目的:筛选大鼠肠道和呼吸道共有差异菌群和差异代谢物，分析大鼠肠道菌群和代谢物的变化在大鼠尘肺病进展中可能的作用。方法:于2020年4月，将18只SD大鼠随机分为3组（对照组、煤矿粉尘组和二氧化硅组，每组各6只）。煤矿粉尘组和二氧化硅组大鼠采用非气管暴露法分别灌注1 ml 50 mg/ml煤矿井下粉尘悬浊液和二氧化硅悬浊液，对照组大鼠灌注同等剂量灭菌生理盐水。染尘24周后采集大鼠粪便、咽拭子和肺灌洗液。采用16SrDNA基因测序技术和UHPLC-QTOF-MS非靶向代谢组学技术检测各组大鼠粪便、咽拭子和肺灌洗液中菌群和代谢物，筛选肠道和呼吸道共有差异菌群和共有差异代谢物。并采用Spearman法对差异菌群和代谢物进行相关性分析。结果:与对照组比较，煤矿粉尘组门水平下共筛选到9种肠道和呼吸道共有差异菌群，属水平下共筛选到9种肠道和呼吸道共有差异菌属，主要为厚壁菌门、放线菌门、链球菌属、乳杆菌属；与对照组比较，二氧化硅组门水平下共筛选到9种共有差异菌群，属水平下共筛选到5种共有差异菌群，主要为变形菌门、放线菌门、异杆菌属、粘液杆菌属。与对照组比较，煤矿粉尘组共筛出7种共有差异代谢物，标桩菌素、芳樟醇氧化物和异亮氨酸-亮氨酸在肠道和呼吸道中均上调；二氧化硅组与对照组比较，共筛出19种共有差异代谢物，其中二乙醇胺、1-氨基环丙烷羧酸、异亮氨酸-亮氨酸、鞘氨醇、棕榈酸、二氢鞘氨醇、1，2-二油酰基-sn-甘油-3-磷脂酰胆碱、1-硬脂酰-2-油酸甘油酯磷酸化胆碱在肠道和呼吸道中均上调。结论:尘肺病大鼠肠道和呼吸道菌群存在移位现象，大鼠在尘肺病进展过程中存在脂质代谢失衡。

目的 了解重型β地中海贫血(β-TM)患儿造血干细胞移植前后不同阶段肠道菌群改变及其影响因素.方法 选择2019年11月至2020年6月在血液肿瘤科行造血干细胞移植的确诊β-TM的患儿作为研究对象.收集移植启动前期(A组)、清洁肠道期(B组)、预处理期(C组)、干细胞输注期(D组)及移植后细胞植入期(E组)的粪便样本.利用16SrDNA基因V4区域的Illumina HiSeq测序系统测序粪便样本.结果 纳入37例β-TM患儿,男27例、女10例,中位年龄7.5(3.0～17.3)岁.最终纳入分析共96份样本,A组28份、B组17份、C组18份、D组21份、E组12份.A组和B组肠道菌群构成占比前两位为厚壁菌门、拟杆菌门,C、D、E组菌群占比前两位为变形菌门及拟杆菌门.5组之间厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、梭菌门、放线菌门、疣状菌门、蓝菌门的丰度差异均有统计学意义(P＜0.05).利用Chao指数比较移植不同时期肠道菌群Alpha丰度.A组Chao指数为225.9(182.0～260.5),B组为234.6(193.0～311.3),C 组为 127.6(81.1～180.0),D 组为 96.8(71.1～139.9),E 组为 122.7(97.5～142.7),5 组之间差异有统计学意义(P＜0.001).利用Shannon指数预测移肠道菌群Alpha多样性.A组Shannon指数为2.9(2.4～3.3),B组为2.2(1.6～2.9)、C组为1.4(1.2～2.0)、D组为2.0(1.4～2.3)、E组为0.9(0.6～2.2),5组之间差异有统计学意义(P＜0.001).万古霉素、亚胺培南-西司他丁以及其他类型广谱抗菌药物三组之间肠道菌群丰度与多样性差异无统计学意义(P＞0.05).结论 造血干细胞移植术对β-TM患儿肠道菌群的组成有较大影响;清洁肠道方案对肠道菌群的丰度影响不大;肠道菌群丰度及多样性在移植后早期不能恢复重建;在造血干细胞移植过程中暂无法依据肠道菌群来优化选择抗生素种类.

