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人类白细胞抗原Ⅰ、Ⅱ类等位基因及单倍体多态性与中国南方汉族白血病的相关性
编辑人员丨4天前
目的:探讨人类白细胞抗原(HLA)Ⅰ类(A、B、C)、Ⅱ类(DRB1、DQB1、DPB1)等位基因和单倍体多态性与中国南方汉族急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓系白血病(AML)以及慢性粒细胞白血病(CML)的相关性。方法:收集深圳市血液中心845例中国南方汉族白血病患者(323例ALL、350例AML及172例CML)和745名中国南方汉族健康献血者的外周血样本。应用聚合酶链反应反向序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-rSSO)及测序分型(PCR-SBT)方法对HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1进行基因分型,鉴定HLA等位基因前4位数。采用Arlequin 3.5软件分析HLA单倍体;从HLA低分辨水平(等位基因前2位数)及高分辨水平(等位基因前4位数)分别统计分析HLA等位基因和单倍体多态性与3种白血病的相关性。结果:经Bonferroni校正,ALL组A*02(36.22%比28.26%, χ2=13.41, PC<0.01)及其单倍体A*02-B*46-C*01(15.35%比10.23%, χ2=10.90, PC=0.02)、DRB1*12(15.79%比11.10%, χ2=9.02, PC=0.03)、A*02:03(9.75%比5.32%, χ2=14.25, PC=0.002)及其单倍体A*02:03-B*38:02-C*07:02(3.80%比1.51%, χ2=10.41, PC=0.02)的频率均高于对照组,是ALL易感因素;AML组A*11-B*15-C*08-DRB1*15-DQB1*06-DPB1*02的频率高于对照组(1.34%比0.07%, χ2=12.54, PC=0.003),是AML易感单倍体;CML组A*02(36.63%比28.26%, χ2=9.33, PC=0.02)及其单倍体A*02-B*15-C*04(2.17%比0.29%, χ2=11.74, PC=0.02)、DRB1*03:01-DQB1*02:01-DPB1*02:01(1.86%比0.14%, χ2=13.10, PC=0.01)的频率均高于对照组,是CML易感因素;CML组DRB1*13的频率低于对照组(1.45%比5.25%, χ2=9.29, PC=0.03),是CML拮抗基因。 结论:在HLA低分辨及高分辨水平发现了白血病易感或拮抗HLA等位基因和单倍体,可为探究中国南方汉族白血病发病机制并制订有效治疗策略提供参考。
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编辑人员丨4天前
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基于免疫微环境构建皮肤黑色素瘤的风险预测模型
编辑人员丨4天前
目的:分析皮肤黑色素瘤(SKCM)免疫微环境相关基因,筛选新的标志物以预测SKCM患者的预后。方法:癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载SKCM患者的公共测序数据,使用表达数据估计恶性肿瘤中的间质和免疫细胞(ESTIMATE)算法分析SKCM的免疫评分和基质评分,加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异表达分析筛选出与免疫微环境相关的关键基因,单因素和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归模型用来构建SKCM的风险预测模型。最后,单因素和多因素Cox回归分析评估风险预测模型的独立预后价值。结果:本研究通过单因素和LASSO回归分析,从173个免疫微环境相关的基因筛选出的5个(HLA-DRB1、XCL2、CCR1、HLA-DQB2和DERL3)基因,成功的构建了一种新的风险预测模型。基于风险预测模型分组的高危组患者总生存期(OS)显著短于低危组患者( P<0.01)。风险评分模型的独立预后分析证明其是独立预后指标[风险比( HR)=2.823,95%可信区间( CI):1.778~4.481, P<0.01]。 结论:HLA-DRB1、XCL2、CCR1、HLA-DQB2和DERL3基因构建的风险模型对SKCM具有较好的预后判断价值。
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编辑人员丨4天前
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T细胞表位模型和表达模型对非亲缘造血干细胞移植供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能评估
编辑人员丨4天前
