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孕妇X染色体异常对其外周血游离DNA产前筛查的影响
编辑人员丨1天前
目的:探讨孕妇X染色体异常对于其外周血游离DNA(cf-DNA)产前筛查的影响。方法:收集2016年4月1日至2019年5月31日于中国医学科学院北京协和医院就诊且cf-DNA产前筛查提示胎儿性染色体非整倍体异常(SCA)高风险的孕妇共124例,遗传咨询后行侵入性产前诊断。对于侵入性产前诊断结果与cf-DNA产前筛查结果不相符者,取孕妇白细胞、提取孕妇DNA进行大规模平行测序,以检测孕妇X染色体是否存在数量异常或拷贝数变异。结果:124例cf-DNA产前筛查提示胎儿SCA高风险的孕妇中,除9例拒绝诊断,余115例均行侵入性产前诊断,其中41例与cf-DNA产前筛查结果相符,74例不相符。在结果不相符的74例孕妇中,孕妇DNA大规模平行测序发现孕妇X染色体数目异常或携带拷贝数变异者19例,占SCA假阳性孕妇的比例为25.7%(19/74),占总SCA高风险病例的15.3%(19/124)。结论:孕妇X染色体数目异常、嵌合或携带拷贝数变异会影响cf-DNA产前筛查的结果,导致假阳性或假阴性结果;对于cf-DNA产前筛查提示胎儿SCA高风险的孕妇,应强调该结果可能受孕妇X染色体异常的影响。对于侵入性产前诊断和cf-DNA产前筛查结果不一致的孕妇,推荐对孕妇染色体进行检测,以明确假阳性或假阴性的原因;而对已明确X染色体数目异常或携带拷贝数变异的孕妇,则不推荐进行cf-DNA产前筛查。
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编辑人员丨1天前
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多囊卵巢综合征患者卵泡液的拉曼光谱分析及其对小鼠卵母细胞体外成熟的影响
编辑人员丨1天前
目的:探究多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)患者与非PCOS患者卵泡液中的差异性代谢物及其对小鼠卵母细胞体外成熟( in vitro maturation,IVM)和体外受精( in vitro fertilization,IVF)胚胎发育的影响。 方法:本研究的临床资料采取回顾性队列研究的研究方法获取;动物实验采取随机对照试验。收集2019年6月至2020年6月期间在上海集爱遗传与不育诊疗中心第一次接受IVF或卵胞质内单精子注射(intracytoplasmic sperm injection,ICSI)周期的女性患者的卵泡液。根据是否为PCOS患者,分为PCOS组( n=71)和非PCOS组( n=70),回顾性分析两组患者的临床资料,并利用深度学习的拉曼光谱分析技术检测两组患者卵泡液的代谢谱差异。后续进行实验性研究,在PCOS患者和非PCOS患者卵泡液中进行小鼠GV期卵母细胞IVM培养,收集两组成熟的鼠卵母细胞进行IVF,进一步探讨卵泡液中差异性代谢物对鼠卵成熟及胚胎发育的影响。 结果:PCOS组患者卵母细胞成熟率[82.19%(886/1 078)]和受精第3天的有效胚胎率[51.30%(553/1 078)]显著低于非PCOS组[85.85%(625/728), P=0.038;53.30%(388/728), P=0.042],两组患者的累积临床妊娠率和累积活产率差异均无统计学意义(均 P>0.05)。PCOS患者和非PCOS患者卵泡液之间存在差异性拉曼代谢光谱。两组间特征性拉曼位移主要集中在600~1 000 cm -1、1 168 cm -1、1 344 cm -1、1 440 cm -1、1 504 cm -1、1 632 cm -1、1 664 cm -1。拉曼特征位移数据库显示,两组卵泡液样本的差异代谢物主要集中蛋白质、脂质、游离核酸、葡萄糖、胆固醇、类胡萝卜素和氨基酸等物质。利用两组卵泡液行鼠卵IVM,PCOS卵泡液组的鼠卵MⅡ率[49.04%(77/157)]较非PCOS组更低[65.07%(95/146), P=0.005],利用小鼠MⅡ卵进行IVF,PCOS卵泡液组卵裂率[46.75%(36/77)]显著低于非PCOS组[63.16%(60/95), P=0.031],而两组囊胚率差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:PCOS患者卵泡液存在差异性拉曼代谢光谱,其差异性代谢物可能导致卵母细胞成熟障碍,并进一步影响IVF胚胎的发育,拉曼光谱为PCOS诊断和代谢组学的差异物分析提供了简便有效的方法。
