目的:了解山东省兰陵县羊携带志贺毒素基因 stx2k新亚型大肠埃希菌的情况及其分子特征。 方法:2019年11月采集山东省兰陵县不同养殖户的羊粪便512份，经EC肉汤增菌后PCR检测 stx基因，阳性样品分别接种科玛嘉(CHROMagar?)ECC及科玛嘉(CHROMagar?)STEC培养基，对 stx基因阳性菌株进行全基因组测序。根据基因组数据分析菌株 stx基因亚型、血清型、多位点序列分型(MLST)情况及毒力基因携带情况。 结果:从512份羊粪中共分离86株产志贺毒素大肠埃希菌，包括5种不同的 stx亚型，其中 stx2k亚型菌株37株；86株菌分为20种O∶H血清型及18种不同ST型。 结论:山东省兰陵县羊携带的产志贺毒素大肠埃希菌在志贺毒素亚型、血清型及毒力基因等分子特征方面存在多样性，且检出了产志贺毒素2k新亚型的大肠埃希菌。

目的:了解我国不同来源产志贺毒素 stx2e亚型大肠埃希菌分离株的分子特征。 方法:对2012年—2018年间监测中发现的3株人源、13株动物源及8株食品来源的携带 stx2e基因亚型的大肠埃希菌进行体外抗生素敏感性试验并进行全基因组测序。根据全基因组序列，对菌株 stx基因亚型、血清型、多位点序列分型(MLST)、毒力基因及耐药基因携带情况、系统进化关系及志贺毒素前噬菌体基因组成进行分析。 结果:24株菌分为19种O∶H血清型和19种序列(ST)型，均携带至少1种耐药相关基因，其中19株菌至少对一种抗生素耐药。3株人源菌株分别属于不同血清型及ST型，但存在与之相同血清型或ST型的动物、食品来源菌株；全基因组进化分析显示相同血清型或ST型的人源菌株分别与动物或食品源菌株具有较近亲缘关系。不同菌株间 stx2e序列高度相似(>99.7%)，但志贺毒素前噬菌体基因组成、大小等存在较大差异。 结论:本研究为我国对罕见的人源性 stx2e亚型大肠埃希菌菌株特征进行报道，结合动物及食品源性菌株，表明我国 stx2e亚型菌株具有高度遗传多样性，存在感染人的风险。

目的:了解人源非O157产志贺毒素大肠埃希菌（STEC）抗生素耐药表型及耐药基因携带状况。方法:33株非O157 STEC菌株来自2011—2019年7个省份，包括青海、黑龙江（各1例），广西、山东（各2例），广东（4例），河南（11例），上海（12例），均分离自感染性腹泻患者粪便标本。采用改良微量肉汤法对非O157 STEC进行19种抗生素最小抑菌浓度（MIC）检测；通过全基因组测序进行O∶H血清分型、多位点序列分型（MLST）及耐药相关基因预测。结果:33株非O157 STEC分为19种O∶H血清型、17种MLST序列型；10株菌对1种或以上抗生素耐药，5株为多重耐药菌株，对四环素耐药率最高（30.3%，10株），并检出阿奇霉素耐药菌株（12.1%，4株），但所有菌株均对碳青霉烯类药物敏感；共检出22种耐药基因，全部菌株均携带 blaEC基因，并检出超广谱β-内酰胺酶（ESBL）基因型 blaCTX-M-15（3.0%，1株），首次检出 fosA7基因。 结论:中国7省份33株人源非O157 STEC中存在多重耐药和阿奇霉素耐药菌株，且携带多种耐药基因型，但均对碳青霉烯类药物敏感。

目的:评价并验证成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPRs）、血清学和多位点测序分型（MLST）方法对大肠埃希菌分型的效果。方法:使用CRISPRsFinder分析大肠埃希菌全基因组序列的CRISPRs间隔序列，使用在线软件SeroTypeFinder和 MLST获得血清型和序列型（ST）；采用PCR扩增并分析349株大肠埃希菌CRISPRs，使用CRISPRs间隔序列预测血清型和ST，并比较血清学和MLST分型结果。结果:将I-E型CRISPR/Cas、I-F型CRISPR/Cas和CRISPR3-4分别命名CT-Ⅰ、CT-Ⅱ和CT-Ⅲ。根据CRISPRs间隔序列构成和排列进一步进行分型，203株大肠埃希菌被分为79个CT型别，76个血清型和66个ST。CRISPRs分型的区分能力最强，辛普森指数为0.936。CRISPRs和血清学的关联程度最高，调整兰德指数为0.908。CRISPRs型能进一步区分相同血清或ST产志贺毒素的大肠埃希菌［O157∶H7（ST11）、O104∶H4（ST678）和O26∶H11（ST21）］菌株。扩增实验室菌株的CRISPR1、CRISPR2、CRISPR3、CRISPR4和CRISPR3-4，检出率分别为81.1%、94.5%、1.4%、1.4%和4.6%；根据CRISPRs间隔序列预测O157∶H7（ST11）和ST131准确率分别为95.0%和100.0%。结论:基于CRISPRs的大肠埃希菌的分子分型方法呈现较好的分型效果和临床应用效果，预期可以成为大肠埃希菌分型的重要分子标志物。

