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慢性鼻窦炎伴鼻息肉鼻黏膜上皮细胞基因转录组分析
编辑人员丨1周前
目的:通过研究基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)患者与对照组鼻黏膜上皮细胞差异表达基因并分析其功能,寻找参与调控CRSwNP鼻黏膜上皮屏障功能损伤的关键基因。方法:2018年6月至2020年5月,从可公开获得的GEO数据库下载编号为GSE107624(7例CRSwNP和7例对照)和GSE69093(13例CRSwNP和11例对照)的mRNA表达芯片数据,对两个数据集进行联合分析,筛选CRSwNP患者鼻黏膜上皮细胞差异表达基因,并对差异基因进行相互作用网络、功能注释和参与调控通路分析,根据基因注释结果筛选参与CRSwNP调控的重要基因。同期,收集首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科CRSwNP患者鼻息肉组织(14例,46.8±17.9岁)和鼻中隔偏曲患者的钩突黏膜组织(7例,23.4±2.3岁)作为对照组,对组织进行原代上皮细胞培养,并提取RNA进行实时荧光定量聚合酶链反应(Q-PCR)检测,对筛选出关键基因的mRNA表达水平进行验证。采用SPSS 22.0软件对数据进行统计学分析。结果:GSE107624数据库中CRSwNP患者与对照组上皮细胞中差异基因为3 856个,GSE69093数据库中为771个。在2个数据库中,CRSwNP患者鼻黏膜上皮细胞同时表达上调的基因共55个,表达下调的基因共3个。对这58个基因进行GO基因功能注释分析发现 SPTBN1、 FNBP1L、 VAPB、 SNX1参与细胞黏附功能, MAP1B参与微管相关复合体构成;京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析发现 BAMBI、 SIAH1参与调节果蝇无翅/整合素(Wingless/Integrated,Wnt)通路, COL6A1、 EIF4E参与调节磷脂酰肌醇3-激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PI3K-AKT)通路;String蛋白相互作用网络分析发现微管相关蛋白1B(microtubule associated protein 1B,MAP1B)、VAMP相关蛋白B和C(VAMP associated protein B and C,VAPB)为核心功能蛋白。对筛选出差异倍数前3位基因( COL6A1、 MAP1B和 BAMBI)进行Q-PCR验证, MAP1B在CRSwNP患者鼻黏膜上皮细胞表达水平升高。 结论:CRSwNP鼻黏膜上皮细胞中表达水平升高的 MAP1B基因,以及相关的Wnt、PI3K-AKT信号通路调控异常可能介导了CRSwNP鼻黏膜上皮细胞屏障功能障碍。
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编辑人员丨1周前
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真核细胞起始因子4E和Krüppel样因子4在乳腺癌的表达及其临床意义
编辑人员丨1周前
目的:探讨乳腺癌组织中真核细胞起始因子4E(eIF4E)和Krüppel样因子4(KLF4)的表达及其临床意义。方法:收集广东医科大学附属医院2016年1月至2020年10月病理学确诊的73例乳腺癌组织和相应癌旁组织,使用免疫组织化学方法检测eIF4E蛋白和KLF4蛋白在组织中表达情况,结合临床资料采用 χ2检验。 结果:乳腺癌组织组中eIF4E蛋白表达率高于相应癌旁组织组中eIF4E蛋白表达率[79.45%(58/73)比20.55%(15/73), χ2=50.658, P<0.01],两者差异有统计学意义。eIF4E表达水平与乳腺癌肿瘤大小、组织学分级、TNM分期、淋巴结转移呈明显相关( χ2=4.842、9.230、7.103、5.560, P<0.05)。乳腺癌组织组KLF4蛋白表达率高于相应癌旁组织组中eIF4E蛋白表达率[24.66%(18/73)比64.38%(47/73), χ2=23.321, P<0.01],两者差异有统计学意义。KLF4表达水平与乳腺癌组织学分化程度、TNM分期、淋巴结转移呈明显相关[ χ2=8.977、6.403、5.256, P<0.05]。 结论:eIF4E蛋白在乳腺癌组织中高表达、KLF4蛋白在乳腺癌组织中低表达,检测eIF4E和KLF4有助于判断乳腺癌的生物学行为和评估乳腺癌患者预后。
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编辑人员丨1周前
