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弗氏枸橼酸杆菌中发现介导 blaKPC-2传播的新型质粒及比较基因组学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨来自弗氏枸橼酸杆菌的产碳青霉烯酶的新型不相容群组质粒pNY2385-KPC的耐药机制及基因结构特征。方法:从宁波市医疗中心李惠利医院急诊病房的发热患者尿液样本中获得1株多药耐药菌。采用16S rRNA基因扩增和平均核苷酸一致性(ANI)进行菌种鉴定;采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测细菌MIC值;通过“三代”测序方法获得基因组序列,然后通过BLASTP/BLASTN、RefSeq、ConservedDomains、ResFinder、Isfinder等对基因功能进行详细注释及比较基因组学分析。结果:弗氏枸橼酸杆菌NY2385携带的质粒pNY2385-KPC为一种新型不相容群组质粒,包含 blaKPC-2,具有接合转移(Ⅳ型分泌系统)基因,可发生接合转移。NCBI中共检索到同型质粒15个,来源于弗氏枸橼酸杆菌、黏质沙雷菌、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌和植生拉乌尔菌等细菌,为泛宿主质粒。通过对来自弗氏枸橼酸杆菌中6个该新型质粒进行序列比较分析,发现该新型质粒结构具有一定的保守性,具有携带 blaKPC-2的Tn 6296变体结构,而且质粒pCF1807-3同时具有 repApNY2385-KPC和 repAIncX8。 结论:弗氏枸橼酸杆菌中的pNY2385-KPC型质粒均携带 blaKPC-2耐药基因,分为 repApNY2385-KPC单复制子和 repApNY2385-KPC/ repAIncX8双复制子两种亚型,属于泛宿主质粒,作为可移动遗传元件促进了 blaKPC-2的传播。
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编辑人员丨6天前
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儿童感染耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的现状与对策
编辑人员丨6天前
碳青霉烯类耐药的肺炎克雷伯菌(CRKP)是全球公共卫生问题,近年来在儿童人群中检出率不断上升,所引起的感染临床治疗失败率极高,具有较高的病死率。分离自儿童的CRKP所携带碳青霉烯酶基因呈现多样化,且多位于可传递质粒上,极易引起广泛传播和流行,临床工作人员应引起重视。加强对CRKP所致感染的控制亟需多学科合作,临床医生应根据微生物室提供的药敏试验结果选择有效抗菌药物,避免广谱抗菌药物的使用,同时采取相应的感控措施,可在一定程度上降低CRKP感染率。
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编辑人员丨6天前
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湖南省食源性环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌分子特征研究
编辑人员丨6天前
目的:分析湖南省人源和水产动物源环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌的分子流行特征。方法:对湖南省食源性疾病散发病例粪便样本和水产品样本中分离的汤卜逊沙门菌进行环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药菌株的筛选与鉴定,使用肉汤稀释法对11种抗菌药进行体外药敏试验,并利用全基因组测序技术分析菌株的耐药机制以及进化关系。结果:从粪便样本和水产品样本中共分离到19株汤卜逊沙门菌,其中9株菌对环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药。进一步分析发现8株菌检出IncC质粒,携带质粒介导的喹诺酮类药物耐药基因 qepA- qnrS1、β-内酰胺酶耐药基因 blaCMY-2和大环内酯类耐药基因 mph(A);1株检出IncR质粒,携带 qnrB4- aac(6 ′) -Ib-cr、 blaOXA-10和 mph(A)耐药基因。遗传环境分析发现 qnrS1、 qepA、 mph(A)和 blaCMY-2基因可能分别通过插入序列IS Kra4、IS91、IS6100和IS Ecp1整合到耐药菌的基因组上。基于核心基因组生成的系统发生树表明,人源和水产动物源环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌属于同一进化分支,具有较近的遗传进化关系。 结论:湖南省人源和水产动物源样本中检出对环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌,提示此类多重耐药菌已在人和水产动物之间传播。