目的:评估T细胞表位(TCE)模型和表达模型对人类白细胞抗原(HLA)相合非亲缘造血干细胞移植(MUD-HSCT)供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能。方法:回顾性分析2016至2019年陕西省血液中心进行HLA高分辨分型确认的MUD-HSCT供受者364例(182对)。182例受者中,男121例,女61例,年龄(26.3±14.2)岁;182例供者中,男148例,女34例,年龄(33.7±7.5)岁。应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS)技术和基于LABScan ? 3D 平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等进行HLA-A、B、C、DRB1、DQB1、DPB1基因高分辨分型,采用PCR-SBT进行单核苷酸多态性(SNP)分型,运用TCE模型和表达模型评估MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配模式和急性移植物抗宿主病(aGVHD)风险。 结果:检出26种HLA-DPB1等位基因及其3′-UTR rs9277534 SNP基因型,发现并正式命名2个新等位基因HLA-DPB1*1052∶01 和HLA-DPB1*1119∶01。HLA-DPB1基因总错配率达90.66%(165/182),TCE模型允许错配占47.80%(87/182),不允许错配占42.86%(78/182);移植物抗宿主(GvH)方向的不允许错配为13.73%(25/182),宿主抗移植物(HvG)方向的不允许错配为29.12%(53/182)。TCE模型中共有73对供受者符合表达模型评估标准,其中TCE允许错配组的受者DP5错配占34.25%(25/73),根据表达模型预测其移植后aGVHD风险为高风险;TCE不允许错配组的受者DP2错配占6.85%(5/73),受者DP5错配占10.86%(8/73),均被预测为aGVHD高风险。两种模型之间的整体一致性为27.27%,不一致性为16.97%。结论:TCE模型和表达模型是预测MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配风险的有效工具,综合应用两种模型有助于移植风险分层评估。
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编辑人员丨4天前
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应用国际间能力验证实验结果设立HLA抗体判定界限值及临床应用
编辑人员丨4天前
目的:通过美国组织相容性和免疫遗传学委员会(ASHI)组织的国际间能力验证(PT)结果,设立抗人类白细胞抗原(HLA)抗体的判定界限值。方法:在液相芯片(Luminex)技术平台采用Single Antigen试剂检测HLA抗体,回顾分析2012年至2019年间江苏省血液研究所HLA配型实验室参加ASHI组织的11次共55个质控样本的HLA抗体PT结果。结果:在79种HLA-Ⅰ类抗体中检测到HLA-A、B、Cw抗体21、43、15种类型;44种HLA-Ⅱ类抗体中检测到HLA-DRB1、DQB1、DPB1抗体18、7、19种类型。分析每个质控样本中本实验室上报的所有HLA抗体的中位荧光强度(MFI)值,以及ASHI汇总的同期多中心对该特异性抗体判断其阴/阳性结果的符合率,并以95%、90%、80%、79%~50%、<50%的符合率范围,将MFI值由高到低排列成HLA抗体可能饱和度值、阳性决定值、阳性判定界限值、可疑阳性参考值及可疑阴性参考值的区间,建立了本实验室HLA抗体的判定界限值表,其中42种HLA-Ⅰ类、Ⅱ类特异性抗体类型数据完整。当实验室检测HLA-Ⅰ类、Ⅱ类抗体的MFI值处于判定界限值表中80%及以上符合率时,可用于判断检测到HLA抗体。当HLA抗体的MFI值达到阳性决定值时可能对临床诊断及治疗有一定的指导意义。当抗体达到饱和值、处于可疑阳性或可疑阴性参考判定界限值时,可提示临床需要进行HLA抗体检测的动态随访。结论:通过国际间PT的实验结果制定实验室HLA抗体的判定界限值,并对实验结果的判读及临床诊断和治疗均有参考价值,故移植中心应重视HLA抗体检测的室间比对质量控制工作。
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编辑人员丨4天前
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脓毒血症患者急性肺损伤的差异基因表达分析
编辑人员丨4天前
目的:借助生物信息学分析脓毒血症患者急性肺损伤(ALI)的差异基因,为临床的进一步研究提供理论支持。方法:首先下载基因芯片数据集GSE10474,并使用limma包对数据进行了标准化处理,接着利用贝叶斯算法筛选脓毒血症和ALI的差异靶点基因并对其结果进行可视化处理,之后利用R的ClusterProfile包对所筛选出的差异基因进行功能注释(GO)和通路分析(KEGG),最后借助string数据库和cytoscape软件对差异基因进行蛋白互作网络分析并构建及识别网络中的核心驱动基因。结果:脓毒血症合并ALI组( n=13)和单纯脓毒血症组( n=21)数据经标准化处理前,其基线较为紊乱,而在进行标准化处理后,基线基本趋于一致。初步筛选出73个差异基因(45个上调基因和28个下调基因)。前10个差异基因中,上调基因为BTNL8、CDKN1A、TREM1、TAK1、H4FH,下调基因为CYBRD1、HOPX、UPB1、NME8、FAR2;且前10个差异基因在脓毒血症患者和脓毒血症合并ALI患者中的表达差异有统计学意义。GO富集分析可见这些差异基因主要富集在反式高尔基网络膜、细胞膜腔侧以及IRE1介导的未折叠蛋白反应中。KEGG分析其通路信号有3条,即ZAP-70酪氨酸激酶、CD3和TCR Zeta链的磷酸化以及PD-1信号通路。string数据库和cytoscape软件分析发现FCGR2B、HLA-DQB1、HLA-DRA、CD74、CD86、CD4、SEC31A与其他基因存在较强的互作关系。 结论:应用生物信息学可有效分析脓毒血症患者合并ALI的差异基因,为研究脓毒血症的发病机制提供一定方向。
