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一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情病毒全基因组特征分析
编辑人员丨1天前
目的:分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况,为疫情防控和风险评估提供参考。方法:收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本,使用数字PCR方法对病毒载量进行测定,使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析,对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果:全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×10 4拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×10 4拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份,均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇,内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。 结论:该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成,疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。
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编辑人员丨1天前
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应用下一代测序技术检测BRCA1/2及同源重组修复通路多基因胚系突变及相关性分析
编辑人员丨1天前
目的:应用下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术检测乳腺癌患者及高风险个体胚系基因突变,分析同源重组修复(homologous recombination repair,HR)通路基因突变状态与乳腺癌临床病理特征的相关性,以补充中国乳腺癌相关基因突变数据库。方法:本研究为横断面研究,收集2020年10月至2021年9月就诊于北京大学人民医院并自愿接受基因检测的350例乳腺癌患者和49例乳腺癌高风险个体的全血样本。应用NGS检测32个乳腺癌相关基因的胚系突变情况,统计乳腺癌患者发病年龄、肿瘤家族史、单/双侧肿瘤、Luminal分型(Luminal A型、Luminal B型、HER2过表达型和三阴性乳腺癌)、肿瘤大小、肿瘤转移情况等临床病理特征,采用χ2检验和Fisher精确概率检验分析HR通路基因突变与临床病理特征的相关性。结果:在350例乳腺癌患者中,64例(18.3%)携带基因致病突变(包括致病和疑似致病两类突变),包括47例(13.4%)BRCA1/2突变,16例(4.6%)非BRCA1/2基因突变,1例(0.3%)BRCA2和FANCL突变。在49例乳腺癌高风险个体中,7例(14.3%)携带基因致病突变,包括6例(12.3%)BRCA1/2突变,1例(2%)ATM突变。BRCA1/2致病突变与乳腺癌发病年龄相关(18%,8.7%,χ2=6.346, P=0.012),发病年龄≤45岁的乳腺癌患者突变频率较高。HR通路基因突变(包括致病、疑似致病和临床意义不明确的三类突变)与单/双侧肿瘤(49.5%,68.4%,χ2=4.841, P=0.028)和Luminal分型(45.7%,62.2%,32%,60%,χ2=12.004, P=0.007)具有相关性,双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者突变频率较高。 结论:乳腺癌高风险个体BRCA1/2致病突变频率与乳腺癌患者相近,对高风险个体进行BRCA1/2检测有利于指导乳腺癌的筛查和预防。早发性乳腺癌、双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者HR通路基因突变频率较高,应及早进行HR通路基因检测,为乳腺癌的诊疗预后和风险评估提供实验室依据。
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编辑人员丨1天前
