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非编码RNA N6-甲基腺苷修饰在糖尿病及其并发症中的作用
编辑人员丨1周前
非编码RNA(ncRNA)作为糖尿病表观遗传学的一种常见形式,在糖尿病的发生发展中扮演着重要角色。N6-甲基腺苷(m6A)是腺嘌呤(A)第6位氮原子被甲基转移酶催化形成的一种RNA甲基化修饰。m6A是已知最丰富的ncRNA修饰方式,可调控靶标RNA代谢的大多数过程,包括RNA的成熟、剪接、翻译和RNA稳定性等,从而调节下游信号通路并改变细胞生理功能。现有研究表明,ncRNA m6A修饰中在糖尿病等多种疾病中发挥重要作用。该文总结了ncRNA m6A修饰在糖尿病及其并发症中的作用,并展望未来ncRNA m6A修饰在糖尿病发生发展中的研究方向,为科学研究提供参考。
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编辑人员丨1周前
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21单体综合征流产胎儿绒毛膜组织DNA 6mA的修饰研究
编辑人员丨1周前
目的:探究DNA的N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenine,6mA)修饰在21单体综合征流产胎儿绒毛膜组织基因组中的分布特点及与21单体综合征临床症状的关系。方法:从4例实验组流产胎儿绒毛膜组织(核型为45, XY,-21)样本和4例对照组流产胎儿绒毛膜组织(核型为46, XY)样本中提取DNA,经质量和纯度检测合格后,采用6mA抗体进行染色质免疫共沉淀反应(chromatin immunoprecipitation, ChIP),之后进行测序。对得到的测序数据进行生物信息学分析,研究6mA位点修饰在实验组和对照组中的差异。结果:峰(peaks)的相关差异基因的分析表明,在全基因组范围内,对照组相比实验组拥有更多的含6mA修饰的基因,其中对照组特有的含6mA修饰的基因为4607个,实验组仅有1059个。在21号染色体范围内,两组之间的这一差异更加明显。在实验组中特有的含6mA的基因为1769个,而对照组则高达8032个。不同范围内的分析结果都表明在21单体综合征中基因6mA修饰的水平偏低。GO富集分析和KEGG富集分析结果均表明21单体综合征中缺失的6mA基因与胚胎生长发育有着密切关系。结论:人体中的DNA 6mA修饰可能在胚胎生长发育方面发挥着与5mC(5-methylcytosine,5mC)修饰相似的作用。
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编辑人员丨1周前
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137Cs γ射线全身照射对小鼠骨髓细胞中circRNA m 6A修饰谱的影响
编辑人员丨1周前
目的:研究电离辐射对小鼠骨髓细胞中环状RNA(circular RNA,circRNA)的N 6-甲基腺嘌呤(N 6-methyladenine,m 6A)修饰谱的影响,为揭示RNA表观遗传修饰与放射性造血系统损伤之间的关系提供科学依据。 方法:将24只C57BL/6 J小鼠按随机数表法分为健康对照组和照射组,每组12只。照射组用4 Gy 137Cs γ射线对小鼠进行全身照射。照后将两组小鼠脱颈处死,收集股骨中的骨髓细胞。提取总RNA,通过m 6A RNA免疫沉淀-高通量测序(MeRIP-Seq)技术和生物信息学分析方法,探究小鼠受照后骨髓细胞中circRNA m 6A修饰谱的变化。运用MeRIP-qPCR实验对变化显著的m 6A修饰位点进行验证。 结果:健康对照组和照射组中各鉴定出325和455个(其中两组共有178个,健康对照组特有147个,照射组特有277个)circRNA的m 6A修饰位点。健康对照组和照射组中各鉴定出1 275和1 017个(其中两组共有767个,健康对照组特有508个,照射组特有250个)发生m 6A修饰circRNA的来源基因。与健康对照组相比,照射组中有414个m 6A位点的富集倍数显著上调,178个m 6A位点的富集倍数显著下调,差异具有统计学意义( P < 10 -10;倍数筛选阈值> 5)。