目的:基于冠状动脉微循环障碍（CMD）的疾病核心靶点，预测具有防治CMD作用的中药。方法:使用GeneCards、OMIM数据库获取CMD相关靶点，利用Cytoscape 3.9.1软件中MCODE插件提取子网络，利用cytoNCA插件提取子网络的核心靶点，采用Metascape在线平台对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析，利用Coremine Medical数据库进行靶点-中药匹配，对所获得的中药进行筛选，并统计其性味归经及功效分类。结果:共筛选出CMD相关靶点3 859个，获取5个子网络。提取MCODE1网络核心靶点，共获得IL-1β、IL6、TNF、STAT3、AKT1、ACTB、VEGFA、GAPDH、TP53、ALB 10个核心靶点。GO功能富集分析显示，核心靶点主要涉及基因表达的正向调控、转录的正向调控、DNA模板、基因表达的负调控等生物过程。KEGG通路富集分析获得67条信号通路，主要包括AGEs-RAGE信号通路、HIF-1信号通路、脂肪细胞因子信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化等。10个核心靶点共关联880味中药，筛选后得到丹参、川芎、红花、赤芍、黄连、人参、麦冬、五味子、肉桂、莲子、蜘蛛香等36味中药。结论:本研究共预测出36味具有防治CMD作用的中药，为相关中药新药开发提供了研究思路。

目的:探讨TFEB重排肾细胞癌（TFEBr-RCC）患者的临床病理特征、免疫表型、分子遗传学特征及预后。方法:收集四川大学华西医院2014—2022年确诊的8例TFEBr-RCC，总结其组织病理形态特征、免疫组织化学、荧光原位杂交和RNA测序结果，并复习相关文献。结果:男性6例，女性2例。患者年龄25~50岁，平均年龄34岁，中位年龄32岁。3例位于右肾，5例位于左肾。肿瘤最大径4.0~18.5 cm，平均8.5 cm。5例具有典型的“假菊形团”双相结构；其余3例形态不典型，2例类似上皮样血管平滑肌脂肪瘤，1例类似透明细胞肾细胞癌。TFEB和PAX8免疫组织化学均呈弥漫核表达（8/8），部分病例行HMB45、MART1和细胞程序性死亡配体1（PD-L1）免疫组织化学检查，结果示多数病例表达HMB45（5/6）、MART1（7/7），PD-L1（5/5）。TFEB分离探针荧光原位杂交检测，显示8例均存在TFEB基因易位。5例行RNA测序，结果4例为MALAT1-TFEB基因融合（包括2种新的MALAT1-TFEB融合方式），1例为1种新的ACTB-TFEB基因融合。本组病例随访5~96个月，平均随访时间47个月，截至2022年7月患者均无病生存，未见复发和转移。结论:TFEBr-RCC好发于青壮年，预后较好。形态学主要表现为特征性“假菊型团”双相结构，亦可表现为上皮样血管平滑肌脂肪瘤样或透明细胞肾细胞癌样形态。免疫组织化学呈TFEB核阳性，不同程度表达黑色素细胞分化标志物，且多表达PD-L1。MALAT1-TFEB基因融合为TFEBr-RCC最主要的融合形式，但融合位点不恒定。

1例主诉为生长迟缓、特殊面容患儿就诊于遗传代谢科，经过染色体核型分析、头颅磁共振成像及高通量测序平台等检查，诊断为Baraitser-Winter综合征。Baraitser-Winter综合征临床罕见，存在典型的面部特点与头颅核磁共振改变，高通量基因测序是确诊的重要手段。

报告1例足月顺产小于胎龄儿，具有特殊面容、脑功能障碍和智力运动发育迟缓，经头颅MRI、视频脑电图、全基因外显子组测序等检查，诊断ACTB基因杂合错义变异致新生儿脑额面综合征。予以左乙拉西坦抗癫痫、呼吸支持、营养支持，非医嘱出院后未正规随访治疗。1岁时电话随访，患儿仍存在生长发育和智力运动发育迟缓、癫痫发作。

目的:筛选轮状病毒非结构蛋白2(nonstructural protein 2, NSP2)与宿主细胞的互作蛋白，为抗病毒靶标的发掘提供理论依据。方法:NSP2-pGEX-6P-1重组质粒转化 E. coli BL21(DE3)，IPTG诱导表达，GST亲和层析法获得NSP2-GST纯化蛋白，Western blot进行验证。将NSP2-GST及GST纯化蛋白作为靶蛋白，通过GST pull-down捕获与MA104宿主细胞互作的差异蛋白。经银染后，将差异条带通过蛋白质胶内酶解及质谱法筛选出相应蛋白质，借助Protein Pilot平台过滤肽段，由Paragon算法获得蛋白质名称和相关的生物学功能。通过蛋白质互作网络图和GO功能注释分析，展示互作蛋白间的潜在联系。同时，利用HDOCK软件对排名前三的蛋白质进行分子对接预测，结合对接分数和置信分数加以验证，揭示蛋白质间的可视化对接模型。 结果:SDS-PAGE和Western blot表明NSP2重组蛋白纯化成功。经GST pull-down联合蛋白质谱鉴定，筛选出PKM2等10种可能与NSP2互作的宿主蛋白质；GO分析及互作图展示出RPS4X、EZR、SUPT16H、EIF2S3介导分子表达，PKM2、LDHA、ATP5A1参与能量代谢，HSP90、ACTB、ANXA2参与生物运动过程，并且彼此之间存在功能联系及互作网络。分子对接显示出PKM2、HSP90、RPS4X与NSP2存在互作关系，相互作用力强，能够形成稳定结构。结论:成功发现宿主细胞中PKM2、HSP90、RPS4X等蛋白质与NSP2存在互作关系，为轮状病毒感染过程的探究及相关防控策略的制定提供参考。