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编辑人员丨1天前
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基于生物信息学分析识别老年骨质疏松症核心致病基因及通路
编辑人员丨1天前
目的:采用生物信息学方法分析老年骨质疏松症相关的核心致病基因及相关通路。方法:于2020年11月至2021年8月,以在北京积水潭医院就诊的8例骨质疏松症病例和5名健康体检者为研究对象。采集8例老年骨质疏松症患者与5名健康体检者的外周血,开展高通量转录组测序,并对表达谱进行分析。对差异表达基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。通过 STRING、Cytoscape 工具构建 PPI 调控网络、筛选核心基因。结果:8例骨质疏松症病例中,男性1例,女性7例,年龄为(72.4±4.2)岁;5名健康体检者中,男性1名,女性4名,年龄为(68.2±5.7)岁。分析筛选出差异表达基因1 635个,其中847个基因高表达,788个基因低表达。GO富集分析结果显示,差异基因在分子功能方面主要富集于核糖体结构成分、蛋白质二聚化活性等;细胞组分方面主要富集于核小体、DNA组装复合物、胞质部分、蛋白-核酸复合物、游离核糖体等。KEGG信号通路分析结果显示,差异表达基因主要富集于系统性红斑狼疮、核糖体等。筛选出的10个核心基因分别为 UBA52 、UBB、RPS27 A、RPS15 、RPS12 、RPL13 A、RPL23 A、RPL10 A、RPS25和 RPS6,且其中7个基因均可编码核糖体蛋白。 结论:老年骨质疏松症的发病可能与核糖体相关基因和通路有关联。
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编辑人员丨1天前
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改良磁珠筛选法富集母体外周血胎儿游离DNA在无创产前检测中的应用价值
编辑人员丨1天前
目的:评估改良磁珠筛选法富集胎儿游离DNA(cell-free fetal DNA,cffDNA)在无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)中的应用价值。方法:从2017年10月至2019年12月在北京市海淀区妇幼保健院接受常规NIPT的11 000例孕妇中,回顾性纳入cffDNA浓度偏低(<6.00%),或首次检测Z值灰区(3.00~4.00),或产前介入性产前诊断确定假阳性或生后确定假阴性病例共31例。取首次常规NIPT留存的血浆标本,使用改良磁珠筛选法富集cffDNA进行NIPT(改良富集法NIPT)。采用Wilcoxon秩和检验比较改良富集法NIPT与常规NIPT测得的男胎cffDNA浓度变化。结果:31例孕妇中13例常规NIPT cffDNA浓度偏低,11例常规NIPT 13/18/21-三体假阳性(3例13-三体,4例18-三体,4例21-三体,均经介入性产前诊断证实),6例首次常规NIPT Z值灰区(复测为低风险),1例常规NIPT 21-三体假阴性(生后染色体检查证实)。使用改良富集法后,<150 bp的游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)片段得到有效富集,21例男胎的cffDNA浓度由常规NIPT的4.43%(2.45%~17.61%)提升至改良富集法NIPT的13.46%(7.75%~36.64%),差异有统计学意义(Z=-14.22, P<0.01)。13例常规NIPT cffDNA浓度偏低者经改良富集法NIPT,均成功检出为低风险;6例Z值灰区病例及11例假阳性病例中的6例经改良富集法NIPT确定为低风险,与常规NIPT复测结果一致;1例假阴性病例确定为高风险。 结论:与常规NIPT相比,改良富集法NIPT降低了因cffDNA浓度偏低导致的检测失败率,降低了假阳性率,并成功检测出假阴性病例,显示出更高的检测成功率和更低的假阳性率。
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编辑人员丨1天前
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急性缺血性卒中患者内源性脱氧核糖核酸酶活性和游离DNA浓度的临床意义
编辑人员丨1天前