目的 对我国不同来源产志贺毒素大肠埃希菌(STEC)分离株的致病潜力进行分级,为STEC的风险管理提供参考依据.方法 运用联合国粮食及农业组织和世界卫生组织于2018年联合发布的STEC与食品归因、表征和监测报告中提出的危害等级分级方法,对我国2018-2022年已发表的STEC数据进行分级分析.结果 分级结果显示,纳入研究的STEC菌株中72.9％为低危害菌株,26.0％为高危害菌株,1.1％为最高危害菌株.高危害菌株主要来自牛或牛肉食品(95.3％),仅有8株为最高危害菌株,分别来自牛和患者.结论 仅依据STEC菌株的血清型不足以作为菌株毒力评判标准,通过毒力基因组合对STEC感染风险进行分级是更可靠的方法.这一方法可为我国制定STEC监测和风险评估提供参考.

目的 了解浦东新区常见蝇种携带肠道传染病病原体情况,为蝇类防制和感染性腹泻病防控提供科学依据.方法 2021年4-11月每月下旬,采用网捕法,在农户、农贸市场、餐饮外环境3类场所采集家蝇,在公园、居民区、农贸市场3类场所采集丝光绿蝇和棕尾别麻蝇.对捕获的蝇种冷冻后分类鉴定,采用胃肠道感染微流体芯片V3进行感染性腹泻相关病原体筛查.采用Excel 2019和SPSS 22.0软件进行数据整理及统计分析.结果 共捕获家蝇1 544只、丝光绿蝇642只、棕尾别麻蝇509只,家蝇、丝光绿蝇和棕尾别麻蝇的病原体检出率分别为37.29％(44/118)、67.50％(27/40)和70.97％(22/31),差异有统计学意义(x2=17.936,P＜0.001).上述3个蝇种的细菌和病毒检出率差异均有统计学意义(x2=44.547,P＜0.001;x2=26.519,P＜0.001).家蝇共检出11种病原体(6种细菌、3种病毒和2种寄生虫),主要病原体为人芽囊原虫(占总检出病原体数量的42.37％)、札如病毒(占20.34％)和隐孢子虫(占10.17％);丝光绿蝇共检出12种病原体(7种细菌、3种病毒和2种寄生虫),主要病原体为产志贺毒素大肠埃希菌(STEC,占18.75％)、星状病毒(占13.75％)和札如病毒(占11.25％);棕尾别麻蝇共检出10种病原体(5种细菌、3种病毒和2种寄生虫),主要病原体为STEC(占22.22％)、星状病毒(占14.81％)和札如病毒(占14.81％).浦东新区家蝇携带病原体检出率最低,与另外2个蝇种的主要病原体有所差异.结论 浦东新区常见蝇种携带感染性腹泻病原体种类多样,且不同蝇种携带的病原体有所不同,应加强环境整治,科学制定蝇类防控策略.

目的 分析上海市浦东新区餐饮场所蜚蠊侵害及其肠道病原体携带情况,为餐饮场所蜚蠊防制和感染性腹泻病防控提供科学建议.方法 2021年4月-2022年3月,每月中旬使用蜚蠊诱捕器对上海市浦东新区12个街镇5种类型餐饮场所开展1次蜚蠊侵害调查和采样,对捕获的蜚蠊进行肠道病原体检测.采用Excel 2019、SPSS 22.0软件进行数据整理和统计分析.结果 浦东新区餐饮场所蜚蠊侵害率为20.83％,蜚蠊密度为0.74只/个,种类为德国小蠊(占65.79％)和黑胸大蠊(占34.21％),不同类型餐饮场所蜚蠊的构成比差异有统计学意义(x2=126.509,P＜0.001).企事业单位食堂蜚蠊侵害率和密度最高,分别为29.03％和1.32只/个.蜚蠊样本的病原体检出率为28.13％,检出札如病毒、诺如病毒、星状病毒、产志贺毒素大肠埃希菌(STEC)、嗜水气单胞菌、人芽囊原虫和隐孢子虫共7类病原体53组.德国小蠊携带的优势病原体为札如病毒、人芽囊原虫和STEC,黑胸大蠊携带的优势病原体为札如病毒、STEC和嗜水气单胞菌.结论 浦东新区餐饮场所蜚蠊携带多种人体肠道病原体,应重视餐饮场所的蜚蠊防制,有针对性地制定控制策略.