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编辑人员丨4天前
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Human leukocyte antigen (HLA) A-C-B-DRB1-DQB1 haplotype segregation analysis among 2152 families in China and the comparison to expectation-maximization algorithm result
编辑人员丨4天前
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编辑人员丨4天前
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供受体HLA配型位点不相合的脐血移植对白血病患儿预后的影响
编辑人员丨4天前
目的:探究供受体人类白细胞抗原(HLA)配型位点不相合的脐血移植对白血病患儿预后的影响。方法:回顾性纳入苏州大学附属儿童医院2016年1月至2023年6月使用单份非亲缘脐血行首次造血干细胞移植的白血病患儿的临床资料,并收集供受体高分辨HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1和HLA-DQB1共5个位点的基因信息。在每个位点中,按照2条基因信息是否相合,分为相合组(2条基因完全匹配)和不相合组(有1条基因不匹配),在不同位点中,分别比较相合组与不相合组急性移植物抗宿主病(aGVHD)发生、复发、非复发死亡及生存的差异。使用多因素Cox回归分析总生存率的影响因素,使用Fine-Gray竞争风险模型分析其他结局事件的影响因素。结果:共纳入100例患儿,男55例,女45例,移植时患儿年龄[ M( Q1, Q3)]为3.9(2.0,6.5)岁。HLA-A位点的相合组55例,不相合组45例,相合组5年非复发死亡率(NRM)低于不相合组( P=0.024),相合组移植后100 d内aGVHD累积发生率低于不相合组( P=0.017),其他结局事件组间差异均无统计学意义(均 P>0.05);HLA-B位点相合组70例,不相合组30例,相合组5年累计复发率高于不相合组( P=0.027),其他结局事件组间差异均无统计学意义(均 P>0.05);HLA-C位点相合组79例,不相合组21例,2组结局事件差异均无统计学意义(均 P>0.05);HLA-DRB1位点相合组73例,不相合组27例,相合组5年总生存率高于不相合组( P=0.036),相合组5年累积复发率高于不相合组( P=0.028),相合组5年NRM低于不相合组( P=0.008),相合组移植后100 d内aGVHD累积发生率低于不合组( P=0.010),其他结局事件组间差异均无统计学意义(均 P>0.05);HLA-DQB1位点相合组68例,不相合组32例,2组结局事件差异均无统计学意义(均 P>0.05)。HLA-A位点不相合组发生aGVHD的风险高于HLA-A位点相合组( HR=1.25,95% CI:1.12~1.38);HLA-B位点不相合组复发的风险低于HLA-B位点相合组( HR=0.77,95% CI:0.63~0.91);与HLA-DRB1位点相合组相比,HLA-DRB1位点不相合组发生aGVHD的风险较高( HR=1.37,95% CI:1.26~1.48)、发生非复发死亡的风险较高( HR=1.39,95% CI:1.28~1.50)、死亡风险较高( HR=1.27,95% CI:1.18~1.36)。未发现HLA-C和HLA-DQB1位点与aGVHD的发生、复发、非复发死亡及生存的风险相关(均 P>0.05)。 结论:在脐血移植治疗儿童急性白血病中,供、受体HLA-A位点相合的患儿aGVHD的发生风险低于不相合的患儿;与HLA-DRB1位点不相合的患儿相比,HLA-DRB1位点相合的患儿发生aGVHD风险更低、5年NRM更低、死亡风险更低;HLA-B位点相合的患儿复发率高于不相合的患儿。
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编辑人员丨4天前
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烟台地区汉族人群HLA-Ⅱ类基因区五个基因位点多态性分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨烟台地区汉族人群人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)-DPA1、-DPB1、-DQA1、-DQB1、-DRB1五个位点基因分布多态性及基因型。方法:收集2020年6月至2020年12月烟台市中心血站检测合格的汉族无偿献血者外周血样本135例,利用下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术对入组人群进行HLA-DPA1、-DPB1、-DQA1、-DQB1、-DRB1五个位点基因检测和基因型分析,统计分析HLA-DPA1、-DPB1、-DQA1、-DQB1、-DRB1基因频率特点,并与其它地区人群基因分布进行比较。