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MED8基因在脑胶质瘤中的表达及预后意义
编辑人员丨1周前
目的 通过CGGA和TCGA数据库,研究MED8基因在脑胶质瘤组织的表达与预后作用.方法 通过TIMER2.0在线分析工具对TCGA数据库内胶质瘤及正常组织MED8基因表达差异进行研究,并进一步利用HPA数据库比较胶质瘤与正常组织中MED8蛋白的表达差异情况.通过CGGA数据库获取胶质瘤患者样本的mRNAseq_693和mRNAseq_325测序数据及其临床数据,利用R软件进行临床相关分析,预后生存分析以及单、多因素COX回归分析,同时绘制ROC曲线评价MED8在胶质瘤患者预后的作用;运用GSEA富集分析MED8在脑胶质瘤中的功能,然后进行基因共表达相关性分析.结果 相较于正常组织,MED8在胶质瘤组织表达明显上调,同时,在胶质瘤组织中表达水平越高,胶质瘤患者预后越差,差异具有统计学意义(P<0.001).此外,本研究发现MED8可作为独立生物标志物预测胶质瘤患者预后.结论 在胶质瘤组织中MED8可能发挥促癌作用,MED8有望成为预测胶质瘤患者预后的新的生物标志物.
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编辑人员丨1周前
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多发性骨骺发育不良一个家系的基因变异鉴定与致病机制分析
编辑人员丨1周前
目的:明确1个多发性骨骺发育不良(MED)家系的基因变异及遗传学病因。方法:选取2020年9月13日于首都医科大学附属北京积水潭医院就诊的1个MED家系作为研究对象。收集该家系的临床资料,采集家系成员的外周血样,提取基因组DNA。对先证者进行全外显子组测序(WES)和生物信息学分析,确定变异位点,并通过Sanger测序法进行家系验证。分别构建 SLC26A2基因野生型和变异型表达质粒,瞬时转染人原代软骨细胞,应用免疫荧光技术与CCK8试剂检测变异对于蛋白定位和细胞增殖的影响。 结果:WES与PCR-Sanger检测发现先证者携带 SLC26A2基因复合杂合变异:c.484G>T(p.Val162Leu)和c.485_486delTG(p.Val162Glyfs*12),分别遗传自其父亲与母亲。免疫荧光检测结果显示变异型SLC26A2 Val162Leu和SLC26A2 Val162Glyfs*12蛋白在人原代软骨细胞的细胞核和细胞质中均有分布,细胞增殖检测结果显示变异型SLC26A2 Val162Leu和SLC26A2 Val162Glyfs*12蛋白均能减少人原代软骨细胞的增殖。 结论:SLC26A2基因c.484G>T和c.485_486delTG变异均可影响人原代软骨细胞的增殖,可能是导致先证者患MED的遗传学病因。
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编辑人员丨1周前
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转录辅激活因子Mediator 1调控小鼠皮肤毛发再生的作用机制研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨转录辅激活因子Mediator 1(Med1)对小鼠皮肤毛发再生的影响及可能机制。方法:将C57BL/6J品系来源的Med1 flox/flox小鼠与K14-Cre小鼠交配,通过Cre-Loxp系统获得Med1表皮特异性敲除小鼠,即表达K14-Cre的Med1 flox/flox小鼠(敲除组),不表达K14-Cre的Med1 flox/flox小鼠即为对照组,每组3只,共同饲养8周左右行背部脱毛实验,连续12 d观察毛发再生情况。12 d后,处死两组小鼠并切取其背部脱毛和未脱毛皮肤组织,提取组织总RNA,实时定量PCR检测毛发角蛋白基因、维生素D受体/β联蛋白通路相关基因、毛囊增殖与静息状态维持相关基因的表达。制备小鼠背部脱毛和未脱毛皮肤组织石蜡切片,免疫荧光染色检测小鼠皮肤毛囊隆突部位干细胞数量。组间比较采用两独立样本 t检验。 结果:脱毛后0 ~ 12 d,与对照组相比,敲除组小鼠脱毛区皮肤毛发再生延迟。