为探析黄芪四妙汤(Huangqi Simiao Decoction,HSD)治疗2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的作用机制.通过网络药理学筛选HSD的成分靶点及T2DM相关疾病靶点,构建交集靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络、药物-成分-交集靶点网络,并筛选出潜在活性成分及靶点;使用AutoDock Vina软件进行分子对接验证潜在成分与核心靶点的相互作用;通过超高效液相色谱-串联质谱代谢组学技术检测血清,采用主成分分析(PCA)及偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)等多元统计分析,结合MetaboAnalyst数据库寻找各组差异代谢物与相关代谢通路,并将筛选的差异代谢物结合网络药理学筛选的交集靶点联合分析相同代谢通路.网络药理学显示,HSD治疗T2DM的9个核心成分为槲皮素、山柰酚、豆甾醇、汉黄芩素、β-谷甾醇、黄藤素、黄连素、黄连碱、小檗红碱;5个核心靶点为AKT1、TP53、TNF、IL6、VEGFA.分子对接显示,核心成分和靶点基因结合较好.代谢组学显示,共鉴定出112个共同差异代谢物,经HSD治疗后,其中88个代谢物浓度上升,24个代谢物下降.富集分析表明,HSD调节T2DM患者机体代谢主要与氨基酸代谢、三羧酸循环等7条代谢通路有关.代谢组学与网络药理学联合分析显示,二者均涉及组氨酸代谢通路、精氨酸和脯氨酸代谢通路.结果表明,HSD对T2DM具有较好的治疗作用,基于代谢组学和网络药理学分析发现其作用机制可能是HSD中槲皮素、山柰酚、豆甾醇等药效基础通过调控多种代谢物,加强对组氨酸代谢、精氨酸和脯氨酸代谢通路的影响,为进一步防治T2DM提供了依据.

目的:通过网络药理学研究半枝莲-党参药对治疗膀胱癌的作用机制。方法:查询中药系统药理学数据库分析平台（TCMSP）筛选半枝莲-党参药对的药物成分，使用Swiss Target Prediction预测药物成分的作用靶点；运用GeneCards获取膀胱癌的疾病靶点，利用venny 2.1获取交集靶点。使用STRING进行蛋白-蛋白相互作用分析并使用Cytoscape构建"药物-靶点-通路"网络，利用Metascape进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。将裸鼠随机分为模型组和治疗组，建立膀胱癌小鼠模型。模型组小鼠灌胃等剂量溶剂，治疗组建模后第8天灌胃半枝莲-党参药对0.2 ml，剂量为342.86 mg/kg，2次/d。建模后第28天，测量裸鼠瘤体大小，并采用酶联免疫吸附试验法检测前列腺素G/H合成酶2（PTGS2）、PTGS1、核受体辅活化子2（NCOA2）、维甲酸X受体α（RXRA）、孕酮受体（PGR）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、网状内皮增生病毒癌基因同源物A（RELA）、蛋白激酶B1（Akt1）水平。结果:半枝莲-党参药对的45个药物成分通过多条通路直接作用于187个疾病靶点治疗膀胱癌，主要核心成分为槲皮素、木犀草素、汉黄芩素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、黄芩素、β-谷甾醇和豆甾醇等，关键靶点为PTGS2、PTGS1、NCOA2、RXRA、PGR、MAPK1、RELA和Akt1等。GO富集分析显示，生物过程主要涉及对激素的反应、细胞对脂质的反应、对外来刺激的反应、对细菌分子的反应等，细胞组分主要涉及转录调控复合体、膜筏、膜微区、RNA聚合酶Ⅱ转录调控复合物等，分子功能主要涉及转录因子结合、DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、核受体活性、配体激活的转录因子活性等。KEGG通路富集分析显示半枝莲-党参药对治疗膀胱癌的主要信号通路为晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）、白细胞介素-17（IL-17）、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、肿瘤坏死因子（TNF）、MAPK、缺氧诱导因子-1（HIF-1）、细胞凋亡、p53、Toll样受体等。动物实验验证显示，半枝莲-党参药对能够明显改善裸鼠的瘤体大小，同时也能改善PTGS2、PTGS1、NCOA2、RXRA、PGR、MAPK1、RELA、Akt1表达水平。结论:半枝莲-党参药对主要通过调节AGE-RAGE、IL-17、PI3K-Akt、TNF、MAPK、HIF-1、细胞凋亡、p53、Toll样受体等信号通路的PTGS2、PTGS1、NCOA2、RXRA、PGR、MAPK1、RELA、Akt1等靶点治疗膀胱癌。