基因本体论(GO)分析显示,电离辐射后小鼠骨髓细胞中m 6A修饰水平显著改变的circRNA来源基因涉及染色质相关调控、纤毛转换纤维和多聚(A)特异性核糖核酸酶活性等多种功能。京都基因与基因组百科数据库(KEGG)分析显示,电离辐射后小鼠骨髓细胞中m 6A修饰水平显著改变的circRNA来源基因涉及血小板激活、Fc γ R-介导的吞噬作用和B细胞受体信号通路等多种通路。 结论:电离辐射可引起小鼠骨髓细胞中circRNA的m 6A修饰谱的迅速改变,差异甲基化的circRNA的来源基因涉及多种造血系统放射生物学相关的功能通路。该研究为从表观遗传水平揭示造血系统辐射损伤的分子机制奠定基础。
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编辑人员丨1周前
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m 6A甲基化修饰在消化道肿瘤中的研究进展及临床价值探讨
编辑人员丨1周前
N 6-甲基腺嘌呤(m 6A)甲基化修饰是真核信使RNA(mRNA)中最常见的内部转录修饰,为一种动态可逆的调控修饰,调控因子包括甲基转移酶、去甲基化转移酶和m 6A识别蛋白。近年来相关研究发现,m 6A甲基化修饰在肿瘤的发生发展过程中发挥着重要的作用。本文就m 6A甲基化修饰及其调控因子的相关概念、在消化道肿瘤中的研究进展、对预后的评估价值及治疗耐药等方面进行综述。
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编辑人员丨1周前
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胶质瘤中m6A相关蛋白上游调控机制的研究进展
编辑人员丨1周前
胶质瘤发病率高、预后差,其发病机制是相关领域的研究热点及难点。近年来研究发现,N6-甲基腺嘌呤(m6A)与胶质瘤的发生发展密切相关,m6A过程中相关蛋白在胶质瘤的形成中发挥着重要作用,是潜在的胶质瘤治疗靶点。本文围绕m6A相关蛋白上游调控机制进行综述,以期进一步明确m6A相关蛋白作为胶质瘤诊断标志物及潜在治疗靶点的应用前景。
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编辑人员丨1周前
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自噬在缺血后处理减轻小鼠肠缺血再灌注损伤中的作用
编辑人员丨1周前
目的:评价自噬在缺血后处理减轻小鼠肠缺血再灌注损伤中的作用。方法:SPF级健康成年雄性C57BL/6J小鼠32只,9~12周龄,体重25~29 g,采用随机数字表法分为4组( n=8):假手术组(S组)、肠缺血再灌注组(IIR组)、缺血后处理组(IPO组)和缺血后处理+自噬抑制剂3-甲基腺嘌呤组(IPO+3-MA组)。采用夹闭肠系膜上动脉根部45 min恢复灌注2 h的方法制备小鼠肠缺血再灌注损伤模型,IPO组于恢复灌注前3 min给予3个循环灌注30 s,缺血30 s的处理。于再灌注2 h时采集股动脉血样,测定血清二胺氧化酶(DAO)、D-乳酸及肠型脂肪酸结合蛋白(I-FABP)的浓度,随后处死小鼠取小肠组织,光镜下观察病理学结果并行Chiu评分,计算肠组织含水量;Western blot法检测自噬相关蛋白Beclin-1和p62的表达。 结果:与S组比较,IIR组和IPO组Chiu评分升高,血清DAO、D-乳酸和I-FABP的浓度及肠组织含水量升高,肠组织LC3Ⅱ/LC3Ⅰ比值升高,Beclin-1表达上调,p62表达下调( P<0.05);与IIR组比较,IPO组Chiu评分降低,血清DAO、D-乳酸、I-FABP浓度和肠组织含水量降低,LC3Ⅱ/LC3Ⅰ比值升高,Beclin-1表达上调,p62表达下调( P<0.05);与IPO组比较,IPO+3-MA组Chiu评分升高,血清DAO、D-乳酸、I-FABP浓度和肠组织含水量升高,LC3Ⅱ/LC3Ⅰ比值降低,Beclin-1表达下调,p-62表达上调( P<0.05)。 结论:自噬参与了缺血后处理减轻小鼠肠缺血再灌注损伤的过程。
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编辑人员丨1周前
