目的:利用生物信息学技术筛选并分析影响结直肠腺癌患者预后的铁死亡相关基因（FRG）。方法:使用癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载RNA测序数据，共545例结直肠腺癌患者临床信息，602例数据集。从FerrDb数据库下载FRG基因集。取FRG基因集与TCGA数据库基因集交集，得到FRG表达数据集。使用R软件筛选结直肠腺癌组织与癌旁组织间差异表达FRG和预后相关基因，获得影响结直肠腺癌预后的FRG。通过在线蛋白互作网络工具分析蛋白之间的互作关系及蛋白质表达的相关性。使用LASSO回归分析构建患者5年总生存率的预后风险模型，计算TCGA数据库509例结直肠腺癌样本的风险值，以中位风险值为临界值，将患者分为高风险组（≥中位风险值）、低风险组（<中位风险值），并绘制生存曲线。绘制依据FRG预后模型的风险值预测TCGA数据库中结直肠腺癌患者5年总生存率时间依赖的受试者工作特征（ROC）曲线，使用Cox比例风险模型进行单因素和多因素生存分析，筛选影响预后的因素。基于基因本体（GO）数据库和京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对与结直肠腺癌预后相关的FRG进行通路富集分析。结果:数据库中545例患者临床信息，602个数据集中，通过比较发现199个在结直肠腺癌中差异表达的FRG，28个预后相关的FRG，取交集后发现21个影响结直肠腺癌患者预后的FRG。DUOX2、NOX4、NOX1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、ULK1、ATG3与WIPI1基因间可能有相关性；NOX4、NOX5、PLIN4和ATP6V1G2基因表达呈正相关，ULK1与MAPK1、MYB、FANCD2、ATG3、ATP5MC3基因表达呈负相关。使用LASSO回归分析，最终筛选出15个FRG（ATP5MC3、NOX4、NOX5、ALOX12B、ATG3、WIPI1、MAPK1、MYB、AKR1C1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、DRD4、SLC2A3、PLIN4），构建风险模型，风险值=NOX4×0.139-ATP5M3×0.108+NOX5×1.486+ALOX12B×0.475-ATG3×0.030-WIPI1×0.170-MAPK1×0.271-MYB×0.063+AKR1C1×0.021+DDIT3×0.186+JDP2×0.292+ATP6V1G2×0.777+ DRD4×0.294+SLC2A3×0.059+PLIN4×0.113。高风险组患者总生存较低风险组差（ P<0.001），低风险组5年总生存率为76.8%，高风险组5年总生存率为48.2%。多因素生存分析显示年龄和风险值是预后的独立影响因素。使用预后相关FRG构建的风险模型能够较好地预测患者5年总生存率（曲线下面积0.728）。高、低风险组患者中的差异表达基因可能与细胞外基质组成和细胞外结构构成、局部黏附等基因通路有关。 结论:依据筛选的FRG构建的预后风险模型可较好评估结直肠腺癌患者预后，这些FRG有望成为结直肠腺癌预后相关新的候选生物标志物。

目的:研究1例常染色体隐性先天性鱼鳞病(autosomal recessive congenital ichthyosis, ARCI)患儿的临床和遗传学特征。方法:收集和分析1例疑诊ARCI患儿的临床资料，并以病例报告形式描述研究结果。采集患儿与其父母的静脉血，提取基因组DNA后通过二代测序查找病因，Sanger测序验证阳性发现，然后应用Mutation Taster、PROVEN、PolyPhen2等软件预测变异致病性，并根据美国医学遗传学与基因组学学会标准和指南对变异进行分类。结果:患儿为1个月7日龄男婴，全身皮肤潮红，附着细碎鳞屑。二代测序表明患儿为 ALOX12B基因父源性变异c.1579G>A(p.Val527Met)和母源性变异c.923T>C(p.Leu308Pro)的复合杂合子。前者为已报道的可能致病变异，而后者未见文献报道，生物信息学软件推测其为有害变异。根据ACMG标准和指南，c.923T>C被分类为"可能致病"变异。根据临床和遗传学发现，患者确诊为ARCI。 结论:ALOX12B基因c.1579G>A和c.923T>C变异为该患儿的致病原因。本研究结果扩展了 ALOX12B基因变异谱，为患者的分子诊断及其家庭的遗传咨询和产前诊断提供了分子标记物。

