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新生儿缺血缺氧性脑病ceRNA调控网络构建分析
编辑人员丨3天前
目的 分析并构建新生儿缺血缺氧性脑病(hypoxic-ischemic encephalopathy,HIE)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,筛选预测缺血缺氧性脑病诊治的潜在靶点.方法 通过TCGA和GEO数据库获取HIE的非编码RNA高通量测序数据,并进行差异基因分析.根据ceRNA理论构建出circRNA(circular RNA)-miRNA-mRNA网络,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路和基因本体理论(Gene Ontology,GO)分享,探索和功能注释具有ceRNA潜在功能的circRNA.结果 对GSE121178数据集进行筛选,获得差异circRNAs165个,其中上调59个,下调106个;对GSE181127数据集进行筛选,获得差异miRNAs 63个,其中上调60个,下调3个.用miRecords、miRTarBase、TarBase数据库对获得差异miRNAs进行靶点mRNA预测,并对3个数据库预测结果取交集,共获得11个靶点mRNA(PIK3R1、BACE3、VEGFA、PPP2R2A、LATS2、WDR82、VEZT、TUBA1A、THBS1、SLC7A6、CDK6).经阈值筛选,筛选了10个共表达circRNAs、4个共表达miRNAs和11个共表达mRNAs,构建circRNA-miRNA-mRNA网络.KEGG富集分析显示:HIE涉及的20个交集蛋白在信号通路中,较为靠前的10条信号通路包括T细胞受体信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、ErbB信号通路、胰岛素抵抗、酪氨酸激酶抑制作用、细胞衰老和细胞周期等靶点.说明这些信号通路或与HIE的发生有关.动物实验表明:模型组大鼠神经功能缺损评分高于空白组(P<0.001).模型组miR-31-5p的mRNA表达水平明显低于空白组(P<0.05),模型组中miR-520g-3p,miR-30a-5p,miR-29a-3p表达水平明显高于空白组(P<0.05);WB显示,模型组中CDK6、THBS1和TUBA1的表达水平明显高于空白组(P<0.05),模型组中VEZT和WDR82的表达水平明显低于空白组(P<0.05).结论 构建了HIE的circRNA-miRNA-mRNA调控网络,找到了疾病的潜在治疗靶点,为HIE的诊治提供了新方向.
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编辑人员丨3天前
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碳黑纳米颗粒诱导人支气管上皮细胞炎症反应中环状RNA的表达改变
编辑人员丨3天前
目的:探索碳黑纳米颗粒(CBNPs)对人支气管上皮细胞(16HBE细胞)的毒性效应,并根据全转录组高通量测序对差异表达的环状RNA进行筛选与鉴定,为CBNPs暴露的生物标志物研发与其在表观遗传毒理学的应用提供依据。方法:于2020年6月,用20、40和80 μg/ml浓度的CBNPs对16 HBE细胞进行染毒处理,以不加任何干预的16HBE细胞作为对照组,通过CCK8与乳酸脱氢酶(LDH)实验检测CBNPs细胞毒性。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及ELISA法检测各浓度CBNPs染毒72 h后白细胞介素-6(IL-6)和白细胞介素-8(IL-8)mRNA及蛋白水平改变,Western blot检测核因子-κB(NF-κB)相关炎性蛋白[Toll样受体4(TLR4)、磷酸化核因子-κB(P-NF-κB)、凋亡相关斑点样蛋白(ASC)和天冬氨酸蛋白水解酶1(Caspase-1)]的表达水平;根据高通量测序结果筛选并通过qRT-PCR鉴定差异表达的circRNA,选择稳定差异表达且与NF-κB通路关联性最强的circRNA进行环状性能鉴定。结果:与对照组比较,40、80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HBE细胞细胞活力明显下降,20、40、80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HBE细胞LDH释放量明显上升( P<0.05)。