目的:对2020年8月21日和9月27日广州市2起食物中毒事件中分离的41株金黄色葡萄球菌（金葡菌）进行肠毒素、肠毒素基因、耐药性、耐药基因情况以及分子分型分析。方法:对2起食物中毒样本分离的41株金黄色葡萄球菌，通过多位点序列分型（MLST）和 spa基因分型方法进行分子分型；ELISA检测菌株产肠毒素型别；PCR检测肠毒素基因；采用纸片扩散法对菌株进行药敏检测。选取21株代表性菌株进行全基因组测序，分析其耐药性和毒力基因，运用Snippy进行同源性分析。 结果:2起食物中毒的41株菌经MLST和 spa基因分型方法分为ST6-t701和ST7-t091。耐药性分析显示，27株ST7-t091中有2株鉴定为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA），其余25株ST7-t091为甲氧西林敏感金色葡萄球菌（MSSA），对7种抗菌药物耐药；14株ST6-t701菌株的耐药谱完全一致，对6种抗菌药物耐药。PCR结果显示，所有菌株都携带 sea基因。全基因组分析显示，21株金葡菌具有相同毒力基因谱 scn、 sak、 sea、 hla、 hld、 hlgA、 hlgB、 hlgC、 lukD，携带的 scn-sak-sea属于人类免疫逃避基因簇D型，位于前噬菌体?Sa3上。单核苷酸多态性同源分析显示，2株MRSA ST7-t091高度同源，而12株MSSA ST7-t091和7株MSSA ST6-t701分别聚为一簇。 结论:2020年8月21日和9月27日广州市2起食物中毒事件分别为MRSA ST7-t091和MSSA ST7-t091混合感染以及MSSA ST6-t701感染引起，菌株耐药性较强且具有高致病力。

目的:分析河北省保定市1起人间布鲁菌病（简称布病）聚集性疫情的流行病学和分离菌株遗传学特征，为布病疫情防控提供科学依据。方法:采用虎红平板凝集试验和试管凝集试验对2018年保定市1起人间布病疫情中的高危人群（ n=22）进行布鲁菌抗体检测；对布病患者（ n=3）血液进行培养，对分离出的菌株进行传统法鉴定，运用多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）和多位点序列分析（MLST）方法分析菌株的遗传学特征。 结果:高危人群血清布鲁菌抗体阳性率为4.55%（1/22）。3名患者血培养均检出布鲁菌可疑菌株（菌株编号：BDY-1、BDY-2、BDY-3），并鉴定为羊种生物3型布鲁菌。MLVA结果显示，BDY-1与BDY-2菌株是同一基因型，BDY-3菌株在Bruce04和Bruce16位点分别增加了2个串联重复序列，在Bruce30位点少了3个串联重复序列，3株菌株panel 1（MLVA-8）基因型为42，panel 1 + panel 2A（MLVA-11）基因型为116，均属于"东地中海组"，且与羊种生物3型布鲁菌聚类最近。MLST分析显示，3株菌株均为ST8型。结论:该起疫情的病原菌是羊种生物3型布鲁菌。今后保定市布病防控工作应加强高危人群的健康教育和行为干预。

目的:分析上海市某医院中不同来源耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的分子生物学特征，明确上海某医院MRSA的流行特点。方法:收集上海市某二甲医院2017—2018年期间72株MRSA,综合应用多位点序列分型（MLST）、脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型方法对MRSA菌株进行分子生物学特征分析。结果:72株MRSA中，46株分离自临床病例，26株分离自医院环境。46株临床分离菌株包括33株社区获得性MRSA（CA-MRSA），以及13株医院获得性MRSA（HA-MRSA），且来自医院的不同的病区。感染MRSA的住院患者所在科室以老年科（34.8%，16株）、内科（26.1%，12株）和外科（26.1%，12株）为主。MLST分型结果显示，不同来源MRSA菌株的ST型差别较大，但ST764是不同来源的MRSA菌株的优势克隆群（40.3%，29株），且PFGE聚类结果显示12株不同来源的ST764型MRSA菌株具有较高的同源性（>90%）。结论:ST764型MRSA可能在社区、医院及环境中存在播散，应持续监测MRSA及其变异情况。