目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨参附注射液经神经-内分泌-免疫系统调控应激反应的潜在作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库和分析平台筛选参附注射液的主要活性成分及作用靶点，使用PharmMapper、Swiss Target Prediction平台和Uniprot数据库对靶点补充预测并统一基因名；通过检索GeneCards、OMIM、TTD、CTD、Drugbank、Disgenet和Pharmgkb数据库筛选应激反应调控的相关靶点。使用Venny2.1工具获得参附注射液与应激反应调控交集的潜在作用靶点后，导入STRING数据库构建蛋白相互作用网络并筛选关键靶点。将潜在作用靶点上传至Metascape数据库中，通过GO功能富集分析和KEGG通路富集分析进行机制研究；使用Autoduck、Pymol软件进行分子对接及可视化展示。结果:筛选并获取参附注射液主要活性成分43个，相关作用靶点257个；数据库检索到应激反应调控相关靶点4 811个，与参附注射液成分相关靶点取交集获得188个潜在作用靶点，通过蛋白相互作用网络筛选得到关键靶点14个。GO功能富集分析筛选得到18条，主要涉及循环系统及体液调控、对外来刺激及创伤的反应、MAPK级联反应、突触后膜、受体复合体、离子通道复合体、神经递质受体活性等。KEGG通路富集分析高度相关通路20条，主要涵盖神经活性配体-受体的相互作用、钙信号通路、肾上腺素能信号转导、类固醇激素生物合成、IL-17、TNF、MAPK、cGMP-PKG、PI3K-Akt、NF-κB、Toll样受体信号通路和细胞凋亡等。分子对接结果提示主要活性成分与关键靶点具有较好的结合力。结论:参附注射液中山柰酚、β-谷甾醇、去甲基棱砂贝母碱、豆甾醇、人参皂苷、蛇床子苷、次乌头碱等成分可能作用于AKT1、TNF、IL1B、PTGS2、HSP90AA1、MAPK1、NFKBIA、NR3C1、ADRB2等靶点，通过调节神经-内分泌-免疫系统功能状态、抑制炎症反应、抗氧化应激和减少细胞凋亡等机制对应激反应进行调控。

目的:采用网络药理学和分子对接技术探索参芪五味子抗焦虑(AD)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选参芪五味子主要的活性成分，通过TCMSP数据库和SymMap数据库获取其活性成分对应的靶点，利用Cytoscape将药物-有效成分-靶点关系网络进行可视化展示。利用TTD、OMIM、NCBI、Drugbank、GeneCards数据库直接获取焦虑的潜在靶点。基于String数据库构建潜在靶点的相互作用图，利用Cytoscape工具得到关键的靶蛋白。基因本体(GO)富集分析和东京基因组百科全书(KEGG)信号通路分析获取参芪五味子抗焦虑的关键靶点及信号通路。利用AutodockTools软件对关键有效成分和关键靶点蛋白进行分子对接并计算得出其结合能，通过PyMol软件将分子对接结果进行可视化处理。结果:参芪五味子中63个有效成分可通过69个靶点作用于焦虑症。其中以槲皮素、木犀草素、豆甾醇为主要的药物活性成分，丝氨酸苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)蛋白和白介素-6(IL-6)蛋白为关键靶蛋白。分子对接技术验证了这些关键活性成分和关键靶蛋白之间具有良好的结合能力。参芪五味子主要通过调节Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、癌症通路等发挥治疗焦虑症的作用。结论:参芪五味子可能是通过调节AKT1、IL-6等相关靶点，调控炎性反应、细胞凋亡等过程，发挥抗焦虑的作用。

目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨人参、茯苓、白术治疗溃疡性结肠炎的药理作用及分子机制。方法:检索TCMSP获取人参、茯苓、白术的活性成分，应用SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点；通过OMIM、DrugBank、TTD、PharmGKB、GeneCards数据库获取溃疡性结肠炎相关靶点；利用Draw Venn Diagram网站绘制药物与疾病交集靶点韦恩图；采用Cytoscape 3.8.2绘制“药物-成分-靶点”网络，并分析网络中关联度较高的靶点及药物活性成分；采用STRING数据库构建交集靶点PPI网络，应用Cytoscape 3.8.2中的NetworkAnalyzer插件对网络进行拓扑结构分析并筛选核心靶点；利用Metascape进行GO功能及KEGG通路富集分析；使用pyrx软件的vina进行分子对接验证。结果:筛选人参、茯苓、白术药物活性成分14个，核心成分为山柰酚、豆甾醇、蛇床子素、α-香树脂醇；药物靶点148个，疾病靶点1 307个，药物与疾病交集靶点50个，获得核心靶点23个，分别为ESR1、PTPN2、PIK3R1、SRC、EGFR、AKT1等。GO功能富集分析结果显示，靶点主要分布于细胞膜区，参与调节单加氧酶、氧化还原酶活性等生物功能，对激素、脂质等也具有调控作用。KEGG通路富集分析结果显示，主要富集通路为PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路和MAPK信号通路等。分子对接结果提示，人参、茯苓、白术的核心成分山柰酚、蛇床子素等与PIK3R1、ESR1等核心靶点结合稳定。结论:人参、茯苓、白术可通过调控PIK3R1、PTPN2、ESR1等靶点，调节PI3K-Akt通路、JAK-STAT通路及MAPK通路等，发挥改善免疫失调、减轻炎症反应、抑制上皮细胞凋亡、修复黏膜损伤等作用。