产志贺毒素大肠埃希菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli,STEC)是一类重要的动物源性病原菌,其感染人体后可引起腹泻甚至致死性的溶血性尿毒综合症(hemolytic uremic syndrome,HUS).志贺毒素(Shiga toxin,Stx)是STEC最重要的致病物质,由整合于宿主染色体特定位置的Stx前噬菌体(Stx-converting prophage)编码.在 自发或理化因素诱导下,Stx前噬菌体进入裂解周期,噬菌体颗粒组装并在宿主菌裂解后释放,成为游离的Stx噬菌体(Stx phage).Stx前噬菌体调控志贺毒素表达水平进而影响细菌毒力,而游离Stx噬菌体具有介导新的致病菌型或毒力增强的杂合型致病菌型产生的潜力.本文就Stx噬菌体的形态及基因组特征、诱导特性以及其作为可移动元件对菌株致病性的影响等方面的研究进展做一简要综述.

目的 分析北京市某区2013-2021年腹泻监测中,首次自腹泻病例分离的2株非O157产志贺毒素大肠埃希菌(STEC)病原学及分子生物学特征.方法 应用实时荧光定量PCR方法筛查腹泻病例标本中的肠道致病菌和病毒,对志贺毒素基因(stx)阳性的标本进行细菌分离培养,所得菌株经生化鉴定后,进行血清凝集和微量肉汤稀释法药敏实验,并进行全基因组测序.根据基因组数据分析菌株血清型、多位点序列分型(MLST)、耐药基因及stx亚型,并构建系统发生树.结果 2021年腹泻监测中,2例中年女性腹泻患者样本显示stx基因阳性,未能确定可疑暴露食品.分离所得2株STEC菌株携带stx亚型分别为stxla和stx2k.其中,Stx1a-STEC为O45:H6血清型、ST101型,药敏表型为耐氨苄西林+四环素+头孢噻肟+头孢唑林+庆大霉素+复方磺胺,携带耐药基因 aac(3)-Ⅱd、tetA、lnu(F)、aadA22、aph⑹-Ⅰd、sul3、qnrS1、ant(3")-Ⅰa、blaCTX-M.55,样本同时轮状病毒阳性;Stx2k-STEC为O150:H8血清型、ST906型,对检测的15种抗生素均敏感,未检测出耐药基因.全基因组系统进化分析显示2株分离株与STEC参考株存在较大遗传差异.结论 北京市某区存在STEC引起的感染,并检出了志贺毒素2k新亚型,应加强对STEC的监测.

2017年6月26日,美国犹他州南部的一家医院向犹他州卫生局报告了来自亚利桑那州-犹他州边境一个小社区2名儿童感染产志贺样毒素的大肠埃希菌(STEC)O157∶H7疫情情况.2名儿童均出现了溶血性尿毒综合征,表现为溶血性贫血,急性肾功能衰竭和血小板减少症,并在发病后几天内死亡.在接下来的几天里,社区居民报告了更多与STEC相关的疾病.为确定疫情来源并防止出现更多病例,美国疾病预防控制中心(CDC)会同亚利桑那州和犹他州的地方和州卫生机构开展了联合调查;调查共发现12例病例,其中包括2名死亡儿童.调查人员分析探讨了多种潜在的疾病来源:流行病学和环境调查信息显示,接触牛粪可能是暴发疫情的最初来源,随后是人与人之间的传播.其中1株暴发疫情菌株是从2例患儿社区家庭附近的一个院子里采集的公牛和马粪中分离出来的.当地卫生机构向公众发布了与动物接触和手部卫生有关的建议,以降低STEC传播的风险.在饲养反刍动物社区发生暴发疫情期间,接触动物或动物粪便是STECO157∶H7感染的潜在来源.