与对照组比较,不同浓度CBNPs暴露72 h后16HBE细胞IL-6、IL-8 mRNA表达水平均增加,IL-6、IL-8蛋白水平均增高,TLR4、P-NF-κB、ASC、Caspase-1蛋白水平均明显上调,差异均有统计学意义( P<0.05)。与对照组比较,共有492个差异性表达的环状RNA(|log 2 FC|>1),在验证出的5个差异表达( P<0.05)的环状RNA中,选择circ_002642作为后续环状RNA研究对象,80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HB细胞的circ_002642明显高表达( P<0.05)。 结论:CBNPs可引起16HBE细胞炎症反应并诱导炎症反应环状RNA的差异性表达。
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编辑人员丨3天前
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原发性干燥综合征患者外周血环状RNA hsa_circ_0019413的表达研究
编辑人员丨3天前
目的:探讨pSS患者外周血中环状RNA(circRNA)hsa_circ_0019413的表达,以及在pSS疾病发生发展中的作用。方法:对4例pSS患者和4名健康对照者的外周血的circRNA变化进行微阵列筛选。以实时定量反转录-PCR(qPCR)验证30例pSS患者和30例对照者外周血中circRNA hsa_circ_0019413的表达差异。建立受试者工作特征曲线(ROC曲线),对外周血中circRNA hsa_circ_0019413的潜在诊断价值进行了分析,并将circRNA hsa_circ_0019413的表达水平与pSS患者临床指标进行相关性分析。结果:①通过微阵列分析,在2组之间差异表达437个circRNA[差异倍数(FC)≥2.0, P<0.05],其中上调circRNA 365个,下调circRNA 72个;②通过qPCR验证发现pSS患者circRNA hsa_circ_0019413表达水平高于健康对照组,2组间差异具有统计学意义( P<0.05)。ROC曲线分析表明pSS外周血中circRNA hsa_circ_0019413具有潜在诊断价值[AUC=0.883,95% CI(0.782,0.984), P<0.01];③相关性分析显示circRNA hsa_circ_0019413的表达水平与pSS患者病情评估指数EULAR干燥综合征疾病活动度指数(ESSDAI)、ANA滴度呈正相关( r=0.721, P=0.012; r=0.625, P=0.040),而与IgG、ESR无相关性。 结论:外周血中的circRNA hsa_circ_0019413可能参与pSS发生发展,可能成为pSS诊断的生物标志物。
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编辑人员丨3天前
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强直性脊柱炎患者外周血环状RNA的表达谱研究
编辑人员丨3天前
目的:筛选AS患者PBMCs中差异表达的环状RNA(circRNA),分析其表达谱以探讨circRNAs在AS发病中的作用。方法:采用circRNA微阵列芯片技术检测3例AS活动期(ASA)患者,3例AS稳定期(ASS)患者和3名健康对照者(HC)PBMCs中circRNAs的表达并通过倍数变化(FC)和 P值进行筛选,找到差异表达的circRNAs;从差异表达靠前的circRNAs中随机选择4个circRNAs,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证芯片结果;对差异表达的circRNAs进行基因本体论(GO)分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,并通过微RNA(miRNA)靶标预测软件对circRNA/miRNA相互作用关系进行预测。采用 t检验和Mann-Whitney U检验等方法对数据进行统计分析。 结果:芯片结果显示,ASA组较HC组共有800个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中466种上调,334种下调;ASS组较HC组共有1 149个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中589种上调,560种下调;ASA组较ASS组间共有233个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中145种上调,88种下调。RT-qPCR验证结果提示,4个差异表达的circRNAs表达趋势与芯片结果一致。GO分析结果提示,这些差异表达的circRNAs主要参与无义介导的mRNA衰变、Rho GTPase酶结合等过程;KEGG分析结果在辅助性T细胞(Th)17细胞分化、趋化因子信号通路等处得到富集;miRNA靶标预测软件结果提示差异表达的circRNAs可能靶向结合miR-650、let-7b-5p等miRNAs发挥作用。 结论:和HC组相比AS患者PBMCs中存在差异表达的circRNAs,推测这些circRNAs可能参与AS的发病。
