目的 分析肝病患者合并隐球菌感染的临床和菌株特征,为该类患者的诊治和预防提供依据.方法 分析2013年至2023年就诊于我院的肝病合并隐球菌感染患者的病例信息,对从患者分离出的隐球菌菌株通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法进行鉴定并用ITS测序法进行确认,采用多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST)法对菌株进行分型分析,使用FUNGUS3对菌株进行抗真菌药物敏感性试验.结果 6例肝病合并隐球菌感染的患者中,男性3例,女性3例;年龄48～71岁,平均年龄61.0±8.0岁;肝癌、肝衰竭和肝硬化失代偿期患者各2例;除1例为皮肤软组织感染外,其余为血流、胸腹水、脑脊液和尿液感染.6例患者合并感染的隐球菌均为新型隐球菌格鲁比变种(Cryptococcus neoformans var.grubii),MLST分型均为ST5型.抗真菌药敏实验结果显示6株菌对抗隐球菌一线药物两性霉素B和5-氟胞嘧啶的敏感性为100％,对氟康唑的敏感性为33.3％,中介率为66.7％;6株菌除1株对伊曲康唑为非野生型(non-wild type,NWT)外,其余均为野生型(wild type,WT)菌株,6例患者隐球菌感染后均死亡.结论 合并隐球菌感染的肝病患者多为免疫功能严重受损的肝病晚期中老年患者,其感染的隐球菌以新型隐球菌格鲁比变种ST5型为主,对常用抗隐球菌一线药物氟康唑的敏感性较低,单用氟康唑治疗效果差.此类患者合并侵袭性隐球菌感染的情况需引起临床医生重视,对此类患者可进行常规隐球菌感染的筛查,以便及早诊治隐球相关感染.

目的:了解儿童鼠伤寒沙门菌多位点序列分型(MLST分型)、临床特征及耐药特性，为儿童鼠伤寒沙门菌感染诊治提供参考。方法:回顾性收集2017年11月至2020年10月福建省妇幼保健院经粪便或血培养确诊鼠伤寒患儿的临床信息，并对样本中分离的鼠伤寒沙门菌进行MLST分型及药敏试验。使用 Kruskal- Wallis检验、 χ2检验、 Fisher′ s精确概率法进行统计学分析。 结果:96例患儿分离出鼠伤寒沙门菌，有效病例93例。其中92例来自粪便培养，1例来自血培养；男53例(56.99%)，女40例(43.01%)；发病年龄主要集中在12.0(8.5，22.0)月龄，7月至10月是发病高峰。按MLST分型将患儿分为ST34型(58例)、ST19型(22例)及其他型(13例)。不同MLST分型鼠伤寒沙门菌感染后引起呼吸道症状差异有统计学意义( χ2＝17.657， P<0.001)，ST34型鼠伤寒沙门菌肠炎者更常伴有呼吸道症状( Cramer V＝0.421， P<0.001)。药敏试验：不同MLST分型对氨苄西林( χ2＝8.774， P＝0.033)、哌拉西林他唑巴坦( χ2＝6.713， P＝0.022)、环丙沙星( χ2＝20.780， P<0.001)、磺胺甲 唑( χ2＝15.364， P＝0.001)、氨苄西林舒巴坦( χ2＝17.626， P＝0.001)及左氧氟沙星( χ2＝25.648， P<0.001)的敏感性比较差异均有统计学意义。对头孢曲松( χ2＝1.027， P＝0.621)、头孢他啶( χ2＝7.637， P＝0.059)、头孢吡肟( χ2＝6.099， P＝0.116)及头孢哌酮舒巴坦( χ2＝2.405， P＝0.649)敏感性比较差异均无统计学意义。所有菌株对亚胺培南及美罗培南敏感。 结论:婴幼儿是儿童鼠伤寒沙门菌感染的主要人群，7月至10月是发病高峰，鼠伤寒沙门菌MLST分型以ST34型为主且更常伴有呼吸道症状；应参照药物敏感性选择抗生素，无药敏试验结果可经验性选择三代头孢菌素。

目的:了解我国食源性金黄色葡萄球菌（金葡菌）的种群结构。方法:通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因（ spa）和葡萄球菌染色体 mec基因盒（SCC mec）分型，使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。 结果:763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个 spa型别，其中20种为新ST型别。72个（72/90，80.0%）ST型属于22个克隆群，其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，占82.44%（629/763）。其中优势克隆群中ST型和 spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌（MRSA）的阳性率为7.60%，共鉴定出7种SCC mec型别，以ST59-t437-Ⅳa（17.24%，10/58）、ST239-t030-Ⅲ（12.07%，7/58）、ST59-t437-Ⅴb（8.62%，5/58）、ST338-t437-Ⅴb（6.90%，4/58）和ST338-t441-Ⅴb（6.90%，4/58）为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支，命名为Clade1和Clade2，相同克隆群、ST型和 spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株，Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株，MRSA菌株按照SCC mec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。 结论:本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象，这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体，需高度关注。

