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糖原贮积病Ⅱ型GAA基因变异特点及基因型与表型的关系
编辑人员丨6天前
目的:探讨糖原贮积病Ⅱ型患者酸性α-葡萄糖苷酶(GAA)基因变异特点及基因型与表型的关系,并根据健康儿童GAA基因变异携带率推断理论发病率。方法:回顾性分析2010年1月至2020年5月广州市妇女儿童医疗中心确诊的18岁前起病的57例糖原贮积病Ⅱ型患者的临床资料及GAA基因分析结果,采用荧光底物法检测外周血淋巴细胞或干血斑中GAA活性,采用Sanger测序法进行GAA基因变异分析。以2 395名健康儿童全外显子测序中GAA基因检测计算GAA基因变异携带率。组间率的比较采用χ2检验。结果:57例患儿中男26例,女31例。婴儿型患者28例,主要表现为进行性全身肌无力及心肌肥厚,发病年龄(2.5±1.4)月龄,确诊年龄(5.0±3.0)月龄,其中26例于1岁内死亡。晚发型患者23例,表现为肌无力、呼吸困难等,发病年龄(12.0±5.0)岁,确诊年龄(17.0±7.5)岁,7例诊断时已出现呼吸衰竭。非典型婴儿型6例,1岁左右发病,表现为肌无力伴肥厚性心肌病,诊断年龄为2.5~7.0岁。GAA基因分析显示,57例患者共检出47种变异,其中3种错义变异c.797C>T、c.1109G>A及c.1757C>T为可能致病新变异。c.1935C>A(25/114,21.9%)和c.2238G>C(15/114,13.2%)为较常见变异,57.1%(16/28)婴儿型患者检出c.1935C>A的纯合或复合杂合变异,65.2%(15/23)晚发型患者携带c.2238G>C。c.796C>T及c.1082C>T多见于非典型婴儿型。在28例婴儿型患者中,26例(92.9%)至少携带1个错义变异。健康儿童GAA基因致病变异携带率为24/2 395,推测该病的理论发病率为1/40 000。患者组GAA变异谱与健康儿童携带的GAA变异谱基本一致,假性缺陷变异c.1726G>A 和c.2065G>A 纯合子检出率在患者组分别为26.3%(15/57)和35.1%(20/57),在健康儿童组分别为1.7%(40/2 395)和3.9%(94/2 395),两组比较差异均有统计学意义(χ2=151.2、121.9,均 P<0.01)。 结论:糖原贮积病Ⅱ型临床表现呈连续的临床谱特征,少数患者为非典型婴儿型。常见的2种变异c.1935C>A和c.2238G>C分别与婴儿型及晚发型有关,c.796C>T及c.1082C>T多见于非典型婴儿型。绝大多数婴儿型患儿因携带1个错义变异推测为交叉反应性免疫物质阳性。糖原贮积病Ⅱ型理论发病率约1/40 000。
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编辑人员丨6天前
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广州新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症基因型与酶活性关联分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)基因型与新生儿筛查干血斑G6PD酶活性的关联。方法:采用简单随机抽样,以干血斑荧光定量法筛查结果G6PD<2.6U/g Hb为阳性,对广州市妇女儿童医疗中心新生儿筛查中心2016年10月1至20日G6PD筛查阳性的377例(男261例,女116例)及筛查阴性258例(男性32例,女性226例)样本,采用荧光PCR熔解曲线技术检测15种G6PD基因型,酶活性显著降低但常见基因型未检出者采取简单随机抽样方法抽取7例行G6PD基因测序。各基因型携带者酶活性多组间差异采用方差分析,LSD法进行组内两两比较。结果:c.1388G>A(35.07%)、c.1376G>T(32.13%)、c.95A>G(12.72%)、c.871G>A(8.32%)、c.1024C>T(4.08%)、c.392G>T(2.28%)为最常见变异,占检出位点94.62%(580/613);酶活性异常男性常见基因型检出率为96.93%(253/261),常见基因型异常样本中酶活性异常率为98.06%(253/258),顺位比前三位:c.1376G>T、c.95A>G 、c.1388G>A,酶活性均值分别为0.85、1.10、1.28 U/g Hb,组间差异有统计学意义( F=28.7, P<0.01);酶活性异常女性样本常见基因型异常检出率为90.52%(105/116)。单位点变异样本组中G6PD酶活性异常率为26.95%(69/256),酶活性均值(2.9±0.8) U/g Hb,2个及2个以上位点变异样本组酶活性异常率为83.72%(36/43),酶活性均值(1.5±1.0) U/g Hb,此两组间比较差异有统计学意义( t=8.6, P<0.01)。 结论:基因型(男性)及基因变异数(女性)可能是引起酶活性降低的主要原因,新生儿筛查干血斑G6PD酶活性可检出绝大多数男性患者、2个以上变异女性携带者及少部分女性单位点变异携带者,可为预防新生儿黄疸及临床指导用药提供依据。
