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基于生物信息学分析筛选与鉴定结直肠癌的关键生物标志物
编辑人员丨1天前
目的:通过生物信息学分析结直肠癌组织与正常癌旁组织的基因表达数据集,筛选出参与并影响结直肠癌发生发展的关键差异表达基因。方法:从基因表达谱(GEO)数据库中下载3个结直肠癌组织信使RNA(mRNA)芯片数据集,为数据集GSE35279,数据集GSE50746和数据集GSE87211,共包括173个正常癌旁组织和297个结直肠癌组织。进行分析筛选,获得差异表达基因(DEGs)。使用标注可视化和集成发现数据库(DAVID)用于富集分析。通过STRING和Cytoscape数据库构建蛋白与蛋白相互作用网络,并得到关键DEGs。利用UALCAN、基因表达谱动态分析(GEPIA)等数据库分析关键基因的表达和生存分析,使用Log-rank检验方法。结果:在结直肠癌和正常癌旁组织中共识别出212个DEGs和10个核心基因。GEPIA总生存期曲线显示,金属蛋白酶抑制剂-1(TIMP1)、分泌型磷蛋白1(SPP1)、蜗牛家族转录抑制因子1 (SNAI1)和胰高血糖素(GCG)的表达水平与结直肠癌患者总体生存率有关。高表达组TIMP1、SPP1和SNAI1结直肠癌患者总体生存率分别显著低于低表达组患者,并且低表达组GCG结直肠癌患者总体生存率显著低于高表达组患者,其结果具有统计学意义( P<0.05)。 结论:筛选出4个结直肠癌临床诊断和预后的生物标志物,为进一步研究结直肠癌发病分子机制以及早期诊断和预后提供基础依据。
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编辑人员丨1天前
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DNMT3a在肺腺癌中的表达及癌细胞迁移的影响分析
编辑人员丨3周前
目的 探讨DNA甲基转移酶3a(DNMT3a)在肺腺癌中的表达水平及影响肺腺癌细胞迁移的分子机制.方法 回顾性分析2023年1~12月在安徽医科大学第一附属医院胸外科接受手术治疗的41例肺腺癌患者临床资料,使用IHC和蛋白质印迹实验(WB)检测并分析DNMT3a在41例患者肺腺癌组织及癌旁组织中的表达水平;通过分析TCGA数据库揭示DNMT3a与肺腺癌患者预后关系.慢病毒介导SK-LU-1和A549细胞系过表达或敲低DNMT3a,通过IHC、WB、实时荧光定量聚合链反应(qRT-PCR)、DNMT3a抑制剂实验观察DNMT3a对蜗牛家族转录因子(Snail)表达的影响;细胞划痕实验和Transwell细胞迁移实验检测过表达或敲低DNMT3a对肺腺癌细胞迁移的影响.结果 DNMT3a高表达对比DNMT3a低表达的肺腺癌患者生存期较短,差异有统计学意义(P<0.01);DNMT3a和Snail在肺腺癌组织中较癌旁组织相比均高表达(P<0.01),且DNMT3a和Snail在肺腺癌组织中的表达呈正相关(r=0.612,P<0.01).与对照组相比,过表达DNMT3a的SK-LU-1细胞中Snail表达上调并增加了肺腺癌细胞的迁移数量(P<0.01),敲低DNMT3a的A549细胞中Snail表达下调并减少了肺腺癌细胞的迁移数量(P<0.01).结论 DNMT3a在肺腺癌组织中高表达且与不良预后显著相关,DNMT3a通过上调Snail的表达促进肺腺癌细胞的迁移.
