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高压氧联合纳米二氧化硅粒子对结肠癌细胞Colon-26的抑制效应
编辑人员丨1周前
目的:探讨高压氧(HBO)联合纳米二氧化硅粒子(Nano-SiO 2)对结肠癌细胞Colon-26的抑制效应,并探讨可能的分子机制。 方法:将结肠癌细胞Colon-26分为对照组、Nano-SiO 2处理组、HBO组及HBO与Nano-SiO 2联合处理组,采用Lipofectamine 2000转染特定的质粒(miR-218-5p mimics、miR-218-5p inhibitor)或microRNA于细胞内,以MTT法测定不同分组下的细胞量、微列阵检测法测定不同分组下的整体microRNA表达差异、逆转录定量聚合酶链反应及免疫印迹测定不同分子的表达情况。 结果:HBO组与对照组比较,细胞存活率差异无统计学意义( P>0.05);Nano-SiO 2处理可使细胞存活率降至对照组的60%,而联合处理可使细胞存活率降至对照组的30%,差异均有统计学意义,且2种处理组间差异也有统计学意义( P<0.05)。Nano-SiO 2处理组及联合处理组有27个microRNA的表达存在明显差异,其中联合处理组细胞中miR-218-5p显著高于HBO组和Nano-SiO 2组,差异有统计学意义( P<0.05)。双荧光素酶报告基因系统证实miR-218-5p对CDK6的3’非翻译区具有明显的抑制作用( P<0.05)。microRNA阴性对照转染细胞中,联合处理组较Nano-SiO 2组细胞数量显著降低,差异有统计学意义( P<0.05);而miR-218-5p inhibitor转染组中,联合处理组与Nano-SiO 2组的细胞数量差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:HBO和Nano-SiO 2联合处理可通过miR-218-5p/CDK6信号轴上调抑制结肠癌细胞Colon-26的增殖。
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编辑人员丨1周前
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基于DNA甲基化和长链非编码RNA鉴定肺鳞状细胞癌的预后生物标志物
编辑人员丨1周前
目的:寻找与肺鳞状细胞癌(LUSC)预后相关的受甲基化调控的长链非编码RNA(lncRNA)。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载502例LUSC患者的基因表达、甲基化和临床数据,进行甲基化和lncRNA表达的差异分析。筛选出位于差异甲基化区域(DMRs)的lncRNA,并进行生存分析和临床相关性分析。构建竞争性内源性RNA网络并对网络中的靶基因进行通路富集分析。用实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)在14例LUSC术后组织样本中验证lncRNA的表达。结果:共鉴定出40 680个差异甲基化位点(dm-CpGs)和14 418个DMRs。dm-CpGs大多数位于基因体,转录起始位点上游200、1 500 bp和5’非翻译区(UTR)。37个差异表达的lncRNAs(DElncRNAs)位于DMRs中。其中14个DElncRNAs与DNA甲基化水平呈负相关。生存分析显示,3个DElncRNAs(TBX5-AS1、SFTA3、MAGI2-AS3)低表达组的总生存率(OS)均高于高表达组[5年OS(TBX5-AS1):50.8%比45.3%,风险比( HR)=1.39, P<0.05;5年OS(SFTA3):54.4%比41.8%, HR=1.37, P<0.05;5年OS(MAGI2-AS3):52.6%比43.3%, HR=1.44, P<0.05]。多因素Cox回归分析显示,由这3个lncRNA所构建的预后模型可作为LUSC总生存的独立预测因素( HR=2.746,95%可信区间:1.380~5.466, Z=2.88, P<0.01)。SFTA3在女性LUSC患者中表达高于男性[0.964(0.909,1.216)比0.672(0.393,1.014), W=26 701, P<0.01]。TBX5-AS1在>60岁患者中表达高于≤60岁患者[0.720(0.411,1.034)比0.596(0.298,0.907), W=22 152, P<0.05],在女性患者中表达高于男性[0.746(0.453,1.078)比0.637(0.370,1.002), W=19 635, P<0.05],在Ⅳ期患者中表达高于Ⅰ+Ⅱ+Ⅲ期患者[0.964(0.909,1.216)比0.672(0.393,1.014), W=740, P<0.05]。