目的:了解山东省兰陵县羊携带志贺毒素基因 stx2k新亚型大肠埃希菌的情况及其分子特征。 方法:2019年11月采集山东省兰陵县不同养殖户的羊粪便512份，经EC肉汤增菌后PCR检测 stx基因，阳性样品分别接种科玛嘉(CHROMagar?)ECC及科玛嘉(CHROMagar?)STEC培养基，对 stx基因阳性菌株进行全基因组测序。根据基因组数据分析菌株 stx基因亚型、血清型、多位点序列分型(MLST)情况及毒力基因携带情况。 结果:从512份羊粪中共分离86株产志贺毒素大肠埃希菌，包括5种不同的 stx亚型，其中 stx2k亚型菌株37株；86株菌分为20种O∶H血清型及18种不同ST型。 结论:山东省兰陵县羊携带的产志贺毒素大肠埃希菌在志贺毒素亚型、血清型及毒力基因等分子特征方面存在多样性，且检出了产志贺毒素2k新亚型的大肠埃希菌。

目的:对2020年8月21日和9月27日广州市2起食物中毒事件中分离的41株金黄色葡萄球菌（金葡菌）进行肠毒素、肠毒素基因、耐药性、耐药基因情况以及分子分型分析。方法:对2起食物中毒样本分离的41株金黄色葡萄球菌，通过多位点序列分型（MLST）和 spa基因分型方法进行分子分型；ELISA检测菌株产肠毒素型别；PCR检测肠毒素基因；采用纸片扩散法对菌株进行药敏检测。选取21株代表性菌株进行全基因组测序，分析其耐药性和毒力基因，运用Snippy进行同源性分析。 结果:2起食物中毒的41株菌经MLST和 spa基因分型方法分为ST6-t701和ST7-t091。耐药性分析显示，27株ST7-t091中有2株鉴定为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA），其余25株ST7-t091为甲氧西林敏感金色葡萄球菌（MSSA），对7种抗菌药物耐药；14株ST6-t701菌株的耐药谱完全一致，对6种抗菌药物耐药。PCR结果显示，所有菌株都携带 sea基因。全基因组分析显示，21株金葡菌具有相同毒力基因谱 scn、 sak、 sea、 hla、 hld、 hlgA、 hlgB、 hlgC、 lukD，携带的 scn-sak-sea属于人类免疫逃避基因簇D型，位于前噬菌体?Sa3上。单核苷酸多态性同源分析显示，2株MRSA ST7-t091高度同源，而12株MSSA ST7-t091和7株MSSA ST6-t701分别聚为一簇。 结论:2020年8月21日和9月27日广州市2起食物中毒事件分别为MRSA ST7-t091和MSSA ST7-t091混合感染以及MSSA ST6-t701感染引起，菌株耐药性较强且具有高致病力。

目的:明确新生儿金黄色葡萄球菌( Staphylococcus aureus，SA)临床分离株的分子分型及毒力基因的携带特点。 方法:2013年1月—2019年10月从北京儿童医院共收集到189株新生儿SA临床分离株，对所有菌株进行多位点序列分型(multilocus sequence typing , MLST)、葡萄球菌染色体盒(staphylococcal cassette chromosome mec, SCC mec)分型、金黄色葡萄球菌蛋白A( Staphylococcus protein A, Spa)分型，并进行了杀白细胞毒素(Panton-valentine leucocidin, PVL)基因及21种超抗原毒力基因的检测。 结果:189株SA临床分离株中，125株分离自呼吸道分泌物标本，55株分离自皮肤软组织感染的脓液，8株分离自血液，1株分离自胸腔积液。189株SA中有98株甲氧西林敏感SA(methicillin-susceptible SA，MSSA)及91株甲氧西林耐药SA(methicillin-resistant SA，MRSA)。MSSA克隆型较分散，共发现了42种克隆型，ST188-t189是主要的克隆型，占11%；MRSA共有26种克隆型，ST59-SCC mecⅣa -t437为主要的克隆型，占53%。MRSA中PVL的阳性率(32%)明显高于MSSA(10%)( P<0.01)，有166株菌株(88%)至少携带一种超抗原毒素基因，其中携带率最高的为肠毒素基因 seq和 seb，分别为47%和43%， seb- sek- seq是最常见的超抗原基因谱型。MRSA、MSSA菌株超抗原基因携带率分别为85%(77/91)和90%(88/98)，两者间无明显差异。 结论:新生儿MRSA与MSSA的主要克隆型不同，MRSA的主要克隆型为ST59-SCC mecⅣa -t437，MSSA的主要克隆型为ST188-t189, MSSA的克隆型更为分散。MRSA中的PVL阳性率(32%)明显高于MSSA的PVL阳性率(10%)，两者超抗原毒力基因携带率分别为85%和90%，无明显差异。