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编辑人员丨6天前
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湖南省某医院耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌分子流行病学特征分析
编辑人员丨6天前
分析耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)分子流行病学及探讨 blaKPC和 blaNDM水平传播机制,为预防和治疗CRKP提供参考依据。回顾性分析2022年1—12月湖南中医药大学第一附属医院临床非重复分离的CRKP,共计 49株。采用改良碳青霉烯灭活实验(mCIM)、EDTA-碳青霉烯灭活实验(eCIM)进行表型筛选;聚合酶链式反应(PCR)检测CRKP碳青霉烯耐药基因、β内酰胺酶耐药基因和毒力基因;多位点序列分析检测CRKP菌株的同源性。通过接合试验,推断 blaKPC和 blaNDM两种碳青霉烯耐药基因的水平传播机制。结果显示,本研究共收集到CRKP 49株,有44株携带 blaKPC,8株携带 blaNDM,其中同时携带 blaKPC和 blaNDM两种耐药基因的CRKP( blaKPC+ blaNDM-CRKP)有3株。28株CRKP携带毒力基因(28/49,57.2%),1株CRKP拉丝试验阳性,且同时携带 Aerobactin和 rmpA两种毒力基因。共检出5种ST型,以ST11为主(41/49,83.7%)。3株 blaKPC-CRKP均接合成功,3株 blaNDM-CRKP仅1株接合成功,接合子菌株对亚胺培南以及头孢菌素类抗菌药物的敏感性均显著降低。综上,本研究CRKP耐药机制主要以产KPC酶为主,且同时携带多种β-内酰酶耐药基因,并有高毒力耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(high virulence carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,hv-CRKP)和 blaKPC+ blaNDM-CRKP的局部流行。 blaKPC和 blaNDM可通过质粒水平传播,不同菌株的水平传播效率存在差异。
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编辑人员丨6天前
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基于全基因组测序的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌耐药机制及分子特征研究
编辑人员丨6天前
目的:明确本地区碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药特点和分子流行病学特征,为临床抗感染治疗提供依据。方法:收集宁波大学附属第一医院和宁波市第二医院碳青霉烯类不敏感肺炎克雷伯菌92株。用VITEK2 Compact全自动微生物分析仪进行药敏试验;全基因组测序技术确定其荚膜血清型、多位点序列分型(MLST)与耐药基因等分子特征;使用PlasmidFinder确定菌株的质粒复制子类型;Parsnp进行细菌核心基因组系统发育分析。结果:CRKP主要分离自病情较为危重的老年患者,标本以痰液居多(51.09%,47/92),其次是尿液(13.04%,12/92)和血液(8.70%,8/92),感染高发科室为重症监护病房(33.70%,31/92)。所有菌株对常用抗菌药物耐药率高,但对多黏菌素B耐药率较低(6.52%,6/92)。耐药基因以 blaKPC-2为主(78.26%,72/92),荚膜血清型以KL64为主(48.91%,45/92),MLST分型以ST11为主(54.35%,50/92)。ST11-KL64是优势克隆型,检出率高达46.74%(43/92),且携带多个质粒,以IncR和IncFⅡ型为主。 结论:本地区CRKP对临床常用抗菌药物高度耐药,主要携带 blaKPC-2耐药基因,克隆型ST11-KL64在本地区广泛克隆传播,两家医院流行的菌株存在相似性,应加强监控。
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编辑人员丨6天前
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烧伤患者耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌携带质粒及其与菌株传播的相关性
编辑人员丨6天前