蒙镖水蚤属(Mongolodiaptomus)隶属于桡足亚纲(Copepoda)哲水蚤目(Calanoida)镖水蚤科(Diaptomidae),目前国内记录蒙镖水蚤属5种,研究记录了采自海南的蒙镖水蚤属新记录种湄公蒙镖水蚤(Mongolodiaptomus mekongensis Sanoamuang & Watiroyram,2018).借助光学显微镜和扫描电镜等方法对该种进行形态描述,获取该物种的18SrDNA基因序列并探讨了其系统发育地位.该种雌性成体的主要特征:第5胸节右后侧角比左后侧角稍大;生殖节前部的左侧隆起,顶部具一锐刺;右侧具三角形片状突起,长度超过生殖节中部,顶部亦具一刺;第5胸足内肢二节.该种雄性成体主要形态特征:执握肢倒数第3节外末角具一梳状突起;第5右胸足基节内末角有一刺状突起,外肢第2节中部侧刺明显扭曲;右尾叉前端近中部有一个三角状刺状突起,末端有一个半圆状突起.分子系统发育分析显示该种与镖水蚤科真镖水蚤属(Eudiaptomus)、新镖水蚤属(Neo-diaptomus)具有较近的亲缘关系.

为了从分子水平上明确云南丘北仙女虾一物种的具体种类,采用PCR产物直接测序法测定了30个样本的COI基因与18S rDNA基因的部分序列片段(长度分别为658 bp和325 bp).基于NCBI数据库BLAST相似性比对发现COI基因与18S rDNA基因序列同Streptocephalus sirindhornae相似度最高,分别为96%和100%.序列分析发现COI基因序列中共检测到15个简约信息位点,22个变异位点,8个单倍型;18S rDNA基因序列中只检测到1个简约信息位点,1个变异位点,2个单倍型.此外,结合GenBank中无背甲目部分科物种的同源序列,进行遗传距离和系统发育关系分析.结果显示:丘北仙女虾与弯头虫科的S. sirindhornae种间遗传距离为4.3%,属于种内水平;与钗额虫科的Thamnocephalus platyurus种间遗传距离为21.1%,属于种间水平.此外,系统发育树显示:丘北仙女虾与S. sirindhornae聚在一起形成一个单系枝,COI树的支持率为100%,18S rDNA树的支持率为72%.上述结果表明云南丘北仙女虾是弯头虫科的Streptocephalus sirindhornae,而不是钗额虫科的物种.同时,还表明COI基因相比18S rDNA基因更适合用于仙女虾物种的分子鉴定.

目的 了解上海市当前流行的非结核分枝杆菌(NTM)病原谱,研究临床分离NTM的菌种分布特征,提高NTM的诊断水平,为指导和有效防治NTM感染提供参考.方法 收集复旦大学附属华山医院2008年至2013年临床分离分枝杆菌阳性菌株,经热灭活处理抽提基因组DNA并采用16SrDNA、hsp65和rpoB 3个靶基因测序综合比对进行菌种鉴定.结果 2008年1月至2013年12月,分枝杆菌分离培养的阳性率为4.1％(411/10 015),对剔除重复后的253株阳性菌株鉴定发现140株属于结核分枝杆菌复合群,102株NTM,以及11株奴卡菌,分别占55.3％、40.3％和4.4％.其中NTM的阳性率从2008年的25.0％持续增长至2 013年的42.7％,2012年最高(54.9％).进一步分析NTM菌种,菌种分布多达16种,其中数量最多的主要是脓肿分枝杆菌28株、海分枝杆菌18株、鸟-胞内分枝杆菌复合群17株,以及偶发分枝杆菌10株,分别占27.5％、17.6％、16.7％和9.8％.结论 综合性医院临床分离NTM菌株数量及阳性率均呈上升趋势,NTM感染相关病例逐年增多,以脓肿分枝杆菌,以及海分枝杆菌、鸟-胞内分枝杆菌复合群和偶发分枝杆菌等为主.