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N 6-甲基腺嘌呤甲基转移酶3介导Bax/Bcl-2抑制慢性肾脏病血管钙化的机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨N 6-甲基腺嘌呤(N 6-methyladenosine,m 6A)甲基转移酶3(methyltransferase- like 3,METTL3)调控凋亡相关蛋白在慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)血管钙化中的作用机制。 方法:(1)临床试验:实时荧光定量PCR法检测维持性血液透析(maintenance hemodialysis,MHD)患者血清METTL3 mRNA水平。(2)细胞实验:Western印迹法检测高磷刺激的血管平滑肌细胞(vascular smooth muscle cells,VSMCs)中METTL3蛋白表达,免疫荧光双染法观察METTL3与Runt相关转录因子2(Runt-related transcription factor 2,Runx2)的分布。构建METTL3过表达和敲低质粒,分别转染VSMCs,茜素红染色检测钙化情况,Western印迹法检测成骨标志物Runx2、骨形态发生蛋白2(bone morphogenetic protein-2,BMP-2)、Ⅰ型胶原(collagen Ⅰ)和凋亡相关蛋白Bax、Bcl-2表达。(3)动物实验:30只SD大鼠被随机分为对照组、CKD血管钙化组、S-腺苷高半胱氨酸(S-adenosylhomocysteine,SAH)干预组,硝酸银染色评估胸主动脉钙化情况,免疫组化及Western印迹法检测Runx2、Bax、Bcl-2蛋白表达。结果:(1)MHD血管钙化患者血清中METTL3 mRNA水平明显低于无钙化患者( P<0.05),且与冠状动脉钙化积分呈负相关( r=-0.65, P<0.001)。(2)高磷刺激的VSMCs中METTL3蛋白表达降低,并呈现时间依赖性。免疫荧光双染发现METTL3与Runx2共表达于细胞核。在高磷处理的VSMCs中过表达METTL3后Runx2、BMP-2、Collagen I表达明显降低,并伴有钙化结节减少,且凋亡蛋白Bax/Bcl-2比值降低(均 P<0.05)。反之,敲低METTL3通过诱导凋亡加重VSMCs钙化。(3)进一步在体内模型中给予METTL3抑制剂SAH,发现抑制METTL3表达可显著增加大鼠胸主动脉钙化,且Bax/Bcl-2比值、Runx2表达上调。 结论:MHD血管钙化患者血清METTL3水平降低,体内外实验证实METTL3可通过介导凋亡相关蛋白Bax /Bcl-2抑制CKD血管钙化。
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编辑人员丨1周前
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METTL14在卵巢上皮性癌组织中的表达及对A2780、SKOV3细胞增殖、侵袭和迁移的影响
编辑人员丨1周前
目的:研究甲基转移酶样蛋白14(METTL14)在卵巢上皮性癌(卵巢癌)组织中的表达及其临床意义,探讨上调和下调METTL14表达对卵巢癌细胞系A2780、SKOV3细胞增殖、侵袭和迁移的影响。方法:(1)组织标本检测:选取2019年12月—2020年11月在广西医科大学附属肿瘤医院行手术治疗的20例卵巢癌患者的新鲜癌组织标本,收集同期因子宫肌瘤行子宫及双侧附件切除术的15例患者的新鲜正常卵巢组织标本作为对照,免疫组化法检测卵巢癌与正常卵巢组织中METTL14蛋白表达的差异。另收集2014年1月—2019年10月在广西医科大学附属肿瘤医院行手术治疗的121例卵巢癌患者的癌组织蜡块,免疫组化法检测卵巢癌组织中METTL14蛋白的表达,并分析METTL14蛋白表达与卵巢癌患者临床病理特征及预后的关系。(2)细胞实验:分别使用慢病毒载体、小分子干扰RNA(siRNA)技术,构建上调、下调METTL14表达的卵巢癌A2780、SKOV3细胞系,并采用逆转录(RT)-实时荧光定量PCR(qPCR)技术和蛋白印迹(western blot)法分别验证其METTL14 mRNA和蛋白的表达。