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低深度全基因组测序与核型分析检测超声异常胎儿
编辑人员丨4天前
目的:探讨核型分析及基于二代测序技术的基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-Seq)对于超声异常胎儿的诊断价值。方法:采用CNV-Seq及核型分析技术检测201例超声异常胎儿的羊水标本。结果:在201例样本中,染色体核型分析检出17例异常核型(8.46%),包括非整倍体异常15例(7.46%),其中21三体7例、18三体4例、其他4例。71.43%的21三体胎儿超声表现为不同程度的脑室扩张或合并其他超声异常,75%的18三体胎儿超声表现为脉络丛囊肿;两种检测方法有17.64%(3/17)的染色体异常结果存在差异,均为非整倍体的嵌合体。在184例核型分析正常的标本中,CNV-Seq额外检出了11例CNVs(5.98%),包含6例明确致病性CNVs,5例致病性未知(variants of unknown significance,VOUS)CNVs。结论:不论是胎儿超声软指标高风险还是结构异常,核型分析及CNV-Seq技术相结合的方法进行产前诊断是准确且有效的方法。
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编辑人员丨4天前
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一例以热性惊厥为主要症状的16p13.11微缺失综合征的遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:明确1例以热性惊厥为主要症状的女性患儿的遗传学病因。方法:应用全外显子测序技术和全基因组拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing, CNV-Seq)对患儿进行分子学检测,并对微缺失区域进行家系荧光定量PCR验证。结果:患儿的全外显子测序未发现与热性惊厥相关的致病性变异;CNV-seq检测结果显示患儿16号染色体短臂1.5 Mb的杂合性缺失(chr16: 14 982 579-16 524 069×1),该区域包含16个蛋白编码基因;荧光定量PCR检测结果提示患儿及父亲在 ABCC6、MYH11及 NDE1基因上存在杂合缺失,提示该缺失来源于父亲。 结论:16p13.11微缺失综合征临床多样性较强,除已报道与癫痫、智力障碍、多发畸形、自闭症等症状有关外,部分患者可仅表现为热性惊厥。本例患儿检测到16p13.11微缺失,提示该区域或区域内的部分基因可能与热性惊厥有关,该区域拷贝数变异可能为该患儿的遗传学病因。
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编辑人员丨4天前
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孕妇X染色体异常对其外周血游离DNA产前筛查的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨孕妇X染色体异常对于其外周血游离DNA(cf-DNA)产前筛查的影响。方法:收集2016年4月1日至2019年5月31日于中国医学科学院北京协和医院就诊且cf-DNA产前筛查提示胎儿性染色体非整倍体异常(SCA)高风险的孕妇共124例,遗传咨询后行侵入性产前诊断。对于侵入性产前诊断结果与cf-DNA产前筛查结果不相符者,取孕妇白细胞、提取孕妇DNA进行大规模平行测序,以检测孕妇X染色体是否存在数量异常或拷贝数变异。结果:124例cf-DNA产前筛查提示胎儿SCA高风险的孕妇中,除9例拒绝诊断,余115例均行侵入性产前诊断,其中41例与cf-DNA产前筛查结果相符,74例不相符。在结果不相符的74例孕妇中,孕妇DNA大规模平行测序发现孕妇X染色体数目异常或携带拷贝数变异者19例,占SCA假阳性孕妇的比例为25.7%(19/74),占总SCA高风险病例的15.3%(19/124)。结论:孕妇X染色体数目异常、嵌合或携带拷贝数变异会影响cf-DNA产前筛查的结果,导致假阳性或假阴性结果;对于cf-DNA产前筛查提示胎儿SCA高风险的孕妇,应强调该结果可能受孕妇X染色体异常的影响。对于侵入性产前诊断和cf-DNA产前筛查结果不一致的孕妇,推荐对孕妇染色体进行检测,以明确假阳性或假阴性的原因;而对已明确X染色体数目异常或携带拷贝数变异的孕妇,则不推荐进行cf-DNA产前筛查。
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编辑人员丨4天前
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罕见鸟氨酸氨基甲酰转移酶缺乏症合并MECP2重复综合征一个家系的基因变异分析及产前诊断
编辑人员丨4天前