实时定量PCR检测显示,敲除组脱毛皮肤组织中毛发角蛋白基因Ha1、Krt2-16及维生素D受体/β联蛋白通路相关基因S100a3、Dlx3、Tubb3和毛囊增殖与静息状态维持相关基因Lhx2、Sox9、Nfatc1 mRNA相对表达量(22.09 ± 12.32、2.07 ± 0.20、0.02 ± 0.01、12.36 ± 2.12、1.75 ± 0.46、0.39 ± 0.02、4.42 ± 0.76、0.44 ± 0.07)均显著低于对照组(70.53 ± 9.46、7.76 ± 0.49、0.05 ± 0.01、26.16 ± 2.96、2.60 ± 0.14、0.71 ± 0.09、11.93 ± 0.42、0.75 ± 0.04; t值分别为5.40、18.64、3.89、6.57、3.04、6.10、15.03、6.18,均 P < 0.05)。免疫荧光染色显示,无论在脱毛还是未脱毛皮肤组织中,敲除组毛囊隆突部位CD34 +K15 +毛囊干细胞数量均远低于对照组。 结论:Med1基因敲除可能通过下调维生素D受体/β联蛋白通路下游基因及毛囊增殖与静息状态维持相关基因Sox9、Nfatc1、Lhx2的表达,减少毛囊干细胞数量,导致毛囊分化障碍,毛发再生延迟。
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编辑人员丨1周前
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维奈克拉治疗复发/难治性慢性淋巴细胞白血病安全性的meta分析
编辑人员丨1周前
目的:评价维奈克拉单药或联合CD20单克隆抗体(单抗)治疗复发/难治性慢性淋巴细胞白血病(R/R CLL)的安全性。方法:检索PubMed、Embase、中国知网、万方医学网、维普网、中国生物医学文献数据库以及ClinicalTrials.gov、美国食品药品监理局和欧洲药品管理局等网站,收集结局指标包含安全性的维奈克拉单药或联合CD20单抗治疗R/R CLL的临床研究,提取安全性相关数据,采用R软件进行meta分析,效应量为相对风险比( RRR)及其95%置信区间( CI)。 结果:共纳入9项研究,全部为单臂临床研究(前瞻性研究8项,回顾性研究1项),共纳入819例患者,其中单药组719例,联合用药组100例。维奈克拉单药或联合CD20单抗最常见的不良事件为血液系统不良事件,3~4级中性粒细胞缺乏、血小板减少和贫血发生的风险分别为46.96%(95 %CI:40.27%~53.76%)、20.46%(95 %CI:14.79%~27.59%)和15.31%(95 %CI:10.30%~22.15%)。其他3~4级不良事件主要包括感染[17.79%(95 %CI:15.15%~20.77%)]、肿瘤溶解综合征[3.00%(95 %CI:1.75%~5.09%)]、高血糖[5.98%(95 %CI:3.80%~9.29%)]和低钾血症[4.27%(95 %CI:2.54%~7.08%)]。因为不良事件,28.82%(95 %CI:16.56%~45.24%)的患者中断维奈克拉治疗≥1次,17.19%(95 %CI:10.96%~25.94%)的患者降低维奈克拉剂量,9.56%(95 %CI:7.64%~11.89%)的患者永久停用维奈克拉,1.90%(95 %CI:0.86%~4.17%)的患者死亡。接受维奈克拉联合CD20单抗治疗的患者3~4级中性粒细胞减少发生风险和维奈克拉减量风险明显高于单用维奈克拉患者(57.00%比41.69%, RRR=1.36,95 %CI:1.12~1.66;38.18%比14.97%, RRR=2.55,95 %CI:1.48~4.39)。 结论:维奈克拉治疗R/R CLL的不良事件主要为血液系统不良事件,3~4级中性粒细胞减少发生风险超过40%。联用CD20单抗后,除3~4级中性粒细胞减少和因不良事件导致维奈克拉减量的风险明显增加外,其他不良事件发生风险并未增加。
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编辑人员丨1周前
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人蛋白质组芯片筛选宿主中与结核分枝杆菌Rv1705c相互作用的蛋白质
编辑人员丨1周前
