目的 研究桃红四物汤(Taohong Siwu Decoction,THSWD)对缺血性脑卒中的微小RNA(microRNA,miR-NA)表达谱的影响,探讨THSWD治疗缺血性脑卒中的分子机制.方法 建立大脑中动脉闭塞(middle cerebral artery occlusion,MCAO)诱导的局灶性脑缺血大鼠模型,采用单细胞RNA测序技术检测THSWD治疗后MCAO大鼠miRNA表达谱.采用GO和KEGG富集分析方法分析miRNA作用于靶基因的功能.对表达差异显著的miRNA进行RT-qPCR实验验证.结果 THSWD干预后,MCAO大鼠脑梗死区有13个miRNA表达发生变化,其中6个miRNA表达上调,7个miRNA表达下调.利用miRanda进行预测,确定了这13个miRNA的靶基因,构建了miRNA-mRNA网络,通过RT-qPCR验证了其中6个差异表达的miRNA(rno-miR-653-5 p、rno-miR-216 b-5 p、rno-miR-3547、rno-miR-217-5p、rno-miR-758-3p和rno-miR-223-3p).结论 THSWD可以通过逆转某些miRNA的异常表达来治疗缺血性脑卒中.

肠道菌群是由许多细菌及其代谢产物组成的复杂生态系统,对人体消化、营养吸收、能量供应、脂肪代谢、免疫调节等诸多方面发挥着不可替代的作用.探索肠道菌群的结构与功能、关键基因与代谢产物,将有助于实现疾病的早期诊断与辅助诊断,发现新的治疗靶点与药物治疗效果评价,更好地指导抗生素的使用.肠道菌群的鉴定在临床诊疗及药物研发等领域都具有重要作用,因此,有必要对这一迅速发展的领域进行全面回顾.传统的鉴定方法无法全面捕捉肠道微生物多样性.随着分子生物学的快速发展,肠道菌群的分类鉴定也从最初的表型鉴定和化学鉴定演变到了分子水平鉴定.本综述整合了肠道菌群的主要鉴定方法及其应用评价,特别关注于分子生物学方法的研究进展,并重点介绍了高通量测序技术在肠道菌群鉴定中的应用,这种革命性的肠道菌群鉴定方法预示着人类对微生物世界认识的全新篇章.

目的 探讨循环微小核糖核酸(miR)-126-3p在非小细胞肺癌(NSCLC)中表达及诊断价值.方法 收集多中心miR芯片及测序数据探讨NSCLC的循环miR-126-3p的表达差异.为了评估循环miR-126-3p综合表达水平,计算标准化均数差(SMD)和综合受试者工作特征(sROC)曲线,分析sROC曲线的曲线下面积(AUC),探讨灵敏度、特异度、阳性阴性似然比,并结合组织进一步综合分析循环miR-126-3p表达.通过miRDB、starBase v2.0和TargetScan 7.1,结合NSCLC中的上调差异基因,利用互补序列方法筛选了循环miR-126-3p潜在靶基因.结果 基于6项循环miR数据集发现循环miR-126-3p表达水平高于对照组,差异有统计学意义(P＜0.05),受试者工作曲线显示循环miR-126-3p有较强的诊断效能(AUC＞0.5),而在199例NSCLC组中综合表达低于对照组(SMD=-1.46).sROC曲线显示循环miR-126-3p区分NSCLC组和对照组有高准确性(AUC=0.91),Egger's检验不存在发表偏倚(P＞0.05),灵敏度、特异度均≥0.80,阳性似然比、阴性似然比为5.37和0.18.此外,对26个数据集1 320例NSCLC循环和组织综合分析显示,循环miR-126-3p在NSCLC组中表达低于对照组(SMD=-2.07).sROC曲线显示低表达的循环miR-126-3p在区分NSCLC组和对照组有高准确性(AUC=0.97).此外,筛选得到循环miR-126-3p的潜在靶基因ADAM9和SLC7A5在NSCLC组中表达均高于对照组.结论 低表达的循环miR-126-3p可能是NSCLC高准确性筛查的重要生物标志物.