目的:分析1例鸟氨酸氨基甲酰转移酶缺乏症(OTCD)合并MECP2重复综合征家系的基因变异特征,并为该家系提供产前诊断。方法:回顾性分析2017年12月19日就诊于甘肃省妇幼保健院新生儿重症监护中心的1例患儿(先证者)及其家系成员的临床资料。高通量测序结合多重连接探针扩增(MLPA)技术对患儿进行致病性变异分析。短串联重复序列(STR)连锁分析、MLPA以及拷贝数变异测序(CNV-seq)对胎儿进行产前诊断。结果:先证者为出生3 d的女婴,测序发现其携带 OTC基因第7 ~ 9外显子杂合缺失。根据美国医学遗传学与基因组学会变异相关指南,该变异被评级为可能致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PP4),与其急性脑病发作合并代谢异常(血氨显著升高、血瓜氨酸降低、尿乳清酸增高)的临床表现相符,确诊其为OTCD。产前诊断未发现胎儿携带与先证者相同的 OTC基因缺失变异,但存在Xq28区重复,涵盖MECP2重复综合征的全部区域,且 SRY(+),母亲及先证者均证实携带该重复。结合先证者存在X染色体失活的可能性,考虑先证者同时罹患OTCD与MECP2重复综合征,而胎儿为MECP2重复综合征男性患者。 结论:基因检测明确了OTCD合并MECP2重复综合征家系的致病变异,可为患者家庭的精准治疗、遗传咨询及再次生育提供依据。
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编辑人员丨4天前
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五例DiGeorge综合征患儿不同临床表型与遗传学特征分析
编辑人员丨4天前
目的:对5例经基因确诊的DiGeorge综合征患儿的临床表型、诊断及治疗过程进行回顾性分析及文献复习。方法:收集整理本院儿科收治的5例确诊为DiGeorge综合征患儿的临床资料,基于二代基因测序(next generation sequencing, NGS)技术的基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing, CNV-seq)对患儿进行遗传学病因诊断,重点对比5例患儿之间的临床表型与基因型的对应关系。结果:本研究收集的5例患儿就诊年龄均小于6个月,随访时间为2个多月~1年,首诊症状多为抽搐和(或)反复感染,均存在不同程度的生长迟缓,伴或不伴特殊面容、癫痫、先天性心脏病等,血离子钙水平相似均显示低钙血症,但临床发生抽搐的频率和严重程度不一。5例患儿均检测到染色体22q11.21的拷贝数变异,缺失片段在2.56~2.6 Mb之间,与Decipher数据库收录的DiGeorge综合征缺失区域(chr22:19009792-21452445)大部分重合。1例提示为新生变异,其余4例父母未做CNV-seq验证。结论:DiGeorge综合征存在较大临床异质性,基于NGS的CNV-seq技术不仅有利于精准的遗传学病因诊断,还有助于深入认识遗传性综合征临床表型与基因型的对应关系,提高临床医生对其认识,免误诊漏诊。
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编辑人员丨4天前
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高通量基因测序检测染色体拷贝数变异与染色体核型分析在产前诊断中联合应用的价值
编辑人员丨4天前
目的:探讨高通量基因测序检测染色体拷贝数变异(copy number variation sequencing, CNV-seq)与染色体核型分析在产前诊断中联合应用价值。方法:收集2016年1月至2018年12月在枣庄市妇幼保健院进行产前诊断的905例羊水标本的G显带核型分析和CNV-seq结果,并对CNV-seq提示可疑致病性或临床意义未明的拷贝数变异(copy number variants, CNVs)进行变异来源的亲本分析。结果:除罗氏易位引起的染色体数目异常外,CNV-seq对G显带核型分析确诊的70例染色体数目异常,9例染色体嵌合体异常和7例染色体非平衡性结构异常均成功确诊并且额外多发现10例致病性明确的染色体微缺失/微重复。CNV-seq与G显带核型联合使用能将染色体异常阳性率从11.27%(102/905)提高到12.38%(112/905)。对33例存在可疑致病性CNVs或临床意义未明CNVs (variats of uncertain significance, VUS)胎儿样本的亲本验证分析表明,81.82% (27/33)的胎儿可疑致病性CNVs或VUS源于父母遗传,仅有18.18% (6/33)源于新发变异。结论:CNV-seq与G显带核型联合使用能多发现1.11%的致病性明确CNVs,可以有效减少G显带核型分析无法检测的染色体微缺失/微重复综合征缺陷儿的出生。同时,对可疑致病性CNVs和VUS进行父母亲本家系验证有助于确定CNVs的来源和遗传咨询。
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编辑人员丨4天前
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联合应用染色体核型分析和CNV-seq技术产前诊断Pallister-Killian综合征1例
编辑人员丨4天前