目的:探究人体中与结核分枝杆菌( Mycobacterium tuberculosis, Mtb)Rv1705c蛋白相互作用的蛋白质。 方法:原核表达Rv1705c蛋白基因,收集包涵体,裂解后透析纯化Rv1705c并测定其浓度,ELISA法检测细菌Rv1705c刺激巨噬细胞后细胞因子IFN-γ的分泌量,使用纯化并带有生物素标记的Rv1705c孵育人蛋白质组芯片HuProt?,筛选与Rv1705c相互作用的人类蛋白质,使用GenePix Pro 6.0软件对蛋白质芯片的信号图像进行数据提取,使用GO、KEGG等多个数据库进行生物信息学分析,GST pulldown验证Rv1705c与PSMA3、RSAD2的相互作用。结果:纯化结果显示,Rv1705c在包涵体中表达,Rv1705c刺激巨噬细胞后IFN-γ分泌量显著上升。芯片结果显示共筛选出了29个与Rv1705c相互作用的潜在阳性蛋白质,其中PSMA3、NLN、THOP1、UPF3A、RSAD2、OMG、PNKD、STEAP3、MED8共9个蛋白质的信噪比(signal-to-noise ratio,SNR)>1.6。进一步的生物信息学分析发现候选蛋白PSMA3、RSAD2、C1QBP参与固有免疫应答激活信号转导,并且PSMA3、RSAD2与干扰素存在交互作用,GST pulldown验证PSMA3、RSAD2与Rv1705c确有相互作用。结论:发现并验证PSMA3、RSAD2与Rv1705c存在相互作用,为 Mtb感染机制的研究提供参考。
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编辑人员丨1周前
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微RNA-21-5p靶向调控程序性死亡蛋白4对系统性红斑狼疮患者外周血B细胞增殖与凋亡的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨微RNA(RNA-21-5p)通过靶向程序性死亡蛋白4(PDCD4)对SLE患者外周血B细胞增殖与凋亡的调控作用。方法:选择我院经临床确诊的SLE患者30例,采用梯度离心法提取外周血淋巴细胞(PBL),磁珠法分选B细胞后流式细胞术检测外周血B细胞比例;采用电转染法将细胞分为空白对照组、miRNA-21-5p阴性对照组、miRNA-21-5p Inhibitor组、PDCD4阴性对照组、PDCD4 siRNA组。于转染后48 h收集细胞。采用实时荧光定量(RT)-PCR法检测各组细胞miRNA-21-5p及PDCD4 mRNA的表达水平;采用蛋白质印迹法检测各组细胞PDCD4的蛋白表达;采用双荧光素酶靶标实验验证miR-21-5p和PDCD4的靶向关系;采用流式细胞仪检测各组细胞凋亡情况、采用CCK-8法检测各组细胞的增殖情况;采用蛋白质印迹法和RT-PCR法分别检测各组细胞Fas、FasL、CD40和CD40L的表达水平。采用独立样本 t检验对2组间数据进行比较;采用单因素方差分析对多样本实验结果进行统计分析;抗dsDNA抗体阳性率比较采用 χ2检验。 结果:SLE患者血清补体[C3(0.85±0.11)g/L、C4(0.54±0.09)g/L]较健康对照组[C3(1.16±0.17)g/L、C4(1.57±0.09)g/L]降低( t=7.524, P<0.05; t=38.471, P<0.05),而抗dsDNA抗体(47%)、IgG(15.46±0.75)g/L、IgA(2.68±0.20)g/L较健康对照组抗dsDNA抗体(17%)、IgG(11.95±0.80)g/L、IgA(2.16±0.11)g/L均升高( χ2=4.427, P<0.05; t=15.218, P<0.05; t=10.125, P<0.05);SLE患者外周血B细胞比例[(6.78±0.29)%]、miRNA-21-5p表达水平(7.52±0.59)%较健康对照外周血B细胞比例[(2.03±0.24)%]、miRNA-21-5p表达水平(3.60±0.62)均升高( t=59.064, P<0.05; t=19.317, P<0.05),而SLE患者外周血PDCD4基因表达水平(1.54±0.35)较健康对照(4.42±0.42)降低( t=19.126, P<0.05);与空白对照组和miRNA-21-5p NC组相比,miRNA-21-5p Inhibitor组细胞增殖受到抑制,细胞凋亡比例升高( F=5.244, P<0.05; F=37.903, P<0.05);与空白对照组和PDCD4 NC组相比,PDCD4 siRNA组细胞增殖能力增强,细胞凋亡比例减少( F=5.956, P<0.05; F=25.431, P<0.05)。