目的 探寻芪银三两三验方核心用药组成的分子作用机制,通过网络药理学分析,构建"芪银三两三-药物有效成分-关键性作用靶点-靶向药相关性皮疹对应靶点"的可视化网络关系.方法 基于中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、中药作用机制在线分析系统(BATMAN-TCM),对芪银三两三验方核心用药的作用成分和有效靶点进行筛选,通过核心复方靶点垂钓,提取复方中的生物学活性成分及有效靶点.通过药物不良反应靶点分类系统(ADReCS-Target)得到靶向药相关性皮疹对应靶点.通过STRING数据库构建蛋白质相互作用可视化网络图(PPI),并应用Cytoscape3.8.2软件进行网络拓扑分析,筛选关键性作用靶点.采用DAVID v6.8数据库对关键性靶点进行通路富集,预测芪银三两三验方中核心用药组成可能的分子生物学机制.结果 经检索得到核心处方中有效生物学活性成分118种,潜在预测靶点328个,靶向药相关性皮疹对应靶点214个,将二者相互匹配得到核心处方有效成分-靶向药相关性皮疹共同作用靶点86个,其中包括8个关键性靶点;复方对210个生物学过程及81条信号通路能产生重要影响.结论 芪银三两三验方治疗靶向药相关性皮疹的潜在作用机制,可能是通过PI3K-Akt信号通路及细胞因子-细胞因子受体相互作用等信号转导,调节角质层细胞增殖与分化,修复EGFR-TKI引起的皮肤损伤,这为今后的药物研发及相关临床研究提供了参考方向.

目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻钩藤饮治疗抽动障碍(TD)的作用机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库筛选天麻钩藤饮的有效成分和作用靶点,利用GeneCards、CTD、DisGeNET、OMIM、PharmGKB和TTD数据库筛选TD的相关靶点,并通过VENNY2.1.0软件获取天麻钩藤饮治疗TD的交集靶点;使用STRING数据库构建靶点蛋白质互作网络,使用Cytoscape3.7.2软件构建中药-活性成分-靶点网络;运用R软件将关键靶点进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用分子对接技术对主要活性成分和关键靶点的结合能力进行验证.结果:共获得天麻钩藤饮活性成分205个,对应靶点756个,TD相关靶点4 072个.天麻钩藤饮治疗TD关键靶点有V-JUN肉瘤病毒癌基因同源物(JUN)、蛋白激酶B(AKT1)、信号传导转录激活因子(STAT3)、肿瘤蛋白p53(TP53)、V-rel网状内皮细胞病毒癌基因同源物(RELA)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶3(CASP3)等.GO富集分析得到3 035条生物过程(BP)、166个细胞组成(CC)及307种分子功能(MF).KEGG通路富集分析显示,天麻钩藤饮治疗TD涉及环磷酸腺苷(cAMP)、钙离子信号通路(Calcium)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、白细胞介素-17(IL-17)和肿瘤坏死因子(TNF)等信号通路.分子对接发现主要活性成分(槲皮素、亚麻酸、α-亚麻酸、蔗糖、育亨宾)与关键靶点(JUN、AKT1、STAT3、TP53、RELA、CASP3)具有较好对接活性.结论:天麻钩藤饮治疗TD的作用机制与复方中槲皮素、亚麻酸、α-亚麻酸等成分作用于JUN、AKT1、STAT3、TP53、RELA等靶点调控cAMP、Calcium、MAPK、IL-17和TNF等信号通路有关.