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AT丰富结合域1A和真核细胞起始因子4E在胃癌组织的表达及其临床意义
编辑人员丨1周前
目的:探讨AT丰富结合域1A(ARID1A)和真核细胞起始因子4E(eIF4E)在胃癌组织表达的临床意义。方法:选取2015年3月至2020年7月广东医科大学惠州临床医学院(惠州市中心人民医院)和广东医科大学附属医院病理学确诊的94例胃癌组织以及对应癌旁组织,应用免疫组织化学方法检测上述组织中ARID1A蛋白以及eIF4E蛋白表达水平,采用 χ2检验分析ARID1A蛋白和eIF4E蛋白与胃癌临床病理特征之间的关系。 结果:ARID1A蛋白在胃癌组织表达率为32.98%(31/94)、对应癌旁组织ARID1A蛋白表达率为80.85%(76/94),两者差异有统计学意义( χ2=43.925、 P<0.01),ARID1A表达水平和胃癌组织学分化程度、TNM分期、淋巴结转移明显相关( χ2=5.307、6.812、4.583, P<0.05)。eIF4E蛋白在胃癌组织表达率为79.79%(75/94)、对应癌旁组织eIF4E蛋白表达率为22.34%(21/94),两者差异有统计学意义( χ2=62.071, P<0.01),eIF4E表达水平和胃癌TNM分期、淋巴结转移明显相关( χ2=6.479、5.379, P<0.05)。 结论:ARID1A蛋白在胃癌组织中表达下调,eIF4E蛋白在胃癌组织中表达上调,ARID1A和eIF4E有助于胃癌临床诊断及评估患者预后。
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编辑人员丨1周前
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血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤累及胃肠道的临床病理学特征分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(AITL)累及胃肠道的临床病理学特点、诊断及预后。方法:收集郑州大学第一附属医院2021年9月诊断的1例肠道活检的AITL,复习临床特点,行HE染色、免疫组织化学、EB病毒编码的RNA(EBER)原位杂交、T细胞受体(TCR)基因重排(BIOMED2法)及二代测序检测1 166个基因,并复习总结文献中报道的AITL累及胃肠道的特征。结果:患者女,53岁,肠镜示回盲部至直肠多发结节状、息肉样隆起;HE示典型AITL的形态,肿瘤主要浸润黏膜固有层,局部侵及黏膜下层,未见固有腺体侵犯及黏膜表面溃疡;免疫组织化学:肿瘤细胞表达T系标志物(CD3、CD4、CD5)及滤泡辅助T细胞标志物(PD-1及CXCL13),CD21示滤泡树突状细胞网增生紊乱,Ki-67阳性指数约40%;EBER原位杂交见散在细胞阳性;二代测序检测发现3组融合基因:EIF4E3-FOXP1、RP11-434C1.1-ETV6、RP11-380O24.1-SRGAP3。随访2个月,患者化疗1个疗程后因肠出血死亡。结论:胃肠道部位AITL罕见,常为淋巴结AITL累及所致,患者预后差,形态学及免疫表型与淋巴结AITL相似,结合患者临床表现、组织学特点及基因检测可避免漏诊及误诊。
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编辑人员丨1周前
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不同钙离子浓度可通过内质网应激影响人腹膜间皮细胞上皮间质转化
编辑人员丨1周前
目的:探讨不同钙离子浓度通过内质网应激(ERS)对人腹膜间皮细胞(HPMC)上皮间质转化(EMT)的影响。方法:体外培养HPMC细胞株HMrSV5并分组处理,对照组、高钙1组、高钙2组分别用含1.25、1.75、2.25 mmol/L钙离子浓度的培养基处理,溶剂对照组用含1.25 mmol/L生理钙离子浓度及0.1%二甲基亚砜(DMSO)的培养基处理,高钙+溶剂组用含2.25 mmol/L钙离子浓度及0.1% DMSO的培养基处理,高钙+4-苯基丁酸(4-PBA)组用含2.25 mmol/L钙离子浓度及1 mmol/L ERS抑制剂4-PBA的培养基处理。