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编辑人员丨3周前
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基于上皮间充质转化研究复方守宫散抑制三阴性乳腺癌恶性表型作用及机制研究
编辑人员丨2024/8/17
研究复方守宫散(Compound Shougong Powder,CSGP)对三阴性乳腺癌细胞生物学功能的作用及其作用机制是否与上皮间充质转化信号通路有关.三阴性乳腺癌细胞(MDA-MB-231和BT-549)分别给予不同浓度的复方守宫散含药血清,细胞增殖检测试剂盒(MTS)法检测复方守宫散对三阴性乳腺癌细胞增殖的影响;EdU染色检测复方守宫散对三阴性乳腺癌细胞增殖的影响;采用流式细胞术检测复方守宫散对三阴性乳腺癌细胞凋亡的影响;采用划痕实验和Transwell实验检测不同浓度的复方守宫散对三阴性乳腺癌细胞迁移、侵袭能力的影响;采用RNA测序技术阐明其机制;采用qRT-PCR技术检测E-钙黏蛋白(E-cadherin)、N-钙黏蛋白(N-cadherin)、锌指转录因子(Slug)、蜗牛家族转录抑制因子(Snail)、波形蛋白(Vimentin)、扭曲基因(Twist)、E 盒结合锌指蛋白 1(Zinc finger E-box-Binding homeobox 1,Zeb1)、E 盒结合锌指蛋白 2(Zinc finger E-box-bin-ding homeobox 2,Zeb2)mRNA表达水平;采用Western blot检测Slug、Vimentin和E-cadherin蛋白表达水平.复方守宫散干预后,MDA-MB-231、BT-549细胞增殖明显减少,凋亡率显著升高,上皮标志蛋白E-cadherin表达水平显著升高,而上皮间充质转化相关转录因子Slug及Vimentin表达水平显示降低.综上所述,复方守宫散通过抑制上皮间充质转化,进而抑制三阴性乳腺癌恶性进展.
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编辑人员丨2024/8/17
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敲低IGSF10对肺腺癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响
编辑人员丨2024/3/16
目的 探究免疫球蛋白超家族第10号成员(IGSF10)对肺腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响.方法 应用生物信息学研究IGSF10在肿瘤组织和正常组织中的表达水平.利用Western blot和实时荧光定量PCR(qPCR)检测肺腺癌细胞系与正常肺上皮细胞中IGSF10的表达水平.敲低IGSF10,利用细胞计数试剂盒8(CCK-8)、Transwell迁移和侵袭实验、划痕实验、平板克隆实验来检测敲低IGSF10对肺腺癌A549细胞增殖、迁移和侵袭的影响.通过Western blot和qPCR实验检测敲低IGSF10对A549细胞侵袭、迁移相关基因表达的影响.结果 IGSF10在肺腺癌组织中的表达低于正常组织(P<0.05).IGSF10在肺腺癌细胞系中的表达低于正常肺上皮细胞(P<0.05).敲低IGSF10可以促进肺腺癌A549细胞的增殖、迁移和侵袭的能力(P<0.05).敲低IGSF10可以促进调控上皮间质转化(EMT)标志物N-钙黏蛋白(N-cadherin)和关键转录因子蜗牛家族转录抑制因子1(Snail)与蜗牛家族转录抑制因子2(Slug)的表达(P<0.05),抑制E-钙黏蛋白(E-cadherin)的表达(P<0.05).结论 敲低IGSF10可能通过激活Snail、Slug/E-cadherin信号轴促进肺腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭.IGSF10可能是肺腺癌临床诊疗潜在的新靶点.
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编辑人员丨2024/3/16