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编辑人员丨6天前
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多巴胺β羟化酶和去甲肾上腺素转运体基因多态性与惊恐障碍的关联分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨惊恐障碍与多巴胺β羟化酶(dopamine-β-hydroxylase,DβH)和去甲肾上腺素转运体(norepinephrine transporter,NET)基因多态性的关系。方法:采用DSM-Ⅳ轴Ⅰ结构式临床访谈选取139例惊恐障碍患者(惊恐障碍组)和196例正常健康对照(对照组)。采用imLDRTM多重单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分型试剂盒对所有样本进行6个SNP位点分型,采用SPSS 16.0和PLINK比较等位基因频率及基因型分布差异。结果:(1)惊恐障碍组在NET rs5569多态性上携带G等位基因(76.3%)高于正常对照组(68.4%),携带A等位基因(23.7%)少于对照组(31.6%),差异有统计学意义(χ 2=4.986, OR=0.67,95% CI=0.47~0.95, P<0.05),而多重校正后差异无统计学意义( P>0.05)。(2)加性模型显示惊恐障碍组与正常对照组在NET rs5569多态性各基因型上差异有统计学意义( OR=0.68,95% CI=0.48~0.96, P<0.05);隐性模型显示惊恐障碍组与正常对照组在DβH rs1611114多态性的基因型上差异有统计学意义( OR=0.42,95% CI=0.18~0.96, P<0.05),但多重校正后均差异无统计学意义( P>0.05)。(3)无论是等位基因还是基因型,惊恐障碍组与正常对照组在DβH(rs129882、rs1611114、rs1611115)和NET(rs2242446、rs28386840)基因多态性上均差异无统计学意义(均 P>0.05)。 结论:DβH和NET基因多态性与惊恐障碍可能不存在关联。
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编辑人员丨6天前
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海南省新生儿G6PD缺乏症筛查十年回顾分析
编辑人员丨6天前
目的:寻找海南省人群葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症发病情况和基因突变特点。方法:对海南省2007至2016年出生的914 520名新生儿的干血斑使用荧光斑点法进行G6PD活性筛查。初筛可疑标本召回使用G6PD/6-磷酸葡萄糖脱氢酶(6GPD)比值法进行确诊,对2016年确诊为G6PD缺乏的患儿的3 012份干血斑使用多色探针荧光PCR熔解曲线法进行基因分型。结果:海南省10年间在914 520例新生儿中初筛阳性36 314例,确诊了26 370例G6PD缺乏,发病率为2.88%(26 370/914 520)。以民族划分,汉族人群G6PD发病率2.80%(21 688/774 555)。黎族人群发病率3.45%(4 292/124 419),黎族和汉族发病率比较,差异具有统计学意义(χ 2=161.261, P=0.000)。苗族人群发病率3.31%(212/6 401),苗族和汉族发病率相比较差异具有统计学意义(χ 2=6.104, P=0.013)。其他民族人群发病率为1.95%(178/9 145),与汉族发病率相比较差异具有统计学意义(χ 2=24.283, P=0.000)。在3 012例G6PD确诊病例中共检出13种基因突变,其中c.1376 G>T、c.1388 G>A、c.95 A>G和c.1024 C>T突变合并约占91.74%。其中经基因测序发现16种基因型以外的2种突变,即c.86C>T和c.1311C>T。 结论:海南省新生儿人群G6PD发病率高,G6PD发病有民族和地域差异。海南省人群基因突变主要以c.1376G>T、c.1388G>A、c.95 A>G和c.1024 C>T为主。
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编辑人员丨6天前
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中国莱姆病螺旋体PD91外膜蛋白A肽段的克隆表达及其免疫保护性的初步研究
编辑人员丨6天前