后续的细胞实验分为5组,LV-METTL14组(转染慢病毒载体上调METTL14表达)及其对照LV-NC组(转染阴性对照慢病毒空载体),si-METTL14组(转染si-METTL14-2下调METTL14表达)及其对照si-NC组(转染阴性对照siRNA),以及空白组(未转染)。采用液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)法检测各组卵巢癌细胞中N-6甲基腺嘌呤(m6A)修饰水平的变化,分别采用活细胞计数(CCK-8)法、划痕实验以及穿膜(transwell)小室侵袭和迁移实验检测各组卵巢癌细胞增殖、愈合以及侵袭和迁移能力的变化。结果:(1)20份卵巢癌组织中METTL14蛋白的免疫组化总评分为(6.2±3.7)分,显著高于15份正常卵巢组织[(3.3±2.5)分; t=-2.64, P=0.012]。121例卵巢癌患者中,METTL14蛋白高表达(免疫组化总评分≥6分)69例(57.0%,69/121),METTL14蛋白低表达(免疫组化总评分<6分)52例(43.0%,52/121);METTL14蛋白高表达与METTL14蛋白低表达患者比较,手术病理分期更晚,淋巴结转移率、腹腔转移率、腹水发生率更高,分别比较,差异均有统计学意义( P均<0.05);METTL14蛋白高表达患者的总生存率显著低于METTL14蛋白低表达者( P=0.009)。(2)LC-MS/MS法分析显示,LV-METTL14组A2780和SKOV3细胞中m6A的表达水平分别为0.213±0.024、0.181±0.018,均显著高于LV-NC组(分别为0.109±0.022、0.128±0.020; P均<0.05);而si-METTL14组A2780和SKOV3细胞中m6A的表达水平分别为0.063±0.012、0.069±0.015,均显著低于si-NC组(分别为0.108±0.014、0.121±0.014; P均<0.05)。CCK-8法检测显示,si-METTL14组SKOV3细胞在培养在36、48、60 h时的吸光度( A)值均显著低于si-NC组( P均<0.05);LV-METTL14组A2780和SKOV3细胞在培养48、60 h时的 A值均显著高于LV-NC组( P均<0.01)。划痕实验显示,培养24 h,si-METTL14组A2780和SKOV3细胞的迁移率低于si-NC组,LV-METTL14组A2780和SKOV3细胞的迁移率高于LV-NC组,分别比较,差异均有统计学意义( P均<0.01)。在transwell小室侵袭、迁移实验中,培养24 h,si-METTL14组A2780和SKOV3细胞的穿膜细胞数均少于si-NC组,LV-METTL14组A2780和SKOV3细胞的穿膜细胞数均多于LV-NC组,分别比较,差异均有统计学意义( P均<0.01)。 结论:METTL14蛋白高表达的卵巢癌患者的预后更差。上调METTL14表达可提高卵巢癌细胞m6A修饰水平,促进卵巢癌细胞的增殖、侵袭和迁移;反之,下调METTL14表达则降低卵巢癌细胞m6A修饰水平,抑制卵巢癌细胞的增殖、侵袭和迁移。
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编辑人员丨1周前
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MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变
编辑人员丨1周前
目的:探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法:将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓度20 ng/ml重组人MeCP2蛋白培养液中,连续培养72 h。提取细胞内总RNA进行转录组测序(RNA-seq)和甲基化免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)分析。采用edgeR软件包根据 P<0.05筛选差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs)。