目的:通过生物信息学分析卵巢透明细胞癌(OCCC)特异性标志物及免疫浸润特征.方法:从GEO数据库下载OCCC相关基因表达数据,筛选OCCC与其他病理类型卵巢癌之间差异表达基因.应用LASSO及SVM-RFE两种机器学习方法筛选OCCC相关关键基因,并通过受试者工作特征曲线(ROC)评估关键基因的诊断价值.应用CIBERSORT对OCCC相关免疫细胞浸润特征以及关键基因与免疫细胞浸润相关性进行分析.结果:OCCC及其他病理类型卵巢癌之间共检出16 个显著上调基因和2 个显著下调基因.GO及KEGG富集结果提示,差异基因与离子跨膜转运、DNA复制及恶性肿瘤等功能相关.通过两种机器学习的方法,筛选出FXYD2 基因作为OCCC特征生物标志物.实验组及验证组中 FXYD2 基因 ROC 曲线 AUC 分别为 0.999(95％CI 为 0.992～1),0.957(95％CI为0.883～1).免疫细胞浸润分析结果显示,与其他病理类型的卵巢癌相比,OCCC中静息肥大细胞免疫浸润程度显著升高.FXYD2 基因与T细胞CD4 记忆激活(R=-0.24,P=0.016),巨噬细胞M0(R=-0.22,P=0.026)呈负相关,与嗜酸性粒细胞正相关(R=0.2,P=0.043).结论:OCCC中FXYD2 基因表达水平高于其他类型卵巢癌,OCCC中可能存在异常的炎症反应、细胞免疫及体液免疫相关抑制.

背景:脊髓损伤后常伴随肌肉萎缩的发生,但是它的基本机制仍然不是十分清楚.目的:旨在探讨脊髓损伤后肌肉萎缩的分子生物学机制.方法:分析基因表达数据库中的脊髓损伤后肌肉萎缩的基因谱GSE45550.基因表达谱GSE45550包括对照组(脊髓损伤前)、实验组1(脊髓损伤后3 d)、实验组2(脊髓损伤后8 d)、实验组3(脊髓损伤后14 d).组织为SD大鼠的比目鱼肌,每组6例.随后对4组样本数据进行差异基因分析、GO分析、通路分析.结果与结论:确定了2513个差异表达基因,其中Wnt16、Obfc1、Ufd1l、LOC100361067、Hhatl、Fxyd1、Psmc4、Tasp1、Mettl21c、Ufd1l差异表达最显著.GO分析显示差异基因的主要生物学过程为biological_process、G蛋白偶联受体信号通路、对药物的反应、DNA依赖性转录、DNA依赖性转录的正调节、氧化还原过程、泛素依赖性蛋白分解代谢过程、凋亡过程、RNA聚合酶转录的正调控及脂肪酸 β-氧化.信号通路如MAPK信号、细胞凋亡、柠檬酸循环(TCA循环)可能起到重要的作用.研究比较完整地揭示了脊髓损伤后肌肉萎缩基因谱的差异表达基因和所涉及的生物学过程和信号通路,其中Wnt16可能是脊髓损伤后肌肉萎缩中的关键基因,为未来的治疗进展提供分子靶点.

目的:通过数据挖掘分析ATP1A1在肾透明细胞癌中的表达及意义.方法:通过Oncomine数据库检索关于ATP1A1的mRNA信息, 采用The Human Protein Atlas分析ATP1A1蛋白在正常肾组织和肾透明细胞癌中表达情况, GEPIA网站中TCGA数据对ATP1A1低表达的肾透明细胞癌患者进行生存分析, Meth HC数据库分析ATP1A1甲基化水平和蛋白相互作用, 利用String-DB数据分析ATP1A1与上下游蛋白的相互作用.结果:肾透明细胞癌 (Clear cell Renal Cell Carcinoma, cc RCC) 组织中ATP1A1的mRNA表达水平较正常对照组明显降低.免疫组化结果证实ATP1A1蛋白质表达变化与mRNA相似.TCGA数据中得出ATP1A1低表达患者的总体生存期明显短于高表达组患者.此外, ATP1A1基因启动子区在肾透明细胞癌中的甲基化水平明显高于正常肾组织中.同时, ATP1A1与ATP1B1、FXYD2、ATP1B2等蛋白可能存在相互作用.结论:大数据分析结果表明ATP1A1在肾透明细胞癌中低表达, 并与其发生发展相关, 可能作为其潜在的治疗靶点.