目的:克隆并表达中国莱姆病螺旋体基因型代表菌株伽氏疏螺旋体( Borrelia garinii, B. garinii)PD91外膜蛋白A(OspA)的126~274 aa肽段,并对其免疫保护性进行初步研究。 方法:采用聚合酶链反应(PCR)扩增 B. garinii PD91的126~274 aa OspA肽段基因,克隆至原核表达载体pET-30a上,构建pET-30a-OspA-pep重组质粒,转入大肠埃希菌感受态细胞BL21(DE3)中,利用IPTG诱导表达,表达产物用Ni-IDA树脂层析纯化,采用Western blot分析其免疫原性。将不同剂量的重组OspA-pep(rOspA-pep)蛋白(20、30、40、50、60、80、100 μg)免疫新西兰家兔,采用间接免疫荧光法(IFA)检测免疫前后的抗体滴度,选取产生抗体滴度最高的剂量组为最佳剂量组。用最佳剂量组的免疫兔血清进行体外中和试验以检测rOspA-pep蛋白免疫后血清抗体的体外杀菌能力,同时用最佳剂量的rOspA-pep蛋白免疫新西兰家兔,观察其抗体滴度变化。 结果:重组质粒pET-30a-OspA-pep构建成功并在宿主菌体内高效表达。Western blot表明rOspA-pep蛋白与 B. garinii PD91的多抗有明显的免疫应答。IFA检测结果表明rOspA-pep蛋白免疫后的兔血清IgG抗体滴度明显升高(最高可达1∶2 480),40 μg为rOspA-pep的最佳免疫剂量。体外中和试验结果表明该剂量rOspA-pep蛋白免疫家兔后产生的抗体对10 6个/ml的 B. garinii和阿弗西尼疏螺旋体( Borrelia afzelii, B. afzelii)型代表菌株PD91和FP1的中和率达100%,对10 7个/ml的FP1的中和率为100%,对10 7个/ml的PD91的中和率为60%。用40 μg rOspA-pep在1 d和30 d免疫新西兰家兔2次后,其抗体达到高峰,持续时间为3~4个月,之后抗体滴度逐渐下降。 结论:中国莱姆病螺旋体基因型代表菌株 B. garinii PD91的126~274 aa OspA肽段具有较好的免疫原性,其诱导的抗体有较好的体外中和能力,可作为中国二代亚单位疫苗的候选成分。
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编辑人员丨6天前
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广西壮族自治区新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:了解广西壮族自治区(简称广西)新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症发病情况以及基因携带情况,为临床遗传咨询及精准诊断提供理论依据。方法:以广西新生儿疾病筛查中心2017年1月至2018年12月行G6PD筛查的63 606例新生儿作为研究对象,采集足跟血制备干血斑。初筛采用荧光定量分析法,对初筛阳性新生儿进行电话召回;进一步确诊采用G6PD/6-磷酸葡糖酸脱氢酶(6PGD)比值法和基因检测,对初筛阳性新生儿两种方法的确诊率进行比较分析,以及进行基因突变检测。结果:63 606例行G6PD初筛的新生儿中,检出G6PD阳性新生儿4 267例,初筛阳性率为6.7%。其中,男、女性G6PD初筛阳性率分别为10.3%(3 508/33 988)、2.6%(759/29 618),男性初筛阳性率明显高于女性( P < 0.01)。对召回的同时行G6PD/6PGD比值法和基因检测的777例新生儿(男性519例、女性258例)进行比较分析,男性新生儿两种方法的确诊率一致,均为95.6%(496/519)。女性新生儿中,G6PD/6PGD比值法、基因检测分别检出确诊病例168、236例,确诊率分别为65.1%(168/258)、91.5%(236/258)。基因突变检测结果表明,广西5种常见基因型分别为c.1388 G>A、c.1376 G>T、c.95 A>G、c.871 G>A、c.1024 C>T。 结论:广西新生儿G6PD初筛阳性率较高。对初筛阳性的女性新生儿建议同时行G6PD/6PGD比值法和基因检测确诊,以避免漏诊和误诊的发生。
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编辑人员丨6天前
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新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症筛查及基因突变特征分析
编辑人员丨1个月前