采用基因本体论(GO)富集分析对差异基因进行生物学功能描述,采用京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行通路富集分析。筛选出DEGs与DMGs交集的基因,采用实时荧光定量PCR技术检测各组差异基因mRNA表达水平。 结果:共筛选出DEGs 100个,DMGs 7 441个,富集分析发现DEGs与细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞分裂、细胞周期和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路等相关,DMGs与微管细胞骨架、血管生成、表皮生长因子受体(ErbB)信号通路、晚期糖基化终末产物(AGEs)-糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、Notch信号通路和转化生长因子β(TGF-β)信号通路等相关。DEGs中24个基因表达增加,76个基因表达减少;DMGs中5个基因含有高甲基化峰,7 439个基因含有低甲基化峰,注释峰后,正常对照组有7 626个基因发生m6A甲基化,MeCP2组有8 006个基因发生m6A甲基化,2个组间有7 360个交集基因。正常对照组和MeCP2组的m6A甲基化富集于转录本的CDS、内含子和3'-非翻译区(3'UTR)区域,其甲基化比例分别为23.62%/22.27%、48.53%/48.35%和23.66%/25.28%。联合分析发现2个上皮-间充质转化(EMT)相关基因 CSPG5和 RBP1的mRNA和m6A水平均降低。荧光定量PCR结果显示,MeCP2组 GSPG5、 RBP1、 ZNF484 mRNA相对表达量均明显低于正常对照组,差异均有统计学意义( t=7.885、7.613、7.345,均 P<0.01)。 结论:RPE细胞中MeCP2对EMT的调控机制与m6A甲基化修饰相关。 CSPG5和 RBP1基因可能是m6A甲基化的靶基因,参与MeCP2调控的EMT过程。
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编辑人员丨1周前
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芍药苷激活自噬对帕金森病小鼠运动能力及多巴胺能神经元的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨芍药苷激活自噬对PD小鼠运动能力及多巴胺能神经元的影响。方法:将40只C57BL/6小鼠按随机数字表法分为正常组、模型组、芍药苷组和芍药苷+3-甲基腺嘌呤(3-MA)组,每组10只。后3组小鼠连续7 d腹腔注射1-甲基-4苯基-1,2,3,6-四氢吡啶(MPTP)[30 mg/(kg·d)]制备成亚急性PD模型,期间芍药苷组和芍药苷+3-MA组小鼠分别腹腔注射芍药苷[30 mg/(kg·d)]和芍药苷[30 mg/(kg·d)]+3-MA[2 mg/(kg·d)]。第8天时采用爬杆实验和悬挂实验评估各组小鼠的运动能力,之后取中脑黑质,采用TUNEL染色检测神经细胞凋亡情况,采用免疫组化染色检测酪氨酸羟化酶(TH)阳性细胞数及α-突触核蛋白(α-Syn)、溶酶体相关膜蛋白2A(LAMP2A)、微管相关蛋白1轻链3-Ⅱ(LC3-Ⅱ)表达,采用Western blotting实验检测LAMP2A、LC3-Ⅱ蛋白水平。结果:与模型组比较,芍药苷组小鼠的爬杆时间明显缩短,悬挂实验评分明显升高,凋亡神经细胞数量明显减少,TH阳性细胞数及LAMP2A、LC3-Ⅱ表达明显升高,α-Syn表达明显减少,LAMP2A、LC3-Ⅱ蛋白水平明显升高,差异均有统计学意义( P<0.05)。与芍药苷组比较,芍药苷+3-MA组小鼠的爬杆时间明显延长,悬挂实验评分明显降低,凋亡神经细胞数量明显增多,TH阳性细胞数及LAMP2A、LC3-Ⅱ表达明显减少,α-Syn表达明显升高,LAMP2A、LC3-Ⅱ蛋白水平明显降低,差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:芍药苷通过诱导自噬清除α-Syn,保护多巴胺能神经元,从而改善PD小鼠的运动障碍。
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编辑人员丨1周前
