传统的免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是研究蛋白-染色质相互作用的主流方法，由于ChIP-seq难以在低起始细胞量和单细胞样本上实施限制了其应用范围。近年来新发展起来的染色质酶切测序技术CUT&RUN和CUT&Tag展现出操作简单，背景低，可重复性高和要求的细胞起始量低等优点，有替代ChIP-seq进行蛋白-染色质相互作用研究的潜力，并有效提高了单细胞ChIP-seq的可行性。本文将就这类靶向染色质进行酶切测序的主要技术的发展和应用现状做简要综述。

目的 探讨绝经后妇女子宫颈锥切术后病理升级(指子宫颈锥切术后病理检查结果较细胞学检查或阴道镜下活检病理检查结果严重)情况,并分析其影响因素.方法 选择2013年7月至2015年1月在浙江大学医学院附属邵逸夫医院妇科门诊行子宫颈锥切术的患者共750例,其中绝经后129例,未绝经621例.收集所有患者的液基薄层细胞学检查(TCT)、HPV检测、阴道镜检查及其活检病理检查、子宫颈锥切术及其术后病理检查等结果,分析阴道镜下子宫颈活检与子宫颈锥切术后病理检查结果的符合情况及影响子宫颈锥切术后病理升级的相关因素,并进一步分析不同绝经状态患者的子宫颈锥切术后病理升级情况.结果 (1)750例患者中,阴道镜下子宫颈活检与子宫颈锥切术后病理检查结果一致者329例,占43.9％(329/750);子宫颈锥切术后病理升级者216例,占28.8％(216/750).TCT检查结果、绝经状态与子宫颈锥切术后病理升级均明显相关(P<0.05),而HPV感染状况与子宫颈锥切术后病理升级无关(P>0.05).(2)对于TCT检查的不同结果[包括未见上皮内病变或恶性细胞(NILM)、未明确诊断意义的不典型鳞状上皮细胞(ASCUS)、低级别鳞状上皮内病变(LSIL)、高级别鳞状上皮内病变(HSIL)],绝经后患者子宫颈锥切术后病理升级的比例与未绝经患者分别比较,差异均无统计学意义(P>0.05).绝经时间>5年患者的总子宫颈锥切术后病理升级比例明显高于绝经时间≤5年者(分别为40.3％、27.7％,OR=1.8,95％CI为1.1～2.8,P=0.029),其中,在TCT检查结果为LSIL时,绝经时间>5年患者的子宫颈锥切术后病理升级比例明显高于绝经时间≤5年者(分别为6/10、26.3％,OR=4.2,95％CI为1.1～15.8,P=0.033);而在TCT检查结果为NILM、ASCUS、HSIL时,两者分别比较,差异均无统计学意义(P>0.05).(3)TCT检查结果为LSIL的143例患者中,与阴道镜下活检结果比较子宫颈锥切术后病理检查结果升级为子宫颈癌的患者共9例,占6.3％(9/143),其中,绝经时间>5年的10例患者中,2例(2/10)子宫颈锥切术后病理检查结果升级为子宫颈癌;绝经时间≤5年的133例患者中,7例(5.3％)子宫颈锥切术后病理检查结果升级为子宫颈癌.绝经时间>5年患者的子宫颈锥切术后病理升级为癌的比例虽高于绝经时间≤5年者,但两者比较,差异无统计学意义(χ2=0.460,P>0.05).结论 绝经后妇女尤其是绝经时间>5年者,阴道镜下活检后行子宫颈锥切术患者病理升级的比例升高,子宫颈锥切术后病理升级与TCT检查结果、绝经状态明显相关.故临床上应谨慎对待阴道镜下活检的病理检查结果,可以考虑结合TCT检查结果直接行小范围子宫颈环形电极切除(LEEP)术取材,以避免漏诊.

作为甲基转移酶MLL/SET1复合体的核心成分之一,ASH2L能够促进组蛋白H3K4me3修饰的形成,并在小鼠早期胚胎发育过程中行使重要功能.在小鼠中,由于启动子的选择性使用,Ash2l会转录成两种不同长度的转录本并形成两种蛋白质亚型:ASH2L-1和ASH2L-2.目前有关该基因在小鼠胚胎发育中的作用机制及不同亚型的功能还不清楚.本文利用CRISPR/Cas9技术特异敲除Ash2l-1并研究该亚型的生理学功能.研究结果发现,当Ash2l-1缺失时,小鼠胚胎在E9.5～E10.5时发生致死.特别是Ash2l-1-/-E9.5胚胎的卵黄囊血管和早期造血发育存在明显缺陷.转录组测序结果显示,Ash2l-1的缺失影响红细胞发育和成熟、血管发生和形成相关基因的表达.H3K4me3的CUT&RUN结果显示,在一些表达下调关键基因的启动子区,H3K4me3修饰水平出现下降.以上结果表明,Ash2l-1在小鼠卵黄囊的早期造血和血管形成过程中是必不可少的,它可能是通过调控关键基因启动子区的H3K4me3修饰水平而控制这些基因的表达,从而在相关过程中行使功能.

Dear Editor,Our auditory organ,the cochlea,resides in the ventral portion of the inner ear,and its sensory epithelium,the organ of Corti,contains hair cells (HCs) and supporting cells (SCs),which are both descendants of the same progenitors.HCs are prone to damage by multiple ototoxic factors,and how to regenerate damaged HCs using key genes involving cochlear development is of importance[1,2].Cochlear progenitor cells express Sox2 and prolif-erate before embryonic day 12.5 (E12.5) in the mouse but become quiescent in an apical-to-basal gradient between E12.5 and E14.5[3].The development of cochlear HCsand SCs is regulated by many key genes including Atohl(atonal bHLH transcription factor 1) and other signaling pathways [4-6].

染色质免疫共沉淀测序(chromatin immunoprecipitation followed by sequencing,ChIP-seq)是研究目的蛋白与 DNA相互作用的重要方法,被广泛应用于转录因子、组蛋白修饰等分布与功能的研究.研究人员通过对细胞分离、染色质片段化以及测序文库构建等关键步骤不断优化,使ChIP-seq适合少量细胞的分析.近年来发展迅速的CUT&RUN(cleavage under targets and release using nuclease)、CUT&Tag(cleavage under targets and tagmentation)技术,利用特异性抗体使酶"靶向"结合目标蛋白,通过MNase酶切或Tn5转座酶切割染色质,简化了实验操作流程.本文介绍了 ChIP-seq的原理及其数据分析方法,比较ChIP-seq优化方法和衍生技术.总结了在植物生长发育过程中,转录因子和组蛋白修饰在生物钟调控、激素信号转导、光信号途径、胁迫响应等方面研究与染色质免疫共沉淀测序技术的应用.