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编辑人员丨3天前
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环状RNA在头颈部鳞状细胞癌中的研究进展
编辑人员丨3天前
环状RNA(circRNA)是一类新发现的共价闭合环状非编码RNA,具有微小RNA海绵作用、调控基因表达等功能。研究证实circRNA参与多种肿瘤的发生发展,可作为肿瘤诊断和预后评估的生物标志物及治疗靶点。本文就circRNA在头颈部鳞状细胞癌中的表达情况、作用机制等进行综述。
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编辑人员丨3天前
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137Cs γ射线全身照射对小鼠骨髓细胞中circRNA m 6A修饰谱的影响
编辑人员丨3天前
目的:研究电离辐射对小鼠骨髓细胞中环状RNA(circular RNA,circRNA)的N 6-甲基腺嘌呤(N 6-methyladenine,m 6A)修饰谱的影响,为揭示RNA表观遗传修饰与放射性造血系统损伤之间的关系提供科学依据。 方法:将24只C57BL/6 J小鼠按随机数表法分为健康对照组和照射组,每组12只。照射组用4 Gy 137Cs γ射线对小鼠进行全身照射。照后将两组小鼠脱颈处死,收集股骨中的骨髓细胞。提取总RNA,通过m 6A RNA免疫沉淀-高通量测序(MeRIP-Seq)技术和生物信息学分析方法,探究小鼠受照后骨髓细胞中circRNA m 6A修饰谱的变化。运用MeRIP-qPCR实验对变化显著的m 6A修饰位点进行验证。 结果:健康对照组和照射组中各鉴定出325和455个(其中两组共有178个,健康对照组特有147个,照射组特有277个)circRNA的m 6A修饰位点。健康对照组和照射组中各鉴定出1 275和1 017个(其中两组共有767个,健康对照组特有508个,照射组特有250个)发生m 6A修饰circRNA的来源基因。与健康对照组相比,照射组中有414个m 6A位点的富集倍数显著上调,178个m 6A位点的富集倍数显著下调,差异具有统计学意义( P < 10 -10;倍数筛选阈值> 5)。基因本体论(GO)分析显示,电离辐射后小鼠骨髓细胞中m 6A修饰水平显著改变的circRNA来源基因涉及染色质相关调控、纤毛转换纤维和多聚(A)特异性核糖核酸酶活性等多种功能。京都基因与基因组百科数据库(KEGG)分析显示,电离辐射后小鼠骨髓细胞中m 6A修饰水平显著改变的circRNA来源基因涉及血小板激活、Fc γ R-介导的吞噬作用和B细胞受体信号通路等多种通路。 结论:电离辐射可引起小鼠骨髓细胞中circRNA的m 6A修饰谱的迅速改变,差异甲基化的circRNA的来源基因涉及多种造血系统放射生物学相关的功能通路。该研究为从表观遗传水平揭示造血系统辐射损伤的分子机制奠定基础。
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编辑人员丨3天前
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非编码RNAs在慢性阻塞性肺疾病所致肺动脉高压致病机制中的作用
编辑人员丨3天前
慢性阻塞性肺疾病所致肺动脉高压(COPD-PH)的发病率和病死率高,患者3年生存率仅为41%。目前COPD-PH的常规对症治疗以及针对PH的靶向治疗,效果均不理想。非编码RNAs作为重要的内源基因调节因子,严格调控生理和病理过程。COPD-PH患者中存在非编码RNAs表达的改变,且发现其在COPD-PH发病机制中发挥重要作用,故非编码RNA有望成为治疗COPD-PH的关键治疗靶点。本文就微小RNAs、环状RNAs和长链非编码RNAs等在COPD-PH缺氧、高炎症和氧化应激等病理过程中所起作用的有关研究进展进行综述。
