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支气管肺发育不良中新型miRNA-TF-mRNA共调控网络的鉴定
编辑人员丨6天前
目的:筛选与新生儿支气管肺发育不良(BPD)发病相关的关键转录因子(TF)、微小核糖核酸(miRNA)和信使核糖核酸(mRNA),并构建了调控网络。方法:从高通量基因表达数据库GEO获取mRNA芯片数据集GSE108756,筛选出的差异表达基因(DEGs)进行京都基因和基因百科全书(KEGG)、基因本体注释(GO)功能富集分析;参照HumanTFDB数据库获取与DEGs对应的TF后利用cytoHubba插件筛选出degree值前10的Hub TF;通过hTFtarget数据库找出Hub TF中7个TF所对应的靶基因;在GSE108756中获取7个TF及其靶基因所对应的探针表达量后做相关性分析,筛选出最终纳入研究的6个Hub TF及所对应的正相关TF-mRNA关系队;利用Targetscan Human数据库获取靶向调控6个Hub TF的miRNAs,并与miRNA芯片数据集GSE166762差异miRNAs取交集后匹配出负向调节的miRNA-TF关系队,最后构建BPD患儿潜在miRNA-TF-mRNA调控网络,进一步筛选出关键miRNA、mRNA。结果:共筛选出201个差异表达基因,KEGG富集结果主要涉及B细胞受体信号通路、造血系统、原发免疫缺陷等作用,GO功能富集分析主要富集在B细胞增殖活化及免疫应答调节细胞表面受体等生物学过程中。与Hub TF(EBF1、TCF4、JUN、BCL11A、SPIB、E2F1)表达谱强关联的正相关下游靶基因有159个,负相关的上游miRNA有120个。BPD患儿发病潜在的关键miRNA-TF-mRNA网络包括has-miR-217-TCF4-Pou2AF1、has-miR-150-5p-E2F1-ADM。结论:本研究构建了新生儿BPD的miRNA-TF-mRNA共调控网络,从转录调控的崭新视角为揭示BPD发病机制奠定理论基础。
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编辑人员丨6天前
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miR-144-3p靶向调控Nrf2对膀胱癌顺铂敏感性的影响
编辑人员丨6天前
目的:探讨miR-144-3p在膀胱癌顺铂耐药中的作用。方法:体外培养膀胱癌细胞T24,将细胞分为空白组(不予处理)、模拟物对照组、miR-144-3p模拟物转染组、抑制剂对照组、miR-144-3p抑制剂转染组。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证转染效果,MTT法检测各组细胞经顺铂处理后的存活率,蛋白免疫印迹法(Western blot)检测目的蛋白的表达。应用双荧光素报告基因实验验证miR-144-3p与核因子E2相关因子2(Nrf2)的靶向关系,进一步在各组细胞中敲除Nrf2,qRT-PCR和Western blot检测各组细胞中HO-1、Bcl-2和Caspase-3的mRNA和蛋白表达水平。结果:与对照组相比,miR-144-3p模拟物转染组膀胱癌细胞对顺铂更敏感,而miR-144-3p抑制剂转染组的作用则相反;miR-144-3p模拟物转染组可有效抑制膀胱癌细胞中Nrf2的mRNA和蛋白表达水平(均 P<0.05),而miR-144-3p抑制剂转染组Nrf2的mRNA和蛋白质水平上调(均 P<0.05)。