目的 通过网络药理学探析甘麦大枣汤联合百合知母汤的活性成分及治疗抑郁症的潜在靶点,并通过分子对接、表面等离子共振(SPR)实验、热迁移实验对主要活性成分-关键靶点相互作用进行验证.方法 运用中药系统药理学技术平台(TCMSP)、草本成分靶点平台(HIT)、中药分子机制生物信息学分析工具数据库(BATMAN-TCM)、中医百科全书数据库(ETCM)筛选甘麦大枣汤联合百合知母汤的有效成分.运用TCMSP数据库、比较毒理基因组学数据库(CTD)、PHARMAPPER药物靶点数据库获得甘麦大枣汤联合百合知母汤的潜在作用靶点,运用人类基因数据库(GeneCards)和基因表达数据库(GEO)获得抑郁症相关靶点,与上述药物作用靶点取交集后得到潜在治疗抑郁症靶点.运用String数据库构建靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,运用DAVID数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库进行基因本体(GO)和KEGG富集分析,运用Cytoscape软件构建相应网络,筛选甘麦大枣汤联合百合知母汤抗抑郁的关键靶点和相应的活性成分.运用Discovery studio软件进行分子对接,运用SPR技术检测活性成分与靶点结合活性,运用热迁移实验检测主要活性成分与靶点的结合作用.结果 经药物吸收-分配-代谢-排泄-毒性数据库(ADMET)筛选后获得甘麦大枣汤联合百合知母汤的有效成分160个,与抑郁症相关靶点、抑郁患者差异表达基因取交集后获得潜在抗抑郁靶点763个.经PPI网络分析、GO及KEGG富集分析发现,丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等10条信号转导通路可能发挥重要作用,其中MAPK14处于关键位置.分子对接和SPR实验结果显示,刺芒柄花素(formononetin)、甘草查尔酮A(licochalcone A)和维斯体素(vestitol)为甘麦大枣汤联合百合知母汤的主要活性成分,可与MAPK14蛋白结合,亲和力分别为2.36 μmol/L、26.01 μmol/L、11.30 μmol/L.热迁移实验显示这3个成分与MAPK14结合后可显著提高MAPK14的热稳定性,表明这3个成分与MAPK14能发生相互作用.结论 MAPK14是治疗抑郁症的潜在靶点,甘麦大枣汤联合百合知母汤通过其中3种活性成分与MAPK14结合,首次从活性分子直接作用靶点角度解释了甘麦大枣汤联合百合知母汤治疗抑郁的分子机制.

目的:基于网络药理学方法和分子对接技术，探讨越鞠丸治疗功能性消化不良（functional dyspepsia，FD）的作用机制。方法:检索TCMSP筛选出越鞠丸的化学成分及其作用靶点，利用HERB、BATMAN-TCM数据库结合文献对越鞠丸有效成分靶点进行补充。通过GeneCards数据库、OMIM数据库筛选出FD靶点，将二者靶点取交集利用String平台进行蛋白质相互作用分析，构建蛋白相互作用网络。利用Metascape平台进行GO及KEGG通路富集分析，通过Cytoscape 3.7.2软件构建“越鞠丸成分-FD靶点-通路”网络，运用在线作图工具获取越鞠丸与FD及其相关发病机制的交集靶点韦恩图，利用AutoDock软件进行分子对接。结果:越鞠丸治疗FD的主要有效成分为槲皮素、汉黄芩素、木犀草素、山柰酚等，主要靶点有AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6、BCL2、BAX、MAPK8、EGFR、ESR1等，分子对接结果显示靶点与药物活性成分结合能力较好。GO富集分析得到生物学过程2 273个，分子功能152个，细胞组成91个条目。KEGG富集分析结果显示有344条通路与FD相关，主要有PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE通路、IL-17信号通路等。结论:越鞠丸可能通过AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6、BCL2、BAX、MAPK8、EGFR、ESR1等靶点，调控PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路和IL-17信号通路来达到治疗FD的作用。

目的:运用网络药理学筛选蒲公英治疗乳腺癌的有效成分及对应靶点，构建"药物-有效成分-疾病-靶点"网络，探讨蒲公英治疗乳腺癌的作用机制。方法:通过Batman TCM、PubChem及SwissTargePrediction数据库和GeneCards、OMIM数据库筛选蒲公英有效成分、疾病靶点，运用Cytoscape软件构建药物与疾病间相互作用网络，筛选蒲公英治疗乳腺癌的有效成分及靶点；基于R软件进行GO功能注释和KEGG通路富集分析，探究作用机制。结果:预测得到8个蒲公英治疗乳腺癌的有效成分和42个差异基因，并推断其作用机制可能与癌症中的MicroRNA信号通路、mTOR信号通路、催乳素信号通路及RNA聚合酶Ⅱ近端启动子序列特异性DNA结合等有关，其中Akt1、PTGS2、ESR1、NFKB1、AR等基因可能为核心靶点。结论:蒲公英治疗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路的作用特点，为阐述蒲公英治疗乳腺癌的作用机制和开展进一步研究提供依据。

