新型冠状病毒肺炎疫情的暴发流行，使全社会重新认识了传染病发生、流行及防控所面临的巨大挑战，即便是当前对传染病防范的认知、应对技术和社会经济条件已有历史上最好的基础。在传染病的监测预警中，研究和利用各类传染病发生与传播相关因素的数据，以期在传染病发生的早期甚至发生前识别疫情信号，成为传染病防控研究的重要命题。病原体是传染病发生的原因，所以以病原学为核心的实验室监测是传染病预警体系的重要组成部分。我国目前已经初步建成了基于国家致病菌识别网的细菌性传染病实验室监测预警系统，其核心是识别病原、识别暴发、识别来源，在鼠疫、霍乱、流脑等细菌性传染病的早期发现、溯源和精准防控中起到重要作用。本期重点号围绕实验室监测在细菌性传染病预警和防控中的作用，从流行和暴发菌株特征分析、与流行病学调查的联合应用、与常规病例监测体系的融合等方面开展研究，体现了实验室监测在传染病风险评估和疫情调查中的作用，同时对实验室监测预警技术及应用场景进行了综述和展望，以期为推动我国传染病监测预警体系的跨越发展提供新思维。

目的 分析广东省广州市婴幼儿食源性疾病流行病学和病原学特征,为婴幼儿食源性疾病防控提供数据支持.方法 对收集的2020-2022年广州市食源性疾病监测医疗机构接诊并上报的1 270例婴幼儿食源性疾病病例信息和4种常见食源性致病菌(沙门菌、志贺菌、副溶血性弧菌、致泻大肠埃希菌)的检测结果进行分析.结果 1 270例婴幼儿食源性疾病病例的发病高峰期在每年夏秋季.病例临床主要表现为腹泻(85.0％)、发热(50.0％)、呕吐(33.5％)、腹痛(12.8％)、恶心(6.1％)等症状,其中腹泻类型以水样便为主(74.8％),平均腹泻6.0次/d,呕吐3.0次/d;发热体温平均39.0℃.可疑食物以婴幼儿食品为主,主要原材料是粮食类及其制品.40.8％的病例检出致病菌,主要为沙门菌(99.6％),少量为致泻大肠埃希菌(0.4％).婴儿组(＜1岁)沙门菌检出率(58.4％)显著高于幼儿组(1～3岁)(32.3％)(P＜0.001).广州的食源性沙门菌血清型呈多样化分布,鼠伤寒沙门菌变种1,4,[5],12:i:-是优势血清型(68.2％),其次为肠炎沙门菌(9.7％)、斯坦利沙门菌(3.3％)、罗森沙门菌(2.7％).这4种沙门菌血清型其毒力存在差异,表现为感染鼠伤寒沙门菌变种1,4,[5],12:i:-的发热概率高于感染罗森沙门菌(P=0.004),感染肠炎沙门菌的发热概率高于感染罗森沙门菌(P=0.002).结论 根据广州婴幼儿食源性疾病流行病学和病原学特征,应从保障食品安全、开展针对性问诊、加强目标致病菌监测、拓展宣传教育等方面强化该特殊人群的食源性疾病防控工作.

目的 分析武汉市某区1起食物中毒事件的致病原因,探讨分离菌株之间的分子流行病学关系,为食源性疾病暴发溯源和临床诊治提供参考依据.方法 采集食物中毒相关样本20份,提取样本总DNA进行18种食源性致病菌多重PCR检测,同时按时GB4789.4-2016进行病原菌分离鉴定;应用传统玻片凝集法和微量肉汤稀释法对阳性菌株进行血清型分型和耐药性检测,并提取所有菌株核酸进行全基因组测序组装,利用Abricate和SeqSero在线预测每株菌的血清型和耐药基因,然后与传统方法进行比较分析.对分离的9株沙门氏菌分别采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因组序列方法(WGS)递进分析.结果 共检出12株沙门氏菌(菌株编号DXH001～DXH012),其中病例肛拭子样本7份、病例粪便样本2份,工作人员肛拭子样本3份.常规血清型分型均为B群鼠伤寒沙门氏菌,与全基因组测序鉴定分型结果一致.12株菌株耐药谱完全一致,对阿米卡星、氨苄西林、头孢唑啉、庆大霉素、哌拉西林、四环素均耐药.基于全基因组预测的氨基糖苷类、头孢菌素、青霉烷、四环素的耐药性与耐药表型结果完全一致.选取DXH001～DXH009开展PFGE和WGS分析.9株鼠伤寒沙门氏菌获得完全一致的PFGE图谱,全基因组序列大小无明显差异,约为4.9 Mbp,MLST型均为ST19.从SNP的最小生成树来看共存在17个变异位点,各菌株间SNP差异数为1～6.全基因组系统发育进化树分析显示,9株沙门氏菌 自成一簇,与数据库其他沙门氏菌相差甚远,属于新的克隆分支.同源性最高的来源于江西的GCF_020221795.1参考样本.结论 本次食物中毒事件致病源为鼠伤寒沙门氏菌ST19,为同一暴发来源.9株沙门氏菌遗传距离较近,但与数据库中其他沙门氏菌遗传距离较远,自成一簇属于新的克隆分支.本研究中沙门氏菌具有多重耐药性,需加强对多重耐多药菌株的监控及抗菌药物使用的监管.