目的:分析河北省保定市1起人间布鲁菌病（简称布病）聚集性疫情的流行病学和分离菌株遗传学特征，为布病疫情防控提供科学依据。方法:采用虎红平板凝集试验和试管凝集试验对2018年保定市1起人间布病疫情中的高危人群（ n=22）进行布鲁菌抗体检测；对布病患者（ n=3）血液进行培养，对分离出的菌株进行传统法鉴定，运用多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）和多位点序列分析（MLST）方法分析菌株的遗传学特征。 结果:高危人群血清布鲁菌抗体阳性率为4.55%（1/22）。3名患者血培养均检出布鲁菌可疑菌株（菌株编号：BDY-1、BDY-2、BDY-3），并鉴定为羊种生物3型布鲁菌。MLVA结果显示，BDY-1与BDY-2菌株是同一基因型，BDY-3菌株在Bruce04和Bruce16位点分别增加了2个串联重复序列，在Bruce30位点少了3个串联重复序列，3株菌株panel 1（MLVA-8）基因型为42，panel 1 + panel 2A（MLVA-11）基因型为116，均属于"东地中海组"，且与羊种生物3型布鲁菌聚类最近。MLST分析显示，3株菌株均为ST8型。结论:该起疫情的病原菌是羊种生物3型布鲁菌。今后保定市布病防控工作应加强高危人群的健康教育和行为干预。

目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。

分析耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌（carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae，CRKP）分子流行病学及探讨 blaKPC和 blaNDM水平传播机制，为预防和治疗CRKP提供参考依据。回顾性分析2022年1—12月湖南中医药大学第一附属医院临床非重复分离的CRKP，共计 49株。采用改良碳青霉烯灭活实验（mCIM）、EDTA-碳青霉烯灭活实验（eCIM）进行表型筛选；聚合酶链式反应（PCR）检测CRKP碳青霉烯耐药基因、β内酰胺酶耐药基因和毒力基因；多位点序列分析检测CRKP菌株的同源性。通过接合试验，推断 blaKPC和 blaNDM两种碳青霉烯耐药基因的水平传播机制。结果显示，本研究共收集到CRKP 49株，有44株携带 blaKPC，8株携带 blaNDM，其中同时携带 blaKPC和 blaNDM两种耐药基因的CRKP（ blaKPC+ blaNDM-CRKP）有3株。28株CRKP携带毒力基因（28/49，57.2%），1株CRKP拉丝试验阳性，且同时携带 Aerobactin和 rmpA两种毒力基因。共检出5种ST型，以ST11为主（41/49，83.7%）。3株 blaKPC-CRKP均接合成功，3株 blaNDM-CRKP仅1株接合成功，接合子菌株对亚胺培南以及头孢菌素类抗菌药物的敏感性均显著降低。综上，本研究CRKP耐药机制主要以产KPC酶为主，且同时携带多种β-内酰酶耐药基因，并有高毒力耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌（high virulence carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae，hv-CRKP）和 blaKPC+ blaNDM-CRKP的局部流行。 blaKPC和 blaNDM可通过质粒水平传播，不同菌株的水平传播效率存在差异。

目的:分析上海市某医院中不同来源耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的分子生物学特征，明确上海某医院MRSA的流行特点。方法:收集上海市某二甲医院2017—2018年期间72株MRSA,综合应用多位点序列分型（MLST）、脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型方法对MRSA菌株进行分子生物学特征分析。结果:72株MRSA中，46株分离自临床病例，26株分离自医院环境。46株临床分离菌株包括33株社区获得性MRSA（CA-MRSA），以及13株医院获得性MRSA（HA-MRSA），且来自医院的不同的病区。感染MRSA的住院患者所在科室以老年科（34.8%，16株）、内科（26.1%，12株）和外科（26.1%，12株）为主。MLST分型结果显示，不同来源MRSA菌株的ST型差别较大，但ST764是不同来源的MRSA菌株的优势克隆群（40.3%，29株），且PFGE聚类结果显示12株不同来源的ST764型MRSA菌株具有较高的同源性（>90%）。结论:ST764型MRSA可能在社区、医院及环境中存在播散，应持续监测MRSA及其变异情况。