目的:基于生信分析评价前列腺癌(PCa)中TP53及第10号染色体上缺失与张力蛋白同源的磷酸酯酶基因(PTEN)的表达水平及相关性。方法:利用生物信息学方法，挖掘公开数据库，分析TP53基因在前列腺癌中的表达并分析其可能的调控机制。收集徐州医科大学附属医院泌尿科2022年3月至2022年8月间诊治的PCa 79例，复阅病理切片并整理相关临床资料，采用免疫组织化学SP染色法检测79例PCa中PTEN及TP53的蛋白表达水平。分类资料的组间比较采用卡方检验和Mann-Whitney U检验，应用Pearson相关分析前列腺癌患者中PTEN和TP53的相关性。 结果:通过TCGA数据库分析，TP53在前列腺癌组织中的表达水平明显高于正常组织(501个比52个， Z＝8 874.5， P<0.05)；TP53表达水平(低表达250例比高表达251例)与前列腺癌患者临床病理参数关系表明，TP53与患者年龄( χ2＝6.079， P>0.05)、T分期( χ2＝0.338， P>0.05)、N分期( χ2＝0.176， P>0.05)、PSA水平( χ2＝0.016， P>0.05)和Gleason评分( χ2＝3.999， P>0.05)在内的临床特征之间均无统计学意义；建立前列腺癌总体生存期(OS)预测列线图，分析得出TP53不能作为OS的独立预后因素，PSA值与Gleason评分在前列腺有预后作用；免疫组织化学染色PTEN蛋白阳性(完整)者占73%，阴性(缺失)者占27%；TP53蛋白染色呈野生型突变模式者占81%，突变型表达模式者占19%。Pearson统计学分析，PTEN缺失与TP53突变型显著相关性( r＝0.653， P<0.05)。 结论:TP53联合PTEN对前列腺癌的进展有一定预测作用，且为临床前列腺癌治疗提供参考。

目的:制备新型冠状病毒野生株(WT)、Beta变异株、Delta变异株、Omicron变异株(BA.2、BA.5、BQ.1和XBB.1分支)等7株单克隆病毒株，用于申请国家标准株。方法:利用蚀斑纯化技术感染Vero细胞后筛选单克隆毒株，通过观察细胞病变特性与病毒形态学特征、病毒滴度与全基因组序列测定、支原体检测等方法，以评价单克隆毒株的基础生物学特征。结果:WT株、Beta变异株、Delta变异株、Omicron变异株(BA.2、BA.5、BQ.1和XBB.1)7株病毒感染细胞后，细胞病变表现为细胞圆缩脱落；蚀斑纯化后的病毒支原体检测均为阴性，2代至5代的病毒滴度在10 5～10 8 TCID 50/ml之间；电镜下病毒颗粒呈圆形或者椭圆形，直径在60～140 nm之间；全基因组测序与系统进化分析明确了7种毒株的变异株类别，证实了单克隆毒株连续传代5代基因组特征稳定。 结论:制备7种代表性新型冠状病毒变异株的克隆株，具有典型冠状病毒细胞病变效应、形态结构清晰、病毒活性良好、遗传稳定等特性，可作为候选毒株用于申请国家标准株。

目的:探讨敲除 abaR基因对鲍氏不动杆菌生长代谢和生物膜形成的影响。 方法:应用同源重组方法敲除鲍氏不动杆菌ATCC 17978(野生株) abaR基因，获得ATCC 17978 abaR敲除株(ATCC 17978/ΔabaR：：Kn)，通过PCR电泳和测序验证。应用酶标仪测定鲍氏不动杆菌野生株和敲除株培养18 h内的生长曲线，同时应用结晶紫染色法分别于培养8、24、48 h，测定生物膜形成能力，结果均以吸光度值表示，每个时间点样本数为3。对数据进行析因设计方差分析、单因素方差分析、 t检验、LSD检验。 结果:(1)打靶片段ΔabaR：：Kn的PCR产物大小为3 029 bp。ATCC 17978野生株成功敲除 abaR基因后获得ATCC 17978敲除株(ATCC 17978/ΔabaR：：Kn)，敲除株PCR产物大小3 300 bp，说明 abaR基因被成功敲除。(2)培养2、3、4 h，鲍氏不动杆菌野生株吸光度值稍高于敲除株；培养5～18 h，鲍氏不动杆菌野生株和敲除株各时间点吸光度值相近。(3)培养8、24 h，鲍氏不动杆菌野生株生物膜形成能力(0.644±0.066、0.574±0.184)与敲除株(0.559±0.008、0.394±0.030)相近( t＝2.209、1.167， P>0.05)；培养48 h，鲍氏不动杆菌野生株生物膜形成能力(1.157±0.259)明显强于鲍氏不动杆菌敲除株(0.576±0.026， t＝3.865， P<0.05)。鲍氏不动杆菌野生株培养48 h的生物膜形成能力明显强于培养8、24 h( P<0.05)，鲍氏不动杆菌敲除株培养24 h的生物膜形成能力明显弱于培养8、48 h( P<0.05)。 结论:利用同源重组方案，可成功敲除鲍氏不动杆菌ATCC 17978 abaR基因，获得鲍氏不动杆菌敲除株ATCC 17978/ΔabaR：：Kn。敲除 abaR基因后，鲍氏不动杆菌自身的生长代谢不受影响，但其生物膜形成能力明显减弱。