目的:探讨贵阳地区新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症发病情况和基因突变特点。方法:选择2020年9月1日至2022年6月30日在贵阳市所有助产机构出生,并进行G6PD筛查的89 715例活产新生儿为研究对象。采集其足跟血滤纸干血斑标本(DBS),采用荧光分析法定量初筛G6PD活性。对于G6PD≤27 U/dL的G6PD缺乏症初筛呈阳性新生儿,召回至贵阳市新生儿疾病筛查中心,采集空腹肘静脉血1~2 mL,采用G6PD/6-磷酸葡萄糖脱氢酶(6PGD)比值法与多色探针荧光熔解曲线(MMCA)法基因突变检测,进行新生儿G6PD缺乏症诊断。本研究经贵阳市妇幼保健院伦理委员会批准(科研伦理审查批件2021-56号),并与新生儿监护人签订临床研究知情同意书。结果:本研究89 715例新生儿中,G6PD缺乏症初筛阳性率为1.40%(1 254/89 715),其中男性新生儿的初筛阳性率为1.85%(888/47 983),女性为0.88%(366/41 732),男性新生儿G6PD缺乏症初筛阳性率显著高于女性,并且差异有统计学意义(χ2=153.52,P<0.001)。这1 254例G6PD缺乏症初筛阳性新生儿的召回复查率为74.96%(940/1 254)。940例被召回复查新生儿中,被确诊为G6PD缺乏症者为895例,召回确诊率为95.21%(895/940),其中男性确诊率为98.10%(673/686),女性为87.40%(222/254);经G6PD/6PGD比值法被确诊为G6PD缺乏症者为694例,召回确诊率为73.83%(694/940),其中男性确诊率为82.51%(566/686),显著高于女性的50.39%(128/254),并且差异有统计学意义(χ2=98.94,P<0.001);经MMCA法基因突变检测被确诊为G6PD缺乏症者为846例,召回确诊率为90.00%(846/940),其中男性确诊率为95.48%(655/686),显著高于女性的75.20%(191/254),差异有统计学意义(χ2=84.74,P<0.001)。846例经基因突变检测确诊为G6PD缺乏症新生儿中,G6PD基因单一突变型为13种和复合杂合突变为6种,排名前4位G6PD基因热点突变类型依次为c.1024C>T(235例,占27.78%),c.1388G>A(205例,占24.23%),c.95A>G(163例,占19.27%),c.1376G>T(152例,占17.97%)。结论:贵阳地区新生儿G6PD缺乏症初筛阳性者中,召回复查率较低。该地区G6PD缺乏症新生儿排名前4位的G6PD基因突变类型以c.1024C>T、c.1388G>A、c.95A>G、c.1376G>T为主。开展G6PD活性筛查及相关诊断检测,有利于新生儿G6PD缺乏症的早诊断、早治疗。
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编辑人员丨1个月前
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基于铁死亡相关基因骨肉瘤预后模型的构建与验证
编辑人员丨2024/3/16
目的 基于铁死亡相关基因(FRG)构建骨肉瘤(OS)预后模型,探讨FRG在OS中的表达及与患者预后的关系.方法 通过生物信息学方法从UCSC Xena数据库中获取88例OS患者的转录组测序数据和其中85例患者的临床资料,与基因型-组织表达(GTEx)数据库中获取的396例正常骨组织样本合并,从FerrDb数据库中获取FRG,从合并后的数据中进行差异分析并提取差异表达的FRG.采用基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析探索OS中FRG的生物学功能.采用单因素Cox与Lasso回归模型筛选预后相关基因并构建预后预测模型.采用受试者工作特征(ROC)曲线分析预后模型的预测价值.采用单因素及多因素Cox回归模型分析OS患者预后的独立影响因素.采用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测预后相关FRG在人成骨细胞hFOB1.19与OS细胞系U2OS、MG63中的表达情况.结果 共获得57个差异表达的FRG.GO与KEGG富集分析发现这些差异基因主要富集在缺氧反应、线粒体外膜、铁离子结合等生物学反应和线粒体自噬、化学致癌-活性氧以及铁死亡等途径.应用单因素Cox及Lasso回归模型共筛选出9个预后相关的FRG来构建预后模型,分别为酰基辅酶A合成酶家族成员2(ACSF2)、芳香烃受体核转运因子样蛋白(ARNTL)、B细胞淋巴瘤/白血病-2相互作用蛋白3(BNIP3)、脂肪酸去饱和酶2(FADS2)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)、磷酸葡萄糖酸脱氢酶(PGD)、细胞因子信号转导抑制因子1(SOCS1)、转化生长因子β受体1(TGFBR1)、血管内皮生长因子A(VEGFA).ROC曲线和生存分析证实这9个FRG构建的风险模型对OS患者的生存情况具有较好的预测价值.单因素和多因素分析结果显示,转移和风险评分均是OS患者预后的独立影响因素(P<0.01).qPCR结果显示,U2OS和MG63细胞中FADS2 mRNA相对表达量均高于hFOB 1.19细胞,差异均有统计学意义(P<0.05);MG63细胞中ACSF2 mRNA相对表达量高于hFOB1.19细胞,差异有统计学意义(P<0.05).结论 本研究成功构建了基于 FRG 的 OS 预后模型,发现 A CSF2、ARNTL、G6PD、PGD、FADS2、SOCS1、BNIP3、TGFBR1、VEGFA 等 9个FRG能够作为OS患者的预后生物标志物,可为OS患者的临床治疗和预后评估提供参考.