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宏基因组高通量测序揭示血液病患者异基因造血干细胞移植后感染谱
编辑人员丨1天前
目的:探讨宏基因组高通量测序(mNGS)所揭示的感染谱特征,为异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)后感染诊断提供参考。方法:选取2018年1月至11月河北燕达陆道培医院行allo-HSCT后出现全身或局部感染症状的血液病患者64例。用mNGS方法检测血液、脑脊液、肺泡灌洗液等标本中存在的所有病原微生物基因序列,并结合患者的临床表现确定致病或疑似致病的病原体。结果:共对64例allo-HSCT患者进行了97份样本的mNGS检测。革兰阳性菌中最常见为溶血葡萄球菌(19例次)和人葡萄球菌(14例次),革兰阴性菌中最常见为鲍曼不动杆菌(8例次);病毒中最常见的为巨细胞病毒、EB病毒和细环病毒(分别为35、22和23例次);真菌中最常见的为球形马拉色菌(14例次)和近平滑念珠菌(8例次)。3例检测到结核分枝杆菌复合群,均见于急性髓系白血病移植后患者。1例患者痰液中检测到口腔支原体,寄生虫未见。结论:mNGS可全面揭示血液病allo-HSCT后的感染谱,尤其对于少见和难培养病原微生物检测具有显著优势,可有效帮助临床感染病原体的诊断。
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编辑人员丨1天前
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基于RNA-seq的脓毒症相关性脑病小鼠海马转录组分析及竞争性内源性RNA调控网络的构建
编辑人员丨1天前
目的:采用转录组测序技术(RNA-seq)筛选脓毒症相关性脑病(SAE)小鼠海马差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)及mRNA,构建竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络。方法:清洁级健康雄性C57BL/6小鼠10只,6~8周龄,体质量20~25 g,采用随机数字表法分为2组( n=5):假手术组(Sham组)和脓毒症组(Sepsis组)。Sepsis组采用盲肠结扎穿孔(CLP)法制备小鼠脓毒症模型,Sham组只开腹不进行盲肠结扎和穿孔。分别于术前1 d及术后3 d时行Morris水迷宫实验和条件恐惧实验检测小鼠认知功能。随后Sham组随机处死3只小鼠,Sepsis组处死认知功能测试最差的3只小鼠,取海马组织,通过BGISEQ-500平台行转录组测序,得到差异表达的mRNA和lncRNA,测序结果通过深圳华大基因科技服务有限公司提供的Dr.Tom平台行可视化分析,利用Cytoscape软件构建ceRNA调控网络。 结果:与Sham组比较,Sepsis组逃避潜伏期延长,靶向限停留时间百分比和僵直时间百分比降低( P<0.05)。转录组数据分析共获得差异表达的lncRNA 62个,其中45个lncRNA表达上调,17个lncRNA表达下调;差异表达的mRNA 282个,其中173个mRNA表达上调,109个mRNA表达下调。对差异表达的mRNA进行生物学过程的GO富集分析,结果显示差异表达的mRNA参与了记忆、学习或记忆、炎症应答、衰老相关行为减退的调空、突触可塑性调节等生物学过程;对差异表达的mRNA进行KEGG通路富集分析,结果显示差异表达的mRNA富集于IL-17信号通路、TNF信号通路、NF-κB信号通路等。对差异表达的mRNA进行KDA分析,结果示Ch25h、Il6ra、Lcn2、Sgk1、Nr4a3、Osm、Saa3、Ccl7、Sqle、Dhcr24为SAE的关键基因。基于9个lncRNA、28个mRNA和134个miRNA成功构建了SAE小鼠海马的ceRNA调控网络。 结论:RNA-seq结果分析发现Ch25h、Il6ra、Lcn2、Sgk1、Nr4a3、Osm、Saa3、Ccl7、Sqle、Dhcr24 10个mRNA以及Rian、Gm35874、Gm34347等lncRNA是调控小鼠SAE的关键基因;同时成功构建了SAE小鼠海马基于lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络。
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编辑人员丨1天前
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三个遗传性多发性骨软骨瘤家系致病基因突变分析
编辑人员丨1天前