miR-144-3p模拟物转染组HO-1和Bcl-2的mRNA和蛋白表达显著下调,Caspase-3表达上调(均 P<0.05),而miR-144-3p抑制剂转染组显示出相反的结果。荧光素酶结果证实miR-144-3p可以直接与Nrf2的3′-UTR区域结合,降低Nrf2的mRNA水平。而当Nrf2被敲除时,不管是miR-144-3p模拟物转染组和miR-144-3p抑制剂转染组,HO-1、Bcl-2和Caspase-3的mRNA和蛋白表达水平无明显变化,miR-144-3p失去了调节膀胱癌细胞顺铂敏感性的能力。 结论:miR-144-3p靶向调控Nrf2对膀胱癌顺铂的敏感性,miR-144-3p有望成为顺铂抗性或难治性膀胱癌治疗的新靶点。
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编辑人员丨6天前
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针刺对自发性高血压大鼠内皮活性因子及相关自主神经递质的影响
编辑人员丨1周前
目的:观察针刺"降压方"对自发性高血压大鼠(SHR)内皮活性因子及相关自主神经递质的影响,探讨针刺降压的血管调节和中枢调控机制.方法:将30只SPF级雄性SHR随机分为模型组(15只)、针刺组(15只),另以15只京都种Wistar大鼠(WKR)为空白对照组(正常组).针刺组予"降压方"(双侧"人迎""曲池""足三里""太冲""内关")针刺,留针30 min,每日1次,共干预28d.每周采用激惹评分动态评价大鼠交感激惹表征;通过全自动无创血压测量系统检测大鼠尾动脉血压;ELISA法检测血清降钙素基因相关肽(CGRP)、一氧化氮(NO)、内皮素-1(ET-1)、神经肽Y(NPY)含量;DAB显色原位杂交(CISH)检测颈内动脉、弓状核内皮型一氧化氮合酶(eNOS)及室旁核后部、延髓腹外侧CGRPmRNA表达;液相色谱及质谱联用检测室旁核前部肾上腺素(E)、去甲肾上腺素(NE)含量.结果:与正常组比较,模型组大鼠观察期间各时间点激惹评分及收缩压、舒张压升高(P<0.05);与模型组比较,针刺组大鼠干预第3、4周后激惹评分及干预第2、3、4周后收缩压、舒张压降低(P<0.05).与正常组比较,模型组大鼠血清CGRP、NO含量降低(P<0.05),血清ET-1、NPY含量及室旁核前部E、NE含量升高(P<0.05);与模型组比较,针刺组大鼠血清CGRP、NO含量升高(P<0.05),血清ET-1、NPY含量及室旁核前部E、NE含量降低(P<0.05).模型组大鼠颈内动脉中膜增厚且有重构表现,弓状核神经元体积较小;针刺组大鼠颈内动脉各层排布尚可,弓状核小细胞神经元适中.各组大鼠eNOS mRNA在颈内动脉主要表达于各层中平滑肌细胞,而在弓状核主要表达于小细胞神经元.模型组大鼠室旁核后部神经分泌大细胞及小细胞分布较为稀疏,针刺组大鼠两类细胞排布尚可;模型组、针刺组大鼠延髓腹外侧区胶质细胞种类相对较少.各组大鼠CGRP mRNA在室旁核后部主要表达于神经分泌小细胞,而在延髓腹外侧主要表达于胶质细胞核及细胞质.与正常组比较,模型组大鼠颈内动脉及弓状核eNOS mRNA、室旁核后部及延髓腹外侧CGRP mRNA表达降低(P<0.05);与模型组比较,针刺组大鼠颈内动脉及弓状核eNOS mRNA、室旁核后部及延髓腹外侧CGRPmRNA表达增加(P<0.05).结论:针刺"降压方"可上调血管舒张因子水平,下调血管收缩因子水平,同时增强血管舒缩因子靶向血管及调控中枢的响应,其机制可能与调节SHR室旁核交感肾上腺素能自主神经递质有关.