各组处理48 h后,光镜下观察细胞形态学变化;采用免疫荧光染色观察细胞中上皮细胞表型标志蛋白紧密连接蛋白-1(ZO-1)和间质细胞表型标志蛋白α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)的表达;采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测细胞中EMT标志基因E-钙黏蛋白(E-cadherin)、ZO-1、α-SMA和波形蛋白(Vimentin)的表达;采用蛋白质免疫印迹试验(Western blotting)检测细胞中ERS标志蛋白磷酸化蛋白激酶R样内质网激酶(p-PERK)、磷酸化真核翻译起始因子2α(p-eIF2α)、转录激活因子4(ATF4)和C/EBP同源蛋白(CHOP)的表达。结果:与对照组比较,高钙1组和高钙2组HMrSV5细胞变细长、呈纤维化样改变,ZO-1的荧光强度增加、α-SMA的荧光强度减弱,提示细胞从上皮细胞向间质细胞转化;细胞中E-cadherin、ZO-1的mRNA表达明显降低,α-SMA、Vimentin的mRNA表达及p-PERK、p-eIF2α、ATF4、CHOP的蛋白表达明显升高,且高钙2组上述标志基因或蛋白表达较高钙1组变化更明显〔E-cadherin mRNA(2 -ΔΔCt):0.53±0.05比0.75±0.09,ZO-1 mRNA(2 -ΔΔCt):0.42±0.06比0.69±0.06,α-SMA mRNA(2 -ΔΔCt):1.81±0.16比1.32±0.14,Vimentin mRNA(2 -ΔΔCt):2.05±0.22比1.48±0.16,p-PERK蛋白(p-PERK/β-actin):0.81±0.09比0.59±0.06,p-eIF2α蛋白(p-eIF2α/β-actin):0.87±0.10比0.50±0.06,ATF4蛋白(ATF4/β-actin):0.93±0.10比0.72±0.06,CHOP蛋白(CHOP/β-actin):0.79±0.09比0.46±0.04,均 P<0.05〕。与溶剂对照组比较,2.25 mmol/L高钙处理后,细胞形态学变化、EMT标志基因及ERS标志蛋白的表达变化与高钙2组较对照组的变化趋势一致;与高钙+溶剂组比较,高钙+4-PBA组细胞恢复多边形、鹅卵石样的上皮细胞特征,ZO-1的荧光强度增加、α-SMA的荧光强度减弱,细胞中E-cadherin、ZO-1的mRNA表达明显增加〔E-cadherin mRNA(2 -ΔΔCt):0.86±0.09比0.57±0.04,ZO-1 mRNA(2 -ΔΔCt):0.81±0.06比0.48±0.05,均 P<0.05〕,α-SMA、Vimentin的mRNA表达及p-PERK、p-eIF2α、ATF4、CHOP的蛋白表达明显降低〔α-SMA mRNA(2 -ΔΔCt):1.21±0.13比1.77±0.15,Vimentin mRNA(2 -ΔΔCt):1.30±0.14比1.94±0.20,p-PERK蛋白(p-PERK/β-actin):0.38±0.04比0.92±0.11,p-eIF2α蛋白(p-eIF2α/β-actin):0.34±0.05比1.05±0.13,ATF4蛋白(ATF4/β-actin):0.57±0.06比0.97±0.11,CHOP蛋白(CHOP/β-actin):0.51±0.04比0.90±0.12,均 P<0.05〕。 结论:1.75 mmol/L和2.25 mmol/L的高钙离子浓度可通过激活ERS的方式促进HPMC发生EMT。
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编辑人员丨1周前
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二甲双胍预防噪声性听力损失大鼠内耳蛋白质组差异表达的初步观察
编辑人员丨1周前
目的:研究二甲双胍干预对噪声性听力损失(NIHL)的保护作用及其差异蛋白质组学表达谱。方法:于2021年1月,将39只Wistar雄性大鼠随机分为对照组、噪声暴露组、二甲双胍+噪声暴露组,每组13只。噪声暴露组和二甲双胍+噪声暴露组大鼠连续暴露在声压级120 dB(A)、中心频率8 kHz的倍频程噪声下4 h;二甲双胍+噪声暴露组大鼠从噪声暴露前3 d开始给予200 mg/kg/d二甲双胍干预,共7 d。采用听性脑干反应(ABR)测试各组大鼠右耳噪声暴露前、噪声暴露后1、4、7 d的听力阈值变化情况,采用串联质谱标签(TMT)定量蛋白组学鉴定并分析各组大鼠内耳差异表达蛋白质,并用冰冻切片进行免疫荧光染色验证。结果:在噪声暴露后1、4、7 d,噪声暴露组和二甲双胍+噪声暴露组大鼠右耳短声ABR阈值明显高于对照组,二甲双胍+噪声暴露组大鼠右耳短声ABR阈值明显低于噪声暴露组( P<0.05)。与噪声暴露组比较,二甲双胍+噪声暴露组大鼠差异表达上调蛋白1 035个,差异表达下调蛋白1 145个;GO富集分析显示,显著差异表达蛋白主要涉及结合、分子功能调节、信号转导等功能;KEGG通路富集分析发现,差异表达蛋白显著富集的通路包括磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、焦点黏附、糖尿病性心肌病、分裂体、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等。免疫荧光实验显示,与噪声暴露组比较,二甲双胍+噪声暴露组胰岛素样生长因子1受体(IGF1R)荧光强度增加,真核细胞翻译起始因子4E结合蛋白1(eIF4EBP1)荧光强度减弱。 结论:噪声暴露可导致大鼠听力阈值升高,二甲双胍可通过多条通路和生物学过程改善噪声引起的听力阈值异常。