目的:探索烧伤患者耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌(CRKP)的质粒携带情况,分析这些质粒与CRKP传播的相关性。方法:采用回顾性观察性研究方法。取从陆军军医大学(第三军医大学)第一附属医院2017年1—12月收治的22例烧伤患者[男20例、女2例,年龄(42±16)岁]临床相关标本中分离保存的26株CRKP,对其进行编号。采用碱裂解法提取菌株质粒,用核酸浓度检测仪测定浓度后行琼脂糖凝胶电泳观察条带情况,并对质粒行大致分型。从各个质粒分型中选取最小编号CRKP携带质粒转化感受态大肠埃希菌TOP10菌株(以下简称TOP10菌株),观察各转化菌株与TOP10菌株涂布含氨苄西林的固体LB培养基并过夜培养后生长情况,计算成功转化比例。取成功转化TOP10菌株的最小编号CRKP携带质粒的转化菌株(以下简称最小成功转化菌株)与相应编号CRKP,提取菌株携带质粒,行琼脂糖凝胶电泳观察条带情况。取前述各成功转化菌株与TOP10菌株,采用药物敏感试验检测菌株对17种临床常用抗生素的耐药性。取最小成功转化菌株携带质粒,使用第二代测序技术进行基因测序,并完成蛋白质编码基因预测、序列比对等生物信息分析,后续根据耐药基因携带情况命名为pKP03-NDM1。根据最小成功转化菌株携带质粒全基因组序列,采用PCR法及琼脂糖凝胶电泳与基因测序检测剩余25株CRKP携带质粒的新德里金属β-内酰胺酶-1( blaNDM-1)基因携带情况,结合文献分析26株CRKP多位点序列分型中的ST分型。 结果:从26株CRKP中均提取到质粒,质粒质量浓度为19.3~189.8 ng/μL。26株CRKP携带质粒的琼脂糖凝胶电泳均可见2 500 bp以上条带,可大致分为A、B、C、D、E、F型6个型别。过夜培养后,在含氨苄西林的固体LB培养基上,未见A、B、D、E型CRKP携带质粒转化TOP10菌株或单纯TOP10菌株菌落生长,可见3号CRKP携带的C型质粒和15号CRKP携带的F型质粒转化TOP10菌株大量菌落生长(转化菌株被分别命名为TOP10-pKP03、TOP10-pKP15),成功转化比例为1/3。TOP10-pKP03携带质粒琼脂糖凝胶电泳图仅表现为1个条带,大小与3号CRKP携带质粒最大的条带一致。TOP10菌株对所检测的17种临床常用抗生素全敏感;TOP10-pKP03和TOP10-pKP15对青霉素类、头孢菌素类、碳青霉烯类抗生素耐药,对单环β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类抗生素以及替加环素敏感。TOP10-pKP03携带质粒全长为41 190 bp,该质粒携带 blaNDM-1、 bleMBL、 T4SS、博来霉素抗性基因且包含接合转移元件、松弛酶等片段,与从大肠埃希菌JN24中提取的质粒pJN24NDM1长度相同且核苷酸相似性为99%。从16株(61.5%)CRKP携带质粒中检测到了 blaNDM-1基因,该16株CRKP的ST型别中,ST11型11株,ST215型、ST260型、ST395型、ST2230型、新ST型各1株;不携带 blaNDM-1基因的10株CRKP的ST型别中,ST11型8株,ST395型、ST2230型各1株。 结论:自烧伤患者CRKP中分离测序了一个高携带率的包含 blaNDM-1基因的质粒pKP03-NDM1,该质粒可能通过介导 blaNDM-1基因在CRKP间以及CRKP和大肠埃希菌间的水平转移,导致耐药性传播。
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编辑人员丨6天前
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肠道定植耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌的主动筛查及分子流行病学
编辑人员丨6天前
目的:筛查住院患者肠道定植耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌(carbapenem-resistant Enterobacterales,CRE)的检出率,并分析CRE菌株分子的流行病学特征。方法:本研究为前瞻性研究。采集2019年3月至12月安徽医科大学第二附属医院外科重症监护病房、内科重症监护病房和血液内科(移植病房)213例住院患者的粪便、直肠拭子或肛周拭子标本,应用含碳青霉烯类药物的麦康凯平板法筛查CRE菌株,并进行细菌鉴定、药物敏感试验,选取重点菌株进行全基因组测序,并分析其多位点序列分型、荚膜血清型、耐药基因、毒力基因和质粒携带特征。以菌株KPN FJ723042序列作为参考,对所有菌株序列进行单核苷酸多态性分析。结果:共检出CRE菌株23株,检出率为10.8%(23/213);其中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)15株(65.2%),大肠埃希菌和阴沟肠杆菌各3株(13.0%),弗氏柠檬酸杆菌2株(8.7%)。单核苷酸多态性聚类分析表明,15株CRKP有2组主要克隆型,均在外科重症监护病房内流行。15株CRKP均属于ST11-K64型,均携带β-内酰胺类耐药基因肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶2型(β-lactamase Klebsiella pneumoniae carbapenemase 2, blaKPC-2 )基因;12株CRKP携带毒力基因黏液表型调控基因2型(regulator of mucoid phenotype gene A2, rmpA2)、 iucABCD。 结论:住院患者中肠道定植CRE的检出率较高,以ST11-K64型CRKP为主,CRKP菌株兼具多重耐药性和毒力特征,有医院传播风险。