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编辑人员丨1周前
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NPL4靶向抑制剂双硫仑对T细胞肿瘤泛素-蛋白酶体通路相关基因表达的影响
编辑人员丨2024/7/20
目的 我们前期的研究表明,双硫仑(disulfiram,DSF)通过核蛋白定位蛋白 4同源物(nuclear protein localization protein 4 homolog,NPL4)介导的泛素-蛋白酶体通路发挥抗T细胞肿瘤[主要包括急性T淋巴白血病(T-cell acute lymphoblastic leukemia,T-ALL)和T细胞淋巴瘤(T-cell lymphoma,TCL)]的作用.本研究旨在探讨双硫仑对T细胞肿瘤中泛素-蛋白酶体通路相关基因表达的调节作用,为T细胞肿瘤的精准靶向治疗提供依据.方法 应用 0.4 μM双硫仑处理T-ALL细胞株Jurkat 48 h,采用转录组测序分析显著性差异表达的基因,并采用 10例 T细胞肿瘤样本(GZFPH数据集)进行实时荧光定量 PCR验证差异基因相对表达水平.最后,从TARGET和GSE58445数据库中下载262例T-ALL和140例TCL的转录组测序数据进行生存分析.结果 0.4 μM双硫仑处理Jurkat细胞 48h后,在泛素-蛋白酶体通路中,有 86个下调和 35个上调的基因;其中,单因素Cox回归和生存曲线分析发现,仅有泛素结合酶 E2 J1(ubiquitin conjugating enzyme E2 J1,UBE2J1)基因的低表达与TARGET和GSE58445数据集中T-ALL和TCL患者的不良预后相关(P<0.05).将UBE2J1的表达水平、年龄和性别纳入单因素和多因素Cox回归分析,结果提示UBE2J1的低表达是T-ALL和TCL患者的独立预后影响因子(P<0.05).结论 双硫仑可调控UBE2J1基因的表达,其低表达与T细胞肿瘤患者的不良预后相关,为进一步阐明双硫仑的抗肿瘤作用及其调控的UBE2J1基因作为T细胞肿瘤的危险分层的分子标志物提供理论依据.
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编辑人员丨2024/7/20
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FOXM1通过调节KIF20A介导巨噬细胞M2极化对食管鳞状细胞癌细胞的作用
编辑人员丨2024/4/27
目的 探究叉头转录因子(FOX)M1 和驱动蛋白家族(KIF)20A对食管鳞状细胞癌细胞的作用及其可能的作用机制.方法 体外培养正常食管上皮细胞(Het-1A)、人食管鳞状细胞癌细胞(KYSE70)和人急性单核细胞白血病细胞(THP-1).佛波酯(PMA)诱导THP-1细胞产生M0 巨噬细胞.将M0 巨噬细胞与KYSE70 细胞共培养以获得肿瘤相关巨噬细胞(TAM),收集共培养上清液处理KYSE70 细胞,分为空白对照组(不进行转染)、si-NC组(转染si-NC)、si-FOXM1 组(转染si-FOXM1)、si-NC+oe-NC组(转染si-NC和oe-NC)、si-FOXM1+oe-NC组(转染si-FOXM1 和oe-NC)、si-NC+oe-KIF20A组(转染si-NC和oe-KIF20A)、si-FOXM1+oe-KIF20A组(转染si-FOXM1 和oe-KIF20A),荧光素酶报告实验和染色质免疫沉淀(ChIP)-PCR实验检测FOXM1 对KIF20A 的转录调控作用;实时荧光定量(qRT)-PCR和Western印迹检测FOXM1、KIF20A、精氨酸(Arg)-1、白细胞介素(IL)-10、E-钙黏蛋白(cadherin)和N-cadherin表达;流式细胞术检测TAM细胞中CD68+/CD206+细胞率;EdU实验检测细胞增殖;CCK-8检测细胞活力;Transwell实验检测细胞迁移和侵袭.结果 与Het-1A组相比,KYSE70 组细胞中FOXM1 和KIF20A表达明显升高(P<0.001).FOXM1 通过靶向结合KIF20A启动子区域调节KIF20A表达.与si-NC+oe-NC组相比,si-FOXM1+oe-NC组TAM细胞中CD68+/CD206+细胞率、Arg-1 和IL-10 蛋白表达明显降低(P<0.05),si-NC+oe-KIF20A组变化明显升高(P<0.05);与si-FOXM1+oe-NC组相比,si-FOXM1+oe-KIF20A组TAM细胞中CD68+/CD206+细胞率、Arg-1和IL-10 蛋白表达明显升高(P<0.05).用共培养上清液处理KYSE70 细胞,与空白对照组相比,TAM组KYSE70 细胞活力、增殖、迁移、侵袭和EMT能力受到明显促进(P<0.05);与si-NC+oe-NC+TAM组相比,si-FOXM1+oe-NC+TAM组KYSE70 细胞活力、增殖、迁移、侵袭和EMT能力明显抑制,而si-NC+oe-KIF20A+TAM组明显促进(P<0.05);与si-FOXM1+oe-NC+TAM组相比,si-FOXM1+oe-KIF20A+TAM组KYSE70 细胞活力、增殖、迁移、侵袭和EMT能力受到明显促进(P<0.05).结论 FOXM1 通过上调KIF20A表达促进巨噬细胞M2 极化从而促进KYSE70 细胞增殖和转移.