目的 探讨食管鳞癌(esophageal squamous cell carcino-ma,ESCC)中CBX4的表达情况,揭示CBX4对ESCC细胞增殖的影响及其潜在机制.方法 TCGA数据库中分析CBX4在不同肿瘤中的表达情况;GEO在线数据库对ESCC及其对应癌旁组织CBX4的表达水平进行t检验分析;过表达或敲低CBX4后,通过MTT、菌落集成实验和流式凋亡术检测CBX4对ESCC细胞活力的影响;裸鼠皮下成瘤和免疫组化法验证CBX4对瘤体增殖的影响;qRT-PCR和Western blot方法验证凋亡相关基因PARP、Bcl-2、Bax的mRNA和蛋白表达水平;筛选转录组测序结果推测CBX4可能的作用机制,并通过qRT-PCR和Western blot进行验证.结果 CBX4在多种肿瘤中高表达;ESCC组织中CBX4表达高于正常组织.敲低CBX4后ESCC细胞凋亡增加,增殖被抑制(P＜0.05);同时,被剪切的PARP和Bax抑癌基因mRNA和蛋白表达水平升高,促癌基因Bcl-2表达水平降低.体内裸鼠成瘤结果表明,过表达CBX4后,瘤体体积和Ki67表达明显增加(P＜0.05).转录组测序结果表明CBX4与p38 MAPK通路基因相关性高,敲低CBX4后,p38 MAPK通路被激活,其下游转录因子表达量增加(P＜0.05),从而诱导ESCC细胞凋亡.结论 CBX4在ESCC中高表达,发挥促癌作用,可能通过调控p38 MAPK信号通路影响ESCC细胞增殖.

目的 分析并构建新生儿缺血缺氧性脑病(hypoxic-ischemic encephalopathy,HIE)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,筛选预测缺血缺氧性脑病诊治的潜在靶点.方法 通过TCGA和GEO数据库获取HIE的非编码RNA高通量测序数据,并进行差异基因分析.根据ceRNA理论构建出circRNA(circular RNA)-miRNA-mRNA网络,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路和基因本体理论(Gene Ontology,GO)分享,探索和功能注释具有ceRNA潜在功能的circRNA.结果 对GSE121178数据集进行筛选,获得差异circRNAs165个,其中上调59个,下调106个;对GSE181127数据集进行筛选,获得差异miRNAs 63个,其中上调60个,下调3个.用miRecords、miRTarBase、TarBase数据库对获得差异miRNAs进行靶点mRNA预测,并对3个数据库预测结果取交集,共获得11个靶点mRNA(PIK3R1、BACE3、VEGFA、PPP2R2A、LATS2、WDR82、VEZT、TUBA1A、THBS1、SLC7A6、CDK6).经阈值筛选,筛选了10个共表达circRNAs、4个共表达miRNAs和11个共表达mRNAs,构建circRNA-miRNA-mRNA网络.KEGG富集分析显示:HIE涉及的20个交集蛋白在信号通路中,较为靠前的10条信号通路包括T细胞受体信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、ErbB信号通路、胰岛素抵抗、酪氨酸激酶抑制作用、细胞衰老和细胞周期等靶点.说明这些信号通路或与HIE的发生有关.动物实验表明:模型组大鼠神经功能缺损评分高于空白组(P<0.001).模型组miR-31-5p的mRNA表达水平明显低于空白组(P<0.05),模型组中miR-520g-3p,miR-30a-5p,miR-29a-3p表达水平明显高于空白组(P<0.05);WB显示,模型组中CDK6、THBS1和TUBA1的表达水平明显高于空白组(P<0.05),模型组中VEZT和WDR82的表达水平明显低于空白组(P<0.05).结论 构建了HIE的circRNA-miRNA-mRNA调控网络,找到了疾病的潜在治疗靶点,为HIE的诊治提供了新方向.

目的 探究微RNA(miRNA)对肺癌的影响及具体机制,为后续抗癌生物制剂制作提供理论依据.方法 肺癌组织和正常肺组织测序寻找表达差异的miRNA;搜寻肿瘤基因组谱(TCGA)数据库中肺癌患者数据验证miRNA和肺癌的关系;利用细胞计数试剂盒-8(CCK-8)、细胞侵袭迁移试验(Transwell)、细胞流式术分别检测干预miRNA后的细胞活力、侵袭力、抗凋亡能力.生信分析miRNA的靶基因并验证其功能.结果 肺癌组织和正常肺组织测序发现miR-139-5p在肺癌组织中表达降低;搜寻TCGA中的肺癌患者数据验证miR-139-5p的作用,发现miR-139-5p可能是个抑癌因子.行CCK-8、Transwell、细胞流式术发现miR-139-5p可以抑制肺癌细胞活力、侵袭力、抗凋亡能力.机制研究发现肺癌细胞的发展和自噬(auto-phagy)相关,且miR-139-5p可以直接靶向抑制自噬基因unc-51样激酶1(ULK1)而抑制肺癌发生自噬.下调ULK1基因可以使肺癌细胞活力、侵袭力、抗凋亡能力下降;而上调ULK1基因使肺癌细胞活力、侵袭力、抗凋亡能力提高.结论 MiR-139-5p通过靶向抑制ULK1而减弱非小细胞肺癌发生自噬,进而减弱自噬的致癌效应.