目的:探讨miRNA-106b（miR-106b）对人喉鳞状细胞癌Hep-2和TU212细胞的作用及其机制。方法:将Hep-2和TU212细胞分为转染miR-106b抑制序列组（实验组）、转染miR-106b竞争性阴性序列组（阴性对照组）、未进行任何干预组（空白组）。采用反转录定量聚合酶链反应（qRT-PCR）验证miR-106b抑制序列对细胞miR-106b表达的抑制效应。应用生物信息学及荧光素酶报告载体分析磷酸酶和张力蛋白同源物（PTEN）是否为miR-106b的靶基因。利用PTEN小干扰RNA（siRNA）抑制Hep-2和TU212细胞中PTEN的表达。Transwell实验和蛋白质印迹法分别检测miR-106b沉默后和（或）PTEN干扰后Hep-2和TU212细胞侵袭能力的变化及PTEN、上皮性钙黏蛋白和波形蛋白表达变化。结果:实验组Hep-2和TU212细胞miR-106b相对表达量分别为0.110±0.037、0.074±0.009，较阴性对照组（1.013±0.059、1.035±0.062）均降低（均 P<0.05）。Transwell实验中，实验组Hep-2和TU212细胞较阴性对照组每个视野侵袭细胞数少[（37.09±4.02）个比（95.65±4.77）个，（29.16±2.49）个比（103.19±6.08）个，均 P<0.05]。生物信息学分析显示PTEN mRNA的3'-UTR区与miR-106b的3'-UTR区域互补；双荧光素酶报告系统分析显示，转染miR-106b的野生型PTEN基因的荧光素酶报告子的活性降低至（22.84±2.68）%，转染miR-106b的突变型PTEN基因的荧光素酶报告子的活性几乎未改变[（92.08±3.44）%]，二者差异有统计学意义（ P<0.001）。实验组Hep-2和TU212细胞PTEN蛋白表达水平较阴性对照组高。Transwell实验检测显示，抑制PTEN表达的实验组Hep-2和TU212细胞比未抑制PTEN表达的实验组每个视野侵袭细胞数增加[（65.08±3.57）个比（26.72±2.58）个，（57.38±4.96）个比（31.81±2.97）个，均 P<0.05]。蛋白质印迹实验显示，抑制PTEN表达的实验组Hep-2和TU212细胞上皮性钙黏蛋白表达水平上调，波形蛋白表达水平下调。 结论:人喉鳞状细胞癌Hep-2和TU212细胞中miR-106b可能通过靶向调节PTEN的表达，影响PTEN下游侵袭相关蛋白，而改变细胞侵袭能力。

目的:探讨N-myc下游调节基因家族成员3(NDRG3)对胃癌细胞生物学行为的影响及其机制。方法:实验分NDRG3敲减组和对照组，AGS-NDRG3小发夹状RNA(shRNA)组采用shRNA技术干扰AGS细胞中NDRG3表达，同时设置AGS-Vector对照组转染空白对照病毒；通过反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和蛋白质印迹法(Western blot)检测两组细胞中NDRG3 mRNA和蛋白表达以检查AGS-NDRG3 shRNA组中NDRG3敲减效果，利用细胞计数试剂盒(CCK-8)法和Transwell实验分别检测两组细胞中细胞增殖和侵袭能力，利用流式细胞仪分析两组细胞中细胞周期分布情况，并通过Western blot检测敲减两组细胞中细胞核增殖抗原(Ki-67)和p53蛋白表达水平，组间比较采用单因素方差分析。结果:AGS-NDRG3 shRNA组NDRG3 mRNA和蛋白表达水平均显著低于对照组(NDRG3 mRNA，0.220±0.035比1.020±0.078， t＝14.713， P<0.01；NDRG3蛋白，0.140±0.018比0.820±0.025， t＝7.892， P<0.01)，差异均有统计学意义。CCK-8实验结果显示，在培养24、48、72 h后，AGS-NDRG3 shRNA组细胞的增殖水平(0.388±0.025、0.576±0.044、0.873±0.051)明显低于对照组(0.457±0.033、0.674±0.047、1.125±0.062)，差异均有统计学意义( t＝4.983、5.852、8.082， P<0.01)；Transwell迁移实验结果表明，AGS-NDRG3 shRNA组侵袭穿过Transwell小室膜的细胞数[(474.5±27.6)个]明显低于对照组[(1 127.0±48.8)个]，差异有统计学意义( t＝12.380， P<0.01)；细胞周期分析显示，敲减NDRG3表达的AGS细胞周期阻滞于S期，其S期占49.33%，对照组S期占30.29%( t＝4.634， P<0.01)，差异均有统计学意义；Western blot检测结果显示，敲减NDRG3表达后AGS细胞中Ki-67蛋白表达低于对照组(0.380±0.021比0.860±0.036， t＝5.163， P<0.01)、野生型p53蛋白表达高于对照组(0.720±0.018比0.160±0.013， t＝11.354， P<0.01)，差异均有统计学意义。 结论:NDRG3可能通过调控p53通路促进AGS细胞增殖及侵袭能力。