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编辑人员丨2024/4/27
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miR-21对人口腔癌细胞株HSQ-89增殖、侵袭与迁移的影响实验研究
编辑人员丨2024/3/16
目的:探讨微小核糖核酸-21(miR-21)介导 Smad7 调节转化生长因子β(TGF-β)/Smad 信号通路对人口腔癌细胞株 HSQ-89 增殖、侵袭与迁移的作用.方法:取人口腔癌细胞株 HSQ-89 培养传代,分为阴性对照组、下调组、上调组和正常组,前三者分别采用脂质体转染法将携带阴性对照(NC inhibitor)、miR-21 抑制剂(miR-21 inhibitor)、miR-21 模拟物(miR-21 mimics)载体进行转染,正常组仅添加等量无菌蒸馏水.观察各组细胞增殖、侵袭、迁移能力;实时-定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测各组细胞 miR-21、TGF-β1、Smad3、Smad7、细胞周期蛋白 D1(CCND1)、MYC、E-钙黏蛋白(E-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)、基质金属蛋白酶-2(MMP-2)mRNA 表达;蛋白免疫印迹法(WB)检测各组细胞 TGF-β1、Smad3、Smad7、CCND1、MYC、E-cadherin、Vimentin、MMP-2 蛋白表达及p-Smad3水平;双荧光素酶报告基因检测验证 miR-21 是否靶向 Smad7.结果:与正常组和阴性对照组比较,上调组细胞增殖、侵袭、迁移能力上升,下调组细胞增殖活性下降、侵袭细胞数减少、划痕愈合率下降(均P<0.05);与正常组和阴性对照组比较,上调组细胞 miR-21 表达、TGF-β1、Smad3、CCND1、MYC、Vimentin、MMP-2 mRNA 和蛋白表达上升、Smad7 和 E-cadherin mRNA 和表达下降,差异有统计学意义(均P<0.05),下调组细胞 miR-21 表达、TGF-β1、Smad3、CCND1、MYC、Vimentin、MMP-2 mRNA 和蛋白表达下降、Smad7 和 E-cadherin mRNA 和蛋白表达上升(均P<0.05);经双荧光素酶报告基因实验验证 miR-21 靶向 Smad7.结论:miR-21 促进口腔癌细胞增殖、侵袭和迁移,可能与调节 Smad7、TGF-β/Smad信号通路相关.
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编辑人员丨2024/3/16
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基于Keap1/Nrf2/ARE通路的中医药干预骨关节炎研究进展
编辑人员丨2024/3/16
骨关节炎是临床上常见的一种慢性筋骨疾病,其病程缠绵,反复发作,发病机制复杂,与氧化应激反应相关.Keap1/Nrf2/ARE信号通路是细胞氧化应激反应中的关键通路,其调控的下游抗氧化蛋白/酶在细胞防御保护中发挥重要作用.骨关节炎的病程中Nrf2、NQO1、HO-1等关键蛋白表达受到抑制,组织抗氧化及抗炎能力减弱,软骨细胞损伤,软骨结构破坏.目前西医的治疗侧重于缓解症状,但不能逆转骨关节炎的进展,急需有效的非手术策略来延缓骨关节炎的病理过程.近年来,大量基础及临床试验表明Keap1/Nrf2/ARE通路是中医药治疗骨关节炎的潜在靶点之一.基于骨关节炎本虚标实的病机,中医药以补虚、化瘀、解毒等法调控Keap1/Nrf2/ARE信号通路,在发挥抗氧化及抗炎作用同时,还能调节软骨细胞外基质的稳态,发挥对骨关节炎的治疗作用.本文总结了中医药靶向干预 Keap1/Nrf2/ARE信号通路防治骨关节炎的作用机制,旨在为中医药更合理的运用临床防治骨关节炎提供理论基础.
