目的:基于基因芯片数据挖掘的方法，对小儿肝母细胞瘤预后差异基因进行筛选后，对差异基因的功能及通路进行分析，同时利用共表达网络筛选出决定小儿肝母细胞瘤预后的核心基因并对其预测能力进行评估。方法:本研究中所使用的小儿肝母细胞瘤基因芯片表达谱来自欧洲生物信息学研究所(http：//www.ebi.ac.uk/embl/)；数据收集的截止日期为2018年12月31日。先通过SAM法筛选得到差异表达基因(基因表达水平上升至原来的2倍或下降至原来的1/2)，再基于降维原理通过共表达网络模型筛选得到核心基因，运用MCODE算法计算基因的调控评估能力评分，以评价其在整个网络模型中的调控能力。结果:针对213个差异表达基因的细胞信号通路富集结果显示，富集度最高的信号通路为代谢途径通路，富集度为2 122.529，信号通路富集结果误判率均<0.001，经SAM算法检验均具有统计学意义( P<0.001)。以213个在不同预后组发生差异表达的基因作为共表达网络的构建基础，本次构建得到的共表达网络共纳入12个发生差异表达的基因。以预后不良组为实验组，以预后较好组为对照组，采用MCODE算法计算基因调控能力评分的结果显示，决定小儿肝母细胞瘤预后调控能力评分最高基因为ADH1A基因，得分为19分。此外，HAO1、ADH1B、ALDOB以及DPYS基因的调控能力评分均高于或接近于5分，因此可认为它们是本次构建得到的共表达网络模块中的核心基因。 结论:从共表达网络模型结果来看，ADH1A基因与小儿肝母细胞瘤的发生发展存在较为密切的关联，其分子生物学证据对临床开展肿瘤靶向干预疗法的指导意义有待进一步挖掘。

目的:探讨ALDOB和肾癌的临床病理特征的关系，评价ALDOB对癌症患者的预后评价的意义，预测ALDOB影响肾癌进展的方式。方法:2017年收集武汉大学人民医院临床样本进行病理指标的回顾性分析，使用生物信息学方法挖掘数据库GSE40435，验证ALDOB在肾癌中的表达情况，同时研究ALDOB对肾癌患者的预后评价，利用GSEA方法分析预测ALDOB可能影响肾癌进展的信号通路的基因集。结果:在肾癌患者中，ALDOB呈低表达，高分化肾癌组的ALDOB表达较低分化肾癌组更低( P<0.05)，且ALDOB低表达的肾癌患者预后明显更差( P<0.05)，ALDOB低表达样本富集了与细胞周期、DNA复制、甘氨酸生物合成、p53信号通路、泛素介导的蛋白质水解等信号通路相关的基因集。 结论:ALDOB是肾癌发展过程中的重要基因，ALDOB对患者的预后有着深远的影响，可以作为新的生物标志物。

遗传性果糖不耐受症(hereditary fructose intolerance, HFI)是儿科罕见病，其发病机制是 ALDOB基因突变使果糖-1，6-二磷酸醛缩酶B的活性降低或失活，导致果糖代谢障碍，并引起一系列果糖不耐受症状。确诊主要依靠基因检测，治疗包括饮食控制和对症治疗等。现从HFI的定义、病因和发病机制、临床表型、诊断和鉴别诊断及其治疗等方面进行综述，为该病的诊治提供参考。

目的 分析遗传性果糖不耐受症(HFI)的临床及基因突变特点.方法 回顾分析1例HFI患儿的临床特征以及患儿及其父母的基因检测结果.基因检测采用高通量测序方法,并以Sanger测序进行验证.结果 患儿,女,4岁3个月.表现为反复低血糖发作,明显生长落后.病情稳定时乳酸、尿微量蛋白稍高,甲状腺激素、皮质醇、糖化血红蛋白、胰岛素、C肽等无异常.脑电图示痫样活动.基因测序显示存在醛缩酶B基因(ALDOB)复合杂合突变,3号内含子发现剪切突变(c.325-1 G>A),8号外显子移码突变(c. 865 delC;p.L 289 fs*10);其父亲携带移码突变,母亲携带剪切突变.结论 通过高通量测序技术,可确诊由ALDOB突变致病的HFI.