目的 探讨抑郁症患者与健康对照者之间肠道菌群的差异性,为抑郁诊断及治疗提供参考.方法 选取2020年11月—2022年11月于株洲市三医院精神科就诊的53例抑郁症患者为抑郁症组,同期于株洲市公开招募55名性别、年龄与抑郁症组患者匹配的健康志愿者为健康对照组.收集受试者的一般资料,采集受试者新鲜粪便,采用16S rDNA宏基因测序定性、定量分析肠道菌群多样性、丰度、结构等差异以及与临床症状的相关性.结果 共收集到27 237 978个16S rDNA.两组受试者肠道菌群的整体丰度α多样性比较,差异无统计学意义(P＞0.05).物种及结构方面,两组受试者的四种距离(Jaccard距离、Bray-Curtis距离、非加权UniFrac距离、加权UniFrac距离)β多样性比较,差异均有统计学意义(均P＜0.05).相较于健康对照组,抑郁症组拟杆菌门占比高(12.4%比44.1%),厚壁菌门/拟杆菌门(F/B)值低(6.35比1.04).线性判别分析效应量(LEfSe)分析显示,两组受试者肠道菌群多达30个物种差异有统计学意义(P＜0.05,LDA值＞2).结论 抑郁症患者与健康对照者之间肠道菌群具有差异性,而具有差异性的肠道菌群物种可能是潜在客观标志物及干预靶标.

目的:筛选与结直肠癌肝转移以奥沙利铂为基础的新辅助化疗患者疗效相关的特征性肠道菌群及粪便代谢物，分析肠道菌群与粪便代谢物之间的关系，评估相关标志物在结直肠癌新辅助化疗中的疗效预测价值。方法:病例对照研究。选取2021年10月—2022年7月在山东大学齐鲁医院就诊的34例结直肠癌肝转移患者为研究对象，根据疗效评价标准，分为化疗有效组（20例）和化疗无效组（14例），患者粪便样本进行宏基因组测序和非靶向代谢组学分析，获得与结直肠癌肝转移化疗疗效相关的菌群及代谢物特征，采用Logistic回归构建预测模型筛选可预测化疗效果的菌群及代谢标志物，绘制受试者工作特征（ROC）曲线以及生存分析曲线评价相关菌种和代谢物对新辅助化疗疗效的预测效果。结果:化疗有效组与无效组患者的肠道菌群的α和β多样性差异无统计学意义（ P均>0.05）。在菌种方面，与化疗无效组比较，化疗有效组有5种菌种相对丰度上调，10种菌种相对丰度下调，差异有统计学意义（ P均<0.05），其中唾液普雷沃菌能有效预测化疗效果（ROC曲线下面积为0.750， P=0.007），敏感度为80.0%，特异度为71.4%，且其丰度高水平患者（17例）总生存率低于丰度低水平患者（17例）（ χ2=5.239， P=0.022）。在代谢物方面，与化疗无效组比较，化疗有效组有20种代谢物上调，4种代谢物下调，差异有统计学意义（ P均<0.05），其中苏氨酸和前列腺素F2α-1-乙醇酰胺可区分化疗有效与无效患者（AUC=0.743、0.707， P均<0.05），并且两者相对丰度高水平患者（17例）总生存率高于低水平患者（17例）（ χ 2=4.748、5.407， P均<0.05）。通过筛选分析获得唾液普雷沃菌和前列腺素F2α-1-乙醇酰胺的Logistic回归模型，ROC曲线结果显示，该模型对患者的疗效具有较好的预测价值（AUC=0.836， P<0.05），敏感度为90.0%，特异度为78.6%，且模型预测生存概率高水平患者（17例）总生存率高于低水平患者（17例）（ χ2=9.260， P=0.002）。 结论:唾液普雷沃菌和前列腺素F2α-1-乙醇酰胺可作为结直肠癌肝转移新辅助化疗效果的预测标志物，对患者预后判断具有较好的临床参考价值。