目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨黄芪对早发性卵巢功能不全治疗作用的分子机制.方法:在中药系统药理学数据库TCMSP中筛选黄芪有效成分及药物作用靶点;在Genecards数据库中筛选早发性卵巢功能不全疾病靶点;运用Venny在线工具筛选两者的交互基因;通过Cytoscape3.7.2 软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络关系图;采用String数据库获得蛋白互作(PPI)信息,进一步通过CytoNCA 插件构建蛋白质相互作用网络,筛核心靶点蛋白;利用DAVID数据库对交互基因进行GO富集和KEGG通路富集;使用分子对接技术进一步明确其发挥治疗作用的分子;最后,采用血清饥饿法建立POI细胞模型,给予黄芪中的有效化合物槲皮素进行干预,通过Tunel染色、蛋白质印迹实验(western blotting,WB)对网络药理学预测结果进行实验验证.结果:通过TCMSP数据库筛选出黄芪的32个有效化合物及552个基因靶点,从疾病数据库中筛选出730个早发性卵巢功能不全的疾病靶点,两者共62个交集基因,其中黄芪中的主要活性成分包括槲皮素(quercetin)、异鼠李素(isorhamnetin)、山奈酚(kaempferol)、丁子香萜(Mairin)、芒柄花黄素(formononetin)和芒柄花黄素(astragaloside IV),10个POI的潜在核心靶基因为ALB、INS、AKT1、ACTB、TP53、TNF、ESR1、CASP3、STAT3和PTEN;潜在靶点基因主要参与调控JAK2/STAT3、PI3K/Akt信号通路;分子对接验证了黄芪主要活性化合物与核心蛋白STAT3和Akt1存在较强的结合作用;细胞实验结果发现,黄芪中的重要活性化合物槲皮素能促进JAK2/STAT3信号通路关键分子JAK2及STAT3的磷酸化水平,改变卵巢颗粒细胞凋亡相关蛋白表达水平.结论:网络药理学和分子对接分析表明中药黄芪能通过调节对雌二醇的反应、抑制凋亡过程以及调控JAK-STAT和PI3K-Akt信号通路治疗早发性卵巢功能不全,其机制可能与激活JAK2/STAT3信号通路,抑制卵巢颗粒细胞凋亡相关.

目的:通过整合用药网络及靶点网络分析中药治疗糖尿病肾病气阴两虚兼血瘀证的组方规律及其具体药理机制,为临床治疗提供科学依据并为新药研发提供参考.方法:以"糖尿病肾病""气阴两虚""血瘀"为主题词,在中国知网、维普资讯中文期刊服务平台、万方医学网数据库的相关文献中提取符合纳入、排除标准的方药并建立方药数据库,运用古今医案云平台进行数据统计并进行用药网络相关分析,筛选出核心药对及核心处方;通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选出核心处方药物的有效化学成分及其相关靶点、糖尿病肾病的靶点,并取两者的交集靶点.利用Cytoscape 3.9.1 软件及相关插件构建药物-有效活性成分-交集靶点-疾病网络及交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行聚类分析、基因本体(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:最终纳入 229 篇文献,筛选出 172 首方剂,涉及 379 味中药.治疗糖尿病肾病气阴两虚兼血瘀证方药中的高频药物药性多平、寒、微寒、温,药味多辛、甘、苦.常用配伍是丹参与黄芪、泽泻与茯苓、当归与黄芪.用药网络分析得到气阴两虚兼血瘀型糖尿病肾病的核心处方为六味地黄汤合当归补血汤加丹参、金樱子、芡实.核心处方的关键成分为槲皮素、木犀草素、山柰酚、泽泻醇B、芒柄花素等,核心靶点为细胞骨架肌动蛋白(ACTB)、Janus激酶 2(JAK2)、细胞间黏附分子-1(ICAM-1)、血管细胞黏附分子 1(VCAM1)、白细胞介素-4(IL-4)等关键蛋白靶点,可能参与晚期糖基化终产物(AGEs)-晚期糖基化终产物受体(RAGE)信号通路、JAK2-信号传导及转录激活蛋白(STAT)信号通路等.分子对接结果表明,网络药理学所预测的核心靶点中的JAK2、ICAM-1、VCAM1、IL-4 与关键活性成分稳定结合.结论:中医药治疗气阴两虚兼血瘀型糖尿病肾病的核心处方可通过多个活性成分,作用于多靶点、多通路发挥疗效,可为临床治疗糖尿病肾病药物的应用及研发提供参考.