[背景]鼠传疾病是对人类危害较大的一种人兽共患病,全球化使得鼠传疾病流行区域不断扩大,出现了多种新发鼠传疾病的发生及旧传染病的复燃.[目的]调查新疆阿勒泰地区常见的鼠传致病菌在啮齿动物中的流行状况,为当地自然疫源性疾病防控提供科学依据.[方法]采用夹夜法捕获啮齿动物,无菌收集其脾脏和肾脏组织,提取基因组DNA.应用TaqMan探针法的荧光定量聚合酶链式反应(quantitative polymerase chain reaction,qPCR)检测巴尔通体(Bartonella spp.)、问号钩端螺旋体(Leptospira interrogans)、恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi)、莫氏立克次体(Rickettsia mooseri)、嗜吞噬细胞无形体(Anaplasma phagocytophilum)和土拉弗朗西斯菌(Francisella tularensis)6 种常见的鼠传致病菌.采用 16S rRNA 基因的通用引物进行常规 PCR 扩增后,应用Illumina测序和Nanopore测序进一步检测致病菌,同时对脾脏组织进行巴尔通体体外分离培养.比较qPCR、16S rRNA基因测序和分离培养的结果.[结果]共捕获啮齿动物 8 种 66 只,其中,乌拉尔姬鼠(Apodemus uralensis)31 只,占捕获总数的 46.97%,其余为褐家鼠(Rattus norvegicus)、小家鼠(Mus musculus)等.qPCR检测常见的鼠传致病菌感染率为巴尔通体 31.80%(21/66)、问号钩端螺旋体 1.50%(1/66)、恙虫病东方体 1.50%(2/66)、莫氏立克次体 3.00%(1/66)和土拉弗朗西斯菌13.60%(9/66),未检出嗜吞噬细胞无形体.16S rRNA基因Illumina测序分析通过质控的 23 份样品检测出致病菌,以巴尔通体为主;16S rRNA基因Nanopore测序分析通过质控的 11 份样品检测出巴尔通体,其他 5 种常见的鼠传致病菌未检出.有 11 份脾脏组织分离培养出巴尔通体,感染率为16.67%(11/66).[结论]新疆阿勒泰地区的啮齿动物可携带巴尔通体等多种鼠传致病菌,应关注并加强该地区相关传染病的防治工作.qPCR、细菌分离培养、16S rRNA基因测序 3 种检测方法可互相补充,更全面地了解当地啮齿动物携带致病菌的状况.