目的 了解百日咳确诊患儿的临床特征、致病菌株的毒力基因分型及抗菌药物敏感性状况.方法 收集2015-2016年首都医科大学附属北京儿童医院细菌培养确诊的224例百日咳患儿的临床信息,采用E-test法及KB纸片法检测分离的百日咳鲍特菌对抗菌药物的敏感性,并检测菌株的23S rDNA基因耐药突变及其抗原基因型.结果 224例患儿分别来自全国14个省份,其中150例(67.0％)患儿＜6月龄,176例(78.6％)例患儿未接种或未完成全程百日咳疫苗接种.224株百日咳鲍特菌的主要抗原基因型为ptxA 1/ptxC1 /ptxP1/prn1 /fim2-1/fim3-I/tcfA2,占90.6％(203/224).所有红霉素耐药菌株均为ptxP1基因型,且23SrDNA基因均检测到A2047G位点突变.分离到18株ptxP3基因型高毒力株,对大环内酯类药物均敏感.全部分离株对磺胺甲基异噁唑/甲氧苄啶(SMZ)最小抑菌浓度(MIC)值分布范围为0.004 ～ 0.500 mg/L.结论 当前培养确诊的百日咳患儿以未接种疫苗的小婴儿为主,致病菌株的抗原基因型主要为ptxA1/ptxC1/ptxP1/prn1/fim2-1/fim3-1/tcfA2,该型菌株普遍对大环内酯类耐药.高毒力的ptxP3型致病菌株较少见,均对大环内酯类敏感.体外药物敏感性试验提示SMZ可用于百日咳的经验治疗.

目的 探索原发性干燥综合征(pSS)与健康人之间肠道菌群是否存在差异.方法 收取18例符合纳入标准的女性pSS患者的粪便样本,其中9例为病情活动组(A组)、9例为病情不活动或低活动组(B组),另外收取10例健康人的粪便(C组).收集每份粪便样品的细菌总DNA,PCR扩增,针对16SrDNA基因的V3～V4区进行illumina hiseq 2500高通量测序,得到3组的肠道菌群生物信息数据,随后结合文献智库信息挖掘进行组间OTU分析、样品多样性分析、样品组间显著性差异分析及LEfSe分析.结果 肠道菌群多样性比较:α多样性(Alpha diversity)指数分析,Shannon指数在A组和B组间、Simpson指数在A组和B组间及A组和C组间差异存在统计学意义(P<0.05);菌群结构比较:将3组分别进行序列分析,在门水平上3组均主要有4个菌门组成,分别是:厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),放线菌门(Actinobacteria),变形菌门(Proteobacteria),在属水平上3组均主要有4个菌属组成,分别是:大芬戈尔德菌属(Finegoldia),普雷沃菌属(Prevotella),链球菌属(Streptococcus),棒状杆菌属(Corynebacterium_1),在门水平和属水平上分析显示3组肠道菌群主要菌门和主要菌属两两比较差异无统计学意义(P>0.05),但Streptococcus属在3组之间比较,差异具有统计学意义(P<0.05);肠道菌群结构的差异分析:肠道菌群16S V3～V4区组间显著性差异分析,在属水平上,3组间相比,在Alloscardovia属、Bacteroides属、Barnesiella属 、Butyricicoccus属 、Facklamia属 、Faecalibacterium属 、Lachnospiraceae_FCS020_group属 、Lachnospiraceae_ND3007_group属、Lachnospiraceae_UCG-001属、Lachnospiraceae_UCG-004属、Lachnospiraceae_UCG-008属、Ruminococcaceae_UCG-002属、Streptococcus属之间存在统计学差异(P<0.05);在Coprococcus_1属存在显著性差异(P=0.005,P<0.01).3组间肠道微生物进行高维生物标识和揭示基因组特征的分析,差异存在统计学意义(P<0.05).结论 pSS患者与健康人之间的肠道菌群多样性存在一定差异,在主要菌门水平和菌属水平上虽无显著性差异,但在Streptococcus属等一些特定细菌比例有显著差异;3组肠道菌群在16S V3～V4区组间差异具有统计学意义,提示菌群结构的差异在pSS的发病中起一定作用.