目的:了解我国食源性金黄色葡萄球菌（金葡菌）的种群结构。方法:通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因（ spa）和葡萄球菌染色体 mec基因盒（SCC mec）分型，使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。 结果:763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个 spa型别，其中20种为新ST型别。72个（72/90，80.0%）ST型属于22个克隆群，其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，占82.44%（629/763）。其中优势克隆群中ST型和 spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌（MRSA）的阳性率为7.60%，共鉴定出7种SCC mec型别，以ST59-t437-Ⅳa（17.24%，10/58）、ST239-t030-Ⅲ（12.07%，7/58）、ST59-t437-Ⅴb（8.62%，5/58）、ST338-t437-Ⅴb（6.90%，4/58）和ST338-t441-Ⅴb（6.90%，4/58）为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支，命名为Clade1和Clade2，相同克隆群、ST型和 spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株，Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株，MRSA菌株按照SCC mec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。 结论:本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象，这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体，需高度关注。

目的:了解四川省人间布鲁氏菌病（简称布病）分离菌株的分型情况。方法:66株菌株分离自2014 - 2020年四川省人间布病确诊病例，分别应用BCSP31-PCR、AMOS-PCR方法对分离菌株进行属、生物型鉴定；选用多位点序列分型（MLST）-9方法对分离菌株进行分型实验，通过在线全球MLST数据库对比序列型（ST）；并通过BioNumerics 7.6软件，使用最小生成树（MST）对新发现和已知ST序列进行聚类分析。结果:2014 - 2020年四川省自人间布病确诊病例分离的66株菌株均为布鲁氏菌属，其中羊种布鲁氏菌65株，牛种布鲁氏菌1株。存在3个已知ST（ST-8、ST-39、ST-2）和1个新发现型别（ST-101）。其中，ST-8为四川省主要ST（90.91%，60/66），另有4株羊种布鲁氏菌为ST-39，1株牛种布鲁氏菌为ST-2。新发现型别ST-101于2019年分离自乐山市，属羊种布鲁氏菌克隆群，与ST-8进化关系紧密。结论:四川省布鲁氏菌主要流行株为羊种布鲁氏菌，主要基因型为ST-8，同时存在少量ST-39、ST-101、ST-2。

分析耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌（carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae，CRKP）分子流行病学及探讨 blaKPC和 blaNDM水平传播机制，为预防和治疗CRKP提供参考依据。回顾性分析2022年1—12月湖南中医药大学第一附属医院临床非重复分离的CRKP，共计 49株。采用改良碳青霉烯灭活实验（mCIM）、EDTA-碳青霉烯灭活实验（eCIM）进行表型筛选；聚合酶链式反应（PCR）检测CRKP碳青霉烯耐药基因、β内酰胺酶耐药基因和毒力基因；多位点序列分析检测CRKP菌株的同源性。通过接合试验，推断 blaKPC和 blaNDM两种碳青霉烯耐药基因的水平传播机制。结果显示，本研究共收集到CRKP 49株，有44株携带 blaKPC，8株携带 blaNDM，其中同时携带 blaKPC和 blaNDM两种耐药基因的CRKP（ blaKPC+ blaNDM-CRKP）有3株。28株CRKP携带毒力基因（28/49，57.2%），1株CRKP拉丝试验阳性，且同时携带 Aerobactin和 rmpA两种毒力基因。共检出5种ST型，以ST11为主（41/49，83.7%）。3株 blaKPC-CRKP均接合成功，3株 blaNDM-CRKP仅1株接合成功，接合子菌株对亚胺培南以及头孢菌素类抗菌药物的敏感性均显著降低。综上，本研究CRKP耐药机制主要以产KPC酶为主，且同时携带多种β-内酰酶耐药基因，并有高毒力耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌（high virulence carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae，hv-CRKP）和 blaKPC+ blaNDM-CRKP的局部流行。 blaKPC和 blaNDM可通过质粒水平传播，不同菌株的水平传播效率存在差异。

目的:了解山西省家禽中艾伯特埃希菌的带菌情况。方法:采集山西省不同禽类定点屠宰场鸡肠内容物经EC肉汤增菌后，PCR对其进行 eae基因检测，阳性增菌液接种麦康凯琼脂，挑取不发酵乳糖菌落进行三重PCR（ clpX、 lysP和 mdh基因）、16S rRNA基因序列分析及多位点序列分型（Multiocus sequence typing，MLST）鉴定。 结果:本研究共采集了250份样品，经 eae基因检测、生化鉴定、三重PCR检测、16S rRNA及MLST聚类分析，确定2株不发酵乳糖、木糖，无动力， eae、 clpX、 lysP和 mdh基因阳性的菌株为艾伯特埃希菌。进一步对该2株艾伯特埃希菌毒力基因分析发现，该菌株携带Ⅱ/Ⅲ/Ⅴ组亚型 cdtB基因，但均不携带 stx基因。 结论:本研究表明山西省鸡类中存在艾伯特埃希菌带菌的情况。