目的 掌握西藏牦牛源肠出血性大肠杆菌核酸多位点序列分型、聚类情况和致病性.方法 对实验室已分离鉴定的14株肠出血性大肠杆菌采用分子生物学和动物实验的方法,进行多位点序列分型鉴定及聚类分析,动物实验后挑选致病性最强菌株进行生长曲线测定和半数致死量(LD50)计算,HE染色制作组织病理切片.结果 14株牦牛源肠出血性大肠杆菌中共出现了 3种ST型,分别为ST33、ST 226、ST 446,各ST型中西藏阿里菌株占比最多为57％(8/14);各ST型中ST 33占比最多为57％(8/14),其次是ST 226占比14％(2/14)该型菌株的致病性最强,ST 446占比最少为7％(1/14).此外,还有3株占比22％(3/14)未定型肠出血性大肠杆菌.MLST聚类分析表明管家基因在不同ST型中携带等位基因的数量不同,ST 33型中Mdh 22个最多,ST 446型中icd 26个最多,ST 226型中Fumc 27个最多.14株菌株攻毒80只小鼠表现出不同程度的致病性,其中ST 226型致病性最强.将致死小鼠解剖后发现肠上皮出血水肿,脾脏、肝脏有淤血等病理变化.14株菌株中的阿里株(TBY 7)是ST 226型其致病性最强,其生长曲线显示14 h达最大生长数,浓度为1 ×1011cfu/mL;60只小鼠差浓度梯度攻毒试验计算出该菌的LD50为2.4×107cfu/mL.阿里株(TBY 7)ST 226型感染小鼠后经HE染色制作组织病理切片后,结果显示小鼠的十二指肠、盲肠、结肠和直肠黏膜上皮坏死脱落,盲肠肠壁内可见寄生虫,空肠、回肠绒毛结构坏死萎缩、固有层充血;肝细胞轻微空泡变性,脾脏红髓轻微淤血.结论 西藏牦牛源肠出血性大肠杆菌存在不同ST型,且各地区均有分布;不同ST型的致病性与携带等位基因数量相关,且主要引起肠组织病变,提示相关部门应加强对该致病菌的宣传.

目的 建立一种能快速准确检测牛奶中金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、鼠伤寒沙门菌(Salmonella typhimurium)和大肠杆菌O517:H7(Escherichia coli O517:H7)的环介导恒温扩增方法(loop mediated isothermal amplification,LAMP).方法以牛奶为研究对象,分别利用金黄色葡萄球菌nuc,鼠伤寒沙门菌invA和大肠杆菌O517:H7的rfbE保守基因设计LAMP特异引物,通过优化反应温度、时间等条件,建立检测牛奶中金黄色葡萄球菌、鼠伤寒沙门菌和大肠杆菌O517:H7的LAMP反应体系.并验证了本方法的特异性和灵敏度.结果 LAMP法对牛奶中金黄色葡萄球菌、鼠伤寒沙门菌和大肠杆菌O517:H7的灵敏度均为1.0×102拷贝/μL,比常规PCR灵敏度提高了10倍.金黄色葡萄球菌和大肠杆菌O517:H7的LAMP反应条件为60℃、30min,鼠伤寒沙门菌为60℃、60min.利用SYBR Green I染料在紫外光下可直接观察检测结果,金黄色葡萄球菌、鼠伤寒沙门菌和大肠杆菌O517:H7阳性样品均呈绿色;进一步利用荧光定量PCR仪可检测到对应的扩增曲线.通过牛奶样品模拟掺杂实验,验证了方法的实用性和可靠性.结论 本研究建立的检测牛奶中金黄色葡萄球菌、鼠伤寒沙门菌和大肠杆菌O517:H7的LAMP方法具有特异性强、灵敏度高、操作简便等特点,可用于牛奶中相关致病菌的检测,对预防和控制3种致病菌的传染有重要意义.

目的 研究上海市市售内制品中沙门菌血清型、耐药谱和分子分型特征.方法 2016年1～8月在上海市所辖16个行政区,随机选择1个密集型社区,抽取1家超市或市场作为哨点,定期采集畜、禽类肉制品,按国家食品安全风险评估中心(CFSA)食源性疾病监测方案进行沙门菌分离、血清分型、抗生素定量检测与剂量评估、优势菌的分子分型.结果 606份样品包括猪、鸡、鸭、牛、羊、鹅肉制品,共分离沙门菌158株,总阳性率为26.1％,畜肉和禽肉来源分别占52.5％ (83/158)和47.5％ (75/158).前5位沙门菌血清型依次为肠炎沙门菌、鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌、罗森沙门菌和印第安纳沙门菌,畜肉和禽肉来源优势菌型间差异有统计学意义(P＜0.05);菌株对磺胺异噁唑耐药率最高(79.7％,126/158),对链霉素、萘啶酸、氨苄西林、四环素和氯霉素耐药率在38.0％ ～77.8％,多重耐药(MDR)菌株(≥3类)占77.8％ (123/158),猪肉来源沙门菌对庆大霉素、链霉素、磺胺异噁唑、复方新诺明、氯霉素、四环素耐药率均高于鸡肉来源沙门菌,鸡肉来源沙门菌对头孢噻呋、头孢曲松、萘啶酸耐药率均高于猪肉来源沙门菌,差异均有统计学意义(P＜0.05),32.9％ (52/158)的菌株对至少6种抗生素超检测限值;肠炎沙门菌有15个分型,以1型和3型为优势型;鼠伤寒沙门菌有23个分型,具有遗传多样性特征.结论 上海市市售肉制品沙门菌暴露以猪肉和鸡肉来源为主,肉制品中多重耐药沙门菌污染严重.猪肉来源的罗森沙门菌和鸡肉来源的吉韦沙门菌是新输入性的血清型.