目的:对3个遗传性多发性骨软骨瘤(HME)家系行致病基因检测,为优生、遗传咨询和产前诊断提供依据。方法:收集2018年1月至2020年11月就诊于河南省人民医院遗传与产前诊断中心的3个遗传性多发性骨软骨瘤家系,对家系进行详细的病史采集,签署知情同意书后,收集家系成员外周静脉血,对先证者行全外显子组测序(WES),发现可疑致病位点后,采用Sanger测序对家系成员候选致病变异进行验证及家系共分离分析,结合ACMG指南,对突变进行致病性判断。结果:全外显子组测序分别在3个家系先证者中检出 EXT1基因c.1056+2T>C突变、c.369dupA(p.G124fs)突变和 EXT2基因c.1171C>T(p.Q391*)突变。共分离验证后发现:3个家系中的患者均存在相应突变,而表型正常的家系成员未检测到突变,符合基因型-表型共分离。结合ACMG指南,上述3种突变可分类为致病性突变。 结论:EXT1基因c.1056+2T>C、c.369dupA突变和 EXT2基因c.1171C>T突变是导致3个家系罹患骨软骨瘤的病因。
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编辑人员丨1天前
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血清外泌体lncRNA对卵巢上皮性癌的诊断价值初步研究
编辑人员丨1天前
目的:初步探讨血清外泌体长链非编码RNA(lncRNA)对卵巢上皮性癌(卵巢癌)的诊断价值。方法:(1)收集2018年8月至2019年12月在广西医科大学附属肿瘤医院住院治疗的卵巢肿瘤患者,包括卵巢癌35例(恶性组)和卵巢良性肿瘤20例(良性组);收集同期在本院体检的健康妇女15例(正常组)作为对照。抽取3组妇女的外周静脉血,采用商品试剂盒分离、纯化血清外泌体;外泌体的鉴定:透射电子显微镜观察外泌体的形态,NanoSight纳米颗粒分析技术分析外泌体的粒径分布,蛋白印迹(western blot)法检测外泌体的特异性标志蛋白分化群(CD) 63、CD 81、肿瘤易感基因101蛋白(TSG101)的表达情况。(2)随机抽取恶性组中4例卵巢癌患者(恶性测序组)和正常组中3例健康妇女(正常测序组),采用高通量测序技术分析两组妇女的血清外泌体差异表达的lncRNA,并筛选出差异表达明显的lncRNA;实时荧光定量PCR技术验证筛选出的差异表达lncRNA在恶性测序组和正常测序组妇女血清中的表达,进一步扩大样本量(即恶性组、良性组、正常组共70份血清)验证筛选出的差异表达lncRNA在其中的表达。(3)绘制筛选出的差异表达lncRNA诊断卵巢癌的受试者工作特征(ROC)曲线,评价其敏感度和特异度等诊断效能;构建多因子联合诊断模型,通过logistic回归模型结合ROC曲线,评价其对卵巢癌发生的诊断效能。 结果:(1)透射电子显微镜观察,血清外泌体为脂质双层膜结构,一侧呈凹陷的半球形或杯托样;NanoSight纳米颗粒分析技术分析显示,外泌体颗粒的直径峰值为127.6 nm,直径30~150 nm的外泌体颗粒占58.9%;western blot法检测显示,与卵巢癌细胞系SKOV3细胞相比,血清外泌体的特异性标志蛋白CD 63、CD 81、TSG101蛋白的表达强度明显增强。(2)高通量测序技术分析显示,相对于正常测序组妇女,恶性测序组患者血清外泌体中筛选出差异表达lncRNA 425个(其中上调23个、下调402个);挑选上调、下调表达异常明显的lncRNA 6个,即FER1L6-AS2、LINC00470、LINC01811、CXXC4-AS1、LINC02343、LINC02428,采用实时荧光定量PCR技术对恶性测序组和正常测序组妇女血清进行验证,其表达情况与测序结果一致。随后对这6个lncRNA进一步扩大样本量验证,恶性组患者血清外泌体中FER1L6-AS2、LINC00470、LINC01811的表达水平分别升高至良性组、正常组妇女的1.66、1.84倍,2.05、2.46倍,2.94、2.35倍,CXXC4-AS1、LINC02343、LINC02428的表达水平分别下降至良性组、正常组妇女的29%、34%,40%、46%,42%、42%,同一lncRNA的表达水平在恶性组与良性组、恶性组与正常组中分别比较,差异均有统计学意义( P均<0.05),而良性组与正常组分别比较,差异均无统计学意义( P均>0.05)。(3)6个差异表达lncRNA单独诊断卵巢癌的ROC曲线下面积(AUC)为0.722~0.805,具有中等诊断价值。联合因子预测模型1(包括FER1L6-AS2和LINC01811)、联合因子预测模型2(包括CXXC4-AS1、LINC02343和LINC02428)、联合因子预测模型3(包括FER1L6-AS2、CXXC4-AS1、LINC02343和LINC02428)的AUC分别为0.865、0.934和0.962,各联合因子预测模型的诊断效能均显著高于单一lncRNA的诊断效能( P均<0.05)。 结论:经实时荧光定量PCR技术验证,高通量测序技术是筛选血清外泌体差异表达lncRNA的有效方法;血清外泌体多个lncRNA联合检测对卵巢癌患者的诊断效能显著高于单一lncRNA检测。检测血清外泌体lncRNA可为卵巢癌的诊断提供新的思路。
