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2019新型冠状病毒奥密克戎变异株的研究进展
编辑人员丨1天前
2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)奥密克戎BA.4/BA.5变异株具有相对特异的变异位点,使其与血管紧张素转换酶2受体的结合能力增强,并减少了对跨膜丝氨酸蛋白酶2的依赖;奥密克戎变异株对自然感染和疫苗接种后的免疫作用会产生不同程度的免疫逃逸,其中BA.4/BA.5变异株的免疫逃逸作用更为明显。BA.4/BA.5变异株所致疾病的严重程度与BA.2变异株相比并未发生明显变化,目前的抗原和核酸检测技术仍适用。治疗策略仍是基于病情评估的分层分类治疗策略,其对小分子抗病毒药物仍敏感,而大多数单克隆抗体对BA.4/BA.5变异株的疗效降低甚至无效。随着病毒的持续传播,2019-nCoV仍将不断进化和变异,加强病毒变异的监测、继续做好疫苗研发和接种,以及加强抗病毒药物的研发是应对疫情和病毒变异的关键。
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编辑人员丨1天前
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一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情病毒全基因组特征分析
编辑人员丨1天前
目的:分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况,为疫情防控和风险评估提供参考。方法:收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本,使用数字PCR方法对病毒载量进行测定,使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析,对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果:全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×10 4拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×10 4拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份,均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇,内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。 结论:该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成,疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。
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CHARGE综合征7例患儿的临床表型及分子遗传学分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨7例CHARGE综合征(CS)患儿的临床表型及遗传学病因。方法:回顾性分析2020年3月至2022年12月就诊于郑州大学附属儿童医院的7例CS患儿的临床资料,采集患儿及其父母的外周血样,提取基因组DNA,对其进行全外显子组测序。对候选变异进行Sanger测序家系验证及致病性分析。本研究通过郑州大学附属儿童医院医学伦理委员会的审查(伦理号:2024-K-023)。结果:7例患儿首诊年龄为出生后1 d~12岁不等,均存在生长发育迟缓,5例患儿首诊原因为出生后呼吸、吞咽及喂养困难,1例因外生殖器异常伴听力障碍就诊,1例因青春期第二性征未发育就诊。7例患儿均检测出 CHD7基因变异:c.6292C>T(p.R2098*)、c.2754G>A(p.W918*)、c.469C>T(p.R157*)、c.3308T>A(p.V1103D)、c.7111delC(p.Q2371Kfs)、c.6023delA(p.D2008Vfs)、c.3565C>T(p.R1189C),包括3个无义变异、2个移码变异、2个错义变异。经Sanger测序验证,上述变异均为新发。经生物信息学预测及美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南评级,c.3308T>A(p.V1103D)与c.3565C>T(p.R1189C)被评定为可能致病性变异(PS2+PM2_Supporting+PP3),其余均被评定为致病性变异(PVS1+PS2+PM2_Supporting)。 结论:CS的临床与遗传异质性较强,早期进行基因检测有利于准确诊断,避免漏诊与误诊。上述新变异位点的检出拓展了CS的表型谱及 CHD7基因的变异谱。
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编辑人员丨1天前
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FLNA基因新变异致结节状灰质异位并癫痫发作三例
编辑人员丨1天前