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编辑人员丨2024/3/16
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c.1365-13T>C和c.406C>T基因多态性与G6PD缺乏症发病风险的相关性研究
编辑人员丨2023/11/11
目的:探究广西人群G6PD基因c.1365-13T>C、c.406C>T位点遗传多态性与葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症发病风险的相关性,同时了解广西人群中这两个基因的携带和突变频率.方法:检测417例G6PD缺乏症患者和295例正常对照者的G6PD活性水平及c.1365-13T>C、c.406C>T位点基因多态性,分析两位点基因型、等位基因与G6PD活性水平的相关性,并用在线SHEsis软件分析两位点单倍型分布频率.结果:c.1365-13T>C位点CC基因型(P=0.001,OR=2.684)和C等位基因(P=0.002,OR=1.681)在G6PD缺乏患者中的分布频率均明显低于对照组,显性模型TT+TC vs CC(P=0.001,OR=2.694)分布频率明显高于对照组.c.406C>T位点基因型及等位基因在G6PD缺乏患者和对照组中分布频率差异均无统计学意义(P>0.05).单倍型分析结果显示,C-C、T-C和G6PD表达水平有显著相关性.G6PD缺乏患者中c.1365-13T>C TC基因型G6PD酶活性水平、MCV、MCH、MCHC平均值均明显大于TT基因型,RDW-CV平均值明显小于TT基因型;CC基因型G6PD酶活性水平明显低于TT基因型,MCV、MCH平均值均明显高于TT型(均P<0.05).c.406C>T TT基因型患者的HCT、MCV、MCH、RDW-SD平均值均明显高于CC基因型(均P<0.05).结论:G6PD c.1365-13T>C位点突变与G6PD活性水平降低存在相关性,值得进一步研究.
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编辑人员丨2023/11/11
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云南省盈江县傣族孕龄人群G6PD缺乏症的常见基因型筛查及临床特征
编辑人员丨2023/9/2
目的 分析云南省盈江县傣族人群葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症的筛查结果及基因型分布特征,为其防治提供科学理论依据.方法 采用荧光斑点法(FST)对盈江县傣族孕龄人群 416 例样本定量检测G6PD酶活性并用二代测序技术(NGS)进行G6PD基因型检测;对基因型与临床表型进行统计学分析.结果 使用G6PD酶活性检测 416 例样本,其阳性率为 22.12%,其中男性 27.42%,女性 17.83%,差异具有统计学意义(P<0.05);对 416 例样本进行NGS检测,检出 8 种常见基因突变类型:c.1311C>T、c.487G>A、c.1388G>A、c.392G>T、c.1376G>T、c.143T>C、c.1024C>T,c.1311C>T突变在盈江地区携带率为 33.17%.NGS和FST检测的阳性率分别为 53.13%和 22.12%.2 种方法的结果一致性较差(Kappa = 0.280).c.1311C>T突变酶活性多正常,如若不计c.1311C>T突变,2 种方法对于男性样本结果一致性较好(Kappa = 0.658)高于女性(Kappa = 0.233).结论 云南省盈江县傣族人群G6PD缺乏症携带率高,基因突变主要以c.1311C>T、c.487G>A、c.1388G>A、c.392G>T、c.1376G>T为主,c.1311C>T突变与G6PD酶活性多为正常.采用NGS能同时检测德宏州盈江县傣族常见的突变类型,明显提高检测的阳性率,FST对女性杂合和复合杂合突变均有漏检,对男性半合子突变有较高检出率.
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编辑人员丨2023/9/2