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编辑人员丨1天前
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福建省一起经货轮输入的新冠肺炎病毒全基因组测序分析
编辑人员丨1天前
目的:应用高通量测序和生物信息学分析技术,从一起经货轮输入的新冠肺炎(COVID-19)聚集性病例标本中直接测定新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)全基因组序列,并从全基因组水平分析2019-nCoV的基因组变异特征,追溯病毒的潜在来源。方法:采用2019-nCoV全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术,对来源于同一艘货轮的8例COVID-19确诊病例咽拭子标本进行病毒全基因组测序。应用在线分析平台,判断病毒型别,分析病毒突变位点。利用进化分析软件,构建系统发育树,结合病例流行病学资料,推测病毒的来源。结果:成功测序获得8条长度为29 822~29 865 bp的2019-nCoV全基因组序列,平均测序深度为11 928×~33 588×,基因组覆盖度为99.73%~99.87%;Pangolin分型结果显示8个2019-nCoV基因组均属于VOC/Delta(B.1.617.2)进化分支;全基因组突变分析显示,与武汉参考株(NC_045512.2)相比,8个2019-nCoV基因组序列核苷酸突变的中位数为35个(31个~38个),氨基酸突变的中位数为26个(24个~28个),突变位点分布于8个编码区(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、M、ORF7a、ORF8、N);进一步分析发现8个2019-nCoV基因组中含有23个属于2019-nCoV Delta(B.1.617.2·AY.2)变异株的特征性突变位点;但因8个2019-nCoV基因组间的突变位点并非完全重合,且流调报告显示货轮中途经停多个口岸且有人员更替,故推测该起聚集性COVID-19疫情可能有不同传播来源;进化分析显示,8个2019-nCoV序列共同处于B.1.617.2进化分支的AY.2子分支上,同Pangolin分型及突变分析结果一致。结论:本研究从一起经货轮输入的COVID-19聚集性疫情病例标本中测序获得8个Delta变异株全基因组序列,本研究所构建的测序方法和分析结果可在COVID-19防控中为2019-nCoV的变异分析和病例溯源提供参考。
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编辑人员丨1天前
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基因Panel诊断新生儿重症监护病房患儿基因变异的价值
编辑人员丨1天前
目的:探讨基因Panel在诊断新生儿重症监护病房(neonatal intensive care unit,NICU)患儿的基因变异中的应用价值。方法:前瞻性纳入2022年11月至2023年1月湖州市妇幼保健院NICU收治的所有日龄≤28 d的新生儿(病例组)以及在本院足月出生的200例表型无明显异常的健康新生儿作为对照组。以中国可防可治罕见病、中国新筛病种等为基础,筛选明确致病基因与变异位点为靶标,设计适合中国新生儿的基因Panel,针对542种疾病、601个基因。制备干血斑样本,采用该基因Panel进行检测,检出的致病位点采用Sanger测序验证。结合临床特征分析患儿基因检测结果,依据患儿的主要临床诊断(早产儿、新生儿高胆红素血症、出血性疾病、新生儿感染、室间隔缺损/动脉导管未闭和其他)数,分为1、2、3和≥4种诊断。采用 χ2检验及线性关联 χ2检验进行统计学分析。 结果:病例组共纳入173例患儿,致病变异检出率为30.6%(53/173),包括致病基因阳性52例及染色体拷贝数变异1例。病例组致病基因阳性检出率高于对照组[30.1%(52/173)与15.0%(30/200), χ2=12.26, P<0.001];病例组共检出14个致病基因,分别为 FLG、UGT1A1、G6PD、MYH7、AR、ABCC2、ACADS、C YP21A2、GJB2、MEFV、PAH、PKHD1、SCN4A及 HBA。