目的:通过网络药理学研究三七治疗血小板聚集的作用机制。方法:查询中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库筛选三七的药物成分，使用Swiss Target Prediction预测药物成分的作用靶点；运用GeneCards获取血小板聚集的疾病靶点，利用venny 2.1获取交集靶点。使用String进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析并使用Cytoscape构建网络图，使用Cytoscape软件构建"药物-靶点-通路"网络图。利用Metascape进行基因本体（GO）富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路分析。结果:三七中的7个有效成分通过多条通路直接作用于142个疾病靶点治疗血小板聚集，其中β-谷甾醇、豆甾醇、槲皮素和人参皂苷Rh 2等是核心成分，肿瘤蛋白p53（TP53）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、JUN、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、蛋白激酶B1（AKT1）是重要靶点。GO富集分析显示，生物过程（BP）主要涉及细胞对脂质的反应、对激素的反应、细胞对氮化合物的反应等；细胞组分（CC）主要涉及膜筏、膜微区、小窝和质膜筏等；分子功能（MF）主要涉及DNA结合转录因子结合、转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异度DNA结合转录因子结合等。KEGG通路富集分析表明，三七治疗血小板聚集的信号通路主要有晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/Akt、缺氧诱导因子-1（HIF-1）、TNF、MAPK等。 结论:三七主要通过调节AGE-RAGE、PI3K/Akt、HIF-1、TNF、MAPK等信号通路的TP53、MAPK1、JUN、TNF、IL-6、AKT1等疾病靶点，调节酶类活性治疗血小板聚集。

目的:基于网络药理学分析黄柏通过铁死亡途径治疗类风湿关节炎（RA）的可能作用机制。方法:通过TCMSP数据库、Herb数据库筛选黄柏的主要活性成分及其对应的靶点蛋白，并使用Uniprot数据库将靶点蛋白名称转化为基因ID。在GenCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库中获取RA疾病靶点。利用FerrDb数据库收集铁死亡在激动物、抑制物和标志物3方面的基因。然后，利用Venny平台获取黄柏活性成分靶点基因、RA靶点基因和铁死亡相关基因的交集基因，并使用Cytoscape 3.9.1软件绘制"活性成分-靶点-RA-铁死亡"网络图。使用String和DAVID数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、基因本体论（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。使用PyMOL、AutoDock Vina软件和RCSB PDB数据库对活性成分与关键基因进行分子对接。结果:共筛选出11个黄柏活性成分（槲皮素、β-谷固醇、苦楝酮、烛毒素A、黄柏呈、掌叶大黄二蒽酮A、黄连宁、鬃毛酮、Kihadalactone A、尼洛替星、豆甾醇）和34个交集基因（PTGS2、AR、JUN、PRKCA、TGFB1、EGFR、CDKN1A、MAPK1、RB1、IL6、TP53、HIF1A、HSPA5、HMOX1、CAV1、IFNG、ALOX5、PTEN、NFE2L2、PARP1、PPARA、GSTM1、MTOR、PIK3CA、MDM2、MAPK8、GSK3B、SIRT1、DHODH、EZH2、AKR1C2、AKR1C1、STAT3、MAPK3）。预测得到TP53、JUN、STAT3、HIF1A、PTEN、SIRT1、EGFR、MTOR、MAPK3、AR 10个黄柏调控铁死亡抗RA的可能作用靶标，介导细胞对氧化应激的反应、对药物的反应、HIF-1、FoxO和ErbB等信号通路调控铁死亡途径，从而对抗RA的发生及进展。对接结果显示，关键基因与其对应的黄柏活性成分间存在分子结合位点。结论:黄柏可能通过铁死亡效应以多成分、多靶点、多通路、多种作用机制治疗RA。