通路富集分析显示MAGI2-AS3的靶基因主要富集PI3K-Akt、MAPK和Rap1等信号通路。qPCR结果显示,临床LUSC样本中TBX5-AS1、SFTA3、MAGI2-AS3在肿瘤中表达均低于正常组织[TBX5-AS1:0.006(0.001,0.013)比0.019(0.012,0.044), W=154, P<0.01;SFTA3:0.003(0.001,0.004)比0.022(0.015,0.030), W=187, P<0.01;MAGI2-AS3:0.030(0.009,0.052)比0.148(0.094,0.217), W=162, P<0.01]。 结论:lncRNA(SFTA3、MAGI2-AS3和TBX5-AS1)的表达与LUSC预后密切相关,在LUSC中表达下调且受DNA甲基化调控。
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编辑人员丨1周前
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雄激素受体通过微小RNA-9-5p/N-my下游调节基因1通路促进胰腺导管腺癌细胞侵袭的机制研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨AR如何通过调控微小RNA(miRNA,miR)-9-5p和N-myc下游调节基因1(NDRG1)通路,从而影响胰腺导管腺癌(PDAC)细胞的侵袭。方法:对PDAC组织和相应非肿瘤组织样本的分析。我们通过在PDAC细胞系PANC-1、BxPC-3细胞中过表达或敲低AR,用Transwell方法观察AR对PANC-1、BxPC-3及侵袭的影响。通过生信分析寻找能够调控靶基因NDRG1表达的miRNA,并用定量聚合酶链反应(qPCR)和蛋白质印迹法(Western blot)验证该miRNA与NDRG1的调控关系,观察其对PANC-1、BxPC-3细胞侵袭的影响。通过转染miR-9-5p和NDRG1等基因来评估对PANC-1、BxPC-3细胞侵袭能力的影响,采用 t检验比较各组间差异。 结果:相对于载体对照细胞(PANC-1、BxPC-3-Ctrl),过表达AR促进了PDAC细胞(PANC-1、BxPC-3-oeAR)的PDAC细胞侵袭(0.65±0.07比2.11±0.52、0.74±0.05比2.28±0.65),差异有统计学意义( t=21.160、10.120, P<0.05)。相对对照细胞(PANC-1、BxPC-3-Scr),敲除AR抑制了PDAC细胞的侵袭(PANC-1-shAR、BxPC-3-shAR)(0.75±0.12比0.34±0.02、0.84±0.13比0.44±0.03)差异有统计学意义( t=45.117、13.155, P<0.01)。miR-9-5p模拟物能显著抑制AR过表达PDAC细胞PANC-1、BxPC-3的侵袭能力(0.67±0.06比2.25±0.22、0.88±0.07比2.07±0.32, t=15.124、8.156, P<0.05),而miR-9-5p抑制剂则能增强对照组细胞的侵袭能力(1.64±0.23比0.75±0.09、1.48±0.26比0.84±0.15, t=11.143、9.175, P<0.05)。PDAC组织里,miR-9-5p的产量明显低于正常胰腺组织(0.23±0.02比1.58±0.57, t=8.122, P<0.05)。利用双荧光素酶基因报告实验,我们更深入地肯定了miR-9-5p直接影响NDRG1的3’非翻译区(3’UTR),以此压低其表达。miR-9-5p的过表达显著降低了NDRG1蛋白水平(0.76±0.04比0.42±0.22, t=7.143、11.106, P<0.05),而miR-9-5p的抑制剂则提高了NDRG1蛋白表达(0.46±0.02比1.22±0.26, t=6.121、15.106, P<0.05)。oeAR显著增加了NDRG1的表达(0.37±0.02比1.56±0.45, t=8.197、8.996, P<0.05),而AR的抑制则减少了NDRG1的表达(0.66±0.05比0.22±0.04, t=11.751、6.196, P<0.05)。过表达NDRG1显著抑制PDAC细胞的侵袭能力(1.13±0.12比0.42±0.06, t=5.175、7.776, P<0.05)。NDRG1敲除PDAC细胞侵袭能力显著升高(0.56±0.06比1.36±0.27, t=16.151、17.135, P<0.01)。 结论:雄激素受体通过miR-9-5p/NDRG1通路抑制PDAC细胞侵袭的机制,为PDAC的治疗提供治疗策略。
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编辑人员丨1周前
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微小RNA-96靶向叉头框转录因子O1促进肺癌细胞增殖和迁移