目的:分析3个自我改善型火棉胶鱼鳞病家系基因突变情况。方法:收集3例自我改善型火棉胶鱼鳞病患者临床资料。提取患者及父母外周血DNA，使用先天性鱼鳞病多基因芯片对患者进行高通量测序，确定致病基因位点后用Sanger测序法对患者及父母DNA双向验证。结果:3例出生时均为火棉胶样儿，2~4周膜脱落后，均逐渐出现相似的轻度鱼鳞病特征，皮肤干燥，局部细小鳞屑，屈侧易受累，少汗，热不耐受，面颊潮红，轻度掌跖角化或掌纹增多。3例均发现为ALOX12B基因复合杂合突变：例1存在父源c.406_408delGAG、母源c.77T>C突变；例2存在父源c.1013C>T、母源c.1286C>G突变；例3存在父源c.1232T>C、母源c.1440C>A突变。功能预测显示，4个错义突变c.77T>C、c.1286C>G、c.1013C>T、c.1232T> C和1个缺失突变c.406_408delGAG均可能致病，1个无义突变c.1440C>A产生终止密码、编码截短蛋白p.Tyr480Ter，可影响蛋白功能而致病。这6个突变位点既往均未见报道。结论:3例自我改善型火棉胶鱼鳞病患儿均存在ALOX12B基因复合杂合致病突变，每例患儿的2个突变分别来自父母。

目的:利用生物信息学方法对肾透明细胞癌(ccRCC)患者进行铁死亡相关亚型分析，筛选与预后显著相关的铁死亡相关基因，并建立列线图。方法:在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载具有临床数据的526例ccRCC和72例癌旁正常组织的转录组数据及临床数据，数据提取时间为建库起至2020年11月5日。采用围绕中心点划分(PAM)算法确定亚型数量。采用基因本体数据库(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析探索潜在功能与通路。采用单因素Cox、Kaplan-Meier生存曲线分析及最小绝对值收敛和选择算子(Lasso)回归分析和多因素Cox分析筛选ccRCC铁死亡相关基因，并建立列线图。结果:共确定了4种ccRCC铁死亡相关亚型，分别为cluster1~4。富集分析发现亚型特征基因与细胞免疫、肿瘤微环境密切相关。筛选得到了10个ccRCC铁死亡相关基因(HMOX1、MT1G、CHAC1、LURAP1L、CXCL2、RRM2、TRIB3、DUSP1、GABARAPL1、ALOX12B)。建立了包含年龄、M分期、病理分期、组织分级和风险评分的列线图，列线图的1、3、5年的受试者工作特征(ROC)曲线下面积分别为0.858、0.809、0.774。结论:确定4种ccRCC铁死亡相关亚型，亚型分型与患者临床预后相关。研究所建立的列线图对ccRCC患者预后有较好的预测能力，模型的ccRCC铁死亡相关基因可作为研究ccRCC发病机制和靶向治疗的靶点。

目的:探讨一家庭连续3胎火棉胶样婴儿的突变基因及遗传方式。方法:先证者因出生时周身广泛皮肤干燥、皲裂的表现被诊断为火棉胶样婴儿。父母表型正常，其第1、2胎出生后均存在皮肤干燥、皲裂，且在出生后数日死亡。提取患儿及其父母外周血DNA，进行全基因组外显子捕获测序，并用Sanger测序验证。结果:患儿携带ALOX12B基因复合杂合突变：错义突变c.1405 C>T（p.R469W）和移码突变c.68_69ins C（p.L24fs），分别遗传自其父母。结论:患儿诊断为遗传性鱼鳞病，为常染色体隐性遗传。ALOX12B基因错义突变c.1405 C>T和移码突变c.68_69ins C可能为引起该患儿临床表型的病因，该移码突变目前国内外尚无报道。