孕妇,34岁,G3P1,G1孕早期自愿人流,G2为已出生健康女孩,G3为此胎儿,因外院无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)结果提示12号染色体1M-31M位置存在长约30M的微重复。孕11 +w于新疆医科大学第一附属医院超声提示:NT:0.26cm;孕19 +w超声提示:胎儿双肾肾窦分离,分别宽约1.1cm、0.8cm。孕20 +1w行羊膜腔穿刺术抽取羊水,进行羊水细胞染色体G显带核型分析和CNV-seq检测。无遗传病家族史,否认近亲结婚。本研究经新疆医科大学第一附属医院医学伦理委员会审批(K202203-10)。
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编辑人员丨4天前
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全外显子组测序检测先天性外胚层发育不良一例及家系分析
编辑人员丨4天前
目的:对1例反复高热疑似为少汗型外胚层发育不良的患儿进行基因检测,以明确其病因。方法:应用医学全外显子组测序技术(whole exome sequencing,WES)检测患者基因组内的单核苷酸变异,用低深度全基因组测序技术(low-coverage massively parallel copy number variation sequencing,CNV-seq)对WES检测的结果进行验证,应用PCR和实时荧光定量PCR技术检测患者及母亲 EDA基因第3~8外显子的缺失情况。 结果:WES检测提示患儿chrX:69 243 016-69 395 730区可能存在半合子缺失。CNV-seq检测提示患儿Xq13.1区存在约0.12 Mb的缺失,缺失范围涉及 EDA基因。PCR检测确认患儿 EDA基因第3~8外显子存在半合子缺失,其母亲未见相同缺失。 结论:患儿为 EDA基因第3~8外显子半合子缺失变异所致的少汗型外胚层发育不良患者,可能为新发变异或其母亲为生殖腺嵌合体。WES和CNV-seq技术对于诊断罕见疾病中具有较高的价值。
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编辑人员丨4天前
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基因组拷贝数变异测序联合染色体核型分析在产前诊断中的应用
编辑人员丨4天前
目的:探讨基于下一代测序技术的基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)联合染色体核型分析技术在产前诊断中的应用价值。方法:将2019年1月至2020年6月在大连市妇女儿童医疗中心进行产前诊断的329例孕妇的羊水标本送检进行染色体核型分析,同时行CNV-seq检测,比较两种方法的检测结果。结果:CNV-seq联合染色体核型分析技术共检出异常染色体53例,异常检出率为16.11%(53/329),其中26例检测结果一致,分别为22例非整倍体、2例结构异常以及2例嵌合体;CNV-seq检出23例核型分析漏检的染色体拷贝数变异(CNVs),包括17例微缺失、6例微重复;染色体核型分析检测出4例CNV-seq漏检的染色体结构异常,包括3例平衡易位、1例倒位。结论:CNV-seq在检测微小CNVs片段方面具有明显优势,可弥补核型分析在分辨率方面的不足;CNV-seq联合染色体核型分析可以提高异常染色体检出率,对产前诊断具有重要的 意义。
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编辑人员丨4天前
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产前诊断46,X?,der(11)ins(11;18)(q23.3;q22.1q11.2)dmat罕见核型1例
编辑人员丨4天前
女,40岁,G 1P 0,身高165 cm,体质量63 Kg,孕17 +2周因"无创产前检测提示18号染色体数目偏多"于2023年5月就诊于天津医科大学总医院。胎儿超声检查未见异常。患者怀孕期间无不适,否认有毒有害物质及放射线接触史,无发热、服药史。夫妻双方系非近亲结婚,外观及智力均无异常,否认遗传病家族史。在夫妻双方签署知情同意书后,于孕19周行羊膜腔穿刺,进行羊水细胞染色体核型分析及拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)检测。胎儿染色体核型为46,X?,der(11)ins(11;18),孕妇核型为46,XX,ins(11;18)(q23.3;q22.1q11.2),胎儿父亲核型为46,XY(图1)。胎儿羊水细胞CNV-seq检测结果为seq[hg19]dup(18)(q11.2q22.1) chr18: g.26543760_64142549dup,提示18q11.2q22.1区存在约37.6 Mb的重复(图2A)。夫妻双方CNV-seq检测均未见异常,综合分析胎儿的核型为46,X?,der(11)ins(11;18)(q23.3;q22.1q11.2)dmat(图2B)。经充分遗传咨询后,孕妇夫妇决定终止妊娠,引产胎儿未见明显异常。本研究通过了天津医科大学总医院伦理委员会的审查(IRB2024-WZ-032)。
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编辑人员丨4天前