目的 使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)探究阿尔茨海默病(AD)在不同病情分级下基因的协同共表达,寻找与阿尔茨海默病发病有关的关键基因.方法 从GEO数据库下载GSE1297表达谱数据,根据基因的相关性,构建基因共表达模块,并计算模块基因与临床信息的相关性,选取与临床表型显著相关的模块使用Matescape数据库进行下游GO与KEGG富集分析,同时对模块内GS和MM的相关性进行分析,并使用Cytosacpe绘制共表达网络图,筛选枢纽基因.结果 根据基因表达的相关性,发现8个共表达模块,其中模块Green(MEgreen)和模块Turquoise(MEturquoise)与临床简易智力状态检查(MMSE)评分、临床病情分级显著相关,MEturquoise与神经元纤维缠结(NFT)评分显著相关,共表达网络发现ATRNL1、SV2A、FXYD7、SYNGR3、MDH1、TBC1D9、UCHL1、NGFRAP1等基因在网络中处于核心的地位.结论 ATRNL1、SV2A、FXYD7、SYNGR3等基因可能在AD疾病发生发展中扮演重要的角色.

目的 探讨脾虚湿阻证大鼠离子转运功能变化及薏苡仁健脾利湿作用机制.方法 通过游泳致劳联合特制饲料方法构建脾虚湿阻证动物模型,将模型大鼠随机分为6组,除模型组外其余各组分别采用薏苡仁水煎液(6.25 g/kg)及不同组分(薏苡仁油287.5 mg/kg、薏苡仁多糖911.3 mg/kg、薏苡仁蛋白281.3 mg/kg、薏苡仁淀粉1798.1 mg/kg)每日灌胃1次进行干预,另取10只正常大鼠为对照组.干预14 d后,采集小肠标本,以Agilent公司全基因组表达谱芯片检测大鼠肠道全基因表达,筛选模型组和对照组离子转运功能(ion transport)差异基因后,对各组差异基因进行主成分分析和聚类分析,并对主成分分析的载荷和得分进行Bi分析.结果 模型大鼠与对照大鼠离子转运功能差异基因为38条;对差异基因主成分分析的载荷和得分进行Bi分析,其二维投影显示模型组与对照组最远,与样本聚类结果一致,而采用薏苡仁不同组分治疗后,各治疗组均处于模型组和对照组之间;从其差异基因的作用权重来看,各差异基因作用效果不同,位居前10的是Atox1、Slc5a4、Slc40a1、Slc5a1、Slc11a2、Cftr、Fxyd5、Cacna1i、Kcnj13、Atp5d,而这些差异基因在聚类分析中也多处于同一类.结论 模型大鼠肠上皮细胞存在明显离子转运功能家族基因改变,薏苡仁的不同组分、尤其是油组分和蛋白组分在离子转运功能上作用效果较强,溶质载体Slc家族是其发挥健脾利湿作用的主要靶点,Atox1和Cftr也在健脾利湿中发挥了重要作用.

目的 检测FXYD6蛋白在肝细胞癌组织及其癌旁组织中的表达,并分析其临床病理学意义.方法 回顾性收集沧州市中心医院2012年3月至2018年1月期间的根治性切除的肝细胞癌蜡块80例及其癌旁组织40例,采用免疫组织化学链酶亲和素-生物素-过氧化物酶复合法(SABC)检测FXYD6蛋白的表达情况,并分析FXYD6蛋白表达与肝细胞癌患者的临床病理学特征、术后早期复发及生存时间的关系.结果 FXYD6蛋白在肝细胞癌组织中的表达阳性率高于癌旁组织[77.5％(62/80)比40.0％(16/40),P＜0.001].FXYD6蛋白在肝细胞癌组织中的表达与性别、年龄、肿瘤分化程度、肿瘤最大径、肿瘤数目、术前AFP水平和HBV或HCV感染均无关(P＞0.05),而与肿瘤包膜完整性、微血管侵犯和TNM分期均相关(P＜0.05).FXYD6蛋白表达阳性组的早期复发率高于阴性表达组[53.2％(33/62)比16.7％(3/18),P=0.006],然而多因素分析结果显示,FXYD6蛋白表达不是早期复发的独立危险因素(P=0.422).FXYD6蛋白表达阳性组的术后生存情况差于阴性表达组(P=0.043),然而多因素分析结果显示,FXYD6蛋白表达不是总体生存的独立危险因素(P=0.754).结论 FXYD6蛋白在肝细胞癌组织中高表达,可能参与肝细胞的癌变及其进展,可能是肝细胞癌患者的一个不良预后因素.