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编辑人员丨2024/3/16
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lncRNA SOX2-OT调节miR-215-5p/ZEB2轴抑制人前列腺癌细胞系增殖和上皮间质转化研究
编辑人员丨2024/2/3
目的 探讨长非编码RNA SRY盒转录因子 2 重叠转录本(lncRNA SOX2-OT)调节miR-215-5p/E盒结合锌指蛋白2(ZEB2)轴对前列腺癌细胞增殖和上皮间质转化(EMT)的影响.方法 将PC-3 细胞分为对照组、si-SOX2-OT组、si-NC组、si-SOX2-OT+anti-miR-215-5p组,实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测细胞中SOX2-OT、miR-215-5p与ZEB2 表达.细胞计数试剂盒-8(CCK-8)及 5-乙炔基-2'脱氧尿嘧啶核苷(EdU)染色法检测PC-3 细胞增殖;流式细胞术检测PC-3 细胞凋亡率;Transwell检测PC-3 细胞迁移、侵袭;qRT-PCR检测PC-3 细胞miR-215-5p、ZEB2 mRNA、凋亡蛋白与EMT标志蛋白转录表达;Western blot检测PC-3 细胞ZEB2、凋亡蛋白与EMT标志蛋白表达;双荧光素酶报告基因实验验证PC-3 细胞中SOX2-OT对miR-215-5p及miR-215-5p对ZEB2 的靶向调节作用.结果 与人前列腺上皮细胞相比,人前列腺癌组织源细胞和人前列腺癌细胞株PC-3、DU 145、22RV1 中SOX2-OT、ZEB2 mRNA表达升高,miR-215-5p表达降低(P<0.05).与对照组相比,si-SOX2-OT组细胞活力、EdU 阳性率、迁移细胞数、侵袭细胞数、细胞ZEB2、B淋巴细胞瘤-2 基因(Bcl-2)及Vimentin mRNA和蛋白表达均降低,细胞凋亡率、miR-215-5p 及Bcl-2 相关X基因(Bax)、E-cadherin mRNA和蛋白表达均升高(P<0.05).下调miR-215-5p表达可减弱敲低SOX2-OT对PC-3 细胞的影响.结论 敲低SOX2-OT可通过促进miR-215-5p表达而下调ZEB2 的表达,从而抑制前列腺癌细胞增殖、迁移、侵袭和EMT,并诱导细胞凋亡.
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编辑人员丨2024/2/3
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miR-141-3p通过调节Keap1-NRF2/ARE信号通路对急性呼吸窘迫综合征大鼠肺纤维化的影响
编辑人员丨2024/1/13
目的 探讨miR-141-3p对急性呼吸窘迫综合征(ARDS)大鼠肺纤维化的影响及作用机制.方法 将大鼠按随机数字表法分为对照组、模型组、agomir-NC组、miR-141-3p agomir组,每组10只;除对照组外,其余大鼠采用脂多糖(LPS)滴注法构建ARDS模型;将大鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞RLE-6TN细胞分为NC组、LPS组、miR-NC组、miR-141-3p mimics组、miR-141-3p mimics+pcDNA组、miR-141-3p mimics+NRF2与Kelch样环相关蛋白1(Keap1)组,除NC组外,其余各组建立LPS细胞模型;qPCR检测肺组织和细胞中miR-141-3p、Keap1 mRNA表达;Western blot检测肺组织和细胞上皮型钙黏附素(E-cadherin)、神经型钙黏附素(N-cadherin)、微管相关蛋白轻链3B(LC3B)、自噬相关基因Beclin-1、α平滑肌肌动蛋白(α-SMA)、Ⅰ型胶原(Col-Ⅰ)、Keap1、核因子E2相关因子2(NRF2)、血红素氧合酶1(HO-1)表达;HE和Masson染色观察肺组织病理变化并进行肺损伤评分和肺纤维化面积评分;试剂盒检测肺组织羟脯氨酸(Hyp);酶联免疫吸附试验(ELISA)检测炎性因子白细胞介素(IL)-1β、肿瘤坏死因子(TNF)-α和氧化应激指标丙二醛(MDA)、超氧化物歧化酶(SOD)水平;双萤光素酶报告实验验证miR-141-3p与Keap1靶向关系.结果ARDS大鼠肺组织和细胞中miR-141-3p表达下调,Keap1表达上调(P<0.05);过表达miR-141-3p可降低大鼠肺组织病理损伤和纤维化程度、Hyp含量,上调肺组织和细胞中SOD、E-cadherin、LC3B、Beclin-1、NRF2、HO-1表达,下调IL-1β、TNF-α、MDA、N-cadherin、α-SMA、Col-Ⅰ、Keap1表达(P<0.05);过表达Keap1可逆转过表达miR-141-3p对ARDS大鼠肺泡上皮细胞损伤的改善作用(P<0.05);双萤光素酶报告基因实验证实miR-141-3p与Keap1可能存在靶向调控关系.结论 过表达miR-141-3p可能激活Keap1-NRF2/ARE信号通路,激活自噬,抑制炎症反应、氧化应激和上皮-间充质转化进展,改善ARDS大鼠肺纤维化.