目的:采用网络药理学和分子对接方法探讨散风通窍滴丸治疗鼻咽癌的潜在作用机制。方法:在BATMAN-TCM数据库中寻找散风通窍滴丸的潜在作用通路，并从TCMSP及UniProt数据库筛选出散风通窍滴丸各活性成分可能存在的靶点，GeneCards数据库挖掘鼻咽癌相关靶点基因，通过STRING数据库、Cytoscape软件、EVENN网站、BATMAN-TCM数据库进行网络可视化，最后采用PubChem化合物、RCSB蛋白质数据库、AutoDockTools、Autodock Vina以及PyMoL软件进行分子对接进一步探究其相互作用的可能性。结果:散风通窍滴丸可以对癌症起作用，经筛选在鼻咽癌中发现13个治疗的潜在靶点：NCOA1、NCOA2、HSP90AA1、BAX、PTGS2、JUN、PIK3CG、DPP4、BCL2、PGR、CASP3、CHRNA7和NOS2；对应的靶蛋白为CREBBP、ITGB1、RAC1、HDAC1、STAT1和JAK2，作用通路主要涉及雌激素信号通路，白细胞介素17信号通路和一些凋亡信号通路；多维网络分析结果提示散风通窍滴丸治疗鼻咽癌的3个靶基因为PTGS2、NCOA1、PIK3CG，有6条代谢途径参与该过程，代谢途径主要与凋亡和抗炎症反应相关。分子对接结果提示治疗靶点PTGS2和NCOA2与药物潜在活性成分紧密结合。结论:散风通窍滴丸可能通过参与调节激素分泌、促进肿瘤细胞凋亡、抑制肿瘤细胞增殖、抗炎症反应等治疗鼻咽癌。

目的:运用网络药理学方法探讨雷公藤红素减轻肝脏炎症性损伤的作用靶点及机制，并采用缺血再灌注致肝脏炎症小鼠模型对预测靶点进行实验验证。方法:检索SymMap、BATMAN-TCM、TCMSP、HIT 2.0、LigTMap、SEA、SwissTarget、Super-PRED、STITCH数据库获得雷公藤红素靶点，检索GeneCards、DisGeNET数据库获得肝脏炎症性疾病靶点。通过绘制Venn图对药物靶点和疾病靶点取交集，获取雷公藤红素减轻肝脏炎症性损伤的可能靶点。利用STRING数据库构建PPI网络，并利用Cytoscape 3.9.1软件分析关键靶点，通过DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析；基于关键靶点，检索starBase数据库并绘制竞争性内源RNA（ceRNA）网络。对雷公藤红素与核心治疗靶点进行分子对接。将小鼠按体重分为假手术溶剂组，假手术给药组，模型组，雷公藤红素低（0.1 mg/kg）、中（0.3 mg/kg）、高（1 mg/kg）剂量组，每组3~4只。相应药物干预7 d后，除假手术溶剂组、假手术给药组外，其余各组制备缺血再灌注致肝脏炎症小鼠模型。检测小鼠血清转氨酶水平，采用HE染色观察小鼠肝组织病理学形态，采用免疫组化染色检测肝组织IL-6、TNF-α表达。结果:雷公藤红素减轻肝脏炎症关键靶点为IL6、TNF等炎症因子，功能富集结果分析显示，雷公藤红素减轻肝脏炎性损伤关键信号通路包含炎症反应、细胞凋亡和增殖、HIF1等通路。雷公藤红素预处理可降低肝缺血再灌注致肝脏炎症小鼠血清转氨酶水平（ P<0.01），下调肝组织IL-6、TNF-α炎症因子表达（ P<0.05或 P<0.01）。 结论:雷公藤红素可减轻肝缺血再灌注损伤，其作用机制与降低IL-6、TNF-α等炎症因子水平、减轻肝脏炎性损伤密切相关。

目的:基于网络药理学并通过实验验证研究温脾消导方对非酒精性脂肪肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)大鼠的治疗作用,以及对SIRT1-FoxO1-自噬通路的改变及分子机制.方法:通过TCMSP、BATMAN-TCM、GeneCards和OMIM数据库获取温脾消导方治疗NAFLD的潜在活性成分及作用靶点,使用Cytoscape 3.9.1软件和STRING数据库构建中药-活性成分-疾病靶点网络、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选关键活性成分和核心靶点,通过R4.2.2软件对交集靶点进行GO和KEGG富集分析.通过高脂饲料喂养大鼠12周建立NAFLD 模型,造模成功后用温脾消导方低(7.43 g/kg)、中(14.85 g/kg)、高(29.70 g/kg)剂量和多烯磷脂酰胆碱胶囊干预8周.采用HE染色、油红O染色、Western Blot等方法进行动物体内药效验证和机制探讨.结果:网络药理学预测结果表明,温脾消导方可能通过槲皮素、甲基庚烯酮、木犀草素和山奈酚等关键成分和STAT3、JUN、MYC、ESR1等核心靶点治疗NAFLD;KEGG富集分析显示温脾消导方可能通过调控AGE-RAGE、IL-17、FoxO和TNF信号通路等治疗NAFLD.动物实验验证结果表明,温脾消导方低、中、高剂量和多烯磷脂酰胆碱能够减轻NAFLD大鼠肝脏脂肪变性和脂滴积累程度,显著降低血清中TC、TG、LDL-C、AST和ALT的含量(P<0.05),升高HDL-C的含量(P<0.05),显著降低肝脏中Ac-FoxO1、p62蛋白表达水平(P<0.05),显著升高FoxO1、LC3Ⅱ/LC3Ⅰ、SIRT1蛋白表达水平(P<0.05).结论:温脾消导方能够显著改善NAFLD大鼠肝功能、血脂水平和肝脏脂肪变性,其机制可能与激活SIRT1-FoxO1-自噬通路有关.