目的 探讨宫颈癌同步放化疗患者癌因性疲乏的动态变化趋势及其与线粒体相关基因的关系.方法 采用前瞻性纵向研究设计,选取2021年5月至2022年10月于四川大学华西第二医院行宫颈癌同步放化疗的84例患者,观察组和对照组各42例,收集观察组患者的癌因性疲乏得分和抑郁得分以及6次(治疗前、第1～5次同步放化疗后)外周全血样本并将与对照组基线数据进行比较.采用重复测量、线粒体PCR阵列、混合线性模型来分析治疗不同时间点癌因性疲乏的变化趋势、线粒体相关基因差异性表达情况以及与癌因性疲乏的关系.结果 与基线相比,随着放化疗次数的增加,癌因性疲乏逐渐加重(F=8.254,P=0.036).有 8 个线粒体基因(EHD1、FIS1、SORL1、CXCR1、GAPDH、RAC2、ACTB 和 BCL2L1)上调超过 3 倍,5个线粒体基因(MTOR、PDK3、NSD1、MIPEP和MSTO1)下调超过5倍.9个线粒体基因(CXCR1、GAPDH、SORL1、MTOR、FIS1、EHD1、PDK3、NSD1和MIPEP)表达与癌因性疲乏密切相关.结论 本研究初步证实了 9个线粒体基因与癌因性疲乏有关,为临床研制治疗癌因性疲乏的靶向药物或制定针对性的护理干预措施提供参考.

目的:基于HPLC指纹图谱和网络药理学分析清热颗粒治疗上呼吸道感染的物质基础及作用机制.方法:建立清热颗粒的HPLC指纹图谱并进行相似度评价,采用聚类分析(CA)、主成分分析(PCA)、正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)等化学识别模式,筛选出对指纹图谱差异化影响较大的共有峰,并以共有峰中指认出的化学成分开展网络药理学分析;使用Cytoscape软件筛选出清热颗粒治疗上呼吸道感染的核心靶点,结合GO及KEGG富集结果绘制"成分-靶点-通路"网络图,预测清热颗粒的药效成分并分析其作用机制;采用AutoDock Tools软件、CMD命令程序对关键靶点和成分进行分子对接验证.结果:建立了 10批清热颗粒的HPLC指纹图谱,相似度大于0.9;CA、OPLS-DA化学识别模式将10批样品分为3类,PCA获得了 4个主成分;通过对照品指认了 10个共有峰,以其中的7个关键化合物开展网络药理学分析,7个关键化合物可通过多个靶点及通路发挥作用,且核心靶点与相关化合物的对接结合能均小于-5 kcal/mol.结论:清热颗粒可调控ACTB、MMP9、HSP90AA1、CASP3、AKT1、ESR1等核心靶点,调节IL-17、TNF等信号通路从而发挥治疗上呼吸道感染的作用;秦皮乙素、绿原酸、新绿原酸可能是清热颗粒的核心药效成分.

在哺乳动物细胞中进行基因敲入通常采用同源定向修复(homology-directed repair,HDR)机制将外源DNA模板整合到目标基因组靶点中.然而HDR效率往往较低,其中外源DNA模板与目标基因组靶点的共定位是关键限制因素之一.为提高 CRISPR/Cas9 系统介导的 HDR 效率,本团队及前人研究将不同接头蛋白与SpCas9 蛋白融合表达,利用其与特异性 DNA 序列结合的特性,构建了多种 CRISPR/SpCas9 供体适配基因编辑系统.为了便于比较、优化不同CRISPR/Cas9 供体适配系统,本研究利用这些系统在HEK293T细胞GAPDH和ACTB基因末位外显子 3′-端进行了eGFP基因敲入,并采用了优化的供体DNA模板设计方式,通过PCR和Sanger测序检测敲入的准确性,流式细胞分析进行敲入效率的检测.结果表明,将yGal4BD、hGal4BD、hLacI、hTHAP11 和 N57 等接头蛋白与 SpCas9 蛋白 C-端融合对其活性均无显著性影响;在 GAPDH位点上,SpCas9融合yGal4BD、hGal4BD、hLacI和hTHAP11的供体适配系统等均能显著提高敲入效率;在ACTB位点上,SpCas9融合yGal4BD和hGal4BD能显著提高敲入效率;且增加供体DNA模板中的结合序列(binding sequence,BS)数量,有利于提高SpCas9-hTHAP11 系统介导的敲入效率.总之,本研究比较并优化了不同的CRISPR/Cas9 供体适配基因编辑系统,为后续相关的基因编辑应用研究提供了参考和借鉴.