结果:在HLA-DRB1、DQA1、DQB1、DPA1、DPB1五个位点检出分布频率最高的等位基因分别是DRB1*09:01、DQA1*01:02、DQB1*03:01、DPA1*02:02、DPB1*05:01; 五个位点等位基因中,发现98种HLA-DRB1基因型,频率高于1.48%的有7种;66种HLA-DQB1基因型,频率高于1.48%的有14种;68种HLA-DQA1基因型,频率高于1.48%的有14种;36种HLA-DPB1基因型,频率高于1.48%的有13种;10种HLA-DPA1基因型,频率高于1.48%的有6种。烟台地区汉族人群HLA-DRB1*01:01基因频率明显高于南方汉族人群和沈阳汉族人群( χ2值分别为18.97,7.58, P值均<0.05),-DRB1*07:01、-DRB1*13:01基因频率仅明显高于南方汉族人群( χ2值分别为20.10,12.08; P值均<0.05),而HLA-DRB1*14:54基因频率则明显低于南方汉族人群( χ2=7.76, P<0.05),HLA-DQA1*02:01、-DQA1*05:08、-DQB1*02:02、-DQB1*05:01、-DQB1*06:02、-DQB1*06:03、-DQB1*06:04基因频率明显高于南方汉族人群( χ2值分别为20.93,13.26,12.45,4.95,8.30,10.64,6.53; P值均<0.05),HLA-DQA1*03:03、-DQA1*05:05基因频率明显高于沈阳汉族人群( χ2值分别为13.40,7.50; P值均<0.05),HLA-DQA1*05:03、-DQB1*05:02、-DQB1*06:01则明显低于南方汉族人群( χ2值分别为4.51,13.87,6.43; P值均<0.05),HLA-DPA1*01:03、-DPA1*02:07、-DPB1*02:01、-DPB1*04:02、-DPB1*17:01基因频率明显高于南方汉族人群( χ2值分别为18.34,10.72,254.85,5.11,13.83; P值均<0.05),HLA-DPA1*01:03、-DPB1*05:01基因频率明显高于沈阳汉族人群( χ2值分别为6.54,14.18; P值均<0.05),HLA-DPA1*02:02、-DPA1*04:01、-DPB1*02:02、-DPB1*05:01、-DPB1*13:01、-DPB1*21:01基因频率则明显低于南方汉族人群( χ2值分别为15.41,6.62,6.86,8.20,5.98,29.59; P值均<0.05),其他基因频率与南方及沈阳汉族人群差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:烟台地区汉族人群HLA-Ⅱ类基因区五个位点有其独特的基因频率和基因型分布。
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编辑人员丨4天前
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一例白血病患者HLA位点杂合性丢失的分析
编辑人员丨4天前
目的:分析1例白血病患者人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)杂合性丢失情况。方法:采用聚合酶链反应序列特异性寡核苷酸探针法和聚合酶链反应测序方法对患者移植后外周血、头发毛囊、口腔黏膜拭子及其父母外周血进行HLA分型。采用23位点短串联重复序列(short tandem repeat, STR)测定试剂盒和本实验室建立的HLA区域内的6个STR位点方法对患者移植后的外周血、口腔黏膜拭子及其父母外周血进行STR位点检测。结果:患者经父亲源单倍型造血干细胞移植后,外周血标本HLA基因型与父亲完全一致。患者头发毛囊标本HLA结果为HLA-A*02:01,24:02, C*03:03,03:04, B*13:01,15:01, DRB1*08:03,12:02, DQB1*03:01,06:01。口腔黏膜拭子为HLA纯合子,只存在父亲单倍型HLA-A*24:02-C*03:03-B*15:01-DRB1*08:03-DQB1*06:01,丢失了母亲单倍型HLA-A*02:01-C*03:04-B*13:01-DRB1*12:02-DQB1*03:01。患者移植后外周血23个STR位点与父亲完全一致。口腔黏膜拭子23位点短串联重复位点无丢失,但6号染色体上HLA区域的6个STR位点至少有4个发生了丢失。结论:发现1例单倍型造血干细胞移植白血病患者的口腔黏膜拭子发生HLA杂合性丢失。
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编辑人员丨4天前
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创伤性脑损伤后继发性1型发作性睡病1例
编辑人员丨4天前
1型发作性睡病是一种罕见的中枢神经系统疾病,一般认为是环境因素和遗传因素相互作用的结果。创伤性脑损伤(TBI)是继发性发作性睡病最常见的病因之一。目前国内外关于TBI后发作性睡病的报道非常少见。本例是国内报道的首例HLA-DQB1 *06:02阳性的TBI后1型发作性睡病患者。现将我院收治的这例患者的临床资料进行回顾性分析,旨在提高临床医师对该疾病诊断及其发病机制的认识。
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编辑人员丨4天前