目的 总结1例ALDOB基因复合杂合变异致遗传性果糖不耐受(HFI)患者饮食控制30年的远期随访结局和饮食控制经验.方法 回顾性总结1例ALDOB基因复合杂合变异致HFI初诊时的临床资料、30年饮食控制经历、基因检查结果和远期随访结局,系统筛选和记录能引起患者症状的食谱.复习文献,总结HGMD数据库收录为ALDOB致病变异、同时有详细临床信息的HFI患者的临床资料,分析饮食控制与未控制的随访结局.结果 女,4岁,因"不明原因低热,呕吐后症状缓解"就诊.生后20 d开始添加奶粉,喂养后立即呕吐,改为米粥喂养,呕吐症状缓解.儿童期食西瓜、蛋糕等后出现呕吐症状,开始停止摄人含糖类食物.7岁时曾以"吃甜食后低热、饥饿感、呕吐后可缓解"就诊,曾诊断"生长发育不良,遗传代谢性疾病待查",家属开始系统筛选和记录能引起患儿呕吐症状的水果、蔬菜等食物.目前随访至30岁,身高174.6 cm,体重57.6 kg,智力发育正常,心、肺、甲状腺、肝、肾功能未见异常.WGS检测及家系Sanger验证,发现ALDOB基因复合杂合变异[NM 000035,exon4:c.360363delCAAA(p.N120Kfs?32);exon9:c.1013C>T(p.A338V)],A338V来自父亲,N120Kfs?32来自母亲.HGMD数据库收录为ALDOB基因致病变异、同时有临床信息的HFI患者33例,未控制饮食患者预后不良比例[75％(6/8)]高于饮食控制患者[50％(9/18)].控制饮食但仍出现预后不良的患者中,移码变异占55.6％,高于控制饮食后未出现预后不良的患者(27.8％).结论 饮食控制对HFI的改善预后具有重要意义,但携带移码变异的患者在控制饮食的情况下仍可能有不良预后,需要更为严格的饮食控制并密切随访.

目的 挖掘胃黏膜肠化过程中的差异基因、探索其发病机制并验证差异基因是否在胃癌发生过程中持续发挥作用.方法 在美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GEO数据库中检索正常胃黏膜肠化表达谱芯片,并通过GEO2R分析得到差异基因,以及在不同芯片数据中均差异表达的关键基因.将差异基因利用生物学信息注释数据库DAVID进行GO生物学过程富集分析和KEGG通路富集分析,探索正常胃组织向肠化转变的相关生物学通路.并通过TCGA数据库分析关键基因在胃癌组织中的差异变化,通过KMplotter分析关键基因与胃癌患者预后的关系.结果 检索到3个涉及正常胃黏膜组织发生肠化有关基因芯片,通过差异分析得到在肠化中差异表达的基因共1188个,其中ALDOB、CLCA1、CLDN7、DMBT1、KRT20、MTTP、OLFM4、REG3A和TFF3这9个关键基因在三个芯片中均差异表达.GO富集及KEGG通路分析显示,差异基因主要参与营养物质的消化吸收、蛋白质的水解与合成、物质转运调节等过程.TCGA数据库分析显示,上述9个关键基因在胃癌组织中亦具有差异变化,且通过KM plotter分析证实其与患者预后密切相关.结论 本研究获取了在肠化中异常表达的差异基因及其相关通路,并证实关键基因与胃癌患者预后密切相关.