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编辑人员丨6天前
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农村井水中耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌及耐药基因分子流行病学特征
编辑人员丨6天前
目的:分析农村井水中耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌(PA)及耐药基因的分子流行病学特征。方法:依据《饮用天然矿泉水检验方法》(GB 8538-2016)对山东省巨野县农村井水采集112份水样进行检测,并对检出的PA分别进行PFGE分型和药物敏感性试验。PCR鉴定碳青霉烯类耐药基因后,采用S1-PFGE和Southern杂交确定耐药基因的位置,并用结合实验判断基因的可转移性。结果:农村井水中PA检出率为54.46%(61/112)。61株菌分为56个PFGE型,100.00%一致带型最多的有2株菌,无明显的优势带型。药敏实验结果显示,多重耐药菌占93.44%(57/61),2株菌携带 blaVIM-2耐药基因,均位于质粒上,且均可随质粒发生水平转移。 结论:农村井水中检出耐碳青霉烯类PA及其耐药基因,此类耐药基因存在水平传播的可能性。
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编辑人员丨6天前
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产NDM-1型碳青霉烯酶 Acinetobacter baylyi研究
编辑人员丨6天前
目的:研究1株不动杆菌对碳青霉烯类抗生素耐药机制。方法:回顾性研究,2016年7月临床分离的1株耐碳青霉烯类不动杆菌属,用Vitek2-compact分析仪进行细菌鉴定和药敏试验,并分别检测bla OXA-51-like基因、16S-23S rRNA基因间隔区序列和RNA聚合酶亚基基因(rpoB),以确定菌株型别。PCR扩增检测碳青霉烯酶基因(NDM、KPC、VIM、IMP、SIM、SPM、GIM、OXA-23-like、OXA-24-like、OXA-58-like)、16S rRNA甲基化酶(armA、rmtA、rmtB)、β内酰胺酶(TEM、SHV、CTX-M、VEB、PER)以及一类整合子;另用Southern杂交方法检测耐药菌株质粒情况。 结果:通过基因分析,证实此菌为 Acinetobacter baylyi,并且仅携带NDM-1型碳青霉烯酶,其他相关耐药基因均为阴性结果。质粒分析发现bla NDM-1位于约54 000~60 000 bp不可接合质粒上。 结论:应注重耐碳青霉烯类非鲍曼不动杆菌的出现及其耐药基因的传播机制。
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编辑人员丨6天前
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非伤寒沙门菌对喹诺酮类药物的耐药分子机制研究
编辑人员丨6天前
通过回顾性研究分析,探究非伤寒沙门菌(NTS)对喹诺酮类药物的耐药性及耐药机制。以南方医科大学第五附属医院2020年5月至2021年2月临床标本中分离的105株NTS为研究对象,采用VITEK2 Compact全自动鉴定药敏分析系统和血清学实验对菌株进行鉴定;用琼脂稀释法检测菌株对环丙沙星、左氧氟沙星和萘啶酸的敏感性;对105株NTS 进行全基因组测序,采用Abricate等软件分析菌株的耐药相关基因,包括质粒介导的喹诺酮耐药基因(PMQR)和喹诺酮耐药决定区(QRDR);采用SISTR和MLST分析血清型和ST型,并构建系统发育树。结果显示,分离的NTS主要为ST34鼠伤寒沙门菌(53.3%)。药敏结果显示NTS对环丙沙星、左氧氟沙星和萘啶酸的耐药率分别为30.4%、1.9%和22.0%,对环丙沙星、左氧氟沙星的中介率为27.6%、54.2%;62株喹诺酮类非敏感株中共有46株(74.2%)携带PMQR基因,主要为 qnrS1(80.4%),其次为 aac( 6′) -Ib-cr(15.2%);QRDR突变分析共有14株和8株NTS分别存在 gyrA和 parC基因突变, gyrA均为第87位氨基酸位点突变,分别为Asp87Tyr、Asp87Asn、Asp87Gly, parC检出Thr57Ser突变。综上,本研究发现,NTS对喹诺酮类药物耐药性相对较高,携带 qnrS1基因主要导致NTS对环丙沙星和左氧氟沙星的敏感性下降,发生 gyrA:87位点突变主要导致NTS对萘啶酸耐药;同时携带多种PMQR和存在QRDR突变,可导致NTS对3种喹诺酮类药物耐药。鼠伤寒沙门菌在临床分离株中存在克隆传播现象,需进一步加强流行病学的监测。
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编辑人员丨6天前