双荧光素酶报告基因实验分析结果显示,PDCD4是miRNA-21-5p的靶基因。 结论:miRNA-21-5p可能通过抑制PDCD4的表达促进SLE患者外周血B细胞增殖,导致B细胞凋亡异常。miRNA-21-5p可作为SLE治疗新的靶向基因。
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编辑人员丨1周前
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TFE3重排型肾细胞癌的临床特征和预后影响因素
编辑人员丨1周前
目的:探讨TFE3重排型肾细胞癌(TFE3 rRCC)的临床特征和预后影响因素。方法:回顾性分析2007年1月至2023年2月南京大学医学院附属鼓楼医院收治的85例TFE3 rRCC患者的临床资料,男39例,女46例。中位年龄32(26,45)岁。所有患者术前均行CT检查,21例(24.7%)CT影像具有"环形钙化"特征,增强扫描肿瘤强化程度低于邻近肾皮质。中位肿瘤直径4.8(3.2,6.5)cm。本组85例中,32例行保留肾单位手术(NSS),51例行根治性肾切除术(RN),2例因确诊时伴远处转移仅行索拉非尼治疗。43例接受辅助治疗,其中靶向治疗14例。美国癌症联合会(AJCC)分期Ⅰ/Ⅱ期56例,Ⅲ/Ⅳ期29例。10例伴静脉癌栓,14例伴淋巴结转移。85例均行常规组织学、TFE3免疫组化染色和TFE3分离探针检查,52例行RT-PCR和/或DNA测序。结合患者临床病理资料总结TFE3 rRCC诊断方法。分析手术方式对cT 1a/b期患者生存结局的影响,以及基因分型对全体患者生存结局的影响。分析疾病进展的危险因素。 结果:常规组织学检查结果显示,TFE3 rRCC组织形态上的结构特征多变,腺泡样伴砂粒体结构为相对典型的特征。85例肿瘤TFE3免疫组化染色检查均为阳性。6例TFE3分离探针检测阴性,最终经基因检测确诊,其中NONO-TFE3亚型5例,RBM10-TFE3亚型1例。52例行RT-PCR和/或DNA测序,共发现8种TFE3融合分型,分别为ASPL-TFE3 11例,PRCC-TFE3 8例,NONO-TFE3 10例,SFPQ-TFE3 15例,CLTC-TFE3 1例,LUC7L3-TFE3 2例,MED15-TFE3 4例,RBM10-TFE3 1例。生存分析结果显示,12例cT 1b期患者接受RN的无进展生存期(PFS)为35(14,109)个月,显著优于NSS组10例的33(8,61)个月( P=0.041);14例cT 1a期患者接受RN的PFS和总生存期(OS)分别为55(27,134)个月和71(41,134)个月,与NSS组18例的44(21,80)个月和44(18,82)个月相比差异无统计学意义( P>0.05)。ASPL-TFE3亚型患者的PFS显著低于非ASPL-TFE3亚型患者[16(5,62)个月与26(11,54)个月, P=0.029]。单因素分析结果显示,肿瘤直径、手术方式、辅助治疗、AJCC分期、静脉癌栓、淋巴结转移与OS和PFS相关( P<0.05)。多因素Cox回归分析结果显示,AJCC分期Ⅲ/Ⅳ期( HR=2.393,95% CI 1.418~4.039, P=0.001)和静脉癌栓( HR=3.543,95% CI 1.159~10.827, P=0.026)是PFS的独立危险因素。 结论:TFE3 rRCC的CT平扫影像可出现环形钙化。TFE3免疫组化染色检查是TFE3 rRCC筛查的重要手段,TFE3分离探针检测是诊断的金标准,可行基因检测获得分型诊断。cT 1a期TFE3 rRCC可行NSS,对cT 1b期患者行NSS应慎重。ASPL-TFE3融合分型的预后更差。AJCC分期Ⅲ/Ⅳ期和静脉癌栓是TFE3 rRCC预后不良的危险因素。
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编辑人员丨1周前