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编辑人员丨1周前
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微小RNA-22-3p介导真核翻译起始因子4E调控骨肉瘤细胞增殖的研究
编辑人员丨1周前
目的:观察微小RNA(miRNA,miR)-22-3p与真核翻译起始因子4E(eIF4E)的靶向关系,分析其对增殖的调控作用。方法:选择人正常成骨细胞株NHOst、骨肉瘤细胞株U20S(购自中国科学院上海细胞生物学研究所),应用实时荧光定量PCR(qPCR)检测细胞株中miR-22-3p的表达,采用双荧光素酶基因报告实验检测miR-22-3p与eIF4E结合情况。建立空白对照组、空载体转染组、miR-22-3p转染组、miR-22-3p和eIF4E共转染组,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)法检测细胞的活性,采用蛋白质印迹法(Western blot)检测增殖细胞核抗原(PCNA)和细胞周期素D1(Cyclin D1)的表达。采用定量聚合酶链反应(qPCR)法检测miR-22-3p在23例骨肉瘤组织中的表达,采用免疫组织化学方法检测骨肉瘤组织中eIF4E、细胞核增殖抗原(Ki-67)的表达。组间定量资料的比较采用 t检验、方差分析(SNK法进行两两比较),对数据行Spearman相关分析及K-M生存分析。 结果:骨肉瘤细胞株中miR-22-3p的表达明显低于正常成骨细胞株;双荧光素酶基因报告实验发现miR-22-3p能引起转染pGL3-eIF4E-WT的细胞中荧光素酶活性降低。与空白对照组及空载体转染组比较,miR-22-3p转染组细胞活性明显下降,PCNA和Cyclin D1的表达显著下降,miR-22-3p和eIF4E共转染组均能逆转上述表达水平。骨肉瘤组织中miR-22-3p表达范围是0.6~3.6,平均1.9±0.2,miR-22-3p与eIF4E、miR-22-3p与Ki-67均呈负相关( r=-0.510、-0.530, P<0.05),eIF4E与Ki-67呈正相关( r=0.500, P<0.05)。miR-22-3p在不同肿物最大径、病变分级的分组中差异有统计学意义( P<0.05),miR-22-3p与生存时间明显相关。 结论:miR-22-3p在骨肉瘤中低表达,靶向负调控eIF4E的表达,调节细胞的增殖。miR-22-3p可能是肿瘤进展及预后不良的危险因素。
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编辑人员丨1周前
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人轮状病毒非结构蛋白2与宿主互作蛋白的筛选及分子对接研究
编辑人员丨1周前
目的:筛选轮状病毒非结构蛋白2(nonstructural protein 2, NSP2)与宿主细胞的互作蛋白,为抗病毒靶标的发掘提供理论依据。方法:NSP2-pGEX-6P-1重组质粒转化 E. coli BL21(DE3),IPTG诱导表达,GST亲和层析法获得NSP2-GST纯化蛋白,Western blot进行验证。将NSP2-GST及GST纯化蛋白作为靶蛋白,通过GST pull-down捕获与MA104宿主细胞互作的差异蛋白。经银染后,将差异条带通过蛋白质胶内酶解及质谱法筛选出相应蛋白质,借助Protein Pilot平台过滤肽段,由Paragon算法获得蛋白质名称和相关的生物学功能。通过蛋白质互作网络图和GO功能注释分析,展示互作蛋白间的潜在联系。同时,利用HDOCK软件对排名前三的蛋白质进行分子对接预测,结合对接分数和置信分数加以验证,揭示蛋白质间的可视化对接模型。 结果:SDS-PAGE和Western blot表明NSP2重组蛋白纯化成功。经GST pull-down联合蛋白质谱鉴定,筛选出PKM2等10种可能与NSP2互作的宿主蛋白质;GO分析及互作图展示出RPS4X、EZR、SUPT16H、EIF2S3介导分子表达,PKM2、LDHA、ATP5A1参与能量代谢,HSP90、ACTB、ANXA2参与生物运动过程,并且彼此之间存在功能联系及互作网络。分子对接显示出PKM2、HSP90、RPS4X与NSP2存在互作关系,相互作用力强,能够形成稳定结构。结论:成功发现宿主细胞中PKM2、HSP90、RPS4X等蛋白质与NSP2存在互作关系,为轮状病毒感染过程的探究及相关防控策略的制定提供参考。
