的混合感染,故早期彻底的外科清创和使用覆盖厌氧菌的广谱抗生素对控制感染具有重要意义。
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编辑人员丨23小时前
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一起食用被污染田螺引起的霍乱疫情流行病学调查与应急处置分析
编辑人员丨23小时前
目的:通过分析一起因食用被污染田螺引起的霍乱疫情进行流调病学调查和应急处置,为霍乱疫情防控提供科学依据。方法:2023年1月1日至6月30日,广州市白云区医疗机构采用现场流行病学方法开展辖区内腹泻病例搜索,对霍乱疫情涉及病例及密切接触者开展流行病学调查,采集可疑食物和可能污染环境样本并开展溯源排查。结果:本次疫情病原体为非产毒O1群小川型霍乱弧菌,涉及确诊病例1例,病例表现为腹泻、稀水样便。现场流调推测可疑饮食史为外带田螺,应急监测采样102份(密接人群肛拭子13份,水产品29份,外环境46份,污水3份,江河水样本11份),其中阳性11份(污水3份,田螺3份,田螺售卖档口外环境涂抹5份),结果均为非产毒O1群小川型霍乱弧菌。结论:本起疫情为霍乱弧菌O1群引起的散发疫情,经流调溯源确定传染源为被污染田螺,传播途径为田螺未加工熟透,经食用后引起发病。本次处置提示对霍乱的高效监测能及时发现并有效阻断霍乱疫情的传播。
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编辑人员丨23小时前
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骨髓间充质干细胞对肝硬化大鼠肠道菌群的影响
编辑人员丨23小时前
目的:观察骨髓间充质干细胞(BMSCs)对肝硬化大鼠肠道菌群的影响。方法:2019年3月至9月,选取115只SD大鼠(军事医学科学院实验动物中心提供)腹腔注射四氯化碳(CCL 4)建立肝硬化模型后,采用随机数表法分组方式分为模型组、BMSCs组及小檗碱组,分别注射磷酸缓冲盐溶液(PBS)、BMSCs及小檗碱灌胃处理,另选取10只大鼠作为对照组,干预后处死各组大鼠,苏木精-伊红(HE)及天狼星红染色检测肝脏组织病理学改变,生化分析仪检测血清白蛋白(ALB)与总胆红素(TBIL),酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测血清层黏连蛋白(LN)含量变化;采集各组大鼠粪便标本,对细菌16S rDNA基因V3~V4区进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并进行高通量测序,两组间数据比较采用独立样本 t检验,3组数据间比较采用单因素方差分析。 结果:BMSCs组大鼠肝组织Ishak评分及分期[(4.00±0.63)分、4.50±0.55]均低于模型组[(7.83±0.75)分、5.83±0.41],差异有统计学意义( t=3.833、1.333, P<0.05);BMSCs组大鼠血清ALB含量[(29.65±1.38) g/L]高于模型组[(22.76±2.67) g/L],差异有统计学意义( t=6.882, P<0.05);TBIL及LN的含量[(3.09±0.25) μmol/L、(45.19±1.86) ng/ml]均低于模型组[(10.75±1.14) μmol/L、(56.69±2.00) ng/ml],差异有统计学意义( t=7.658、11.497, P<0.05);BMSCs组大鼠肠道菌群中脱硫弧菌科及脱硫弧菌属丰度明显高于模型组,梭菌科及梭状芽胞菌属丰度明显低于模型组。 结论:BMSCs移植治疗可以有效改善肝硬化大鼠的肝功能及肝纤维化程度,其机制可能与调节其肠道菌群有关。
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编辑人员丨23小时前
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2016—2019年首都医科大学附属北京中医医院感染性腹泻病原体监测结果分析
编辑人员丨23小时前
目的:分析首都医科大学附属北京中医医院肠道门诊就诊的感染性腹泻病例主要肠道病原体分布特征。方法:对2016—2019年首都医科大学附属北京中医医院肠道门诊感染性腹泻患者粪便标本进行微生物分离培养鉴定和病原体基因检测,共588例。应用 Vitek 2 Compact 全自动微生物鉴定/药敏分析系统对培养分离出的菌落进行细菌鉴定;对纯菌落用血清凝集试验进行分型;应用多重荧光定量PCR扩增技术对样本进行基因扩增检测。结果:2016—2019年病原体总体检出率为39.796%(234例),前三位的致病菌分别是致泻性大肠埃希菌(21.769%,128例),沙门菌属(5.782%,34例)、弧菌属(4.762%,28例)。4年中不同病原体检测阳性率之间差异均具有统计学意义( P=0.021),发病高峰在7—9月。诺如病毒阳性率为5.612%(33例),发病高峰出现在5月。 结论:首都医科大学附属北京中医医院2016—2019年每年4—10月感染性腹泻患者的病原体主要为致泻性大肠埃希菌,诺如病毒病原类型以GⅡ基因组为主。
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编辑人员丨23小时前