目的:探索胚胎植入前单基因遗传学检测（preimplantation genetic testing for monogenic，PGT-M）周期前与重症联合免疫缺陷（severe combined immunodeficiency，SCID）相关的重组激活基因1（recombination activating gene 1，RAG1）基因结构和功能，并对其新发现变异位点进行致病性预测。方法:针对2016年8月于中山大学附属第一医院生殖医学中心就诊的先证者的外显子报告及其父母外周血染色体核型及Sanger测序数据，利用PROVEAN、PolyPhen-2和Mutation Taster致病性预测软件对 RAG1基因变异位点的基因结构、蛋白保守结构域进行分析，并对突变与野生型RAG1蛋白的结构进行三维结构重建，实现致病性的预测。 结果:双方均为 RAG1基因突变携带者，突变位点位于11号染色体上，女方为c.946T>G（p.C316G）杂合错义突变，男方为c.1194_1196del（p.L399del）杂合整码突变。两个突变位点对应的氨基酸在人、黑猩猩、猪、牛、大鼠、小鼠6个物种中高度保守。二级三级结构重建显示，c.946T>G（p.C316G）突变导致对应的RING型锌指结构丧失结合锌离子的能力，c.1194_1196del（p.L399del）突变引起的第399位亮氨酸缺失导致氢键减少1条。 结论:推测 RAG1两个新发现变异位点为可致病性突变，扩大了 RAG1基因的突变谱，具有重要的研究价值。

目的:构建高毒力肺炎克雷伯菌NTHU-K2044菌株 hfq基因缺失株(△ hfq)，并通过表型试验分析 hfq基因对高毒力肺炎克雷伯菌生长特性、环境适应能力和毒力等生物学特性的影响。 方法:利用同源重组技术对NTUH-K2044菌株进行 hfq基因敲除；通过表型试验，比较高毒力肺炎克雷伯菌野生株和△ hfq突变株在细菌生长速度、抗环境胁迫能力、生物膜形成、荚膜形成中性粒细胞杀菌活性和大蜡螟幼虫感染致死率等方面的差异性。 结果:成功构建高毒力肺炎克雷伯菌NTUH-K2044 △ hfq缺失株，表型试验表明△ hfq缺失株的生长速度显著减慢，菌落变小和超黏性下降；在pH9、pH5.5、0.7 mmol/L SDS、5% NaCl、0.1%H 2O 2环境和50℃高温等环境胁迫条件下，△ hfq缺失株生长受到显著抑制；在毒力方面，△ hfq缺失株生物膜形成能力下降，荚膜形成能力下降且荚膜合成基因 magA和 rmpA表达量明显下降，中性粒细胞杀菌试验存活率下降，大蜡螟幼虫致死能力显著降低。 结论:Hfq蛋白作为RNA伴侣分子能够参与转录后调控进而对高毒力肺炎克雷伯菌生理、环境适应性及毒力致病性具有重要的调控作用。这为寻找治疗和控制高毒力高耐药肺炎克雷伯菌新靶标提供了基础。