游离DNA(cell-free DNA, cfDNA)和内源性脱氧核糖核酸酶活性是相反的介质,可能会影响急性缺血性卒中发病后的炎症反应。德国汉诺威医学院的Grosse等进行了一项队列研究,旨在急性卒中患者中探讨这些标志物、循环炎症介质以及临床病程之间的联系,包括卒中相关感染(stroke-associated infections, SAI)。
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编辑人员丨1天前
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孕妇外周血游离DNA检测结果的随访及妊娠结局分析
编辑人员丨1天前
目的:通过分析孕妇外周血游离DNA(cf-DNA)检测结果的随访资料及相关的妊娠结局,评估cf-DNA检测在产前筛查中的价值。方法:收集2011年8月至2017年12月于南京医科大学附属妇产医院进行cf-DNA检测的孕妇的临床资料,包括孕妇的一般情况、cf-DNA检测结果及随访结果。并分析cf-DNA检测结果为常见染色体三体(包括21三体、18三体、13三体)高风险和低风险孕妇的妊娠结局,评价cf-DNA检测的价值,包括敏感度、特异度及阳性预测值、阴性预测值。结果:(1)本研究共纳入了43 615例行cf-DNA检测的孕妇,其中44例(0.10%,44/43 615)检测失败;检出结果为常见染色体三体高风险314例(0.72%,314/43 571),低风险43 257例(99.28%,43 257/43 571)。(2)cf-DNA检测结果为常见染色体三体高风险的314例孕妇中,277例(88.21%,277/314)完成随访,其中228例(82.31%,228/277)孕妇接受了侵入性产前诊断为低风险的43 257例孕妇中,36 826例(85.13%,36 826/43 257)完成随访,其中572例(1.55%,572/36 826)妊娠结局不良,包括4例为cf-DNA检测结果假阴性。(3)在完成随访的37 103例孕妇中,21三体、18三体、13三体的敏感度分别为97.96%、96.67%、100.00%,特异度分别为99.96%、99.95%、99.95%,阳性预测值分别为90.57%、63.04%、17.39%,阴性预测值分别为99.99%、99.98%和100.00%。结论:cf-DNA检测在胎儿常见染色体三体的产前筛查中具有极高的敏感度和特异度,但仍有一定数量的cf-DNA检测结果为常见染色体三体高风险的孕妇拒绝行侵入性产前诊断以验证cf-DNA检测结果。常见染色体三体低风险的孕妇,因未行侵入性产前诊断,导致部分孕妇出现不良妊娠结局时,无法获得胎儿的染色体核型信息。
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编辑人员丨1天前
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舟山海岛地区蜱媒病原体多样性及其基因同源性分析
编辑人员丨1天前
目的:了解舟山海岛地区蜱类所携带的病原体多样性及其基因同源性。方法:2020年4—11月,采用布旗法收集舟山海岛地区发热伴血小板减少征病例居住地周围环境中的游离蜱,采用畜体检查法采集家畜身上的寄生蜱。蜱样本提取RNA或DNA进行荧光RT-PCR检测,以嗜吞噬细胞无形体、立克次体、查菲埃里克体、新型布尼亚病毒、汉坦病毒、汉城病毒、沃尔巴克体、山羊无形体为引物进行PCR扩增初筛。扩增序列测序后进行同源性分析,以邻接法构建系统进化树。结果:共采集蜱样本99只,其中游离蜱样本39只,寄生蜱样本60只。在蜱样本中检出嗜吞噬细胞无形体、立克次体、沃尔巴克体和山羊无形体核酸阳性。此次检出的沃尔巴克体与日本报道的沃尔巴克体(AB025965)同源性为98.70%;立克次体与中国云南立克次体03(KY433580)、日本立克次体LA16同源性为99.83%;嗜吞噬细胞无形体有2个进化分支:一个进化分支与安徽桐城(MK045683)及韩国济州岛(GU064903)的嗜吞噬细胞无形体同源性为100.00%,另一个进化分支与安徽金寨的嗜吞噬细胞无形体(MK045694)同源性为99.70%。结论:舟山海岛地区是嗜吞噬细胞无形体、山羊无形体和日本立克次体的自然疫源地,暴露居民存在感染风险。
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编辑人员丨1天前
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基于Cf DNA检测探索局部晚期食管鳞癌同期放化疗敏感性相关基因的初步研究
编辑人员丨1天前