目的 运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术研究上海市奉贤地区沙门菌的分子流行病学特征,为沙门菌病的鉴定溯源及防控预警提供技术支持和数据参考.方法 对2012-2016年分离到的188株沙门菌进行PFGE分子分型,运用BioNumerics V7.6软件的UPGMA方法进行聚类分析.结果 80株鼠伤寒沙门菌分为57种PFGE带型,菌株间条带相似度为43.6％～ 100.0％,其中52株可分为4组大的克隆系,克隆系Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ中既有患者株也有食品株;75株肠炎沙门菌分为38种PFGE带型,菌株间条带相似度为54.4％～100.0％,其中62株为1组大的克隆系,58株为患者株,4株为食品株;33株伦敦沙门菌分为28种PFGE带型,菌株间条带相似度为50.1％ ～ 100.0％,其中22株可分为3组大的克隆系,克隆系Ⅰ、Ⅱ中既有患者株也有食品株.结论 PFGE分型结果反映了本区鼠伤寒、肠炎、伦敦沙门菌PFGE型别的多样同时具有优势克隆系,而且各优势克隆系有稳定的遗传持久性.奉贤区沙门菌病例与食用污染的生鲜肉制品有密切关系,PFGE分子分型技术在致病菌的传播、追踪和溯源方面更具有针对性.

人参作为中国的传统中药,有着广泛的药用和保健价值,目前人参作为药用食品的营养价值一直是研究热点.肠道菌群在机体中发挥的重要作用得到众多研究者的肯定,该研究利用MiSeq测序平台对长期服用人参提取物的大鼠盲肠内容物样本进行宏基因测序,之后通过对肠道菌群数据结果分析,探究长期服用人参提取物对大鼠肠道菌群结构产生的影响.结果表明,经过长期服用人参提取物,大鼠肠道菌群中的益生菌属如Bifidobacterium,Lactobacillus,Allobaculum,Clostridium等发生显著上调,而致病菌属如Butyricimonas,Parabacteroides,Alistipes,Helicobacter等发生显著下调,证明长期服用人参提取物有助于促进益生菌生长而抑制致病菌生长,该研究为长期服用人参提取对大鼠肠道菌群结构的影响提供了重要依据.

目的 分析2014-2017年北京市顺义区腹泻病例中沙门菌流行特征和分子分型特征,为沙门菌的防控、预警、溯源等提供依据.方法 收集北京市顺义区腹泻病例标本和流行病学数据,分离沙门菌并进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型检测,利用国家致病菌识别网平台进行指纹图谱比对,结合实验室检测结果、流行病学资料、临床资料对本地区沙门菌流行和分子分型特征进行描述分析.结果 顺义区腹泻病例中沙门菌检出率为5.23％,21种血清型,以鼠伤寒沙门菌(32.89％)和肠炎沙门菌(30.26％)为主;沙门菌检出率呈春秋季双高峰分布;女性和男性肠炎沙门菌的检出率差异有统计学意义(x2=5.978,P=0.014);发热体温越高的病例组,沙门菌属检出率越高,差异有统计学意义(x2=22.579,P＜0.001);菌株PFGE分析结果显示存在多次聚集的现象.结论 沙门菌在北京市顺义区腹泻病原中占有重要位置;不同血清型沙门菌的人群分布、临床症状分布和分子分型分布均具有一定特征;利用国家致病菌识别网识别、预警、评估、溯源沙门菌引起的食源性疾病和肠道传染病是本地区沙门菌防控工作的方向.