本试验主要研究了一株贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)B18对香蕉枯萎病病原菌尖孢镰刀菌古巴专化型热带4号生理小种(Fusarium oxysporum f.sp.cubense race 4,Foc TR4)的生物防治效果.在对木薯根际土壤微生物进行分析筛选时发现一株对FocTR4生长有抑制作用的拮抗细菌B18,结合细胞形态判断、生化理化检测以及16SrDNA和gyrB基因的分子生物学分析对B18菌株进行鉴定.采用平板对峙法,分别探索了B18菌株的菌悬液、发酵上清液对Foc TR4的拮抗作用.在温室盆栽条件下,用B18菌悬液对香蕉幼苗灌根,探索其对由Foc TR4引起的香蕉枯萎病的防效.结果表明:B18菌株的菌悬液能有效抑制尖孢镰刀菌Foc TR4的菌丝生长,进一步盆栽实验发现B18菌株对由FocTR4引起的香蕉枯萎病表现出明显的抗性,防效高达67.9％.研究结果表明B18在香蕉枯萎病防治中有一定的应用潜力和价值,可用做防治香蕉枯萎病的生防菌剂.

目的 对国产全自动微生物质谱检测系统的临床常见病原菌鉴定能力进行评价.方法 收集该院2021年3-5月来自临床非重复菌株302株.采用CMI-3800全自动微生物质谱检测系统(CMI-3800 MS)和VITEK 2 Compact全自动微生物鉴定仪(VITEK 2 Compact)对病原菌进行鉴定,结果不一致的菌株采用16SrDNA基因测序予以确认.结果 CMI-3800 MS鉴定到属水平有297株(98.34％),鉴定到种水平有288株(95.36％);VITEK 2 Compact鉴定到属水平有296株(98.01％),鉴定到种水平有277株(91.72％).两种检测方法鉴定属一致的为296株(98.01％),种一致的为277株(91.72％);在种不一致的25株中取18株采用16SrDNA测序鉴定.结果 显示,CMI-3800 MS有12株标本在种水平鉴定与16SrDNA基因测序结果完全一致,4株标本属水平一致,其余2株种属均不一致;VITEK 2 Compact有13株标本在属水平鉴定与16SrDNA基因测序的结果一致,4株种属均不一致,有1株未能鉴定出来.结论 CMI-3800 MS与VITEK 2 Compact对临床常见病原菌的鉴定结果较一致,但前者通量大、重复性好、操作简便,且在时间和经济成本上明显优于后者,符合对临床微生物鉴定的要求.

目的 梳理并探讨中药治疗肝癌实验研究的现状及未来研究方向.方法 计算机检索Cochrane Library、Web of Science、PubMed、中国期刊全文数据库、中文科技期刊全文数据库、中国生物医学文献数据库、万方医药期刊全文及学位论文数据库中的中药治疗肝癌实验研究,检索截止时间为2022年5月31日.提取纳入文献的发表时间、研究药物、肝癌模型、应用系统生物学技术等信息构建数据库并对提取信息进行统计分析.结果 共纳入文献735篇,包括中文文献612篇,英文文献123篇;涉及中药复方的研究532篇,药对18篇,单药185篇.使用频率排在前三位的复方依次是扶正抑瘤方(3.13％,23/735)、鳖甲煎丸(2.45％,18/735)、小柴胡汤(1.22％,9/735),排在前三位的药对分别是白花蛇舌草-半枝莲(0.41％,3/735)、当归-红芪(0.27％,2/735)、姜黄-海带(0.27％,2/735),排在前三位的单药依次是白花蛇舌草(2.31％,17/735)、半枝莲(1.22％,9/735)、丹参(0.95％,7/735).肝癌模型为细胞株的文献328篇,动物模型的文献404篇;使用频率排在前三位的肝癌细胞株分别是HepG2(21.63％,159/735)、SMMC-2771(10.61％,78/735)、H22(3.67％,27/735),排在前三位的肝癌动物模型分别是皮下移植瘤小鼠(42.45％,312/735)、化学诱导肝癌模型(7.07％,52/735)、原位肝癌模型(2.31％,17/735).有199篇文献采用了网络药理学技术,6篇文献应用转录组学,3篇应用基因芯片,3篇应用代谢组学,2篇应用肠道菌群16SrDNA测序,1篇应用蛋白质组学分析.结论 目前中药治疗肝癌实验研究存在研究药物数量较多但研究欠缺系统性、新兴生物学技术应用不充分等不足;今后研究应以整体性和系统性为指导,以明确药效物质基础为质控,充分运用系统生物学技术,以期取得突破性进展.