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糖皮质激素对晶状体上皮细胞生物学功能调控作用的生物信息学分析
编辑人员丨1周前
目的:利用生物信息学方法分析糖皮质激素对晶状体上皮细胞(LECs)生物学功能的影响,并预测相关的微小RNA(miRNA)。方法:下载GSE3040数据集,设置1 μmol/L地塞米松处理的人LECs细胞株HLE-B3细胞为实验组,1 μmol/L二甲基亚砜(DMSO)处理的HLE-B3细胞为对照组,利用GEO2R工具分析2个组间的差异表达基因。利用Metascape网站进行差异基因功能富集分析,通过EdU细胞增生实验检测2个组间细胞增生差异。通过STRING网站和cytoscape软件构建蛋白互作网络图,cytohubba app计算出hub基因,采用实时荧光定量PCR法检测2个组间hub基因的表达差异。利用mirCode数据库预测与hub基因相关的miRNA。结果:实验组与对照组间分析出341个差异基因,其中上调基因为300个,下调基因为41个。下调基因中差异最显著的5个基因是 SLC12A1、 MED13L、 ALDH5A1、 SLC15A3和 WWC1基因;上调基因中差异最显著的5个基因是 SCNN1A、 ANKRD36、 FKBP5、 PYY和 ADH1B基因。列出了富集量排名前20的生物学功能关键词,结果显示富集量最大的是对HLE-B3细胞增生的负向调节。实验组细胞增生率为(8.09±0.20)%,低于对照组的(39.63±0.80)%,差异有统计学意义( t=38.43, P<0.01)。前10位hub基因分别是 SST、 CXCL8、 GRM1、 GNRH1、 CXCL5、 PPBP、 CX3CR1、 PYY、 EDNRA和 GRK5,实时荧光定量PCR结果显示2个组间SST、CXCL8、GRM1、PYY、EDNRA和GRK5 mRNA相对表达量比较差异均有统计学意义(均 P<0.05)。与hub基因相关性强的前6位miRNA分别是miR-15abc、miR-214、miR-23abc、miR-129-5p、miR-132和miR-24。 结论:1 μmol/L地塞米松即可对HLE-B3细胞的增生产生负性调控作用。 SST、 CXCL8、 GRM1、 PYY、 EDNRA和 GRK5基因可能是糖皮质激素的作用靶点,miR-15abc、miR-214、miR-23abc、miR-129-5p、miR-132和miR-24最可能与hub基因相关。
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编辑人员丨1周前
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高通量测序分析高血压伴或不伴牙周炎大鼠牙龈mRNA差异
编辑人员丨1个月前
目的 基于高通量测序(next generation sequencing,NGS)技术分析高血压大鼠伴或不伴牙周炎状态下牙龈组织中的差异mRNA,旨在为高血压伴牙周炎的防治提供实验基础.方法 获得动物实验伦理委员会批准,通过给予含8%(w/w)NaCl的高盐饲料建立高血压大鼠模型,使用3-0的无菌丝线结扎大鼠下颌第一磨牙建立牙周炎大鼠模型,分为正常对照组(N组)、高血压组(H组)和高血压伴牙周炎组(PH组),测量血压、心率、牙槽骨吸收量和牙槽骨中破骨细胞数量;取3组牙龈组织进行NGS,分析组间差异基因表达;H组和PH组间所有差异基因行基因功能(gene ontology,GO)富集分析,行京都基因与基因百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,行蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)筛选关键基因;免疫组织化学验证关键通路中的关键基因在各组的表达,酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent as-say,ELISA)分析关键基因在各组全身循环中的表达.