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靶向重组信号结合蛋白-Jκ干扰腺病毒对四氯化碳诱导大鼠肝纤维化影响的体内研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 通过体内实验探讨重组信号结合蛋白-Jκ(recombination signal binding protein for immunoglobulin kappa J region,RBPJκ)在四氯化碳(CCl4)诱导的大鼠肝纤维化发生发展中的作用.方法 选取雄性SD大鼠40只为研究对象,以40%CCl4腹腔注射法制备SD大鼠肝纤维化模型.将大鼠随机分为正常对照组、肝纤维化模型组、腺病毒空载体组(治疗对照组)和RBPJκ干扰腺病毒(AdshRBPJκ)干预组(治疗组),每组各10只.采用苏木精-伊红(HE)染色、Masson染色和天狼猩红染色观察细胞外基质(extracellular matrix,ECM)含量;采用碱水解法测定大鼠肝组织羟脯氨酸含量;采用qPCR、Western blot和免疫组织化学法检测大鼠肝组织α-SMA、Ⅰ型胶原、TGF-β1、RBPJκ及其靶基因Hey2、HeyL和上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)指标[蜗牛家族转录抑制因子1(snail family transcriptional repressor 1,Snail 1)、波形蛋白和E-钙连接素]的表达.结果 ①与正常对照组相比,HE染色、Masson染色和天狼猩红染色示模型组大鼠肝细胞明显肿胀、变性,肝小叶结构被破坏,纤维组织增生明显;模型组大鼠肝内羟脯氨酸含量显著高于正常对照组[(99.35±8.12)μg/mgvs(285.12±12.32)μg/mg,t=38.193,P<0.001)].②RT-PCR、Western blot及免疫组织化学结果显示,模型组大鼠RBPJκ靶基因Hey2、HeyL、胶原相关基因(α-SMA、Ⅰ型胶原、TGF-β1)以及EMT相关基因Snail 1和波形蛋白转录及翻译水平的表达均显著增加(P均<0.05),但E-钙连接素表达水平降低(P<0.05).③与治疗对照组相比,AdshRBPJκ(治疗组)可改善大鼠肝纤维化程度,降低羟脯氨酸含量[(193.52±13.12)μg/mgvs(279.85±8.32)μg/mg,t=15.92,P<0.001)].④RT-PCR、Western blot及免疫组织化学结果显示,与治疗对照组相比,抑制肝RBPJκ表达(治疗组)不仅可降低RBPJκ及其靶基因Hey2、HeyL的表达水平,也可降低纤维化指标(α-SMA、Ⅰ型胶原、TGF-β1)及EMT相关基因(Snail 1、波形蛋白)的表达水平,同时还可上调E-钙连接素的表达(P<0.05).结论 高表达的RBPJκ可能参与了肝纤维化的形成过程,抑制RBPJκ可能为肝纤维化的防治提供新方向.
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编辑人员丨2023/8/6
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Notch信号转导通路在原代肝星状细胞体外培养活化中的作用
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨Notch信号转导通路在肝星状细胞(hepatic stellate cells,HSC)体外培养活化中的作用.方法 采用两步酶灌注法分离培养原代大鼠HSC并进行体外培养.激光共聚焦显微镜检测体外培养HSC第1天和第7天时形态、胞内维生素A、静止标志胶质纤维酸性蛋白(glial fibrillary acidic protein,GFAP)和活化标志α-平滑肌肌动蛋白(α-smooth muscle actin,α-SMA)的变化.采用RT-PCR和Western blot检测HSC体外培养0天、3天和7天时上皮-间充质转分化(epithelial-to-mesenchymal transition,EMT)相关分子α-SMA、Ⅰ型胶原(collegen Ⅰ)、N-钙黏蛋白(N-cadherin)、蜗牛家族转录抑制因子1(snail family transcriptional repressor 1,Snail 1)等和Notch信号转导通路(受体Notch 1、Notch 2、Notch 3、Notch 4与靶基因Hes1、Hey1、Hey2、HeyL)的变化.使用Notch受体阻断剂DAPT干预后,检测体外培养的HSC中活化相关分子(α-SMA、CollegenⅠ、N-cadherin和Snail 1等)的改变.结果 ①初分离的HSC经7天体外培养后逐渐向肌成纤维细胞(myofibroblasts, MFs)样转化,表现为形态变长、维生素A水平和GFAP表达降低,α-SMA表达升高.②RT-PCR与Western blot结果表明,HSC体外培养存在自发EMT现象,表现为α-SMA、CollegenⅠ、N-cadherin和Snai l表达上调及E-cadherin、CK7、CK19和Desmoplakin表达下调,同时Notch 2、Notch 3及Notch靶基因Hey2、HeyL表达逐渐增加.③使用DAPT后,可显著抑制原代HSC体外活化,表现为α-SMA、CollegenⅠ、N-cadherin和Snail 1的下调及E-cadherin、CK 7、CK 19和Desmoplakin转录或蛋白表达水平上调.结论Notch信号转导通路的激活可能参与HSC的活化,可能是抗肝纤维化治疗的潜在靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