患儿男，出生后10 min发现皮肤黏膜异常。胎龄36周5 d，剖宫产娩出，体重3 200 g，系第1孕第1产，出生时羊水清，脐带、胎盘无异常，无胎膜早破。因发现口唇外翻呈鱼口样改变，皮肤呈羊皮纸样，四肢体位受限于2020年8月28日转入南京医科大学第一附属医院新生儿重症监护病房。患儿母亲29岁，父亲30岁，平素体健，非近亲结婚，无家族史，否认传染病及遗传病病史。孕期无特殊用药，无放射性物质接触史，孕期产检无特殊表现。

常染色体隐性遗传先天性鱼鳞病(autosomal recessive congenital ichthyosis,ARCI)和鱼鳞病综合征(ichthyosis syn-drome,IS)是罕见的遗传性皮肤病.ARCI是一种罕见的异质性角质化异常的单基因遗传病,主要特征为全身性皮肤异常脱皮,皮肤表型主要为板层状鱼鳞病和非大疱性先天性鱼鳞病样红皮病,出生时多表现为火棉胶样婴儿[1].目前,国内外关于ARCI的遗传发病机制研究多依靠个案报道,其中以TGM1基因突变最为常见,其次为罕见的ALOX12B、ALOXE3、CYP4F2等[2].本文旨在报道1例新发现的ALOX12B基因突变型病例,扩大致病基因库.

目的 基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选动脉粥样硬化(AS)中铁死亡核心基因,并分析其与免疫浸润细胞的关系.方法 从基因表达综合(GEO)数据库下载AS转录组数据集GSE100927[筛选出颈动脉样本41个,包含12个健康对照者的颈动脉样本(对照组)和29个AS患者的颈动脉样本(AS组)].从FerrDb数据库下载铁死亡相关基因(FRG),去除重复基因后,最终纳入了564个FRG.利用R软件(版本4.2.3)进行数据预处理、差异表达基因(DEG)筛选、WGCNA,通过在线String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)分析及确定核心基因,比较GSE100927中对照组和AS组核心基因表达水平,并分析GSE20129和GSE226790中核心基因表达水平,同时进行单样本基因集富集分析(ssGSEA)及免疫浸润分析.结果 共筛选出了508个DEG.网络拓扑分析结果显示,软阈值为2.共识别到5个基因模块,其中绿松石色基因模块与AS相关性最强(r=-0.96,P＜0.001),该基因模块共包含15 087个基因.将绿松石色基因模块中的基因、FRG、DEG取交集,共得到17个交集基因.PPI分析结果显示,构建出1个含有17个节点、60条边的PPI网络图;核心基因分别为IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5.在GSE100927中,AS组IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5表达水平高于对照组(P＜0.05);在GSE20129中,AS组IL1B、HMOX1表达水平高于对照组(P＜0.05);在GSE20129中,对照组与AS组CDKN2A、ALOX5表达水平比较,差异无统计学意义(P＞0.05);在GSE226790中,对照组与AS组CTSB表达水平比较,差异无统计学意义(P＞0.05).ssGSEA结果显示,IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5主要涉及铁死亡、脂肪消化吸收等机制.AS组静息CD4记忆T淋巴细胞、浆细胞表达水平低于对照组,活化肥大细胞、单核细胞、滤泡辅助性T淋巴细胞、记忆B细胞表达水平高于对照组(P＜0.05).相关性分析结果显示,IL1B表达水平与活化肥大细胞、中性粒细胞表达水平呈正相关,与滤泡辅助性T淋巴细胞、记忆B细胞、M0型巨噬细胞表达水平呈负相关(P＜0.05);CTSB、HMOX1表达水平与22种免疫浸润细胞表达水平均无直线相关关系(P＞0.05);CDKN2A表达水平与中性粒细胞表达水平呈负相关(P＜0.05);ALOX5表达水平与活化CD4记忆T淋巴细胞、活化树突状细胞、M2型巨噬细胞表达水平呈负相关,与活化肥大细胞、调节性T淋巴细胞、M1型巨噬细胞表达水平呈正相关(P＜0.05).结论 本研究基于WGCNA共筛选出5个AS中铁死亡核心基因,分别为IL1B、CTSB、HMOX1、CDKN2A、ALOX5,其中IL1B、CDKN2A、ALOX5表达水平与部分免疫浸润细胞表达水平有直线相关关系,而CTSB、HMOX1表达水平与22种免疫浸润细胞表达水平均无直线相关关系.