编辑人员丨1周前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-96通过靶向叉头框转录因子O1(FOXO1)促进肺癌细胞增殖和迁移的作用。方法:应用茎环反转录荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)法检测miR-96在肺癌细胞株中的表达;干扰慢病毒感染抑制miR-96表达后,分别利用细胞增殖试验(CCK-8)和划痕试验检测其对肺癌细胞增殖和迁移的影响;蛋白质印迹法(Western blot)和双荧光素酶活性试验验证miR-96靶基因FOXO1。应用GraphPad Prism 5统计学软件进行分析,计量资料比较采用 t检验。 结果:CCK-8实验显示抑制H1299细胞miR-96表达后,实验组24、48、72 h吸光度值分别为1.293±0.019、1.684±0.038、2.180±0.034,明显低于对照组的1.655±0.056、1.880±0.020、2.493±0.060,差异有统计学意义( t=5.646、4.426、14.670, P<0.01);划痕试验显示对照组4 h和10 h细胞迁移率为(29.21±3.96)%、(47.49±3.33)%,明显高于实验组[(5.80±2.94)%、(13.63±3.18)%],差异有统计学意义( t=4.748、7.352, P<0.01);筛选miR-96靶基因FOXO1,将miR-96过表达后,肺癌细胞FOXO1表达明显降低;反之,抑制miR-96表达后,FOXO1表达明显增高。荧光素酶活性试验显示miR-96和FOXO1 3’非翻译区(3’UTR)野生型质粒共转染后,野生型为(22.5±7.6)%,与对照组的(97.2±13.2)%及突变型的(115.6±13.5)%比较,荧火虫/海肾荧光素酶比值明显降低( t=14.750、12.040, P值均<0.01)。 结论:miR-96通过靶向调控FOXO1促进肺癌细胞增殖和迁移。
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编辑人员丨1周前
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微小RNA-17-5p下调同源盒蛋白HOXB13抑制血管平滑肌细胞增殖的研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨微小RNA(miR)-17-5p调控同源盒蛋白(HOXB13)的分子机制。方法:从SD大鼠胸主动脉分离和培养血管平滑肌细胞(VSMCs);利用细胞计数试剂盒检测细胞增殖;反转录定量聚合酶链反应检测miRNA和miR-17-5p的表达;细胞转染miR-17-5p mimics、anti-miR-17-5p和小干扰RNA(siRNA)-HOXB13寡核苷酸;荧光素酶报告基因检测miR-17-5p对靶基因的调控;蛋白质印迹法检测蛋白表达。采用单向方差分析和Tukey检验进行统计学分析。结果:成功培养出VMSCs,并通过抗α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)免疫染色进行验证。血小板衍生生长因子-BB(PDGF-BB)刺激VSMCs的增殖和诱导表型转换,促进HOXB13表达并降低miR-17-5p表达。荧光素酶报告分析证实miR-17-5p靶向HOXB13 mRNA的3’端-非翻译区下调其表达。anti-miR-17-5p组细胞增殖水平(1.362±0.076)高于阴性对照组(0.795±0.087),而miR-17-5p mimics组细胞增殖水平(0.164±0.057)低于阴性对照组( F=31.865, P<0.01),差异有统计学意义。miR-17-5p/HOXB13轴调控α-SMA和抗增殖细胞核抗原(PCNA)表达。 结论:miR-17-5p通过调控HOXB13介导VSMCs的表型转换和增殖。
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编辑人员丨1周前
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下肢明显型脊髓性肌萎缩症2A型伴双足皮肤反复破溃1例
编辑人员丨1周前
下肢明显型脊髓性肌萎缩症2A型(SMALED2A)是一种主要累及下肢的脊髓性肌萎缩症,主要临床特征为幼年起病的下肢肌肉无力和萎缩。BICD2基因突变是该病的主要病因。该文报道了1例伴有双足皮肤反复破溃的SMALED2A患者,全外显子组测序显示该患者BICD2基因的5’非翻译区存在chr9∶95527083_A>AGCC插入突变。
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编辑人员丨1周前