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ParT1靶向调控微小RNA⁃17⁃5p对胃癌细胞恶性生物学行为的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨长链非编码RNA前列腺雄激素调控转录物1(ParT1)对微小RNA?17?5p(miR?17?5p)的靶向调控作用及在胃癌细胞增殖、迁移和侵袭中的生物学作用.方法 采用实时定量PCR(qPCR)检测胃癌组织和癌旁组织的ParT1水平.培养胃癌BGC?823细胞,根据转染情况分为对照组(未转染作空白对照)、pcDNA3.1组(转染空载体作阴性对照)、pcDNA3.1?ParT1组(转染pcDNA3.1?ParT1作过表达处理)和pcDNA3.1?ParT1+miR?17?5p组(转染pcDNA3.1?ParT1+miR?17?5p模拟物mimics).通过MTT、划痕实验和Transwell小室实验检测BGC?823细胞的增殖、迁移和侵袭情况,qPCR和Western blotting检测蜗牛家族转录抑制因子1(SNAIL1)、基质金属蛋白酶9(MMP?9)和丝氨酸/苏氨酸激酶(Akt)及其磷酸化形式p?Akt水平;荧光素酶报告实验验证ParT1与miR?17?5p的靶向关系.结果 胃癌组织的ParT1水平低于癌旁组织中的表达(P<0.05).miR?17?5p mimics降低了野生型ParT1的荧光素酶活性(P<0.05),而不影响突变型ParT1的荧光素酶活性(P>0.05).与对照组和pcDNA3.1组相比,pcDNA3.1?ParT1组BGC?823细胞活力、划痕愈合率、穿膜细胞数及SNAIL1、MMP?9和p?Akt水平降低,而pcDNA3.1?ParT1+miR?17?5p组上述指标水平较pcDNA3.1?ParT1组升高,上述差异均有统计学意义(P<0.05).结论 异常低表达的ParT1在胃癌中发挥抑癌作用,ParT1可能通过靶向miR?17?5p来抑制胃癌细胞的增殖侵袭与迁移能力,ParT1/miR?17?5p轴有望成为胃癌治疗的新靶点.
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编辑人员丨2023/8/5
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黄芩素对乳腺癌MDA-MB-231细胞侵袭转移的影响及其相关机制
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨黄芩素对人乳腺癌MDA-MB-231细胞侵袭、转移的影响及相关分子机制.方法 将对数生长期MDA-MB-231细胞随机分为对照组和20、40、80、160μmol·L-1黄芩素处理组,分别给予0、20、40、80、160μmol·L-1黄芩素干预;采用划痕愈合实验检测各组MDA-MB-231细胞的转移能力,Transwell小室实验检测各组MDA-MB-231细胞的侵袭能力,蛋白质印迹法检测各组细胞中上皮型钙黏蛋白(CDH1)、蜗牛家族转录抑制因子(SNAIL)、波形蛋白(vimentin)的相对表达量,实时荧光定量聚合酶链式反应检测各组MDA-MB-231细胞中转移相关肺腺癌转录本1(MALAT1)mRNA相对表达量.采用聚合酶链式反应及pcDNA3.1载体构建MALAT1过表达载体,转染至对数生长期MDA-MB-231细胞,将pcDNA3.1-MALAT1过表达MDA-MB-231细胞随机分为对照组和20、40、80、160μmol·L-1黄芩素处理组,分别给予0、20、40、80、160μmol·L-1黄芩素干预,使用蛋白质印迹法检测各组细胞中CDH1、SNAIL、vimentin蛋白相对表达量.结果 20、40μmol·L-1黄芩素处理组与对照组细胞转移率、侵袭率比较差异无统计学意义(P>0.05);80、160μmol·L-1黄芩素处理组细胞转移率、侵袭率低于对照组(P<0.05).80、160μmol·L-1黄芩素处理组细胞转移率低于20μmol·L-1黄芩素处理组(P<0.05),160μmol·L-1黄芩素处理组细胞转移率低于80μmol·L-1黄芩素处理组(P<0.05);其余各剂量组之间细胞转移率比较差异无统计学意义(P>0.05).160μmol·L-1黄芩素处理组细胞侵袭率低于20、40μmol·L-1黄芩素处理组(P<0.05);其余各剂量黄芩素处理组之间细胞侵袭率比较差异无统计学意义(P>0.05).20μmol·L-1黄芩素处理组细胞中CDH1、vimentin和SNAIL蛋白相对表达量与对照组比较差异均无统计学意义(P>0.05);40μmol·