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编辑人员丨3天前
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血浆环状RNA hsa_circ_0032931对心房颤动射频导管消融术后复发的预测价值
编辑人员丨3天前
目的:探讨心房颤动(房颤)患者血浆环状RNA表达谱以及在导管射频消融术后复发中的预测价值。方法:研究纳入2017年12月至2018年7月在南京医科大学第一附属医院心血管内科住院房颤患者:为使用RNA测序来构建环状RNA表达谱,纳入5例特发性持续性房颤患者为测序组,同期5例基线资料一致的健康者为测序对照组;为通过实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)来验证房颤相关环状RNA表达,连续纳入71例特发性房颤患者为验证组,80例非房颤患者为验证对照组;为观察房颤消融术后复发情况,纳入首次行导管射频消融手术的特发性房颤患者51例,术后随访1年后分为复发组和未复发组,qRT-PCR检测特定环状RNA的表达量,并通过受试者工作特性曲线预测对消融复发的影响。结果:房颤特异性的血浆环状RNA表达谱包含31 697个房颤特异性环状RNA,其中516个环状RNA具有差异性表达,包括129个表达上调和387个表达下调。房颤患者环状RNA hsa_circ_0032931[0.018(0.012,0.034)对0.079(0.053,0.108), Z=-9.112; P<0.001]和hsa_circ_0032097[0.031(0.018,0.046)对0.037(0.030,0.053), Z=-2.986; P<0.05]表达水平显著降低。随访1年后,房颤消融手术复发组6例(11.8%,6/51)和未复发组45例(88.2%,45/51)发现,消融术后复发组患者血浆中环状RNA hsa_circ_0032931表达量升高[0.052(0.019,0.109)对0.016(0.012,0.030), Z=-2.573; P=0.01],而环状RNA hsa_circ_0032097表达未见明显差异( Z=-0.058; P=0.953)。根据受试者工作特性曲线分析结果,房颤持续时间的曲线下面积(AUC)为0.867 (95% CI 0.706~1.000),环状RNA hsa_circ_0032931的AUC为0.826 (95% CI 0.662~0.990),联合房颤持续时间与环状RNA hsa_circ_0032931的AUC为0.933 (95% CI 0.841~1.000)。 结论:血浆环状RNA hsa_circ_0032931可作为预测房颤导管射频消融术后复发新的生物标志物和独立的预测因素。
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编辑人员丨3天前
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非编码核糖核酸在肺动脉高压中的作用研究进展
编辑人员丨3天前
非编码核糖核酸(RNA)是一类不能编码蛋白的RNA,在调控细胞活动中扮演重要角色。肺动脉高压是一种以肺血管压力进行性增高为主要特征的一组疾病,发病机制复杂,影响因素多。非编码RNA作为一种不参加翻译功能的转录产物,对肺动脉高压有重要作用。现将非编码RNA中研究较多并且相对比较成熟的circRNA、lncRNA和miRNA参与肺动脉高压形成的病理生理过程做一综述。
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编辑人员丨3天前
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环状RNA在类风湿关节炎的作用及机制研究进展
编辑人员丨3天前
RA是一种以慢性滑膜炎、骨质破坏为主要特征的全身性自身免疫性疾病,发病机制尚不明确。环状RNA(circular RNAs,CircRNAs)是一类内源性共价闭环结构的非编码RNA,广泛存在于真核细胞中,具有不易被RNA酶水解、细胞或组织特异性表达、不同物种间的进化保守和结构稳定等特征,在多种疾病的诊断和治疗中发挥着重要作用。本文综述了CircRNA的起源及其生物学功能、CircRNA在RA发病过程中的作用和机制等方面的研究进展,旨在为识别用于早期治疗的新的分子靶点及RA的精准靶向治疗提供新的思路。
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编辑人员丨3天前