目的:基于网络药理学方法分析金胆片、消炎利胆片和熊去氧胆酸治疗胆结石胆囊炎的作用机制，并进行比较分析。方法:检索TCMSP、中药分子机理的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM），收集金胆片、消炎利胆片和熊去氧胆酸化学成分及靶点，使用DAVID 6.8数据库检索药物靶点的关联疾病。使用GeneCards等数据库检索胆结石、胆囊炎的疾病靶点，基于3种药物及2种疾病的交集靶点建立PPI网络，采用DAVID 6.8数据库进行KEGG通路富集分析。运用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-成分-靶点”网络，并进行拓扑分析。结果:收集金胆片化学成分222个，药物靶点3 133个；消炎利胆片化学成分104个，作用靶点1 425个；熊去氧胆酸片化学成分1个，作用靶点119个。3种药物与31种疾病相关联。收集胆结石胆囊炎的疾病靶点1 382个。3组药物治疗胆结石胆囊炎的作用靶点分别为237个、163个和33个，其中3种药物共有作用靶点17个，金胆片与消炎利胆片共有作用靶点20个。3种药物作用靶点KEGG通路富集显示，分别得到113个、74个和10个显著性KEGG富集通路。结论:3种药物治疗胆结石胆囊炎，均具有调节代谢、抑制炎症反应的功能，同时参与细胞凋亡、氧化应激和癌症病变过程。但金胆片偏重参与癌症病程和抑制炎症，并可促进血管生成；消炎利胆片和熊去氧胆酸侧重调节胆固醇代谢，且消炎利胆片还可调节类固醇代谢和抑制炎症，熊去氧胆酸可调节胆汁酸代谢。

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术研究阳和汤治疗慢性骨髓炎的活性成分和潜在作用机制。方法:采用TCMSP、BATMAN-TCM数据库和相关文献筛选阳和汤组方药物活性成分和作用靶点，采用GeneCards、OMIM、DisGeNET、PharmGKB等数据库预测慢性骨髓炎的相关靶点。采用Cytoscape 3.8.0软件及STRING数据库构建“中药-活性成分-潜在靶点”网络、PPI网络，采用拓扑学参数筛选网络中核心成分及hub基因。采用MCODE插件对PPI网络进行蛋白模块聚类分析。采用KOBAS数据库对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。采用AutoDock tool平台进行分子对接，验证主要活性成分与关键靶点的结合活性。结果:获得阳和汤活性成分120个，作用靶点402个；慢性骨髓炎靶点1 464个，阳和汤和慢性骨髓炎交集靶点103个，与交集靶点相关的活性成分110个，包括槲皮素、山柰酚等类黄酮化合物和β-谷甾醇、豆甾醇等植物甾醇；筛选出TNF、IL6、AKT1等9个hub基因，得到4个关键蛋白模块，涉及免疫炎症反应调控、血管微循环调节、骨的发育与形成、物质合成代谢等生理过程。通过富集分析得到193条信号通路，1 552条GO条目。分子对接结果显示，阳和汤活性成分与关键靶点最低结合能均小于-5 kcal/mol，具有较好结合活性。结论:阳和汤治疗慢性骨髓炎与多种成分、靶点、信号通路协同调控有关，主要通过TNF信号通路、IL-17信号通路、Toll样受体等通路调控TNF、IL6、CXCL8、VEGFA、AKT1等靶点，参与慢性骨髓炎局部的炎症反应、微循环、骨细胞代谢并干预致病菌的免疫逃逸机制。