目的:建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型（MLST）方法，探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法:筛选出7个管家基因（ gyrA、 gyrB、 hsp65、 sodA、 secA1、 rpoB、16S rRNA），设计引物并进行PCR扩增和测序，测序所得序列通过SeqMan 软件进行拼接。采用DnaSP 5.10.01软件、Splits tree 4.14.2软件对管家基因的多样性及基因重组特征进行评价；采用MEGA 7.0.14软件基于序列型别（ST）采用M-L法构建系统发育树，采用BioNumerics软件基于ST特征值构建最小生成树，并用eBURST软件分析ST间遗传进化关系。 结果:所选的7个位点在所有试验菌株中均获得了预期的扩增产物；Splits tree表明所有纹带棒状杆菌的聚类一致，提示基因重组是推动纹带棒状杆菌进化的潜在动力；MLST将344株纹带棒状杆菌分成72个STs，85.7%的菌株形成克隆复合体（CC）结构，CC19形成了优势克隆复合体，但包含菌株数最多的ST为该克隆复合体中的ST16。ST具有一定的地域聚集性且与分离年份具有一定的相关性。结论:我国纹带棒状杆菌呈现高度的遗传多样性，CC19为优势克隆复合体。本研究建立的MLST分型方案可用于纹带棒状杆菌的分型，但尚需优化改进。

目的:了解 2020-2021年山东省聊城市小肠结肠炎耶尔森菌（ Y.e）食品分离株分子特征。 方法:对聊城市市售生肉与肉制品中 Y.e开展分离培养、药敏试验、毒力基因检测、PFGE和全基因组测序（WGS）。利用微生物基因组注释系统对全基因组数据进行拼接组装，对组装基因组开展多位点序列分型（MLST）和核心基因组多位点序列分型（cgMLST），并应用基于WGS的单核苷酸多态性（wg-SNPs）分型方法与美国生物技术信息中心上获取的14株国内外 Y.e的基因组进行遗传进化分析。 结果:165份样品中共检出21株 Y.e，检出率为12.73%，20株 Y.e测序成功。 Y.e携带多种耐药基因和毒力基因，出现多重耐药现象，毒力基因PCR检测显示21株 Y.e呈现2种毒力基因特征；PFGE、MLST和cgMLST聚类分析显示，21株 Y.e呈高度多样性；wg-SNPs遗传进化分析显示20株 Y.e可分为2个进化主分支。 结论:聊城市生肉与肉制品中分离的 Y.e携带多种耐药基因和毒力基因，且分子分型呈现高度多样性，应加强生肉与肉制品中 Y.e分子生物学监测，开展基因组测序及分子分型检测工作，为预防由 Y.e引起的食源性疾病提供理论依据 。

探讨碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）基因组特征并进行相关聚类分析，为防治CRKP引起的感染提供实验依据。采用回顾性病例-队列研究方法，对2023年1—6月南方医科大学第十附属医院临床非重复的19株CRKP进行全基因组测序（WGS）分析和多位点序列分型（MLST），比较菌株间基因组特征，对菌株携带的耐药基因及同源性进行相关聚类分析。结果显示，19株CRKP分离自8个不同临床科室，主要来源于呼吸道标本。全基因组测序结果显示CRKP基因组长度在4.90~5.85 Mbp之间，每个CRKP基因组的重叠群（contigs）N50均>20 kb；总体GC含量中位数 M（ Q1， Q3）为 57.0%（50.4%，57.1%）；比较基因组特征发现3个基因组变异度较高的区域。WGS检测到11类共32种耐药基因，19株CRKP均携带碳青霉烯类耐药基因（ blaKPC-2和 blaOXA-48）、 blaTEM-1B超广谱β-内酰胺酶耐药基因、 qnrS1喹诺酮类耐药基因和 fosA磷霉素耐药基因，且每株菌仅携带一种碳青霉烯酶基因， blaKPC-2检出率高达94.7%（18/19）。MLST分型为ST11、ST437和ST147三种型别，ST11型占89.5%（17/19），属优势克隆型别，以获得性耐药基因为基础作聚类分析，发现菌株72和菌株90，菌株88、84、66和菌株79等耐药基因聚类分析较为接近，存在3个克隆传播模式。综上，CRKP菌株同时携带多种耐药基因，聚类分析显示院内克隆传播与获得性耐药基因密切相关，以ST11- blaKPC-2型菌株为优势菌株，应加强CRKP监控，并制定有效的防控策略，以减少院内传播。