目的:报告3例脑室周围结节状异位并癫痫发作的病例进行基因变异分析,明确其可能的致病原因。方法:分析3例表现为脑室周围结节状异位并癫痫发作的患者临床资料,对患者行全外显子测序(whole exome sequencing,WES)检测,对可疑变异位点进行Sanger测序及双亲验证。结果:3例均以癫痫发作就诊的女性患者,头颅MRI见双侧侧脑室结节性灰质异位,全外显子测序示例1及其母亲(例2) FLNA基因存在c.2720del T(p.Leu907Argfs*39)杂合变异,根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异标准与指南判定为致病性变异(PVS1+PM2+PP1);例3的 FLNA基因存在c.1387_1390del GTGC(p.Val463Profs*34)杂合变异,判定为可能致病变异(PVS1+PM2)。 结论:FLNA基因c.2720del T和c.1387_1390del GTGC变异可能为3例患者的遗传学病因。
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编辑人员丨1天前
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SERAC1基因变异致MEGDHEL综合征一例报告并文献复习
编辑人员丨1天前
目的:探讨 SERAC1基因变异所致MEGDHEL综合征的临床特征及遗传学特点。 方法:回顾性总结1例2016年8月转入复旦大学附属儿科医院并诊断为MEGDHEL综合征患儿的临床和分子生物学特征,并通过文献复习,分析和总结国内外已报道的MEGDHEL综合征病例的临床特征及遗传学特点。结果:(1)病例:患儿男,生后2 d因高乳酸血症转入本院。体格检查发现皮肤散在瘀斑。实验室检查示凝血功能障碍;头颅MRI示双侧基底节异常信号;检测到 SERAC1基因c.442C>T(p.Arg148*)纯合变异,为人类基因突变数据库收录的致病变异位点,父母均为杂合携带者,诊断为MEGDHEL综合征。随访至3岁11月龄,患儿存在精神运动发育迟缓、肢体痉挛、肌张力障碍、感音性耳聋、丧失语言能力。(2)文献复习:共检索到87例病例,合并本例共88例,共涉及57种不同变异位点。临床表现具有同质性,多在新生儿期起病(72%,62/86),以严重可逆性肝功能异常(49%,38/77)、新生儿低血糖(44%,35/80)为主;婴幼儿期开始出现一系列神经系统受累表现,常见肌张力低下(86%,68/79)、肢体进行性痉挛(82%,67/82)、肌张力障碍(80%,66/82)、智力障碍(88%,58/66)和感音性耳聋(74%,59/80);头颅MRI提示双侧基底节受累(93%,70/75);3-甲基戊烯二酸尿(98%,80/82)。目前主要采取支持治疗,预后极差。 结论:新生儿期表现为不明原因可逆性肝功能异常或低血糖等异常,婴幼儿期逐渐出现进行性耳聋-肌张力障碍综合征的患儿,应高度怀疑MEGDHEL综合征,此类患儿多数预后不良,新生儿期经基因检测可早期诊断。
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编辑人员丨1天前
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斑驳病3例基因变异检测及基因型与表型分析
编辑人员丨1天前
目的:确定3例斑驳病患者的致病基因变异位点,探讨斑驳病基因型与表型的关系。方法:2019年1月至2021年12月于河南省人民医院皮肤科收集3例斑驳病患者及其父母临床资料,采集他们和100例无亲缘关系的健康对照外周血标本,提取全血DNA。应用全外显子测序技术筛选患者基因变异位点,Sanger测序验证。通过致病性分析软件评估变异位点的有害性。结果:例1男,23岁,额部和胸腹部白斑23年,父母未患病;例2男,1岁5个月,额部和腹部白斑1年,父母未患病;例3男,6岁,额部和四肢白斑6年,父母未患病。3例患者分别存在KIT基因14号外显子错义变异c.2033T>C(p.L678P)、18号外显子剪接位点变异c.2485-1G>C和16号外显子杂合错义变异c.2346C>G(p.F782L),而患者父母及100例健康对照均未发现上述3处变异。3个变异均为新致病变异位点,且均为有害致病变异位点。结论:本研究在3例斑驳病患者中检测到3个新致病变异位点,即KIT基因c.2033T>C(p.L678P)、c.2485-1G>C和c.2346C>G(p.F782L)。进一步验证了该病严重程度与KIT基因变异的类型及位置密切相关。
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编辑人员丨1天前
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75例肝型肝豆状核变性患儿的临床表型及 ATP7B基因变异分析
编辑人员丨1天前
目的:分析西北地区肝型肝豆状核变性(Wilson’s disease,WD)患儿的临床特征与 ATP7B基因变异情况。 方法:回顾分析75例肝型WD患儿的临床及 ATP7B基因变异的特点。 结果:75例患儿中,症状前患儿4例,表现为单纯转氨酶升高者59例,急慢性肝病者12例; ATP7B基因纯合变异9例,复合杂合变异64例,杂合变异2例;共检测出49个变异,高发变异位点为c.2333G>T(p.Arg778Leu)、c.2621C>T(p.Ala874Val)及c.2975C>T(Pro992Leu),等位基因频率分别为28.7%、12.7%及9.3%;检出了c.1908dupC(p.Asn637Glnfs*118)、c.4179_4180insC(p.Pro1394Profs*15)、c.1604A>G(p.Glu535Gly)、c.2278C>T(p.Pro760Ser)、c.3008C>A(p.Ala1003Glu)及c.3532A>C(p.Thr1178Pro)6个新变异,除c.1604A>G(p.Glu535Gly)为临床意义不明确变异外,余均为可能致病性变异。儿童肝型WD的基因型-表型间无明显相关性。 结论:西北地区肝型WD患儿常见 ATP7B变异类型为c.2333G>T(p.Arg778Leu)、c.2621C>T(p.Ala874Val)及c.2975C>T(p.Pro992Leu),基因型-表型间无明显相关性。