目的:通过网络药理学方法研究二妙散干预特应性皮炎的药理机制，分析其作用的活性成分、分子靶点和信号通路。方法:通过TCMSP和Drugbank数据库获得二妙散活性成分和靶点。通过GEO数据库分析差异表达基因，获得特应性皮炎疾病靶点。通过Cytoscape的Bisogenet和CytoNCA插件获得二妙散治疗特应性皮炎的靶基因。通过DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果:经筛选获得二妙散12种活性成分和107个靶点；鉴定出274个特应性皮炎差异表达基因（矫正 P值<0.005和|log2（差异倍数)|>1.5)。得到187个二妙散治疗特应性皮炎的靶基因。靶基因的功能注释与端粒组织、蛋白异四聚体化、基因表达调控等相关。PI3K-Akt、MAPK、HIF-1信号通路等20条通路显著性富集。MAPK1、AKT、RELA、和TP53等多个基因为二妙散基因通路网络中干预特应性皮炎的关键基因。 结论:二妙散中槲皮素、四氢小檗碱、豆甾醇等核心成分可能通过参与PI3K-Akt、MAPK、HIF-1等信号通路，调控MAPK1、AKT、RELA和TP53等基因靶点，治疗特应性皮炎。

目的:运用网络药理学和分子对接技术分析七方胃痛颗粒干预胃癌的潜在作用机制。方法:运用TCMSP、TCMID和Swiss Target Prediction数据库筛选七方胃痛颗粒的药物化学成分及相关靶点，采用GeneCards、OMIM数据库筛选胃癌作用靶点，并获得药物-疾病共同靶点，上传至STRING数据库，构建蛋白相互作用关系（PPI）网络，得到关键靶点，在Oncomine肿瘤数据库中分析关键靶点与胃癌的相关性。通过Cytoscape软件构建药物-疾病调控网络，采用Cytoscape软件的CluoGO插件和R语言对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。通过分子对接验证药物分子和靶分子结合的可能性。结果:获得七方胃痛颗粒的药物化学成分168个，胃癌作用靶点2 803个，药物-疾病共同靶点49个。药物-疾病调控网络中度值较高的化学成分为β-谷甾醇、芒柄花素、豆甾醇等。PPI网络中关键靶点为MAPK8、FOS、AR等，GO富集分析集中于凋亡信号通路中线粒体外膜通透性的正调控等，KEGG富集分析显著富集在细胞凋亡通路等。分子对接结果显示药物分子与靶分子结合性好、构象稳定。结论:七方胃痛颗粒可诱导与胃癌相关的基因、蛋白表达，影响激素水平、细胞凋亡等生物学过程，激活凋亡信号通路来发挥主效应。

目的:基于网络药理学方法研究白花蛇舌草抗肝纤维化的作用机制。方法:检索TCMSP与Uniprot数据库，筛选白花蛇舌草有效成分及靶基因。通过GeneCards及OMIM数据库筛选肝纤维化的疾病靶基因，使用Cytoscape 3.8.2软件构建“疾病-成分-靶点”网络。通过STRING数据库构建PPI网络，借助Cytoscape 3.8.2软件筛选核心靶点，并对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。对分析结果进行实验验证。腹腔注射40%四氯化碳橄榄油溶液制备肝纤维化大鼠模型，将造模成功大鼠按随机数字表法分为模型组及白花蛇舌草组，每组10只。另以10只健康大鼠为空白对照组。白花蛇舌草组灌胃白花蛇舌草水提液2.7 g/kg，空白对照组及模型组灌胃等体积的蒸馏水，1次/d，连续4周。观察各组大鼠肝组织病理学变化及血清GPT、GOT、Alb水平；ELISA法检测外周血IL-6、IL-1β、TGF-β1水平；采用Western blot法检测PI3K、Akt、HIF-1α、VEGF蛋白表达。结果:获得白花蛇舌草治疗肝纤维化的有效成分5个，有效靶点118个。度值较高的有效成分为豆甾醇、β-谷甾醇、槲皮素等；度值较高的作用靶点为VEGF、EGFR、HIF-1α、IL-6。PPI网络中核心基因为HIF-1α、IL-6等；GO功能富集分析显示，可能影响RNA转录、蛋白结合等过程；KEGG通路富集分析显示，显著富集的通路为癌症通路、乙型肝炎通路、PI3K/Akt、HIF-1通路等。动物实验结果显示，与模型组比较，白花蛇舌草组肝脏组织病理学明显改善，白花蛇舌草组大鼠血清GPT、GOT、IL-6、IL-1β、TGF-β1水平降低（ P<0.01），Alb水平升高（ P<0.01），肝组织中PI3K、Akt、HIF-1α、VEGF蛋白表达降低（ P<0.01）。 结论:白花蛇舌草可通过作用VEGF、EGFR、HIF-1α与IL-6靶点，调控PI3K/Akt、HIF-1通路等发挥抗肝纤维化作用，并具有抗炎、抗血管新生、抗肿瘤等生物学功能。