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微小RNA-345-5p抑制Smad1蛋白翻译调节成骨细胞功能
编辑人员丨1周前
目的:探索微小RNA(miRNA,miR)-345-5p对成骨细胞的调控机制。方法:利用miRNA芯片寻找差异表达miRNA。pLVX-IRES-ZsGreen1质粒构建miR-345-5p过表达载体,建立过表达miR-345-5p大鼠成骨细胞、过表达变异miR-345-5p大鼠成骨细胞和空白对照组。通过细胞计数试剂盒(CCK-8)及生长曲线实验对比3组细胞增殖能力,双荧光素酶报告基因实验验证miR-345-5p与Smad1基因相互作用。构建miR-345-5p+空质粒、对照RNA+空质粒、对照RNA+Smad1质粒和miR-345-5p+Smad1质粒组,在大鼠成骨细胞内验证miR-345-5p与Smad1基因的相互作用。采用Student- t检验和ANOVA分析。 结果:生信分析提示miR-345-5p在骨折中的高表达,Smad1为其调控分子。将miR-345-5p质粒导入大鼠成骨细胞,CCK-8提示miR-345-5p质粒较miR-345-5p变异体质粒(48 h: q=7.453, P<0.01,72 h: q=15.34, P<0.01)及空白质粒(48 h: q=6.963, P<0.01,72 h: t=12.68, P<0.01)成骨细胞的活性显著增强。生长曲线显示转入miR-345-5p质粒的成骨细胞48 h时细胞数量显著低于空白对照组( q=3.814, P<0.05),72 h时细胞数量显著低于miR-345-5p变异( q=11.010, P<0.01)和对照组( q=10.410, P<0.01)。双荧光素酶报告基因实验显示miR-345-5p可降低野生型Smad1-3’端非编码区(3’UTR)质粒组荧光素酶的活性,细胞实验证实miR-345-5p显著降低大鼠成骨细胞的活性和生长曲线,过表达Smad1后成骨细胞的活动和生长曲线得到恢复。 结论:miR-345-5p通过调控Smad1分子调控大鼠成骨细胞的增殖参与骨折的愈合。
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编辑人员丨1周前
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微小RNA-193a-5p对心衰模型大鼠心功能的影响
编辑人员丨1周前
目的:观察微小RNA(miRNA,miR)-193a-5p靶向调控Ras相关结构域家族蛋白2(RASSF2)表达抑制炎性因子肿瘤坏死因子-α(TNF-α)与白细胞介素(IL)-1β水平及其对心力衰竭模型大鼠心脏功能的影响。方法:取60只12~16周龄的清洁级Wistar大鼠(30只雄鼠,30只雌鼠)。2.5%戊巴比妥钠(35mg/kg)麻醉大鼠,暴露大鼠心脏后,随机选择15只大鼠进行缝合(对照组),15只注射磷酸盐缓冲液(PBS)为PBS组,15只注射空白AAV质粒载体为AAV组,15只注射AAV-miR-193a-5p为miR-193a-5p组。PBS组、AAV组和miR-193a-5p组的大鼠冠状动脉左前降支行冠状动脉结扎构建心力衰竭模型。术后4周,彩色多普勒超声心动图检测舒张期和收缩期左心室后壁厚度(LVPWT)、室间隔厚度(IVST)、左心室舒张末期内径(LVEDd)、左心室收缩末期内径(LVESd)和左心室射血分数(LVEF)。应用双荧光素酶报告基因实验探索miR-193a-5p是否与RASSF2的3’非翻译区相互作用。结果:术后4周,与对照组比较(4.79±0.33),PBS组(1.57±0.16)和AAV组(1.66±0.18) miR-193a-5p表达降低,而miR-193a-5p组(9.02±0.76) miR-193a-5p表达增高( P<0.05)。与对照组[IVST:(1.88±0.15) mm;LVPWT:(1.93±0.22) mm;LVEDd:(5.44±0.79) mm;LVEF:(52.72±4.98)%]和miR-193a-5p组[IVST:(1.97±0.16) mm;LVPWT:(2.09±0.21) mm;LVEDd:(5.98±0.81) mm;LVEF:(48.83±4.17)%]比较,PBS组[IVST:(2.69±0.28) mm;LVPWT:(2.74±0.36) mm;LVEDd:(6.87±0.84) mm;LVEF:(37.45±3.55)%]和AAV组[IVST:(2.63±0.25) mm;LVPWT:(2.68±0.34) mm;LVEDd:(6.93±0.90) mm;LVEF:(36.10±3.42)%]左心室IVST、LVPWT和LVEDd显著增高,LVEF显著降低( P<0.05),对照组与miR-193a-5p组间差异无统计学意义( P>0.05)。