目的:构建荷载第10号染色体上缺失与张力蛋白同源的磷酸酯酶（PTEN）基因的溶瘤腺病毒验证其在前列腺癌中表达水平及靶向抗肿瘤效果。方法:挖掘公开数据库和利用Galaxy在线工具处理本中心去势抵抗性前列腺癌（CRPC）标本基因测序数据，分析PTEN基因在前列腺癌组织中的表达差异。收集2019年3月至2022年8月徐州医科大学附属医院79例前列腺癌患者的病理样本和临床信息，免疫组织化学法检测前列腺癌组织及癌旁组织中PTEN蛋白的表达。同源重组法构建溶瘤腺病毒ZD55-PTEN，细胞计数试剂盒（CCK-8）法、Hoechst-33258和划痕实验检测其靶向抗肿瘤效果。分别采用卡方检验和 t检验对定性资料和定量资料进行统计分析，不满足正态分布的数据采用Mann-Whitney U检验；Spearman分析PTEN表达水平与临床病理特征的关系。 结果:前列腺癌组织中PTEN表达水平明显低于癌旁组织，差异有统计学意义（501例比52例， Z＝－19.25， P<0.05）；PTEN的mRNA表达水平与淋巴结转移（ n＝425， rs＝－0.98， P<0.05）和Gleason评分（ n＝497， rs＝－1.25， P<0.05）呈负相关。CRPC阶段PTEN缺失明显高于激素敏感性前列腺癌（HSPC）阶段（79例比125例， Z＝－0.89， P<0.05）。前列腺癌组织的PTEN蛋白缺失率高于癌旁组织（45.6%比16.5%， t＝10.98， P<0.01），术前血清PSA水平（ n＝79， rs＝－0.47， P<0.01）和术后Gleason评分（ n＝79， rs＝－0.31， P<0.05）与PTEN的表达呈负相关。PTEN缺失的前列腺癌患者，确诊时PSA水平（36例比43例， χ2＝12.22， P<0.05）和根治术后Gleason评分（36例比43例， χ2＝6.92， P<0.05）显著高于PTEN蛋白完整患者。成功构建溶瘤腺病毒ZD55-PTEN，ZD55-PTEN组细胞存活率低于对照组[ZD55-EGFP组（49.67±4.19）%、ZD55-PTEN组（29.33±3.84）%， t＝8.68， P<0.05]；细胞凋亡率高于对照组[PBS组（12.86±5.23）%、ZD55-EGFP组（48.18±4.22）%、ZD55-PTEN组（68.93±5.88）%， t＝5.90， P<0.05]；划痕愈合率低于对照组[PBS组（79.13±3.98）%、ZD55-EGFP组（61.02±4.73）%、ZD55-PTEN组（47.92±5.97）%， t＝6.34， P<0.05]。 结论:PTEN基因低表达于前列腺癌组织中，且具有抑制DU145细胞的增殖、迁移并诱导凋亡的功能。

目的:探讨前列腺多形性巨细胞型腺癌（PGCC）的临床病理及分子特征。方法:收集2例前列腺PGCC，复查切片并进行免疫组织化学（IHC）及425基因高通量测序（NGS）检测，同时复习文献，总结其临床病理、IHC及分子特征。结果:2例前列腺PGCC患者年龄为55岁和70岁，组织形态上均可见数量不等多形性巨细胞伴有奇异细胞核（均>50%），伴有高级别经典型腺泡腺癌；IHC只有部分肿瘤性巨细胞表达雄激素受体、NKX3.1、P504s、前列腺特异性抗原（PSA）等前列腺上皮分化的标志物，同时部分细胞表达GATA3。NGS检测到多个基因的致病性/可能致病性变异及融合（TP53变异、BRAF变异、ZSCAN25-BRAF融合），导致TP53及BRAF功能异常，同时检测到SDHA及DNMT3A基因变异，形成截短蛋白，可能参与肿瘤发生发展；例2内分泌治疗后出现雄激素受体拷贝数扩增；微卫星状态分析提示2个病例均为微卫星稳定型，肿瘤突变负荷为低水平。结论:PGCC多见于老年男性，形态学表现为在高级别经典型腺泡腺癌中出现多形性奇异核分化，部分前列腺分化标志物表达减少或缺失，具有不同于经典型前列腺腺癌的基因变异，可能影响肿瘤的进展和预后，并为靶向治疗提供了依据。