目的 检测FXYD3在宫颈鳞癌患者组织中的表达,并分析其与患者临床病理参数的关系.方法 分别通过GEPIA数据库及癌症基因组图谱(TCGA)门户网站UALCAN分析FXYD3在正常宫颈组织及宫颈鳞癌组织样本中的表达情况,使用cBioPortal在线软件预测分析FXYD3共表达基因,并通过ImageGP在线软件进行信号通路富集分析;STRING网站进行FXYD3蛋白互作共表达分析.收集2015年9月至2018年1月郑州市妇幼保健院就诊的65例宫颈鳞癌组织标本及50例因子宫肌瘤手术切除的正常宫颈组织标本,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测各组FXYD3 mRNA的表达水平;免疫组化染色法检测FXYD3蛋白的表达水平,并分析其与宫颈鳞癌患者临床病理参数及预后的关系.结果 数据库、qRT-PCR及免疫组化分析结果显示,宫颈鳞癌组织中FXYD3的表达水平[8.921(8.287,9.400)、10.244(9.569,10.749)、1.68±0.32、63.08％]均显著高于正常宫颈组织[0.995(0.346,5.837)、3.269(2.720,7.820)、1.00、28.00％],差异有统计学意义(Z分别为0.205、-6.107,t=15.011,χ2=13.935;P均<0.05);FXYD3的表达与宫颈鳞癌组织类型、临床分期及淋巴结转移有关(χ2分别为7.934,8.737,11.274,P均<0.05),FXYD3蛋白阳性表达患者的平均生存时间(OS)显著低于阴性表达患者(38.12个月vs 53.56个月,χ2=5.485,P=0.019).通过STRING网站在线绘制FXYD3蛋白互作网络图,并根据相关性评分分析证实相关性较强的前5个蛋白质分别为ATP1B1、ATP1B2、ATP1B3、ATP1A1、ATP1A2.通过cBioPortal数据库预测与FXYD3共表达基因417个;Enrichr网站通路富集分析结果显示,FXYD3共表达基因富集到的主要通路包括T细胞受体、B细胞受体、白细胞介素-17、趋化因子信号通路,氧化应激信号通路,非小细胞肺癌、膀胱癌等癌症信号通路,蛋白质水解、核黄素代谢、核酸合成代谢等信号通路.结论 宫颈鳞癌组织中FXYD3的表达升高,且与患者组织类型、临床分期、淋巴结转移及预后有关,对宫颈鳞癌发生和预后有一定的监测价值.

目的 筛选并分析孕中期羊水游离RNA(AfcfRNA)中的泌尿系统发育关键基因.方法 从GEO数据库获取胎儿AfcfRNA的芯片检测数据.对56例AfcfRNA的芯片检测结果进行基因共表达网络(WGCNA)分析,建立共表达网络模块.从Human Protein Atlas数据库中筛选在泌尿组织中表达量高于平均表达量10倍的基因为泌尿组织特异基因.以泌尿组织特异基因和共表达模块为基础,建立泌尿系统特异基因共表达模块.对泌尿组织特异共表达模块中的基因进行GO分析,阐述其生物学功能.利用STRING数据库进行基因编码蛋白的蛋白—蛋白相互作用网络分析,设定combine_score为150、degree为20,并删除表达量偏低(

目的 探究米诺地尔对血管平滑肌细胞迁移及高血压相关基因离子转换调节器5(FXYD5)表达的影响.方法 体外培养人主动脉血管平滑肌细胞(HASMC),并分为空白组(正常培养HASMC细胞)及低、中、高剂量实验组(分别加入含终浓度为0.1,0.5和1.0 mmol·L-1米诺地尔溶液的不含胎牛血清、含90％高糖的DMEM培养基).用划痕实验检测各组HASMC细胞的迁移能力,用蛋白质印迹法检测FXYD5、N-钙黏附蛋白(N-cadherin)、Ras同族体基因家族成员A(RhoA)和Rho激酶1(ROCK1)蛋白的表达情况.结果 中、高剂量实验组和空白组的划痕愈合率分别为(45.96±6.85)％,(30.15±4.38)％和(78.94±9.76)％,FXYD5蛋白相对表达水平分别为0.53±0.08,0.16±0.03和1.13±0.16,N-Cadherin蛋白相对表达水平分别为0.45±0.08,0.20±0.03和0.98±0.15,RhoA蛋白相对表达水平分别为0.47±0.08,0.20±0.03和1.06±0.16,ROCK1蛋白相对表达水平分别为0.77±0.12,0.36±0.05和1.25±0.19.中、高剂量实验组的上述指标与空白组比较,差异均有统计学意义(均P<0.05).结论 米诺地尔可通过下调FXYD5表达,抑制RhoA/ROCK通路活化,从而实现对血管平滑肌细胞增殖和迁移的抑制作用.

目的 探讨SPH3127的降压效果和保护血管内皮的机制.方法 雄性SD大鼠80只分为假手术组、模型组、SPH3127高剂量组(20 mg/kg)、SPH3127低剂量组(10 mg/kg).测量收缩压(SBP),检测白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、内皮型一氧化氮合酶(eNOS)、炎症损伤情况.人脐静脉内皮细胞(HUVECs)分为对照组,AngⅡ(1μmol/mL)组,SPH3127(10 nmol/mL)组,检测增殖迁移能力,eNOS和FXYD1的mRNA表达水平.结果 SPH3127干预组血压降低,血管内膜完整性升高,IL-6、TNF-α表达降低、eNOS升高,高剂量组较明显(P<0.05);HUVECs的增殖迁移能力上升,FXYD1、eNOS mRNA表达水平升高(P<0.05).结论 SPH3127降低大鼠血压;通过抑制炎症,促进FXYD1表达,对血管内皮起到一定的保护作用.