目的:探讨 Gpr174对脓毒症小鼠肠道损伤、肠道菌群与代谢物组成的影响。 方法:将12只8周龄雄性C57BL/6和 Gpr174 -/-小鼠随机（随机数字法）分为4组，分别为野生（WT）组，敲除（KO）组，野生鼠盲肠结扎穿孔（WT+CLP）组和敲除鼠盲肠结扎穿孔（KO+CLP）组，采用盲肠结扎穿刺法建立脓毒症模型；分别在生理情况下与脓毒症造模后72 h收集小鼠粪便，提取菌群DNA并进行扩增，在对PCR产物荧光定量后，对原始数据进行过滤与质控并筛选差异菌群。利用液相色谱-质谱联用技术，使用QuanMET软件对原始数据进行分析并比对鉴定内源性代谢物。通过R语言进行多元回归分析，筛选相关差异代谢物，并进一步分析相关代谢通路。 结果:研究发现，KO-CLP组小鼠的肠道损伤和炎症反应较WT-CLP组减轻，肠道屏障结构和功能破坏较弱。同时，WT组与KO组小鼠在生理和脓毒症情况下肠道差异菌群组内差异小，组间差异有统计学意义。生理情况下共筛选出18种差异细菌，差异最显著的包括双歧杆菌、乳酸菌、理研菌、拟杆菌、巴恩斯氏菌、普雷沃特菌、龈乳杆菌、艾克曼菌等，但脓毒症时则仅存在2种差异菌，分别为瘤胃球菌与普雷沃氏菌。肠道代谢物PCA分析表明生理情况下野生组与敲除组小鼠存在组间差异；而在脓毒症造模后，KO与WT小鼠组间差异不明显。在生理情况下，WT组与KO组小鼠鉴定出24种差异代谢产物，其中差异最显著的为丙氨酸与丙酮二羟酸，这些差异代谢产物涉及丙氨酸循环、丙氨酸代谢等信号通路。结论:Gpr174敲除后能缓解脓毒症小鼠的肠道损伤。生理情况下 Gpr174影响肠道菌群与代谢产物。研究结果提示 Gpr174参与肠道菌群与代谢物的调控。

目的:探讨大电导钙激活钾通道(BKCa)基因敲除后大鼠胰腺转录组基因表达及信号转导通路变化，分析BKCa基因在胰腺中的作用。方法:3只BKCa基因敲除成年雌性SD大鼠(BKCa敲除组)由首都医科大学基础医学院生理学与病理生理学系王伟教授馈赠，设3只野生型成年雌性SD大鼠为野生组。取完整的胰腺组织，提取总RNA，采用转录组测序技术进行测序、差异分析软件DESeq2筛选BKCa敲除组和野生组胰腺组织间的差异表达基因，利用基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对差异表达基因进行生物功能富集分析。采用RT-PCR法对富集分析出的关键基因进行验证。结果:BKCa敲除组和野生组大鼠胰腺样本共检测到18 258个基因，经DESeq2软件筛选出348个表达差异基因，其中200个基因在BKCa敲除组胰腺中高表达，148个基因低表达。GO数据库显示214个差异表达基因富集在56个GO条目，其中24个涉及生物学过程，18个涉及细胞组分，14个涉及分子功能；KEGG数据库显示348个差异表达基因中15个富集于PI3K/Akt信号通路，经RT-PCR验证，其关键基因Hsp90ab1、Hsp90aa1、Foxo3a、Col1a2在BKCa敲除组胰腺组织的表达显著高于野生组( P<0.0001)，而Thbs1、Pik3r1和Ppp基因表达差异无统计学意义。 结论:在转录组水平上筛选出BKCa敲除组与野生组大鼠差异表达基因，其显著富集于PI3K/Akt信号通路，为预测BKCa在胰腺中发挥的功能提供了线索。

目的:运用生物信息学方法筛选与瞬时感受器电位香草素受体亚家族3(transient receptor potential vanillin 3, TRPV3)突变密切相关的一组基因和信号通路，探讨 TRPV3突变对局灶型掌跖角化症和Olmsted综合征表皮功能和角质细胞增殖分化的影响。 方法:对转染 TRPV3突变体的HEK293T细胞进行Sanger DNA测序。筛选与 TRPV3突变相关的差异基因，利用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis，WGCNA)筛选与样本特征相关性最大的模块，两者取交集后得到差异共表达基因，并进行富集和功能注释。基于STRING数据库构建蛋白质相互作用网络，利用多算法筛选出与 TRPV3突变相关的关键基因。 结果:用野生型或 TRPV3突变体转染HEK293T细胞24 h后，发现各细胞系的活细胞数减少，尤其是Gly573Cys、Gly573Ser和Trp692Gly。综合WGCNA和差异分析筛选得到共30个与 TRPV3突变相关的差异共表达基因，其中GO显示其主要富集在RNA聚合酶Ⅱ对转录的正调控和核酸模板转录的正调控等功能；京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG)通路分析发现主要富集在丝裂原活化蛋白激酶信号通路、TRP通道的炎症介质调节、细胞衰老和鞘脂代谢等途径。将CytoHubba 4种算法的结果进行交叉，共鉴定出4个关键靶基因，包括 FOS、 EGR1、 ATF3、 EGR2。 结论:本研究发现 TRPV3突变抑制细胞活性，与Olmsted综合征和局灶型掌跖角化病等皮肤角化性疾病密切相关，并通过生物信息学方法筛选得到与 TRPV3突变相关的差异共表达基因，可为后续研究 TRPV3突变引起相关疾病的发病机制和治疗提供参考依据。