目的 验证乙型肝炎病毒HBx蛋白与醛缩酶B(ALDOB)存在蛋白相互作用.方法 在CytoTrap细胞质酵母双杂交验证HBx蛋白与ALDOB蛋白发生相互作用的前提下,将HBx编码基因和ALDOB编码基因分别克隆入pFLAG-CMV-2载体和pcDNA3.1/myc-His(-)A载体.转染Huh7肝细胞,经蛋白质印迹法检测融合蛋白表达后,利用免疫共沉淀(CO-IP)进一步验证HBx蛋白与ALDOB蛋白在肝细胞内发生相互作用.结果 CytoTrap细胞质酵母双杂交验证HBx蛋白与ALDOB蛋白可以发生相互作用,并成功构建pFLAG-CMV-2-HBx和pcDNA3.1/myc-His(-)A-ALDOB载体,融合蛋白FLAG-HBx和ALDOB-myc可以在Huh7细胞内表达并能相互沉淀.结论 HBx蛋白和ALDOB蛋白存在直接相互作用.

目的 通过对炎症性肠病差异基因的筛选以及结直肠癌队列生存特征和表达模式的探究,为炎症相关结直肠癌的发生与发展的后续研究提供候选基因.方法 从GEO数据库中选择RNA测序表达谱数据集GSE95473和GSE107597,通过常规转录组表达谱差异分析,筛选出炎症性肠病差异表达基因(DEG),利用GO数据库获取DEG的功能注释,并利用KEGG数据库进行通路富集分析.同时基于TCGA数据库进一步在结直肠癌数据集中筛选具有预后意义的基因,并评价其在结直肠肿瘤中的表达特征.结果 两个数据集筛选到了共有DEGs 100个,通过主成分分析证实这些基因能够对结直肠癌肿瘤和黏膜区分良好.进一步筛选,获得ALDOB,SPINK4,REG4,IL1B,C2CD4A,CXCL8,NOS2,CXCL3等候选基因.这些基因在结直肠肿瘤中高表达,并且这些基因的高表达往往提示患者预后较好.结论 ALDOB,SPINK4,REG4,IL1B,C2CD4A,CXCL8,NOS2,CXCL3可能在炎症相关结直肠癌的发生发展中发挥重要作用,有待于后续炎癌转化相关功能验证和机制探究.

最近,来自中国科学院上海营养与健康研究所的尹慧勇团队发现,肝脏醛糖酶B( Aldob)通过直接结合和抑制磷酸戊糖途径中的限速酶,葡萄糖-6-磷酸脱氢酶( G6 PD ) ,来抑制肝细胞癌( HCC).

基于基因组学策略对京尼平苷致肝毒性的相关基因进行筛选,以期揭示其发生不良反应的可能分子机制,为含栀子及京尼平苷类药物的非临床评价提供科学依据.55只SD大鼠随机分为正常对照组(17只)、给药24 h组(18只)、给药72 h组(20只),灌胃给药3d后,观察大鼠外观、行为及体质量变化;测定大鼠血清丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)的活性;同时,选用Affymetrix miRNA 4.0芯片和Affymetrix Rat Gene 2.0基因表达谱芯片,检测过量京尼平苷(300 mg·kg-1)作用于SD大鼠24,72 h后的肝组织基因表达差异情况,并利用qRT-PCR技术进行验证.常规毒理学结果显示,与对照组比较,各给药组ALT和AST的活性显著升高.基因检测结果显示,共获得324个与肝毒性相关的差异表达基因,其中上调259个,下调65个.对筛选出的9种差异基因(Bcl2,Il1b,Tpm3,MMP2,Col1α1,Ifit1,Aldob,Nr0b2,Cyp2c23)进行qRT-PCR验证,其中Bcl2,Col1α1,Aldob,Nr0b2,Cyp2c23等5种差异基因得到了验证.该研究发现了一些与京尼平苷致肝毒性相关的标志基因,为京尼平苷肝毒性分子机制通路的深入研究提供了重要线索.