目的 探讨骨髓脂代谢紊乱与原发性骨质疏松症(OP)的相关性,研究脂代谢相关基因对原发性OP的调控作用和临床意义.方法 利用公共数据集GSE35959 获得OP的差异表达基因,结合人类脂代谢相关基因列表,筛选出OP患者差异表达的脂代谢基因.利用STRING 11.0 数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用受试者操作特征(ROC)曲线分析PPI中关键蛋白对OP的鉴别诊断意义.结果 OP患者骨髓间充质干细胞中共鉴定出 2 105 个差异表达基因(上调基因 1 940,下调基因 165 个),其中 75 个与脂代谢相关,主要参与机体细胞脂代谢、小分子脂代谢等过程,主要涉及花生四烯酸代谢、甘油磷脂代谢等信号通路.OP脂代谢相关基因PPI网络共包含 75 个节点,65 条互作关系(P<0.01);其中互作关系≥5 的节点为 7 个,分别为HELZ2、CYP4A11、ALOX5、PTGS2、CYP4F2、ALOX12B、FABP4;OP患者上述基因表达水平高于健康对照组(P<0.05);ALOX5 基因与HELZ2 基因表达呈负相关(P<0.05);HELZ2、CYP4A11、ALOX5、PTGS2、CYP4F2、ALOX12B、FABP4 基因对OP均具有一定的鉴别诊断意义,曲线下面积均>0.80(P<0.05).结论 原发性OP患者机体存在骨髓脂代谢紊乱,脂代谢相关基因对上述过程具有一定的调控作用,7 个重要的脂代谢相关基因对原发性OP具有一定的鉴别诊断能力.

目的 探讨自我改善型火棉胶鱼鳞病(self-improving collodion ichthyosis,SICI)患儿的临床及遗传特征.方法 收集1例SICI患儿的临床资料.采集患儿及其父母静脉血,提取外周血DNA,利用全基因组外显子捕获测序(WES)查找病因,用San-ger 测序法验证阳性结果,利用(Mutation Taster,mT)、Polymorphism Phenotyping v2(PolyPhen-2)、Sorting Intolerant from Tolerant(SIFT)及 GERP++等生物信息软件预测变异致病性及保守性.结果 患儿为37+3周新生儿,出生时表现为全身皮肤潮红,呈羊皮纸样改变,伴有少量细碎鳞屑.WES结果表明,患儿ALOX12B基因存在 c.1973C＞T(p.Pro658Leu)和 c.217C＞T(p.Arg73Trp)的复合杂合变异,其父亲携带c.217C＞T杂合变异,母亲携带c.1973C＞T杂合变异.通过与数据库比对,患儿ALOX12B基因变异为未见报道的新变异,生物信息软件预测其为有害变异.根据临床表现和遗传学发现,患儿确诊为SICI.结论 ALOX12B基因的c.1973C＞T及c.217C＞T复合杂合变异为患儿致病原因.本研究结果扩展了ALOX12B基因变异谱,为鱼鳞病预后分析及遗传咨询提供了理论依据.