结果 实验终点(第11周)时,H组和PH组的血压均高于N组(P<0.001),但PH组的血压与H组比较无统计学意义,3组心率无统计学差异.Micro-CT显示PH组下颌第一磨牙的釉牙骨质界(cemento-enamel junction,CEJ)到牙槽骨嵴顶(alveolar bone crest,ABC)距离较N组和H组增加,牙槽骨中破骨细胞数量多于N组和H组(均P<0.016 7).3组的共同差异基因为0个,H组和PH组牙龈组织共 235 个差异基因,相较于H组,在PH组有P-选择素(P-selectin,SELP)、角蛋白 16(keratin 16,KRT16)和S100钙结合蛋白A9(S100 calcium binding protein A9,S100A9)等137个上调基因,以及FK506结合蛋白 5(FK506 binding protein 5,FKBP5)、介体复合体亚基 22(mediator complex subunit 22,MED22)和含锌指和BTB域16(zinc finger and BTB domain containing 16,ZBTB16)等98个下调基因.H组和PH组差异基因的GO分析结果提示,主要富集的生物学过程(biological processes,BP)为白细胞迁移,主要的细胞成分(cellular compo-nent,CC)为胶原三聚体复合物,主要的分子功能(molecular functions,MF)为细胞外基质结构的构建;H组和PH组差异基因的KEGG信号通路主要富集于细胞因子之间受体相互作用、白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)信号通路中.通过PPI分析筛选出4个作用于高血压状态下牙周炎的关键基因,包括白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、基质金属蛋白酶9(matrix metallopro-teinase-9,MMP-9)、Ⅰ型胶原α1(collagen type Ⅰ alpha 1,COL1α1)、趋化因子配体 1(chemokine ligand 1,CX-CL1).与N组和H组比较,IL-1β和TNF-α在PH组牙龈组织及全身血清中的表达均上调(P<0.016 7).结论 高血压伴牙周炎或不伴牙周炎时的差异mRNA为IL-1β和MMP-9以及差异信号通路为IL-17和TNF-α信号通路,为今后进一步研究高血压伴牙周炎的分子调控机制提供了实验基础.
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编辑人员丨1个月前
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中介体复合物亚基8在胃癌中的表达及其对临床预后和细胞周期的影响
编辑人员丨2024/2/3
目的 探讨中介体复合物亚基8(MED8)在胃癌中的表达及其与预后的关系和对细胞周期的影响.方法 采用公共数据库分析MED8在胃癌及癌旁组织的表达及其与患者预后的关系,并纳入2012年6月至2017年7月于蚌埠医学院第一附属医院行胃癌根治术的104例患者进行验证.采用受试者工作特征曲线评估MED8对患者术后5年生存率的预测价值;采用生物信息学方法预测MED8在胃癌中的生物学功能;采用慢病毒转染调控胃癌细胞系(MGC-803)中MED8的水平,流式细胞学分析MED8表达水平对MGC-803细胞G1/S期转换的影响.免疫印迹实验检测MED8表达水平对MGC-803细胞中细胞周期蛋白依赖性激酶4(Cdk4)和G1/S-特异性周期蛋白-D1(CyclinD1)蛋白表达的影响.结果 MED8在胃癌组织中高表达与患者不良预后相关(P<0.001),且具有良好的预后预测价值(曲线下面积=0.733,P<0.001);基因富集分析提示MED8可能参与细胞周期进程.流式细胞实验表明上调MED8表达可促进MGC-803细胞从G1期进入S期(P<0.001),下调MED8则相反(P<0.001).免疫印迹检测显示上调MED8的MGC-803细胞中Cdk4和CyclinD1蛋白水平均显著升高(P均<0.001);下调MED8则相反(P均<0.001).结论 MED8在胃癌中高表达且可能通过调控胃癌细胞周期G1/S期转换影响疾病进展及预后.
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编辑人员丨2024/2/3