L-1黄芩素处理组细胞中SNAIL蛋白相对表达量低于对照组(P<0.05),CDH1和vimentin蛋白相对表达量与对照组比较差异无统计学意义(P>0.05);80、160μmol·L-1黄芩素处理组细胞中CDH1蛋白相对表达量高于对照组和20μmol·L-1黄芩素处理组(P<0.05),vimentin和SNAIL蛋白相对表达量低于对照组和20μmol·L-1黄芩素处理组(P<0.05);160μmol·L-1黄芩素处理组细胞中CDH1蛋白相对表达量高于40μmol·L-1黄芩素处理组(P<0.05),vimentin和SNAIL蛋白相对表达量低于40μmol·L-1黄芩素处理组(P<0.05);其余各剂量黄芩素处理组细胞中CDH1、vimentin和SNAIL蛋白相对表达量比较差异均无统计学意义(P>0.05).20、40、80、160μmol·L-1黄芩素处理组细胞中MALAT1 mRNA相对表达量低于对照组(P<0.05);80、160μmol·L-1黄芩素处理组细胞中MALAT1 mRNA相对表达量低于20μmol·L-1黄芩素处理组(P<0.05),160μmol·L-1黄芩素处理组细胞中MALAT1 mRNA相对表达量低于40μmol·L-1黄芩素处理组(P<0.05);其余各剂量黄芩素处理组细胞中MALAT1 mRNA相对表达量比较差异无统计学意义(P>0.05).pcDNA3.1-MALAT1过表达MDA-MB-231细胞中MALAT1相对表达量高于空载体MDA-MB-23细胞(P<0.05).20、40、80、160μmol·L-1黄芩素处理组pcDNA3.1-MALAT1过表达MDA-MB-231细胞中CDH1、vimentin和SNAIL蛋白相对表达量与对照组比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 黄芩素可通过抑制MALAT1的表达而抑制MDA-MB-231细胞的上皮-间质转化过程,进而抑制细胞侵袭和转移能力.
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编辑人员丨2023/8/5
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TIMP2蛋白抑制TGF-β1诱导宫颈癌细胞EMT的过程
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨人源基质金属蛋白酶抑制剂(TIMP)2在转化生长因子(TGF)-β1诱导宫颈癌细胞上皮细胞间质化(EMT)中的作用及机制.方法 用10 ng/ml TGF-β1培养,诱导宫颈癌细胞EMT.通过细胞计数试剂盒(CCK)-8评估细胞活力,流式细胞术分析细胞凋亡,通过划痕实验评估细胞迁移.Western印迹检测E-钙黏蛋白、波形蛋白、信号转导和转录激活因子(STAT)3,蜗牛家族转录抑制因子(SNAIL)2、p-p70s6k和M2型丙酮酸激酶(PKM2).结果 TGF-β1组E-cadherin表达水平较PBS组明显下降,而波形蛋白表达较PBS组明显升高(均P<0.05).各剂量TIMP2组24~72 h细胞增殖能力均显著低于PBS组,且呈剂量依赖性(均P<0.05).TGF-β1组24~72 h细胞增殖能力显著高于PBS组,而TIMP2+TGF-β1组显著低于TGF-β1组(均P<0.05).TIMP2组24 h后细胞迁移指数显著小于PBS组(P<0.05),TIMP2+TGF-β1组细胞迁移指数显著小于TGF-β1组(P<0.05).TIMP2组细胞凋亡率显著高于PBS组(P<0.05),而TIMP2+TGF-β1组细胞凋亡率显著高于TGF-β1组(P<0.05).TGF-β1组PKM2和p70s6k水平显著高于PBS组(P<0.05).Rapa+TGF-β1组PKM2和p70s6k水平显著高于Rapa组(P<0.05).TGF-β1组E-cadherin水平显著低于PBS组,而STAT3,SNAIL2,Vimentin水平显著高于PBS组(P<0.05).TIMP2组E-cadherin水平显著高于PBS组(P<0.05),而其他指标与PBS组比较无显著差异(P>0.05).TIMP2+TGF-β1组E-cadherin水平显著高于TGF-β1组,而STAT3,SNAIL2,Vimentin水平均显著低于TGF-β 组(P<0.05).同时TIMP2+TGF-β1组p70s6k和PKM2水平均显著低于TGF-β1组(P<0.05).与TGF-β1组比较,TIMP2+TGF-β1组HeLa细胞形成纺锤体和成纤维细胞形态程度低.结论 人源TIMP2处理通过抑制mTOR/p70s6k信号传导从而下调PKM2表达,阻断宫颈癌中TGF-β1诱导的EMT过程.
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编辑人员丨2023/8/5