目的:探索局部晚期食管鳞癌同期放化疗敏感性相关基因及分子标志物。方法:收集2017—2018年间31例在中国医学科学院肿瘤医院采用根治性同期放化疗的局部晚期食管鳞癌患者治疗前外周血并提取血浆Cf DNA,采用基于NovaSeq6000高通量测序平台的目标基因捕获测序技术检测靶基因与肿瘤突变负荷(TMB)变化。根据放化疗近期疗效将患者分为放化疗敏感组(CR+PR)和放化疗抗拒组(SD+PD),综合生物信息学和临床资料分析两组间的基因突变和TMB差异。结果:31例患者测序数据中突变频率>10%的肿瘤相关基因为Tp53、NOTCH1、BRAF、FGFR4、CDKN2A、ATRX和AXIN2,他们在放化疗敏感组和放化疗抗拒组均有分布且相近。高频突变基因主要与7条信号通路相关,主要涉及凋亡信号通路和细胞周期信号通路等,它们主要参与的是RTK-RAS信号通路。放化疗敏感组患者TMB值高于放化疗抵抗组( P=0.04),但GXYLT1和KRT18基因在放化疗抵抗组患者的突变率高于放化疗敏感组( P<0.05)。 结论:Tp53、NOTCH1和CDKN2A可能是与食管鳞癌发生发展相关的高频突变基因,而KRT18、GXYLT1和TMB与局部晚期食管鳞癌患者同期放化疗敏感性密切相关。
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编辑人员丨1天前
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基于孕妇外周血游离DNA的胎儿RhD血型产前筛查策略可行性研究
编辑人员丨1天前
目的:对RhD阴性血型孕妇进行基因分型,探索适合本地区RhD阴性血型孕妇的胎儿RhD血型产前筛查方法。方法:本研究为前瞻性研究。纳入2021年3月至11月在南京大学医学院附属鼓楼医院就诊的孕周≥12周的单胎妊娠RhD阴性血型孕妇33例。在行 RHD基因分型的基础上,采用实时荧光定量聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测 RHD基因外显子5和10,对 RHD完全缺失型及 RHD-CE(2-9) -D型孕妇外周血游离DNA进行胎儿RhD血型产前筛查;利用高通量测序技术检测1号染色体上25648453位点,对 RHD 1227A突变型孕妇外周血游离DNA行胎儿RhD血型产前筛查。同时经新生儿脐带血验证产前筛查结果,采用描述性统计分析。 结果:33例RhD阴性血型孕妇中,20例(60.6%)为 RHD完全缺失纯合型,5例(15.2%)为 RHD-CE(2-9)- D/ RHD完全缺失杂合型,7例(21.2%)为 RHD 1227A/ RHD完全缺失杂合型,1例 RHD711delC/ RHD完全缺失杂合型。25例 RHD完全缺失纯合型或 RHD-CE(2-9) -D/RHD完全缺失杂合型孕妇产前筛查结果中,22例胎儿为RhD阳性血型、3例为RhD阴性血型,新生儿脐带血验证结果与产前筛查结果一致;7例 RHD 1227A/ RHD完全缺失杂合型孕妇产前筛查结果显示,胎儿均为RhD阳性血型,新生儿脐带血验证结果与产前筛查结果一致。1例 RHD 711delC/ RHD完全缺失杂合型孕妇未行胎儿RhD血型产前筛查。 结论:RHD完全缺失纯合型为本地区常见的等位基因类型,其次为 RHD 1227A/ RHD完全缺失杂合型及 RHD-CE(2-9) -D/ RHD完全缺失杂合型。在RhD阴性血型孕妇基因分型的基础上,综合利用实时荧光定量PCR及高通量测序技术对 RHD完全缺失型、 RHD-CE(2-9) -D型及 RHD 1227A突变型孕妇进行胎儿RhD血型的产前筛查,有助于RhD阴性血型孕妇的分类管理。
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编辑人员丨1天前
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无创胚胎植入前遗传学检测的现状与展望
编辑人员丨1天前
利用滋养外胚层(TE)细胞活检对植入前胚胎进行遗传学筛查已经有20多年的历史,但其在选择整倍体胚胎方面的优势仍然存在争议。近年来,胚胎废弃培养液中游离脱氧核糖核酸(cfDNA)的发现,为获得胚胎的细胞遗传学信息提供了一种潜在的无创替代方法。有研究报道胚胎cfDNA分析与TE、内细胞团(ICM)和整个囊胚(WB)的活检结果高度一致。然而,在cfDNA成为可靠的胚胎基因组信息来源应用于临床之前,仍然面临很多挑战。本文综述了基于培养液中的cfDNA的无创胚胎植入前遗传学检测(niPGT)的产生和现状,并对其局限性和未来前景进行了探讨,为niPGT应用于临床提供参考。
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编辑人员丨1天前