与对照组[TNF-α:(2.01±0.18) μg/L;IL-1β:(8.76±1.48) ng/L;RASSF2:(1.23±0.21)]和miR-193a-5p组[TNF-α:(2.23±0.21) μg/L;IL-1β:(8.90±1.54) ng/L;RASSF2:(1.30±0.25)]比较,PBS组[TNF-α:(5.67±0.52) μg/L;IL-1β:(11.34±2.55) ng/L;RASSF2:(7.44±0.89)]和AAV组[TNF-α:(5.88±0.58) μg/L;IL-1β:(10.99±2.49) ng/L;RASSF2:(7.89±0.97)]血清TNF-α、IL-1β和RASSF2显著增高( P<0.05),而对照组与miR-193a-5p组间差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:通过上调心力衰竭模型大鼠miR-193a-5p表达可抑制RASSF2蛋白表达,并显著抑制炎性因子TNF-α与IL-1β水平,进而提高心力衰竭模型大鼠心脏功能。
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编辑人员丨1周前
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在大肠杆菌体内外调控一致的5'-UTR序列挖掘
编辑人员丨2024/7/13
基因元件的标准化和模块化为日益复杂的遗传系统改造设计提供了参考.目的:通过探究5'-非翻译区(5'-untranslated region,5'-UTR)在大肠杆菌体内外对翻译起始调控的一致性,挖掘通用型5'-UTR序列为模块化工程增添具有良好特征的遗传元件.方法:构建包含25 nt的5'-UTR随机文库化转至大肠杆菌中,通过测量样品荧光值(Flu)和OD600来量化其体内的相对活性值;利用大肠杆菌BL21 Star(DE3)细胞抽提物进行体外蛋白质表达,通过测定样品Flu来量化体外的相对活性值;依据5'-UTR的碱基分布、最小自由能等对文库序列特征进行分析;将得到的体内外真实活性值进行相关性分析并计算皮尔逊相关系数.结果:成功构建的554个5'-UTR变体文库在体内外蛋白质表达系统中表现出中等相关性(Pearson'r=0.64);其中,相对活性值高的5'-UTR序列富含AG,并且其在体内外均呈现自身最小自由能较大,而与16S rRNA杂交的自由能较小;文库数据量大小使体内外相关性分析产生一定的波动性但较为微弱;最后,发现高活性区间内的5'-UTR序列在体内外相关性较高,并从文库中优选出3条作为通用型5'-UTR应用于代谢工程与合成生物学领域.结论:体内外蛋白质表达的中等相关性推动了体外快速表征在研究体内生物合成中的拓展与应用,筛选出的通用型5'-UTR为基因线路的遗传设计提供了选择.
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编辑人员丨2024/7/13
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雌激素受体2(ESR2)mRNA5'非翻译区内部核糖体进入位点活性的鉴定与分析
编辑人员丨2023/8/6
真核生物除了传统的帽依赖型翻译机制外,还存在内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES)介导的翻译机制.雌激素受体2(estrogen receptor 2,ESR2)是雌激素受体家族成员之一,其编码的蛋白质在许多肿瘤中发挥重要的作用.ESR2蛋白的异常表达会导致众多肿瘤的发生,但其蛋白质翻译水平的调控机制至今仍不清楚.研究发现,在药物刺激的条件下,乳腺癌细胞MCF7/WT中ESR2蛋白的表达提高,但是其转录水平基本未见发生改变.猜测ESR2 mRNA5'非翻译区(5'untranslated region,5'UTR)具有IRES活性.为了验证ESR2 mRNA 5'UTR是否具有IRES元件,将ESR2 mRNA 5'UTR插入到双顺反子报告基因载体(pRF)中,构建pRL-ESR2-FL重组质粒载体,将其瞬时转染到HEK293细胞.结果发现,ESR2 mRNA 5'UTR有假定的IRES活性.并且通过3个排除实验验证了ESR2 IRES活性与其5'UTR中的内部潜在启动子(P<0.0001)、内部剪切位点以及核糖体通读无关.进一步对其序列进行截短研究发现,ESR2 IRES活性发挥的关键区域是3’端的439 ~468 nt,且ESR2 IRES最大活性的发挥依赖于5'UTR序列的完整性.并且发现,ESR2 IRES活性的发挥不但需要特定的一级核酸序列,还要有稳定的二级茎环结构.此研究有望为ESR2蛋白调控的相关疾病提供新的药物治疗靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