在病例组,致病变异检出率在黄疸新生儿中高于无黄疸者[35.2%(44/125)与18.8%(9/48), χ2=4.42, P=0.036],但在男婴女婴间、母亲是否高龄及是否有妊娠期糖尿病、是否早产儿、是否发生出血性疾病、是否有新生儿感染、是否发生室间隔缺损/动脉导管未闭组间差异均无统计学意义( P值均>0.05)。临床诊断数目1、2、3和≥4种的患儿,致病变异检出率呈线性增长[21.1%(8/38)、25.4%(15/59)、38.2%(13/34)与40.5%(17/42),线性关联 χ2=4.84, P=0.028]。在病例组,变异(包含致病基因阳性及携带者)检出率较高的基因有7个,检出率最高的为 UGT1A1[检出率为24.9%(43/173)],其他依次为 GJB2、 FLG、 DUOX2、 ABCA4、 G6PD和 MUT基因;7个高频变异位点为 UGT1A1基因c.211G>A(p.Gly71Arg)、c.1091C>T(p.Pro364Leu)、c.-41_-40dupTA及c.686C>A(p.Pro229Gln), GJB2基因c.109G>A(p.Val37Ile), FLG基因c.12064A>T(p.Lys4022Ter)及c.3321del(p.Gly1109GlufsTer13)。 结论:本研究设计的基因Panel可以为部分NICU患儿提供有效的基因检测,尤其是临床诊断复杂的患儿。
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编辑人员丨1天前
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江苏省25株新型冠状病毒全基因组分析
编辑人员丨1天前
目的:分析江苏省25株新型冠状病毒(2019-nCoV)全基因组序列,研究其进化特征。方法:使用高通量测序技术对确诊病例咽拭子样本进行测序,使用CLC Genomics Workbench 12.0分析单核苷酸多态性(SNP),MEGA5.1分析病毒进化特征。结果:25株病毒共检测到52处碱基突变,进化分析显示25株病毒分成2个进化分支,分支1含有8 782和28 144位置CT连锁SNPs,而分支2此2位置突变为TC,即8 782 (ORF1ab: C8517T,同义突变)和28 144(ORF8: T251C, L84S)。分支2中5株病毒还含有24 034(S:C2 472T,同义突变)、26 729(M:T207C,同义突变)和28 077(ORF8:G184C,V62 L)连锁SNPs,聚成亚组A,不同分支/亚组在人群分布及与疾病关系无显著差异。结论:2019-nCoV出现了SNPs,其对病毒传播力、致病性等影响有待进一步研究。
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编辑人员丨1天前
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青海省一株柯萨奇病毒B5分离株全基因组分析
编辑人员丨1天前
目的:对2018年青海省一例流感样病例中分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)分离株QH/CVB5/2018进行全基因组测序及遗传特性分析。方法:采用二代高通量测序对QH/CVB5/2 018分离株进行全基因组序列测定,利用SPAdes、DNAStar 7.1、MEGA 6.0、Simplot 3.5.1以及RDP4软件对病毒进行全基因组序列拼接以及遗传进化、基因重组和氨基酸突变分析。结果:QH/CVB5/2018全基因组核苷酸序列长度为7 369 bp,编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白。基于基因组的序列同源性和系统进化分析,显示QH/CVB5/2018与417/JS/CHN/2013同源性最高,核苷酸序列一致性为96.9%(氨基酸序列同源性为99.5%);基于VP1序列的系统进化分析显示QH/CVB5/2018处于CVB5-C基因型;重组分析显示QH/CVB5/2018可能为CHN_SH/CVB5/2008和CHN_YN-CVB3/2009的重组株,重组发生在6 114~7 199 bp;氨基酸突变位点分析显示,相比于其他CVB5毒株,139S、864S、1086R、1693C、1814D和1819N为QH/CVB5/2018特异突变位点。结论:QH/CVB5/2018分离株属于柯萨奇病毒B组5型的C组基因型,可能为重组株。
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编辑人员丨1天前