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编辑人员丨1周前
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eIF3A和eIF4E协同调控子宫颈癌细胞的增殖与凋亡
编辑人员丨1个月前
目的:探讨eIF3A和eIF4E协同调控子宫颈癌细胞增殖与凋亡的相关机制.方法:选择对数生长期的人子宫颈癌细胞系HeLa、SiHa和正常宫颈上皮细胞HcerEpic,分别采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和Western blot检测eIF 3A和eIF4E mRNA以及蛋白表达量.然后构建eIF 3A和eIF4E表达沉默的慢病毒载体,转染SiHa细胞后qRT-PCR和Western blot筛选稳定表达株.最后将SiHa细胞分为4组,即空白对照组、eIF 3A沉默组、eIF 4E沉默组和eIF 3A+eIF4E沉默组,连续培养48 h后CCK8实验检测细胞增殖率,流式细胞术检测细胞凋亡率,Western blot检测Ki-67和cleaved-Caspase-3蛋白表达量.结果:①与正常宫颈细胞相比,HeLa和SiHa中eIF 3A、eIF4EmRNA以及蛋白表达量均显著升高(P<0.05).②与对照组相比,eIF 3A沉默组eIF3A mRNA和蛋白表达量显著降低;eIF 4E沉默组eIF 4EmRNA和蛋白表达量显著降低;eIF 3A+eIF4E沉默组eIF 3A和eIF4E mR-NA及蛋白表达量均显著降低(P<0.05).③与对照组相比,eIF 3A沉默组、eIF4E沉默组及eIF 3A+eIF4E沉默组细胞增殖率和Ki-67蛋白表达量下降,细胞凋亡率和cleaved-Caspase-3蛋白表达量升高,且eIF 3A+eIF4E沉默组细胞幅度最大(P<0.05).结论:子宫颈癌中eIF 3A和eIF4E可能协同发挥调控细胞增殖与凋亡的生物学功能.
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编辑人员丨1个月前
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乳腺癌eIF4E对免疫细胞浸润的影响及机制的初步研究
编辑人员丨2024/8/10
目的:研究乳腺癌真核翻译起始因子4E(eIF4E)表达对免疫细胞浸润的影响及作用机制.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)网站获取乳腺癌数据,分析eIF4E的表达与预后和临床特征的关系.通过TISIDB数据库分析乳腺癌eIF4E表达与免疫亚型及免疫细胞浸润的关系.通过单样本基因集富集分析对免疫细胞浸润和上皮-间充质转化(EMT)抑制基因集进行评分;分析eIF4E不同表达水平时免疫细胞浸润的差异以及EMT抑制基因集和免疫细胞浸润的相关性.蛋白免疫印迹和免疫荧光实验研究乳腺癌eIF4E表达对EMT相关蛋白表达的影响,Transwell实验研究eIF4E表达对乳腺癌细胞迁移和侵袭能力的影响.结果:eIF4E在乳腺癌淋巴细胞减少型(C4)中表达最高.乳腺癌中eIF4E高表达时抗肿瘤免疫细胞浸润减少(P<0.05),免疫抑制细胞浸润增多(P<0.05);同时eIF4E表达与EMT抑制基因集评分呈负相关(P<0.05),而EMT抑制基因集评分与许多抗肿瘤免疫细胞浸润呈正相关(均P<0.05).免疫印迹结果显示,乳腺癌eIF4E高表达时EMT相关蛋白波形蛋白(Vimentin)的表达升高(t=11.83、5.927,均P<0.05),而E-钙黏蛋白(E-cadherin)表达降低(t=2.848、8.599,均P<0.05),免疫荧光实验得到了相同的结果(t=6.577、7.843、12.48、4.406,均P<0.05).Transwell实验显示eIF4E的高表达增强了乳腺癌细胞迁移和侵袭能力(t=13.81、8.9、15.27、4.954,均P<0.05).结论:乳腺癌eIF4E表达通过促进EMT来影响免疫细胞的浸润.
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编辑人员丨2024/8/10