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编辑人员丨1天前
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罕见肾单位肾痨患儿的临床与基因变异分析
编辑人员丨1天前
目的:对1例临床高度怀疑为肾单位肾痨(nephronophthisis, NPHP)的患儿进行基因变异鉴定与分析,以明确其诊断。方法:抽取患儿及其父母的外周血样,应用高通量测序技术对患儿进行测序分析,对可疑致病变异位点进行患儿及其父母的Sanger测序验证。结果:患儿为7岁先天失明的女孩,因无明显诱因反复呕吐伴乏力、精神差7~8天于当地医院就诊,后以"肾功能衰竭"转入本院。患儿尿常规潜血(3+),尿蛋白(1+),血尿素氮、肌酐进行性明显升高;超声检查双肾体积略增大,肾实质回声增强,皮髓质分界不清,提示双侧肾脏多发囊肿。临床拟诊为"肾单位肾痨"。测序结果示患儿 CEP290基因存在c.2587-2A>T和c.2251C>T复合杂合变异,经Sanger测序验证分别遗传自其母亲和父亲。根据美国医学遗传学与基因组学学会指南,患儿携带的 CEP290基因两个变异均被判定为致病性变异。 结论:患儿被确诊为 CEP290基因变异所致的肾单位肾痨6型,该疾病案例在国内尚未见报道,为该病基因型与表型的相关性提供了新的证据。
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编辑人员丨1天前
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中国 ATF6基因相关全色盲一家系分子遗传学和临床特征分析
编辑人员丨1天前
目的:分析中国汉族全色盲一家系的临床特征和致病基因变异。方法:采用家系调查研究方法,收集2010年7月至2019年7月于北京协和医院眼科就诊的中国汉族全色盲一家系,纳入该家系2代5名成员,包括2例患者和3名表型正常者。询问病史并进行详细眼科检查,包括视力、色觉、彩色眼底照相、眼底自发荧光(FAF)、光相干断层扫描(OCT)、视野及视网膜电图(ERG)检查。采集2例患者及家系成员外周血并提取DNA。利用全外显子测序(WES)技术筛选致病基因变异,进行Sanger验证及家系共分离分析。通过1000 Genomes、人类基因突变数据库(HGMD)、ExAC、ClinVar以及OMIM等数据库对变异位点进行注释,判断是否为单核苷酸多态性或已报道变异;根据美国医学遗传学和基因组学(ACMG)遗传变异分类标准与指南进行致病性评估。结果:先证者父母近亲结婚,家系遗传特点符合常染色体隐性遗传。2例患者均为男性,均自幼双眼视力低下伴有畏光和色觉障碍。眼底表现为黄斑中心凹处反光不明显。FAF显示黄斑中心凹处弱荧光。OCT显示未见明显黄斑中心凹结构,且相应区域椭圆体带和交接带缺失。视野检查显示中心暗点伴或不伴周边视野缺损。ERG显示暗适应0.01、3.0及10.0反应波形大致正常;振荡电位振幅下降;明适应3.0及30 Hz闪烁光反应未记录到波形。随诊9年,患者的临床表现显示疾病未见明显进展。测序结果显示2例患者均携带纯合 ATF6基因新发致病变异c.947insA(p.Asn316Lysfs*46),先证者母亲携带杂合变异,未患病的胞兄弟未携带变异,符合家系共分离。ACMG遗传变异分类标准与指南评级为致病性变异。 结论:ATF6基因c.947insA(p.Asn316Lysfs*46)为该全色盲家系的致病基因变异位点,该变异位点为首次报道。
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编辑人员丨1天前
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X连锁Alport综合征 COL4A5剪接突变的致病性分析及剪接纠正
编辑人员丨1天前
目的:分析一个X连锁显性遗传Alport综合征家系 COL4A5基因的剪接突变位点,探索外显子特异性U1核小RNA(small nuclear RNA,snRNA)基因治疗的可能性。 方法:收集Alport综合征先证者及其家族成员临床资料,高通量测序技术检测先证者肾病系列基因全外显子组基因突变。用在线软件分析 COL4A5 c.546+5G>A变异引起的剪接位点改变及其致病性。用minigene实验验证和分析Alport综合征家系先证者 COL4A5基因突变位点c.546+5G>A及瞬时转染导入修饰过的U1 snRNA纠正剪接突变的效果。 结果:基因测序结果显示,先证者和其同母异父的兄长均存在 COL4A5基因半合子变异,变异位点为c.546+5G>A。在线软件分析剪接变异致病性的结果显示,突变后原有的Donor剪切位点检测不到,提示影响剪切可能性很大。杂交小基因检测结果验证了 COL4A5基因c.546+5G>A突变的异常剪接模式——外显子9缺失。经过修饰的U1 snRNA可部分纠正该异常的剪接突变,ExSpeU1(MT)、ExSpeU1(E9+1)、ExSpeU1(E9+9)、ExSpeU1(E9+11)对c.546+5G>A引发的外显子9缺失的纠正比例分别为0、43.81%、52.09%、48.12%。 结论:COL4A5新发剪接突变具有致病性,修饰过的U1 snRNA可部分纠正异常剪接。
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编辑人员丨1天前