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编辑人员丨2024/1/13
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解毒复正汤通过干扰miR-223-3p并靶向调控TGFBR3影响肺癌侵袭转移的实验研究
编辑人员丨2023/9/16
目的 探讨解毒复正汤(JieduFuzhengdecoction,JDFZ)通过影响微小核糖核酸-223-3p(Mircro ribonucleic acid-223-3p,miR-223-3p)靶向调控转化生长因子β受体3(Transforming growth factorβ Receptor 3,TGFBR3)的表达及其对肺癌细胞迁移的影响.方法 利用RT-qPCR技术检测肺腺癌患者癌组织及癌旁组织、肺腺癌患者及健康人外周血清中miR-223-3p表达水平的差异;并检测不同种类的NSCLC细胞系肺癌细胞(95D、LTEP-α-2、A549及NCI-H460)以及人肺上皮细胞BEAS-2B中miR-223-3p的本底表达量,从组织、血浆及细胞3个维度验证miR-223-3p的差异性.利用生物信息学网站重叠分析,初步预测到miR-223-3p与TGFBR33'UTR具有潜在的结合位点序列.接着运用双荧光素酶报告基因实验验证miR-223-3p与TGFBR3的靶向关系.体外培养肺癌A549细胞,采用脂质体法分别将miR-223-3p-过表达序列(miR-223-3p-mimics)及携带TGFBR3全基因的重组载体(Over-expression-TGFBR3,OE-TGFBR3)分别转染至肺癌细胞,以转入无关序列的模拟剂(Negative control-mimics,NC)作为对照组,收集各组稳转细胞,Transwell小室检测转染处理后及JDFZ作用后的细胞迁移能力;收集各组细胞蛋白,蛋白免疫印迹法(Westernblot)检测细胞中EMT相关蛋白的表达.结果 肺癌组织中miR-223-3p的表达量显著低于癌旁组织;肺癌患者血浆miR-223-3p表达水平明显低于健康正常人.不同种类的NSCLC细胞系肺癌细胞(95D、LTEP-α-2、A549及NCI-H460)中的miR-223-3p表达量亦低于正常人肺上皮细胞BEAS-2B.利用生物信息学网站及荧光素酶报告基因实验证实了miR-223-3p与TGFBR3的靶向调控关系.与miR-223-3p NC组对比,miR-223-3p mimics组和miR-223-3p mimics+OE-TGFBR3组的细胞迁移能力均下降(P<0.05),上调TGFBR3和加入解毒复正汤均能有效增强miR-223-3p对A549细胞迁移的负向调节作用;Westenblot结果 发现,与miR-223-3p NC组对比,miR-223-3p mimics组和miR-223-3p mimics+OE-TGFBR3组E-Cadherin的表达水平上调,N-Cadherin及Vimentin的表达水平下升(P<0.05),两组均在不同程度上抑制EMT的发生;上调TGFBR3和加入解毒复正汤作用能有效增加miR-223-3p对细胞迁移相关蛋白的负向调节作用(P<0.05).结论 解毒复正汤对肺癌A549细胞的侵袭迁移有抑制作用,其机制可能是通过调节miR-223-3p并靶向调控TGFBR3及其下游EMT相关指标的表达来实现的.
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编辑人员丨2023/9/16
